NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:08:07]
[Matrix accession#: M2268]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2268;
	DIMENSIONS  NTAX=37;
	TAXLABELS
		Aethomys_namaquensis	Anisomys_imitator	Apodemus_agrarius	Apodemus_semotus	Apomys_datae	Apomys_hylocoetes	Archboldomys_luzonensis	Arvicanthis_somalicus	Batomys_granti	Chrotomys_gonzalesi	Conilurus_penicillatis	Dacnomys_millardi	Gerbillus_gerbillus	Hybomys_univattus	Hylomyscus_parvus	Leggadina_forresti	Lemniscomys_barbarus	Malacomys_longipes	Mastomys	Maxomys_bartelsii	Mus_musculus	Niviventer	Oenomys	Parotomys_sp	Phloemys	Praomys_jacksoni	Praomys_tullbergi	Pseudomys_australis	Rattus_exulans	Rattus_norvegicus	Rhynchomys_isarogensis	Stochomys_longicaudatus	Sundamys_muelleri	Thallomys_paedulcus	Uranomys_ruddi	Uromys_caudimaculatus	Zelotomys_hildegardeae
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2268;
	DIMENSIONS NCHAR=446;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Aethomys_namaquensis          CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATTGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACCGGAGTGCATGATGCCAATGATAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAG-----AGGTCACTCCACACT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAAGT---CTCCTAC----------CTGTAACTCGGGCATCC-AATGGTTTCCTT-CCATTGGATTCTGATTCGGGGGAAGCAGCTGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGAYGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCACAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTT
		Anisomys_imitator             CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTGGGGAGGTCACTCCAAGAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTAT----------GGGGACCTTGGACTGCC-GATAGTTCCCTT-CCCTTGGTTTGTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTGCTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTT
		Apodemus_agrarius             -------CCCGGGAAATGGCCAACGCGAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATGATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACCGGCGTGCATGATGCCAATGATAAGAGGTTCCAGGTA-CGT-GCTCCTCAG---AGTCGGAGGGGACAGC-GGGAGGT--CCCCACGCT-GGGACCTGCCTCT-----GGGAGGGCAGGAGGCAGAGG-ACACCTTC----------AGGCACCTCGGACTCCC-GATGGCTCCCTGGCCCTCGGTTTCTGATCCGGTGGAAGCTGCAGAGTGCCTGGTGACAC-------------GACGCCCTTTCTGTCTGTCTGTCACAGGAGACCTTCGAGGACGTGTTCTCTGACCGCGCCCTTCGCAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCACGATCA----
		Apodemus_semotus              ------------------------------------------------------ATGGGCGCCGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGTGTGCATGATGCCAATGATAAGAGGTTCCAGGTA-CGT-GCTCATCAG---AGTCAGAGGGGACAGC-GGGAGGT--CCCCACACT------------------GGGGAGGGCAGGAGCCAGAGG-ACCCCTTC----------AGGCACCTCGGACTCCC-GATGGTGCCCTTGGCCTCGGTTTCTGACCCGGTGGAAGCTGCAGAGTGGCTGGTGACCCCAGCGGAGGGAGGGACGCCCTTACTGTCTGTCTGTCACAGGAGACCTTCGAGGACGTGTTCTCTGACCGCGCCCTTCGCAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCACGATCA----
		Apomys_datae                  ????????CCGGGAAATAGCCAATGCAAAAGAAATCGCCAGAACGGTGCAGATCATGGGTGCCGATTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCYYAACAG---AGTCAGAGGTGACAGTCGGGAGGTCACTCCATGAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGR-------ACCTCTGC----------GGGGACCTTGGACTCCC-GATAGTTCCCTT-CCCTTGGTTTCTGACTGGGTGGACGCAGCAGAGTGATTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTTTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCAT---------
		Apomys_hylocoetes             ----------------TAGCCAATGCAAAAGAAATCGCCAGAACGGTGCAGATTATGGGTGCCGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTACATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCCCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTCGGGAGGTCACTCCATGAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGCGGGCAGAAGG-------ACCTCTAC----------GGGGACCTTGGACTCCC-GATAGTTCCCTT-CCCTTGGTTTCTGACTCGGTGGAAGCGGCAGAGTAGTTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTTTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCATGAT------
