#NEXUS [written Mon Mar 04 11:52:44 EST 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at d-i191-19-46.student.eduroam.uq.edu.au/10.191.19.46] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=179; TAXLABELS Suberites_domuncula_tyr Saccoglossus_kowalevskii_tyrd Saccoglossus_kowalevskii_tyrc Saccoglossus_kowalevskii_tyrb Saccoglossus_kowalevskii_tyra Branchiostoma_floridae_tyrh Branchiostoma_floridae_tyre Branchiostoma_floridae_tyrf Branchiostoma_floridae_tyrg Branchiostoma_floridae_tyrd Branchiostoma_floridae_tyrc Branchiostoma_floridae_tyra Branchiostoma_floridae_tyrb Branchiostoma_floridae_tyri Branchiostoma_floridae_tyrl Branchiostoma_floridae_tyrk Branchiostoma_floridae_tyrj Branchiostoma_floridae_tyrm Capitella_teleta_tyr1 Mus_musculus_Tyr Homo_sapiens_TYR Branchiostoma_floridae_tyrA1 Branchiostoma_floridae_tyrC1 Branchiostoma_floridae_tyrB1 Ciona_intestinalis_tyr Mus_musculus_Tyrp1 Homo_sapiens_TYRP1 'Ciona intestinalis tyr1/2b' 'Ciona intestinalis tyr1/2a' 'Branchiostoma floridae tyr1/2b' 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MRPDTQTFPDEESFVVQWYFREDLHWHDRRGELFYYMHQQVIARYNAELARVPFNLRGYFPYGDLHNNGHTFIFGVMGSTAMRDPVFYKWHSYFQEHKSGNPTISLN Anopheles_gambiae_tyr1 MRKDTHVFPDEEATVVPWYFREDIHWHDRRGELFYYMHQQLVARYNFELQRVRLNLRGYFPYGDMHNMGHVFIFGVMGATAMRDPVFYRWHSYFQEHKNGNPTIMIE Drosophila_melanogaster_tyr1 MRPDTKTFPDEESFVVEWYFREDLHWHDRRGELFYYMHQQIIARYNAEMARVPFNLDGYFPYGDFHNMGHILIAGVMGSTAMRDPIFYKWHAFFQEHKRGHETIKVE Bombyx_mori_tyr1 MRPDTKSFPDEVSSVVPAYFREDIHWHDRRGELFYYMHQQIIARYNVELSRVRYNFRGYFPYGDLHNMGHVFIFGVMGATAMRDPVFYRWHAYFHLYKYGSEVIEVN Bombyx_mori_tyr2 MRRDTRVFPSETAAVIPAYWREDIHYHDRRGELFFYMHQQVIARFNCELKRVKFSWRAYFPYGSIHNNGHSFTFGVIAATTMRDPFFYRWHAYFQKHKEGPHRINVN Drosophila_melanogaster_tyr3 MRPDTRIFPSQEASVIGAYFREDIHWHDRRGELFYYMHHQILARYNVELKKVPLNLRGYFPYGNLHNEGHNIIFGVMGTTAMRDPIFYRWHGFFNKFKTRNPTFNVT Anopheles_gambiae_tyr8 MRPDTKLFPDEEGSIVLAFFREDIHWHDRRGELFYYMHQQLLARYQIDLGRIPLALRAYYPYGDVHNMGHVLLSGVMGATAMRDPIFYRWHKFFLRNKAGSPRLRIN Anopheles_gambiae_tyr7 MRSDTSLFPDEEGRAVLAYFREDIHWHDRRGELFYYMHQQMIARYQVELGRVPLDLRPYYPYGDTHNSGHVLLFGVMGTTAMRDPVFYRWHTFFQRHKQGSARLQV- Anopheles_gambiae_tyr5 MRDDTRLFPDEESNLLDAYWREDIHWHDRRGELFYHMHQQTIARYNIELARTSFSLRAYFPYGDYHQNGHVMLVGVMGTTTMRDPLFYRWHQHFVRHKQGNPRIQAT Anopheles_gambiae_tyr4 MRTDTRLFPDEEGTLVDAYWREDIHWHDRRGELFYYMHQQTMARYNIEMPRVAFRFRAYFPYGDLHNNGHNILFGVVGTTAMRDPVFYRWHQHFVRHKQGNPRIRVN Anopheles_gambiae_tyr6 MRPDTKLFPDEEGAVVNAYFREDIHWHDRRGELFYYMHQQLIARYNVDLSRVPLTLRGYFPYGNYHGHMHNLIYGVVGQTAMRDPAFYRLHAQFHRYKRGNPRFAVN Anopheles_gambiae_tyr3 MRPDTKLFPDEEGAIVQAYFREDIHWHDRRGELFYYMHQQLIARYNVELARVPLTLRGYFPYGNYHGNLHNIIYGVVGQTAMRDPSFYRLHAQFHRYKRGNPRLTVN