#NEXUS [written Mon Mar 04 11:45:22 EST 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at d-i191-19-46.student.eduroam.uq.edu.au/10.191.19.46] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=98; TAXLABELS Vitis_vinifera_CO Oryza_sativa_CO Glycine_max_CO12 Glycine_max_CO11 Glycine_max_CO9 Glycine_max_CO8 Glycine_max_CO10 Glycine_max_CO7 Glycine_max_CO6 Glycine_max_CO2 Glycine_max_CO1 Glycine_max_CO5 Glycine_max_CO4 Glycine_max_CO3 Phragmatopoma_californica_tyr Brugia_malayi_TYR2 Brugia_malayi_TYR4 Caenorhabditis_briggsae_TYR2 Caenorhabditis_remanei_TYR2 Caenorhabditis_elegans_TYR2 Caenorhabditis_briggsae_TYR5 Caenorhabditis_briggsae_TYR1 Caenorhabditis_elegans_TYR1 Caenorhabditis_remanei_TYR1 Brugia_malayi_TYR3 Brugia_malayi_TYR1 Caenorhabditis_briggsae_TYR3 Caenorhabditis_elegans_TYR3 Caenorhabditis_remanei_TYR3 Caenorhabditis_briggsae_TYR4 Caenorhabditis_remanei_TYR4 Caenorhabditis_elgans_TYR4 Caenorhabditis_briggsae_TYR6 Caenorhabditis_elegans_TYR5 Pinctada_fucata_tyr2 Pinctada_fucata_tyr3 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Type_3_copper_alpha_subclasss_Maximum_Likelihood_tree; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Vitis_vinifera_CO, 2 Oryza_sativa_CO, 3 Glycine_max_CO12, 4 Glycine_max_CO11, 5 Glycine_max_CO9, 6 Glycine_max_CO8, 7 Glycine_max_CO10, 8 Glycine_max_CO7, 9 Glycine_max_CO6, 10 Glycine_max_CO2, 11 Glycine_max_CO1, 12 Glycine_max_CO5, 13 Glycine_max_CO4, 14 Glycine_max_CO3, 15 Phragmatopoma_californica_tyr, 16 Brugia_malayi_TYR2, 17 Brugia_malayi_TYR4, 18 Caenorhabditis_briggsae_TYR2, 19 Caenorhabditis_remanei_TYR2, 20 Caenorhabditis_elegans_TYR2, 21 Caenorhabditis_briggsae_TYR5, 22 Caenorhabditis_briggsae_TYR1, 23 Caenorhabditis_elegans_TYR1, 24 Caenorhabditis_remanei_TYR1, 25 Brugia_malayi_TYR3, 26 Brugia_malayi_TYR1, 27 Caenorhabditis_briggsae_TYR3, 28 Caenorhabditis_elegans_TYR3, 29 Caenorhabditis_remanei_TYR3, 30 Caenorhabditis_briggsae_TYR4, 31 Caenorhabditis_remanei_TYR4, 32 Caenorhabditis_elgans_TYR4, 33 Caenorhabditis_briggsae_TYR6, 34 Caenorhabditis_elegans_TYR5, 35 Pinctada_fucata_tyr2, 36 Pinctada_fucata_tyr3, 37 Pinctada_fucata_tyr4, 38 Pinctada_fucata_tyr1, 39 Lottia_gigantea_tyr2, 40 Caenorhabditis_remanei_TYR5, 41 Illex_argentinus_tyr1, 42 Illex_argentinus_tyr2, 43 Sepia_officinalis_tyr, 44 Lottia_gigantea_tyr1, 45 Neurospora_crassa_tyr3, 46 Neurospora_tetrasperma_tyr3, 47 Neurospora_crassa_tyr2, 48 Neurospora_tetrasperma_tyr2, 49 Neurospora_crassa_tyr1, 50 Neurospora_tetrasperma_tyr1, 51 Dictyostelium_discoideum_tyr2, 52 Dictyostelium_discoideum_tyr1, 53 Candidatus_nitrosopumilus_tyr, 54 Streptomyces_tsukubaensis_tyr, 55 Streptomyces_venezuelae_tyr, 56 Bacillus_megaterium_tyr2, 57 Bacillus_megaterium_tyr1, 58 Nitrosomonas_europeae_tyr, 59 Polysphondylium_pallidum_tyr1, 60 Sepia_officinalis_Hc, 61 Megathura_crenulata_Hc, 62 Nucula_nucleus_Hc, 63 Aplysia_californica_Hc, 64 Ciona_intestinalis_HcF, 65 Ciona_intestinalis_HcE, 66 Ciona_intestinalis_HcG, 67 Ciona_intestinalis_HcH, 68 Ciona_intestinalis_HcI, 69 Ciona_intestinalis_HcD, 70 Ciona_intestinalis_HcC, 71 