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set partition = genes; unlink shape = ( all ) pinvar = ( all ) statefreq = ( all ) revmat = ( all ) tratio = ( all ); prset applyto = ( all ) ratepr = variable; lset applyto = ( 1 - 8 ) nst = 2 rates = equal; lset applyto = ( 9 , 10 ) nst = 1; prset applyto = ( all ) statefreqpr = fixed ( empirical ); mcmcp ngen = 10000000 temp = 0.005 nruns = 2 printfreq = 1000 samplefreq = 1000 nchains = 4 file = Pseud.out; END; BEGIN TREES; Title nuDNA; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Emys_marmorata_HBS39734, 2 Terrapene_carolina_HBS27240, 3 Chrysemys_picta_RCT428, 4 Graptemys_barbouri_HBS117648, 5 Pseudemys_alabamensis_HBS123554, 6 Pseudemys_alabamensis_HBS123557, 7 Pseudemys_alabamensis_HBS117814, 8 Pseudemys_alabamensis_HBS117816, 9 Pseudemys_alabamensis_HBS123559, 10 Pseudemys_alabamensis_HBS123564, 11 Pseudemys_concinna_HBS117674, 12 Pseudemys_concinna_HBS123555, 13 Pseudemys_suwanniensis_FTA846, 14 Pseudemys_suwanniensis_FTABCN, 15 Pseudemys_suwanniensis_HBS108591, 16 Pseudemys_concinna_HBS108592, 17 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117550, 18 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117571, 19 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117631, 20 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117651, 21 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117675, 22 Pseudemys_concinna_HBS117683, 23 Pseudemys_concinna_concinna_TNHC63180, 24 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117712, 25 Pseudemys_concinna_concinna_HBS117726, 26 Pseudemys_concinna_HBS117819, 27 Pseudemys_concinna_concinna_UTACJF4256, 28 Pseudemys_concinna_concinna_SNOMNH43531, 29 Pseudemys_concinna_concinna_TCWC7705, 30 Pseudemys_concinna_concinna_TCWC7643, 31 Pseudemys_concinna_NCSMJCB04533, 32 Pseudemys_concinna_concinna_HBS118605, 33 Pseudemys_concinna_NCSM77349, 34 Pseudemys_concinna_concinna_HBS23325, 35 Pseudemys_concinna_concinna_LSUMZ58504, 36 Pseudemys_concinna_concinna_LSUMZ81453, 37 Pseudemys_concinna_concinna_LSUMZh2943, 38 Pseudemys_concinna_HBS123558, 39 Pseudemys_concinna_HBS123561, 40 Pseudemys_concinna_HBS123562, 41 Pseudemys_concinna_concinna_RCT12, 42 Pseudemys_concinna_concinna_RCT19, 43 Pseudemys_concinna_concinna_RCT275, 44 Pseudemys_concinna_concinna_RCT303, 45 Pseudemys_concinna_concinna_RCT486, 46 Pseudemys_concinna_concinna_RCT487, 47 Pseudemys_concinna_RCT493, 48 Pseudemys_concinna_concinna_RCT497, 49 Pseudemys_concinna_RCT503, 50 Pseudemys_concinna_concinna_RCT508, 51 Pseudemys_concinna_floridana_HBS123556, 52 Pseudemys_peninsularis_FTA821, 53 Pseudemys_concinna_floridana_HBS108593, 54 Pseudemys_concinna_HBS117727, 55 Pseudemys_concinna_floridana_HBS117817, 56 Pseudemys_concinna_floridana_HBS117818, 57 Pseudemys_concinna_floridana_HBS117820, 58 Pseudemys_concinna_floridana_HBS118298, 59 Pseudemys_concinna_floridana_FLMNHUF159336, 60 Pseudemys_concinna_floridana_LSUMZ83549, 61 Pseudemys_concinna_floridana_LSUMZ83551, 62 Pseudemys_concinna_floridana_HBS123560, 63 Pseudemys_concinna_floridana_HBS123563, 64 Pseudemys_gorzugi_MF10134, 65 Pseudemys_gorzugi_MF19661, 66 Pseudemys_gorzugi_HBS123553, 67 Pseudemys_nelsoni_FTA832, 68 Pseudemys_nelsoni_HBS108599, 69 Pseudemys_nelsoni_FLMNH152531, 70 Pseudemys_nelsoni_MVZ164993, 71 Pseudemys_peninsularis_HBS108600, 72 Pseudemys_peninsularis_HBS108722, 73 Pseudemys_peninsularis_HBS108723, 74 Pseudemys_peninsularis_FLMNH151505, 75 Pseudemys_peninsularis_CRI13953, 76 Pseudemys_rubriventris_MCZ188654, 77 Pseudemys_rubriventris_MCZ188655, 78 Pseudemys_rubriventris_USNM544373, 79 Pseudemys_rubriventris_USNM561163, 80 Pseudemys_suwanniensis_HBS108587, 81 Pseudemys_suwanniensis_HBS117836, 82 Pseudemys_suwanniensis_HBS117845, 83 Pseudemys_suwanniensis_HBS117847, 84 Pseudemys_texana_RCT2, 85 Pseudemys_texana_RCT430, 86 Pseudemys_texana_RCT66; 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