Anopheles_gambiae_tyr2 MREDTKLFPDEEGAAVQAYFREDIHWHDRRGELFFYMHSQLIARYNADLKKVNLTYRGYYPYGSLHNMGHNVIYGVMGTTAMRDPIFYRWHGMFRRHKEGNPRVEVN Anopheles_gambiae_tyr9 MRKDTGMFPTEEGFVVQAYFREDIHWHDRRGELFYYMHRQTVARYNVELPAVPLKLRAYFPYGNYHSLGHVLIHGVMGTTAMRDPTFYRFHGHFDMHKQGNPQIMVQ Daphnia_pulex_tyr MRQDSRIFPGEAQTTVQSYFREDLHWHDRRGELFYYMHQQILARYDAELARVSYHWDAYFPYGDLHNFGHIAMMGVMGVTAMRDPIFYRWHKFFQQFKATPDRIQVT Epiperipatus_sp_Hc MSPHTTTMPYGIIESTKSYFREDIHWHNRKGELFYYMHEQMLARYDAEMRRVSLHYDGYYPYGDLHNTGHVMLDGVMGQTALRDPLFYRWHKHLQNHKRQSENIKVN Euphrynichus_bacillifer_HcB MRDDCKIFPDKEATLKPAYYREDIHWHDRKGELFFYMHQQMCARYDCEMNRMPFHFEGYAPYGSLHNWGHVMMPGVMSSTALRDPIFYRWHRFFQDYKAHKPSITVN Mastigoproctus_giganteus_HcB MRDDCKIFPDKEVYRNPAYYREDIHWHDRKGELFYYMHQQMCARYDCEMNRMPFHFEGYAPYGSLHNWGHVMMPGVMSSTSLRDPIFYRWHRFFKDYKSHSPSIDVQ Euphrynichus_bacillifer_HcA MRDDCRVFPDKADLKRTAYFREDIHWHDRKGELFYYMHQQMCARYDCELRRMPFHFHGYAPYGSLHNWGHVILPGVMSSTALRDPIFYRYHRFFQEYKIGSPSIGVE Mastigoproctus_giganteus_HcA MRSDCDIFPDKADINRTAYFREDIHWHDRKGELFYYMHQQMCARYDCDLRRLPFHFHGYNPYGSLHNWGHVIIPGVMSSTSLRDPIFYRYHRFFQELKAGSPNISVE Limulus_polyphemus_HcA MRDDCKIFPDKDDHHRKAYFREDIHWHDRKGELFYYMHQQMCARYDCDLQRMPFQFEGYSAYGSLHNWGHVMLPGVMSSTSLRDPIFYRYHRFFQEYKAGSAEIQVE Limulus_polyphemus_HcB MRPDCKIFPDKEFWQNPAYYREDIHWHDRKGELFYYMHQQMCARYDCEMPRMPFHFHGYSSYGSIHNWGHVISPGVMSATSLRDPIFYRWHRFFQDYKEGADKIQVE Aspergillus_nidulans_tyr2 MSKDAQFFSTCTADTLHSYWRDDYHYYDRHGEVFLYVHSQMVARYETELPLVPWNYDGYAPYGNLHNYGLGKFYGLTIFGAPRDPCFWRWYKHLQYYGRGPPNVQVK Aspergillus_nidulans_tyr1 MSKDAQFFSTCTADTLHSYWRDDYHYYDRHGEVFLYVHSQMVARYETELPLVPWNYDGYAPYGNLHNYGLGKFYGLTIFGAPRDPCFWRWYKHLQYYGRGPPNVQVK Amphimedon_queenslandica_tyr MSKEAQEFAMEVTPTIPSYWREDYHYHDRQGELFLYMHSQMLARYNAEDIGLDPWYDSYTPYGTLHNLGHDKFWGVMGSVAVRDPVFWIWHRHRQSIVKDTPVVKVE Saccoglossus_kowaleksii_Hc MHSLARKVPEMSTHAMVDYWRHDAHRHDRQGELFVYMHRQMLARYNAELEPVPWEFTGSDAYGSLHNSGHGVFSTYMAAHAVRDHIFFRWHKFVEEYHQDLAHLRIR Ciona_intestinalis_tyr1 MSKRAKQYPVISNAAMTNYWRNDAHRHFRQGELFGYMHAQMLARYNAELPVVAWQYNGYNTLGSIHNNGHGVISSYMSVTAMRDPIFYRWHKRWQEWSSGPPHIRFQ Ciona_intestinalis_tyr4 MSKLCKKHNVTQSAAMTNYWRCDAHNHTRQGELFGYMHAQMLARFNADLEPVAYEDEGFDAFGGFHNMGHMAFTTYMGLCAVRDPIFFRWHQHYQMWNDREPHIRLK Ciona_intestinalis_tyr3 MSKLCKKHNVTQSAAMTNYWRCDAHNHTRQGELFGYMHAQMLARFNADLEPVAYEDEGFDAFGGFHNMGHMAFTTYMGLCAVRDPIFFRWHQHYQMWNDREPHIRLK Ciona_intestinalis_tyr2 MSKLCKKHNVTQSAAMTNYWRCDAHNHTRQGELFGYMHAQMLARFNADLEPVAYEDEGFDAFGSFHNMGHMAFTTYMGLCAVRDPIFFRWHQHYQMWNDREPHIRLK ; END; BEGIN TREES; Title Type_3_copper_proteins_Maximum_Likelihood_tree; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Suberites_domuncula_tyr, 2 Saccoglossus_kowalevskii_tyrd, 3 Saccoglossus_kowalevskii_tyrc, 