		Archboldomys_luzonensis       -----AGCCCGGGAAATAGCCAATGCAAAAGAAATCGCCAGAACGGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTCAGGAGGTCACTCCACAAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTAC----------GGGGACCTTGGACTCCC-GATAGTTCCCTT-CCCTTAGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTTTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAA----------------------------------------
		Arvicanthis_somalicus         -CCACAGCCCGGGAAATTGCCAATGCTAAAGAAATTGCCAGAACCGTTCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACGGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTGGGGAGGTCACTCCACACT-GGGACCTTCCTCT----GGCGAGGGCAGAAGGCAGGG---CTCCTAC----------CTGTAACTTGGGCATCC-AGTCGTTTCCTT-CCACTGGACTCTGATTCTGTGGAAGCAGCTGAGGGGCTGTTGA-CCCAGAGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCCGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGAAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGATCACCTT
		Batomys_granti                CACACAGCCCGGGAAGTGGCCAATGCTAAAGAAATGGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGTCAGCGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAGCAG---AGTCAGAGGTGATAGAGGAGGAGCCGCTCCATGCA-GGCACCTTCCTCT----GGGGAGGGGAGAGGGCAGAAGGACTCCTRC----------AGGGACCTCGGACATCC-GATTGTTCCCTTGTCCTTGGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCTGAGTGGCTGTTGACCTCAGAGGAGGGA----CGTCCTAACTGTCTATC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGCGCCCTCCGCAACATTCCCTGGTACGTGCTGGCTGGGAACCACGACCACCTT
		Chrotomys_gonzalesi           -----AGCCCGGGAAATAGCCAACGCAAAAGAAATCGCCAGAACGGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTCGGGAGGTCACTCCACGAA-GGGACCTTACTGT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTACGGGGACCTTGGGGGACCTTGGACTCCC-AGGAGTTCCCTT-CCCTTAGTTTCTGATTCCGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTCTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTTTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAAC---------------------------------------
		Conilurus_penicillatis        --------------------------------------------CGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTKCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGACAGTGGGGAGGTCACTCCACCAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTGA----------GGGGACCTTGGACTTYC-GATAGKTCCCTT-CCCTTGGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTKTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTCGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTACGCAAC---------------------------------------
		Dacnomys_millardi             ------------------GCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGACAGT-GGGAGACCACTCCACACT-GGGGTCTTTCCCT----GGGGAGGGCAGAAGG-----------------------------ACCTCGGACTCCC-GATGGTTCCGTTGCCCTTGGTTTCTAATTTGGTAGAAGCAACAGAGTGACTGTTGACCCCAGAGTGGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCCGGAAACCATGAT------
		Gerbillus_gerbillus           ----------------TGGCCAATGCTAAAGAGATGGCCAGAACGGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCCTGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACTGGCGTGCACGATGCCAACGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-TCTCGACAG---GGTCAGAGGTGACAGT-GGACAGTCACTCTGCGCY-GGGGCCTTCCTCC----GGGGAAGGCAGAGGGCAGAAGGGCTCCCAC----------AGCGGCCCTGGACACCC-AATGGCTCCCTTCTCGTTGGTCTCTAACTTGGTGGGAGCAGCAGGGTGGCTGTTGGCCTCAGAGGAGGGG----TGCCCTCTCTGTCTGCC----ACAGGAGACCTTCGAGGATGTGTTCTCCGACSGTGCCCTCCGCAACATTCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCATGACC-----
		Hybomys_univattus             -------CCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATTGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTATTTCACCGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-TCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTGGGGATGTCACTCCACACT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAGGA---GTCCCAC----------CTGTAACTTGGGCATCC-AATGGTTTCCTT-CCATTGGATTCTGATTCGGTGGAAGCAGCTGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCCATC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGATCA----
