#NEXUS [written Thu Mar 14 08:38:28 CET 2013 by Mesquite version 2.74 (build 550) at Thomas-PC/10.102.170.117] BEGIN TAXA; TITLE Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_Mitochondrial_COI_and_Cytb_data_set; DIMENSIONS NTAX=151; TAXLABELS Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01 Bombus_ignitus__Igni01 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL23 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; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_COI_data_set; DIMENSIONS NTAX=154; TAXLABELS Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01 Bombus_hypocrita__Hypo01 Bombus_ignitus__Igni01 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL23 Bombus_lucorum_lucorum_LucL24 Bombus_lucorum_renardi_LucR01 Bombus_lucorum_renardi_LucR02 Bombus_lucorum_renardi_LucR03 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Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment; DIMENSIONS NTAX=154; TAXLABELS Bombus_affinis__Affi01 Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01 Bombus_hypocrita__Hypo01 Bombus_ignitus__Igni01 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL23 Bombus_lucorum_lucorum_LucL24 Bombus_lucorum_renardi_LucR01 Bombus_lucorum_renardi_LucR02 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Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01 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Bombus_lucorum_renardi_LucR05 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Bombus_terrestris_dalmatinus_TerD05 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Bombus_terrestris_sassaricus_TerS05 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Bombus_terrestris_terrestris_TerT07 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Bombus_terrestris_xanthopus_TerX07 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Bombus_terrestris_xanthopus_TerX17 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Majority_rule_50%_consensus_tree_based_on_Bayesian_analyses_of_Insular_Corsican_Bumblebees_Mitochondrial_COI_and_Cytb_Alignment; LINK Taxa = Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_Mitochondrial_COI_and_Cytb_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01, 2 Bombus_ignitus__Igni01, 3 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01, 4 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02, 5 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03, 6 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04, 7 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05, 8 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06, 9 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07, 10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08, 11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09, 12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10, 13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11, 14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12, 15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13, 16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14, 17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15, 18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16, 19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17, 20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18, 21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19, 22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL20, 23 Bombus_lucorum_lucorum_LucL21, 24 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UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Mitochondrial_COI_and_Cytb_alignment) = unord: 1 - 1308; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_COI__alignment) = unord: 1 - 849; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Cytb_alignment) = unord: 1 - 459; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment) = unord: 1 - 1727; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_EF1A_alignment) = unord: 1 - 773; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix) = unord: 1 - 954; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Mitochondrial_COI_and_Cytb_alignment) = universal: 1 - 1308; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_COI__alignment) = universal: 1 - 849; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Cytb_alignment) = universal: 1 - 459; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment) = universal: 1 - 1727; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_EF1A_alignment) = universal: 1 - 773; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix) = universal: 1 - 954; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Mitochondrial_COI_and_Cytb_alignment) = 'Jukes-Cantor': 1 - 1308; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_COI__alignment) = 'Jukes-Cantor': 1 - 849; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Cytb_alignment) = 'Jukes-Cantor': 1 - 459; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment) = 'Jukes-Cantor': 1 - 1727; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Insular_Corsican_Bumblebees_EF1A_alignment) = 'Jukes-Cantor': 1 - 773; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix) = 'Jukes-Cantor': 1 - 954; END; BEGIN TREES; Title Majority_rule_50%_consensus_tree_based_on_Bayesian_analyses_of_Insular_Corsican_Bumblebees_COI_Alignment; LINK Taxa = Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_COI_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01, 2 Bombus_hypocrita__Hypo01, 3 Bombus_ignitus__Igni01, 4 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01, 5 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02, 6 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03, 7 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04, 8 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05, 9 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06, 10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07, 11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08, 12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09, 13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10, 14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11, 15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12, 16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13, 17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14, 18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15, 19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16, 20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17, 21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18, 22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19, 23 Bombus_lucorum_lucorum_LucL20, 24 Bombus_lucorum_lucorum_LucL21, 25 Bombus_lucorum_lucorum_LucL22, 26 Bombus_lucorum_lucorum_LucL23, 27 Bombus_lucorum_lucorum_LucL24, 28 Bombus_lucorum_renardi_LucR01, 29 Bombus_lucorum_renardi_LucR02, 30 Bombus_lucorum_renardi_LucR03, 31 Bombus_lucorum_renardi_LucR04, 32 Bombus_lucorum_renardi_LucR05, 33 Bombus_lucorum_renardi_LucR06, 34 Bombus_lucorum_renardi_LucR07, 35 Bombus_lucorum_renardi_LucR08, 36 Bombus_lucorum_renardi_LucR09, 37 Bombus_lucorum_renardi_LucR10, 38 Bombus_lucorum_renardi_LucR11, 39 Bombus_lucorum_renardi_LucR12, 40 Bombus_lucorum_renardi_LucR13, 41 Bombus_lucorum_renardi_LucR14, 42 Bombus_lucorum_renardi_LucR15, 43 Bombus_lucorum_renardi_LucR16, 44 Bombus_lucorum_renardi_LucR17, 45 Bombus_lucorum_renardi_LucR18, 46 Bombus_mendax__Mend01, 47 Bombus_mendax__Mend02, 48 Bombus_perezi__Pere01, 49 Bombus_perezi__Pere02, 50 Bombus_perezi__Pere03, 51 Bombus_perezi__Pere04, 52 Bombus_perezi__Pere05, 53 Bombus_perezi__Pere06, 54 Bombus_perezi__Pere07, 55 Bombus_perezi__Pere08, 56 Bombus_perezi__Pere09, 57 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END; BEGIN TREES; Title Majority_rule_50%_consensus_tree_based_on_Maximum_Parsimony_analyses_of_Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment; LINK Taxa = Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment; TRANSLATE 1 Bombus_affinis__Affi01, 2 Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01, 3 Bombus_hypocrita__Hypo01, 4 Bombus_ignitus__Igni01, 5 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01, 6 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02, 7 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03, 8 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04, 9 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05, 10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06, 11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07, 12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08, 13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09, 14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10, 15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11, 16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12, 17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13, 18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14, 19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15, 20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16, 21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17, 22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18, 23 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((47:1.0E-8,48:1.0E-8):0.025405765,((50:1.0E-8,51:1.0E-8,53:1.0E-8,55:1.0E-8,56:1.0E-8,57:1.0E-8,(49:1.0E-8,58:1.0E-8,59:1.0E-8,60:1.0E-8,61:1.0E-8,62:1.0E-8,64:1.0E-8,65:1.0E-8,66:1.0E-8,(63:1.0E-8,67:1.0E-8):6.2728E-4):6.2583E-4,(2:0.00507669,52:1.0E-8,54:1.0E-8,128:1.0E-8,138:1.0E-8,142:1.0E-8,(133:1.0E-8,147:1.0E-8,152:1.0E-8,(126:1.0E-8,131:1.0E-8,132:1.0E-8,135:1.0E-8,136:1.0E-8,139:1.0E-8,140:1.0E-8,143:1.0E-8,144:1.0E-8,145:1.0E-8,148:1.0E-8,151:1.0E-8,153:1.0E-8,154:1.0E-8,(127:1.0E-8,129:1.0E-8,130:1.0E-8,134:1.0E-8,137:1.0E-8,141:1.0E-8,146:1.0E-8,149:1.0E-8,150:1.0E-8):6.2543E-4):6.2367E-4):6.2513E-4):6.2726E-4):0.04794612,((4:0.00523003,68:0.00938147):7.1745E-4,(3:0.00227224,(1:6.7003E-4,(8:1.0E-8,11:1.0E-8,29:1.0E-8,31:1.0E-8,34:1.0E-8,38:1.0E-8,41:1.0E-8,42:1.0E-8,(35:1.0E-8,37:1.0E-8,43:1.0E-8):6.6541E-4,(30:1.0E-8,32:1.0E-8,39:1.0E-8,(44:1.0E-8,(46:1.0E-8,(5:1.0E-8,6:1.0E-8,7:1.0E-8,9:1.0E-8,10:1.0E-8,12:1.0E-8,13:1.0E-8,14:1.0E-8,15:1.0E-8,16:1.0E-8,17:1.0E-8,18:1.0E-8,19:1.0E-8,20:1.0E-8,21:1.0E-8,22:1.0E-8,23:1.0E-8,24:1.0E-8,25:1.0E-8,26:1.0E-8,27:1.0E-8,28:1.0E-8,33:1.0E-8,36:1.0E-8,40:1.0E-8,45:1.0E-8):6.643E-4):6.6345E-4,(98:6.7349E-4,99:1.0E-8,103:1.0E-8,(111:1.0E-8,116:1.0E-8,120:1.0E-8,124:1.0E-8):6.7576E-4,(101:1.0E-8,102:1.0E-8,105:1.0E-8,106:1.0E-8,(69:1.0E-8,70:1.0E-8,73:1.0E-8,75:1.0E-8,76:1.0E-8,80:1.0E-8,81:1.0E-8,82:1.0E-8,83:1.0E-8,84:1.0E-8,85:1.0E-8,86:1.0E-8,87:1.0E-8,88:1.0E-8,89:1.0E-8,90:1.0E-8,91:1.0E-8,92:1.0E-8,93:1.0E-8,94:1.0E-8,95:1.0E-8,96:1.0E-8,97:1.0E-8,100:1.0E-8,104:1.0E-8,107:1.0E-8,108:1.0E-8,110:1.0E-8,112:1.0E-8,113:1.0E-8,115:1.0E-8,117:1.0E-8,119:1.0E-8,121:1.0E-8,123:1.0E-8,125:1.0E-8,(109:1.0E-8,114:1.0E-8,118:1.0E-8,122:1.0E-8):6.725E-4,(71:1.0E-8,72:1.0E-8,74:1.0E-8,77:1.0E-8,78:1.0E-8,79:1.0E-8):6.7394E-4):6.7434E-4):6.7679E-4):0.00477043):6.6536E-4):6.6658E-4):6.7244E-4):3.921E-4):5.6701E-4):0.0285324):0.025405765); END; BEGIN TREES; Title Majority_rule_50%_consensus_tree_based_on_Bayesian_analyses_of_Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment; LINK Taxa = Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_Nuclear_EF1A_and_PEPCK_alignment; TRANSLATE 1 Bombus_affinis__Affi01, 2 Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01, 3 Bombus_hypocrita__Hypo01, 4 Bombus_ignitus__Igni01, 5 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01, 6 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02, 7 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03, 8 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04, 9 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05, 10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06, 