Ciona_intestinalis_HcB, 72 Ciona_intestinalis_HcA, 73 Agaricus_bisporus_tyr, 74 Nematostella_vectensis_tyr4, 75 Nematostella_vectensis_tyr3, 76 Nematostella_vectensis_tyr1, 77 Nematostella_vectensis_tyr2, 78 Hydra_magnipapillata_tyr, 79 Ectocarpus_siliculosus_tyr12, 80 Ectocarpus_siliculosus_tyr13, 81 Ectocarpus_siliculosus_tyr16, 82 Ectocarpus_siliculosus_tyr18, 83 Ectocarpus_siliculosus_tyr17, 84 Ectocarpus_siliculosus_tyr14, 85 Ectocarpus_siliculosus_tyr15, 86 Ectocarpus_siliculosus_tyr7, 87 Ectocarpus_siliculosus_tyr11, 88 Ectocarpus_siliculosus_tyr10, 89 Ectocarpus_siliculosus_tyr8, 90 Ectocarpus_siliculosus_tyr9, 91 Ectocarpus_siliculosus_tyr4, 92 Ectocarpus_siliculosus_tyr3, 93 Ectocarpus_siliculosus_tyr2, 94 Ectocarpus_siliculosus_tyr1, 95 Ectocarpus_siliculosus_tyr6, 96 Ectocarpus_siliculosus_tyr5, 97 Aspergillus_aculeatus_tyr, 98 Lottia_gigantea_Hc; TREE ML_tree = ((((56:0.01015,57:1.0E-6):0.389372,(58:0.732847,59:0.637634):0.138331):0.21393,((54:0.425232,55:0.138918):0.361557,(53:0.690588,(51:0.018798,52:2.0E-5):0.662368):0.125688):0.107601):0.0356215,(((98:0.879534,((60:0.225664,(62:0.241096,(61:0.31007,63:0.167427):0.071404):0.047111):0.577993,((72:0.115702,(71:0.111369,(69:0.028037,70:0.121713):0.114857):0.09507):0.197257,((64:0.104995,65:0.034155):0.083435,(66:0.212251,(67:0.053341,68:0.118667):0.107292):0.062482):0.251607):0.535834):0.330119):0.251334,((97:0.610168,((73:0.61919,(49:0.0,50:0.010273):0.708977):0.132297,((45:1.0E-6,46:0.009816):0.505363,(47:0.0,48:0.019959):0.526718):0.138656):0.160111):0.270621,((10:0.009818,11:1.0E-6):0.035166,((1:0.232459,((13:0.036897,14:0.051071):0.25082,(12:0.225527,(8:0.011152,9:0.023007):0.255183):0.105622):0.033712):0.024832,(2:0.21329,(6:0.128079,(5:0.048807,(7:0.1585,(3:0.051374,4:1.0E-6):0.020743):0.063259):0.081898):0.066818):0.053752):0.206834):1.53489):0.39384):0.584513,((((91:0.295128,(95:0.258094,96:0.28478):0.368108):0.057972,(94:0.2235,(92:0.108262,93:0.067256):0.171537):0.085349):0.578695,((86:0.305503,(89:0.187652,(90:0.052064,(87:0.026066,88:0.178651):0.072162):0.044579):0.209566):0.461972,((79:0.168102,80:2.0E-6):0.368002,(84:0.090051,(85:0.253141,(81:0.064871,(82:0.1409,83:0.090809):0.033798):0.088663):0.170417):0.403924):0.306472):0.12426):1.172959,((76:0.839335,((74:0.408163,75:0.396192):0.221518,(77:0.965652,78:0.792227):0.267615):0.09288):1.05773,(15:0.616946,(((44:0.338002,(43:0.07146,(41:0.0,42:0.0):0.045203):0.670794):0.239494,(39:0.831728,(38:0.621465,(37:0.179296,(35:3.0E-6,36:0.019557):0.227917):0.416124):0.186431):0.196291):0.271676,(40:0.843909,(26:0.183181,(((28:0.020471,(27:1.0E-6,29:0.049165):0.008194):0.203849,((33:5.0E-6,34:0.041012):1.059664,(30:2.0E-6,(31:0.009056,32:0.019115):0.047444):1.4E-5):0.117987):0.156789,(16:0.365072,(25:0.299453,((17:0.24142,(20:1.0E-6,(18:0.032436,19:0.008753):0.021013):0.096872):0.111573,(23:0.0,(24:0.010282,(21:0.0,22:0.0):0.02765):0.018551):0.170794):0.136182):0.041514):0.066206):0.023381):0.249037):0.170198):0.045118):0.112421):0.057387):0.086032):0.0356215); 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