		Hylomyscus_parvus             ----------GGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATGATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTACATGATGCTAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-CGTGGCTCACCAG---GGTCAGAGGGGATAGTAAGGAGGCCGCTCCATGCT-GGGACCTTCTTCT----GGGGAGGGCGGAAGGCAGGAGGATGCCTCC----------GAGTACCTCGGACTCTG-GATGGTTCCCTCACCCTTGGTTTCTGATTTGGTGGAAGCAGCAGAGTGGCTGTTGACCCCAGGGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTTCGCAATGTCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCATGACCA----
		Leggadina_forresti            ------------------GCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACGGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTATTGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTGGGGAGGTCACTCCACGAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTGA----------GGGGACCTTGGACTTTC-GATAGTTCCCTT-CTCTTGGTTTCTGATTCGGTGGAAACAGCAGAGTGGTTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAACGTCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGA---------------
		Lemniscomys_barbarus          -----------------------TGCTAAAGAAATTGCCAGAACAGTTCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACCGGGGTGCATGATGCCAGTGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGAGAGTGGGGAGGTCACTCCACACT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAAGCAGGA---CTCCTAC----------CTGTAACTTGGGCAYCC-AGTCGTTTCCTT-CCACTGGACTCTGCTTCCGTGGAAGCAGCTGAGKGGCTGTTGA-CCCAGAGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCCGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGAT------
		Malacomys_longipes            -------------------CCAATGCTAAAGAAATTGCCAGAACCGTGCAGATCATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAACGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCACCAG---AGTCAGAGGTGACAGAGGGGAGGCCACTCCGTGCT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGTCAGAAGGACTCCTTC----------CGGTACCTCGGACTCCCCGATGGTTTCCTTGCCCTTGGTTTCTGATTCAGTGGAGGCCAAAGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGAA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTTCGAAACATCCCCTGGTATGTGCTG---------------------
		Mastomys                      CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATGATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTACACGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-CGT-GCTCAACAG---GGTCAGAGGTGATAGTGAGGGGGCCACTCCATGCT-GGGACCTTCTTCT----GGGGAGGGTAGAAGGCAGAAGGATGCCTCC----------CGGTACCTCGGACTCCC-GATGGTTCCCTCGCCCTTGGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTCCTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGATGTGTTCTCTGACCGTGCCCTTCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGATCACCTT
		Maxomys_bartelsii             CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACTGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTGGGGA----------------GGGCCTTCTCCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAG----------------------AAGGACCTCGGACTCCC-GATGGTTCCCTTGCCCTTGGTTTCTGATCCGGTAGAAGCAACAGAGTAACTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTT
		Mus_musculus                  -CYACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCCAAAGAGATCGCCAGAACCGTGCAGACGATGGGCGCTGACTTCATCATGTCTCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCACGATGCCAGCGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAGCAGGGTCAGAGGTGACAGCGGTGAGGTCACTTCACACT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGAGCAGAAGGCAGAAGGAT----------------GGGTACCTCGGGCTTCC-ATTGGTTCCCTTGCCCTTGATTTCTGATTCGGTGGAAGCTGCAGAGTGGCTGTTGACTCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGCC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTTCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTG
		Niviventer                    ----CAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTCGGGGACAACTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTTGACAG---AGTCAGAGGTGACAGT-GGGAGGCCACTCCACACC-AGGGCCATTCCCT----GGGGAGGGCAGAAGG-----------------------------ACCTCAGACCCCC-GAGGGTTCCGTTGCCTTTGATTTCTGATTCGGTAGAAGCAACAGAGTGACTGTTGACCCCAGAGGGGGGA----TGCCCTTGCTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGAAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTT
		Oenomys                       ----------------------ATGCTAAAGAAATCGCCAGAACTGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGGTGATGGTGGGGATGTCACTCCGCACT-GGGAC-TTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAGGA---CTCCTAC----------CTGTAA---------------------------------------CTCGGTAGAAGCAGCTGAGTGGCTGTTGACCTCAGAGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGAAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGA-------
		Parotomys_sp                  CACACAGCCAGGGAAATAGCCAATGCTAAAGAAATTGCCAGAACCGTGCAGGTTATGGGTGCTGACTTTATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACCGGAGTGCATGATGCAAATGACAAGAGGTTTCAGGTA-TGT-GCCCAGCAG---AGTCAGAGGTGACAGTRGGAGGGT----------------------------------GGGCAGAAGGCAGGA---CTCCCAC----------CCGTAA----------------------CT-CCATTGGATTCTGATTCGGTGGAAGCAGCTGAGTAGCTGTTGACCCCAGAGGAGGG-----TGCTTTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAAAACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCATGATC-----
		Phloemys                      CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATGGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCTCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAACGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCCCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGAGGAGAGGCTGCTCCACGCC-GGCACCTTCCTCT----GGGGAGGGGAGAGGGCAGAA--------------------------------------GATTGTTCCCTTGTCCTTGGTTTCTGTTCCG-TGGAAGCAGCTGAGTAGCTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTATC----ACAGGAGACCTTCGAGGATGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATTCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGACCACCTT
		Praomys_jacksoni              ------------------------GCTAAAGAAATCGCCAGAACTGTGCAGATGATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTACACGATGCCAATGACAAGAGGTTTCAGGTA-CGT-GCTCAACGG---GGTCAGAGATGATAGTAAGGAGGC?GCTCCATGCT-GGGACCTTCTTCT----GGGGAGGGCAGAAGACAGAAGGAAACCTCC----------GGGTACCTGAGACTCCC-GATGGTTCCCTCGCCTTTGTTTTCTGACTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTTCTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCTCTTCGCAACATCCCCTGGTATGTGC-----------------------
		Praomys_tullbergi             ---------------------------AAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATGATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTACACGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-CGT-GCTCAACAG---GGTCAGAGGTGATAGTAAGGAGGCCACTCCATGCT-GGGACCTTCTTCT----GGGGAGGGCAGAAGACAGAAGGAAACCTCC----------GGGTACCTGGGACTCCT-GATGGTTCCCTCGCCCTTGGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGATGTGTTCTCTGACCGTGCCCTTCGAAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACG--------
		Pseudomys_australis           ------GCCCGGGAAATAGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GYTCAACAG---AGTCAGAGGTGATAGTGGGGAGGTCACTCCACGAT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTGA----------GGGGACCTTGGACTTC--GTTAGTCCCCTT-CCCTTGGYTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTGTTGACCCCGGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGC-------------------
		Rattus_exulans                CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACGGTGCAGATTATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-CCTTGGCAG---AGTCAGAGGTGACAGT-GGGAGGCCACTCCACACC-GGGGCCTTCCCCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAG----------------------AAGGACCTCGGACTCCC-GATGGTTCCGTTGCCCTTGGTTTCTGATTCGGTAGAAGCAACAGAGTGACTGTTGACCCCAGAGGGGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTT
		Rattus_norvegicus             CACACAGCCCGGGAAATGGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-CCTTGGCGG---AGTCAGAGGTGACAGT-GGGAGGCCACTCCACATG-GGGGCCTTCCCTT----GGGGAGGGCAGAAGGCAG----------------------AAGGACCTCAGACTCCC-GATGGTTCCCTTGCCCTTGGTTTCTGATTCAGTAGAAGCAACAGAGTGACTGTTGACCCCAGAGGGGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGATGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTACGTGCTGGCTGGAAACCATGATCACCTT
