NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:08:06]
[Matrix accession#: M2266]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2266;
	DIMENSIONS  NTAX=51;
	TAXLABELS
		Acomys_ignitus	Aethomys_namaquensis	Anisomys_imitator	Apodemus_agrarius	Apodemus_mysticinus	Apodemus_semotus	Apomys_datae	Apomys_hylocoetes	Archboldomys_luzonensis	Arvicanthis_somalicus	Batomys_granti	Berylmys_bowersi	Chrotomys_gonzalesi	Conilurus_penicillatis	Dacnomys_millardi	Deomys_ferrugineus	Desmodillus_auricolarus	Gerbillurus_vallianus	Gerbillus_gerbillus	Hybomys_univattus	Hylomyscus_parvus	Leggadina_forresti	Lemniscomys_barbarus	Leopoldamys_sabanus	Lophuromys_flavopunctatus	Malacomys_longipes	Mastomys	Maxomys_bartelsii	Maxomys_surifer	Meriones_shawi	Mus_musculus	Niviventer_cremoriventer	Niviventer_culterotus	Oenomys_hypoxanthus	Parotomys_sp.	Phloemys_sp.	Praomys_jacksoni	Praomys_taitae	Praomys_tullbergi	Pseudomys_australis	Rattus_exulans	Rattus_norvegicus	Rhabdomys_pumilio	Rhynchomys_isarogensis	Stochomys_longicaudatus	Sundamys_muelleri	Tatera_robusta	Taterillus_emini	Uranomys_ruddi	Uromys_caudimaculatus	Zelotomys_hildegardeae
	;
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2266;
	DIMENSIONS NCHAR=5638;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Acomys_ignitus                  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		Aethomys_namaquensis            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		Anisomys_imitator               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		Apodemus_agrarius               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		Apodemus_mysticinus             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		Desmodillus_auricolarus         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		Leggadina_forresti              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		Lemniscomys_barbarus            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TCTGAACTATTCTCCCAGCTGTAATTCTCATTATAATTGCCCTCCCATCATTACGAATTTTATATATAATAGATGAAATCAATAACCCAGTATTAACAGTAAAAACCATAGGGCATCAATGATACTGAAGCTACGAATATACAGATTACGAAGACCTATGCTTTGACTCATATATAGTGCCAACAAACGACCTGAAACCAGGAGAACTACGACTCCTAGAAGTAGACAACCGAGTAGTTCTTCCAATAGAACTTCCTATTCGCATACTAATCTCATCTGAAGATGTTCTTCACTCATGGGCAGTTCCATCATTAGGATTAAAAACCGACGCAATTCCAGGCCGCCTAAATCAAGCAACAGTAACATCTAATCGACCAGGATTATTTTACGGTCAATGTTCAGAAATCTGCGGATCAAATCACAGTTTTATACCAATCGTCCTTGAAATAGTACCACTAAAACATTTTGAAAATTGATCAGCTTCAATAATTTAAATGCCACAACTAGACACATCCACATGATTCATTACTATTATCTCATCAATGATAACCTTATTTATTATTTTTCAATTAAAAATTTCATCACAGTCATACCCACTTTCACCATCACCAAAAACAACAACAACTCTAACAATA---
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 4170 - 4396 , 
 1: 1 - 979 \ 3 983 - 4034 \ 3 4035 - 4167 \ 3 4397 - 5636 \ 3 , 
 2: 2 - 980 \ 3 984 - 4032 \ 3 4036 - 4168 \ 3 4398 - 5637 \ 3 , 
 3: 3 - 981 \ 3 982 - 4033 \ 3 4037 - 4169 \ 3 4399 - 5638 \ 3 5638 ; 
 CODESET * UNTITLED = mtDNA.mam: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET GHR = 1 - 981 ; 
 CHARSET RAG1 = 982 - 4034 ; 
 CHARSET AP5 = 4035 - 4480 ; 
 CHARSET mtDNA = 4481 - 5638 ; 
 CHARSET COI = 4481 - 4810 ; 
 CHARSET COII = 4811 - 5494 ; 
 CHARSET ATPase_8 = 5495 - 5638 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;