11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07, 12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08, 13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09, 14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10, 15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11, 16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12, 17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13, 18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14, 19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15, 20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16, 21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17, 22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18, 23 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19, 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Bombus_lucorum_renardi_LucR10, 39 Bombus_lucorum_renardi_LucR11, 40 Bombus_lucorum_renardi_LucR12, 41 Bombus_lucorum_renardi_LucR13, 42 Bombus_lucorum_renardi_LucR14, 43 Bombus_lucorum_renardi_LucR15, 44 Bombus_lucorum_renardi_LucR16, 45 Bombus_lucorum_renardi_LucR17, 46 Bombus_lucorum_renardi_LucR18, 47 Bombus_mendax__Mend01, 48 Bombus_mendax__Mend02, 49 Bombus_perezi__Pere01, 50 Bombus_perezi__Pere02, 51 Bombus_perezi__Pere03, 52 Bombus_perezi__Pere04, 53 Bombus_perezi__Pere05, 54 Bombus_perezi__Pere06, 55 Bombus_perezi__Pere07, 56 Bombus_perezi__Pere08, 57 Bombus_perezi__Pere09, 58 Bombus_perezi__Pere10, 59 Bombus_perezi__Pere11, 60 Bombus_perezi__Pere12, 61 Bombus_perezi__Pere13, 62 Bombus_perezi__Pere14, 63 Bombus_perezi__Pere15, 64 Bombus_perezi__Pere16, 65 Bombus_perezi__Pere17, 66 Bombus_perezi__Pere18, 67 Bombus_perezi__Pere19, 68 Bombus_shaposhnikovi__Shap01, 69 Bombus_shaposhnikovi__Shap02, 70 Bombus_sporadicus__Spor01, 71 Bombus_terrestris_dalmatinus_TerD01, 72 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END; BEGIN TREES; Title Majority_rule_50%_consensus_tree_based_on_Maximum_Parsimony_analyses_of_Insular_Corsican_Bumblebees_PEPCK_alignment; LINK Taxa = Taxa_from_Insular_Corsican_Bumblebees_PEPCK_alignment; TRANSLATE 1 Bombus_affinis__Affi01, 2 Bombus_bohemicus_bohemicus_Bohe01, 3 Bombus_hypocrita__Hypo01, 4 Bombus_ignitus__Igni01, 5 Bombus_lucorum_lucorum_LucL01, 6 Bombus_lucorum_lucorum_LucL02, 7 Bombus_lucorum_lucorum_LucL03, 8 Bombus_lucorum_lucorum_LucL04, 9 Bombus_lucorum_lucorum_LucL05, 10 Bombus_lucorum_lucorum_LucL06, 11 Bombus_lucorum_lucorum_LucL07, 12 Bombus_lucorum_lucorum_LucL08, 13 Bombus_lucorum_lucorum_LucL09, 14 Bombus_lucorum_lucorum_LucL10, 15 Bombus_lucorum_lucorum_LucL11, 16 Bombus_lucorum_lucorum_LucL12, 17 Bombus_lucorum_lucorum_LucL13, 18 Bombus_lucorum_lucorum_LucL14, 19 Bombus_lucorum_lucorum_LucL15, 20 Bombus_lucorum_lucorum_LucL16, 21 Bombus_lucorum_lucorum_LucL17, 22 Bombus_lucorum_lucorum_LucL18, 23 Bombus_lucorum_lucorum_LucL19, 24 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25 Bombus_lucorum_lucorum_LucL21, 26 Bombus_lucorum_lucorum_LucL22, 27 Bombus_lucorum_lucorum_LucL23, 28 Bombus_lucorum_lucorum_LucL24, 29 Bombus_lucorum_renardi_LucR01, 30 Bombus_lucorum_renardi_LucR02, 31 Bombus_lucorum_renardi_LucR03, 32 Bombus_lucorum_renardi_LucR04, 33 Bombus_lucorum_renardi_LucR05, 34 Bombus_lucorum_renardi_LucR06, 35 Bombus_lucorum_renardi_LucR07, 36 Bombus_lucorum_renardi_LucR08, 37 Bombus_lucorum_renardi_LucR09, 38 Bombus_lucorum_renardi_LucR10, 39 Bombus_lucorum_renardi_LucR11, 40 Bombus_lucorum_renardi_LucR12, 41 Bombus_lucorum_renardi_LucR13, 42 Bombus_lucorum_renardi_LucR14, 43 Bombus_lucorum_renardi_LucR15, 44 Bombus_lucorum_renardi_LucR16, 45 Bombus_lucorum_renardi_LucR17, 46 Bombus_lucorum_renardi_LucR18, 47 Bombus_mendax__Mend01, 48 Bombus_mendax__Mend02, 49 Bombus_perezi__Pere01, 50 Bombus_perezi__Pere02, 51 Bombus_perezi__Pere03, 52 Bombus_perezi__Pere04, 53 Bombus_perezi__Pere05, 54 Bombus_perezi__Pere06, 55 Bombus_perezi__Pere07, 56 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