NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:09:08]
[Matrix accession#: M2391]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2391;
	DIMENSIONS  NTAX=23;
	TAXLABELS
		Parougia_sp	Ophryotrocha_labronica	Onuphis_similis	Oenone_fulgida	Ninoe_nigripes	Marphysa_sanguinea	Marphysa_bellii	Lysidice_ninetta	Lumbrineris_latreilli	Lumbrineris_inflata	Lumbrineris_funchalensis	Hyalinoecia_tubicola	Eunice_pennata	Drilonereis_longa	Dorvillea_erucaeformis	Diopatra_aciculata	Arabella_semimaculata	Aponuphis_bilineata	Glycera_dibranchiata	Riftia_pachyptila	Paramphinome_jeffreysi	Protodorvillea_kefersteinii	Pettiboneia_urciensis
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2391;
	DIMENSIONS NCHAR=586;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Parougia_sp                       CGCCTGTTTATCAAAAACATTGTTTTTAGAGAATT---TATTAAAAATAC--ATCCTGCCCAGTGAACTC-----TTCAACGGCCGCGG-----TTAAACGTGCAAAGGTAGCATAATCAATCGTCCTTTAATTGTGGACTAGAATGAATGGATAAATAAAAATTAATCTATATAATTTTTAACA-ATAAAAATTTACCTTTAGATGAAAAGGTCTAAATAAAAATAAAAGACCAGAAGACCCTATAGAGCTTTTTCTTAAAACAATAAACAT--------------------------ATTGATAATAAGATTTGGTTGGGGCAACCAAGGAATA-----ACTA-------TCCTTAAATCACAACGATA-------TATAA--------ATTAAACCTATAA--------TAAATATATTTAAGCTACCTTAGGGATAACAGGCTAATCTTATTTTATAGTCCACATA-CACAATAAGGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTGAGATC-ACTTTAAAATGTAGACGTTTTAAATAGTAGGCTTGTTCAGCCTTAAAAATC-TCACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Ophryotrocha_labronica            ------------------------------------------------------TCTGCCCAGTGTTAAATCA--ATAAACGGCCG-----TTTAT-AC---GCTAAGGTAGCATAATCAGTTGTTCCTTAATTGGGGACTAGAATGAAGGGAACCATATGGATGGGCTTTTTTCATTTAATTT--CTATAAATTAAACTCCTTATGAAAATGTAAGGATTGGAGTTAAAGACCAAAAGACCCTAATGAGCTTAAATTTGGATGGGGCTTCC------------------------------TTTAACAAATTTTTATTGGGGGGGTGAGGGATAT-----ACA--------TCCTT---------AGTTAT----TTATTAAA---CCTTTTTAAACC------------------AAGGTGTAGTTACCATAGGGATAACAGGCCTAAATTTTTTAAGAGTTCACATT-AACAAAAAAATTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATA-AAACCTAGGTGTAGAAGTTTAGGTA-GAAGGCTT------------------------------------------
		Onuphis_similis                   ------------CAAAACATAGCCTATTGACAATC--TTATAATAGGTATATATCCTGCCCAGTGAATT------TTCAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCCTAATTAGAGGCTAGTATGAATGGAAAAACGAAAGCCTAACTGTCTCCTTTATAATA-ATAAAAATTAACCTTCAGGTGAAGAGGCCTGAATTTATTTAAAAGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTAATTCCATAAAATAAAAATCTTA-----------------ATTTTAAATCTTACAAGAATTTTGTTGGGGCGACAAGGGAACA----AATATAA---CTTCCCTATATAATAAAGATTAT----TTATCAA----CCCATAGACCCATTT-----CATGATCTTTAATTCTAGCTACCGCAGGGATAACAGTCTTATTTCCCCCAAGAGCCCACATC-TACGGGGAAGTTTAGCACCTCGATGTTGGCTTAGGAAT-TCTATTAAATGTAGCCGTTTAAATA-GAAGGTTTGTTCAACCTTTAAAATC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Oenone_fulgida                    -CCCTGTTTATCAAAAACATTGCCTTATGAAAAC--AAACTATAAGGTTC--ATCCTGCCCAGTGATTTACTT--TTAAACGGCCGCGG-TACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTCGCCTTCTAATTAAAGGCTTGTATGAATGGACAAACGAAAGCAAACCTGTCTCCATCAAACAAAATAAAAATTAACCTTCAGGTGCAGAGGCCTGAATTACTCTAAAGGACAAAAAGACCCTGTCGAGCTTTACCTACAAAATTTCCCATTACACACACC-----AGTGACATAAAAAAATCCAAATAGGTTAAGTTGGGGCGACTAAGGACCA---AAAAAAAC----GTCCTTTTAACAA--AGATCTA--TATATCTAA----CTAAATGATCCACT---CCAATGTGAATGCAAATCAAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATCCTCCTAGAGAGCCCAAATT-GACAGGAGGGATTGGCACCTCGATGTGGCCT------------------------------------------------------------------------------------