4 Saccoglossus_kowalevskii_tyrb, 5 Saccoglossus_kowalevskii_tyra, 6 Branchiostoma_floridae_tyrh, 7 Branchiostoma_floridae_tyre, 8 Branchiostoma_floridae_tyrf, 9 Branchiostoma_floridae_tyrg, 10 Branchiostoma_floridae_tyrd, 11 Branchiostoma_floridae_tyrc, 12 Branchiostoma_floridae_tyra, 13 Branchiostoma_floridae_tyrb, 14 Branchiostoma_floridae_tyri, 15 Branchiostoma_floridae_tyrl, 16 Branchiostoma_floridae_tyrk, 17 Branchiostoma_floridae_tyrj, 18 Branchiostoma_floridae_tyrm, 19 Capitella_teleta_tyr1, 20 Mus_musculus_Tyr, 21 Homo_sapiens_TYR, 22 Branchiostoma_floridae_tyrA1, 23 Branchiostoma_floridae_tyrC1, 24 Branchiostoma_floridae_tyrB1, 25 Ciona_intestinalis_tyr, 26 Mus_musculus_Tyrp1, 27 Homo_sapiens_TYRP1, 28 'Ciona intestinalis tyr1/2b', 29 'Ciona intestinalis tyr1/2a', 30 'Branchiostoma floridae tyr1/2b', 31 'Branchiostoma floridae tyr1/2a', 32 Mus_musculus_Tyrp2, 33 Homo_sapiens_TYRP2a, 34 Homo_sapiens_TYRP2b, 35 Clonorhis_sinensis_tyr1, 36 Schmidtea_mediterranea_tyr, 37 Capitella_teleta_tyr2, 38 Streptomyces_tsukubaensis_tyr, 39 Streptomyces_venezuelae_tyr, 40 Bacillus_megaterium_tyr2, 41 Bacillus_megaterium_tyr1, 42 Nitrosomonas_europeae_tyr, 43 Clonorchis_sinensis_tyr5, 44 Clonorchis_sinensis_tyr4, 45 Clonorchis_sinensis_tyr3, 46 Schistosoma_japonicum_tyr, 47 Schistosoma_mansoni_tyr4, 48 Schistosoma_mansoni_tyr1, 49 Schistosoma_mansoni_tyr3, 50 Schistosoma_mansoni_tyr2, 51 Clonorchis_sinensis_tyr2, 52 Dictyostelium_discoideum_tyr2, 53 Dictyostelium_discoideum_tyr1, 54 Candidatus_nitrosopumilus_tyr, 55 Neurospora_crassa_tyr3, 56 Neurospora_tetrasperma_tyr3, 57 Neurospora_crassa_tyr2, 58 Neurospora_tetrasperma_tyr2, 59 Neurospora_crassa_tyr1, 60 Neurospora_tetrasperma_tyr1, 61 Polysphondylium_pallidum_tyr1, 62 Nematostella_vectensis_tyr4, 63 Nematostella_vectensis_tyr3, 64 Nematostella_vectensis_tyr1, 65 Nematostella_vectensis_tyr2, 66 Hydra_magnipapillata_tyr, 67 Phragmatopoma_californica_tyr, 68 Brugia_malayi_TYR2, 69 Brugia_malayi_TYR4, 70 Caenorhabditis_briggsae_TYR2, 71 Caenorhabditis_remanei_TYR2, 72 Caenorhabditis_elegans_TYR2, 73 Caenorhabditis_briggsae_TYR5, 74 Caenorhabditis_briggsae_TYR1, 75 Caenorhabditis_elegans_TYR1, 76 Caenorhabditis_remanei_TYR1, 77 Brugia_malayi_TYR3, 78 Brugia_malayi_TYR1, 79 Caenorhabditis_briggsae_TYR3, 80 Caenorhabditis_elegans_TYR3, 81 Caenorhabditis_remanei_TYR3, 82 Caenorhabditis_briggsae_TYR4, 83 Caenorhabditis_remanei_TYR4, 84 Caenorhabditis_elegans_TYR4, 85 Pinctada_fucata_tyr2, 86 Pinctada_fucata_tyr3, 87 Pinctada_fucata_tyr4, 88 Pinctada_fucata_tyr1, 89 Lottia_gigantea_tyr2, 90 Caenorhabditis_briggsae_TYR6, 