		Rhynchomys_isarogensis        -----------------------------------------------GCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTTGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCCGAGGTGATAGTCAGGAGGTCACTCTACGAT-GAGACCTTCCTC-----GGGGGGGGGGGGG---------ACCTCTAT----------GGGGACCTTGGACTCCC-GATAGTTCCCTT-CCCTTAGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTTTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGATGTGTTCTCTGACCGTGTC---CGCAAC---------------------------------------
		Stochomys_longicaudatus       --------------------CAATGCTAAAGAAATTGCCAGAACTGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACCGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCCCAACAG---AATCAGAGGTGATACTGGGGGTGTCACTCCATACT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGATGGCAGGA---CTCCTAC----------CTGTAACTCGGGCATCC-AATGGTTTCCTT-CCATTGGATTCTGATTTGGTGGAAGCAGCTGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCCGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGATCACC--
		Sundamys_muelleri             ----------------TGGCCAATGCKAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAACTTCTACTTCACTGGAGTGCATGACGTCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-CCTTGGCGG---AGTCAGAGGTGACAGT-GGGAGGCCACTCAACACC-GGGGCCTTCCCCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAG----------------------AAGGACCTCGGACTCCC-GATGGTTCCGTTGCCCTTGGTTTCTGATTTG-TAGAAGCAACAGAGTGACTGTTGACCCCAGAGGGGGG-----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAATATCCCCTGGTACGTGCTGGCCGGAAACCATGATCA?---
		Thallomys_paedulcus           -------------------------CTAAAGAAATTGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-CGT-GCTCAATAG---ACTCAGAGGTGATAGTGGGGAGGTCACGCCACACT-GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGGCAGGA---CTCCCAC----------CTGTAACTCGGCCATCC-GGTGGTTTCCTT-CCATTGGATTCTGATTCGGGGGAAGCAGCTGAGTGGCTATTGACCCCAGGGGAGGG-----TGCCCTTACTGTCCGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCTGGAAACCACGATCA----
		Uranomys_ruddi                -----------------GGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACTGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTTATCATGTCCCTGGGAGACAACTTCTACTTCACGGGCGTGCATGATGCCAACGACAAAAGGTTCCAGGTG-TGT-GCTCAGCTG---GGCCAGAGATGACAGCCAGGAGGTCACTCTACCCT------------------GGGGAAGGCGGCGGGCACAAGGGCTCCT-----------------------ACATCC-AGTGGTTTCCTGGCCCTCTGCCTCTAATTTGGTGGGAACAAGAGGTTGGCTGTTGACCTCAGCGGAGGGG----TGCCCTCTCTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGATGTGTTCTCTGACCGTGCCCTCCGCAGCGTCCCCTGGTACGTTTTGGCTGGAAACCATG--------
		Uromys_caudimaculatus         ---ACAGCCCGGGAAATAGCCAATGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATTATGGGTGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTGCATGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-TGT-GCTCAACAG---AGTCAGAGCTGATAGCGGGGAGGTCACTCCACAT--GGGACCTTCCTCT----GGGGAGGGCAGAAGG-------ACCTCTGA----------GGGGACCTTGGACTTCC-GATAGTTCCCTT-CCCTTGGTTTCTGATTCGGTGGAAGCAGCAGAGTGGTTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTACTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGTCCTCCGCAACATCCCCTGGTATGTGCTGGCCGGAAACCATGATCACC--
		Zelotomys_hildegardeae        -----------------------TGCTAAAGAAATCGCCAGAACCGTGCAGATGATGGGCGCTGACTTCATCATGTCCCTGGGGGACAATTTCTACTTCACTGGAGTACACGATGCCAATGACAAGAGGTTCCAGGTA-CGT-GCTCAACAA---GGTCAGAGGTGACAGTGAGGGGGCCA-TCCATGCT-GGCACCTTCTTCT----GGGGAGGGCAGAAGGCTGAAGGACGCCCCC----------GGGTACCTCGGACTCCT-GATGGTTCCCTCGCCCTTGGTTTCTGATTTGGTGGAAGCAGCAGAGTGGCTGTTGACCCCAGAGGAGGGA----TGCCCTTCCTGTCTGTC----ACAGGAGACCTTTGAGGACGTGTTCTCTGACCGTGCCCTTCGCAACATCCCCTGGTATGT-------------------------
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 136 - 362 , 
 1: 1 - 133 \ 3 363 - 444 \ 3 , 
 2: 2 - 134 \ 3 364 - 445 \ 3 , 
 3: 3 - 135 \ 3 365 - 446 \ 3 446 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;