91 Caenorhabditis_elegans_TYR5, 92 Caenorhabditis_remanei_TYR5, 93 Lottia_gigantea_tyr1, 94 Illex_argentinus_tyr1, 95 Illex_argentinus_tyr2, 96 Sepia_officinalis_tyr, 97 Sepia_officinalis_Hc, 98 Megathura_crenulata_Hc, 99 Nucula_nucleus_Hc, 100 Aplysia_californica_Hc, 101 Ciona_intestinalis_HcF, 102 Ciona_intestinalis_HcE, 103 Ciona_intestinalis_HcG, 104 Ciona_intestinalis_HcH, 105 Ciona_intestinalis_HcI, 106 Ciona_intestinalis_HcD, 107 Ciona_intestinalis_HcC, 108 Ciona_intestinalis_HcB, 109 Ciona_intestinalis_HcA, 110 Aspergillus_aculeatus_tyr, 111 Agaricus_bisporus_tyr, 112 Ectocarpus_siliculosus_tyr12, 113 Ectocarpus_siliculosus_tyr13, 114 Ectocarpus_siliculosus_tyr16, 115 Ectocarpus_siliculosus_tyr18, 116 Ectocarpus_siliculosus_tyr17, 117 Ectocarpus_siliculosus_tyr14, 118 Ectocarpus_siliculosus_tyr15, 119 Ectocarpus_siliculosus_tyr7, 120 Ectocarpus_siliculosus_tyr11, 121 Ectocarpus_siliculosus_tyr10, 122 Ectocarpus_siliculosus_tyr8, 123 Ectocarpus_siliculosus_tyr9, 124 Ectocarpus_siliculosus_tyr4, 125 Ectocarpus_siliculosus_tyr3, 126 Ectocarpus_siliculosus_tyr2, 127 Ectocarpus_siliculosus_tyr1, 128 Ectocarpus_siliculosus_tyr6, 129 Ectocarpus_siliculosus_tyr5, 130 Dictyostelium_fasciculatum_tyr, 131 Polysphondylium_pallidum_tyr2, 132 Lottia_gigantea_Hc, 133 Vitis_vinifera_CO, 134 Oryza_sativa_CO, 135 Glycine_max_CO12, 136 Glycine_max_CO11, 137 Glycine_max_CO9, 138 Glycine_max_CO8, 139 Glycine_max_CO10, 140 Glycine_max_CO7, 141 Glycine_max_CO6, 142 Glycine_max_CO2, 143 Glycine_max_CO1, 144 Glycine_max_CO5, 145 Glycine_max_CO4, 146 Glycine_max_CO3, 147 Tribolium_castaneum_tyr2, 148 Tribolium_castaneum_tyr3, 149 Tribolium_castaneum_tyr1, 150 Drosophila_melanogaster_tyr2, 151 Anopheles_gambiae_tyr1, 152 Drosophila_melanogaster_tyr1, 153 Bombyx_mori_tyr1, 154 Bombyx_mori_tyr2, 155 Drosophila_melanogaster_tyr3, 156 Anopheles_gambiae_tyr8, 157 Anopheles_gambiae_tyr7, 158 Anopheles_gambiae_tyr5, 159 Anopheles_gambiae_tyr4, 160 Anopheles_gambiae_tyr6, 161 Anopheles_gambiae_tyr3, 162 Anopheles_gambiae_tyr2, 163 Anopheles_gambiae_tyr9, 164 Daphnia_pulex_tyr, 165 Epiperipatus_sp_Hc, 166 Euphrynichus_bacillifer_HcB, 167 Mastigoproctus_giganteus_HcB, 168 Euphrynichus_bacillifer_HcA, 169 Mastigoproctus_giganteus_HcA, 170 Limulus_polyphemus_HcA, 171 Limulus_polyphemus_HcB, 172 Aspergillus_nidulans_tyr2, 173 Aspergillus_nidulans_tyr1, 174 Amphimedon_queenslandica_tyr, 175 Saccoglossus_kowaleksii_Hc, 176 Ciona_intestinalis_tyr1, 177 Ciona_intestinalis_tyr4, 178 Ciona_intestinalis_tyr3, 179 Ciona_intestinalis_tyr2; TREE ML_tree = 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