		Ninoe_nigripes                    -GCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTAGGGACTAAA---CATCCTAGGTAC--ATCCTGCCCAGTGAGACA-----TTAAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTCCTAATTAGAGGCTAGTATGAATGGACACACGAAAGTGCAGCTGTCTCCTTTACAAAT-CTATAAACTAAGCTTTAGGTGAAGACGCCTAAATTTAACTAAAGGACAAAAAGACCCTGTTGAGCTTTACCTACACTAAATTATAAAA----------------------------TTTATAAAGGTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAAGA----AATAAAG---CTTCCTTTTAAT----AGAGACCTAT-TAGTCAC----TTAAATGATCTATAA-----TAATAATCAAGAGAAGAGCTACCACAGGGATAACAGACTAATCCCCCTCAAGAGCTCAAATT-GACAGGGGGGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGGTT-TCCTCTAAGTGCAGCAGCCTAGAAG-GTAGGTTTGTTCAACCTTTAAAACC-TTACGTGATCTGA-----------
		Marphysa_sanguinea                CGCCTGTTTATCAAAAACATTGCCTGTAGCAATTT-TCTATTACAGGTAC--ACCCTGCCCAGTGTTATT-----ATCAACGGCCGCGG-TACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTTTTAATTGAAGGCTAGTATGAAAGGGCAAACGAGAATAAAGCTGTCTCATTTCTATCC-ATAAAAATTTATCTTCAGGTGAAGAAGCCTGAATTTCTATAAAAGACAAGAAGACCCCGTCGAGCTTTAGCTTAATATATACTCTTTAATCACCTAA-----CCCTATCCTCTTCCATATATAAGCTTTTGTTGGGGCGACAACGGAATA----TATTAAT----CTTCCGACTTACACCAGACCCT----ATGTCAT----CTAAAAGATCCTCTA------CTGATACTAAGAACTAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATCTTCCTCCAGAGCCCAAATC-TACAGGAAGGCTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGAAAATCCCCTAGATGAAGCAGTCTAGGAA-GTGGGTCTGTTCAACCCTTAATATC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Marphysa_bellii                   CGCCTGTTTATCAAAAACATCGCCTGTAGCCCCTCCTCTATTACAGGTAT--ACCCTGCCCAGTGTAACTGT---ATCAACGGCCGCGG-TACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTTTTAATTGGAGGCTGGTATGAAAGGGAAAACGAGAATAGCCCTGTCTCCGACACGTAC-ATAAAAACTTATCTTCAGGTGAAGAAGCCTGAATCAATATAAAAGACAAGAAGACCCCGTCGAGCTTTAGTCTGATCTTAGGGTCACAGTTAATTCCA-----ATATACTTCCCCCTATAAGCGACTTTTGTTGGGGCGACAACGGACTA-----ATTTAT---CATCCGACAAACCGT-AGATCCT----TAATCAT----ACAAAAGATCCTCTA------CAGACCACAAGAACAAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATCTCCCCCCGGAGCCCAAATC-TACGGGGAGGCTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGATCTCTCTTAAATGAAGCAGTTTAAGAA-GTGGGTTTGTTCAACCCTTAATACC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Lysidice_ninetta                  CGCCTGTTTATCAAAAACATCGCCTGTGGCCCCT----CATCATAGGTCC--ATCCTGCCCAGTGACATCC----TTAAACGGCCGCGG-TACCCTGACCGTGCTAAGGTAGCGTAATCATTTGCCCCTTAATTAGTGGCCTGTATGAACGGACAAACGAGAGAATAGCTGTCTCCCTATTATAA-ATGAAATCTTATCTTCAGGTGAAGAAGCCTGAATCTGTATAAAAGACAAGAAGACCTCGTCGAGCTTTAACAATATTTAATCACCAACTACTCCCCTC----AGAACGCGTAACCCCTATAAAAGTTTTTGTTGGGGCAACACTGGATAA----AGTAAC-----CTCCATAAAACTAA-AGACCCC----GCGTCAC----CCTGTAGACCCCCCC-----ACAGATCTTAGGCACCAGCTACCGCAGGGATAACAGGCTAATTCTCTACAAGAGCCCAAATC-GACTAGAGAGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATT-CCCCCCAGACGCAGCAGTCTACACG-GTAGGTTTGTTCAACCTTTAAAATC-TTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Lumbrineris_latreilli             -GCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTATTGACCAA--ACCATAATAGGTGA--CTCCTGCCCGGTGAATT------TTAAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCCCTTAATTAGGGGCTGGTATGAATGGATTTACGAAAGTATAGCTGTCTCCTACTAAAAT-ATAAAAACTAAACTTCAAGTGAAGATGCCTGAATTCTTCTAAAGGACAAAAAGACCCTGTTGAGCTTCACCTCCAATAAATACTATGATTTA----------------------------CTAAGGTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAAGA----AATAAAG---CTTCCTCAATAAAT--AGACCAA---TGAGTCCT----ACAACTGATCCGCT-----AAAGCAATCTAAAGAAAAGCTACCACAGGGATAACAGACCAATTCTTCTTAAGAGCTCAAATT-GACAGAAGAGCTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGGTT-TCCTCTATGTGCAGCAGCCTAGAAG-GTAGGTTTGTTCAACCTTTAAAACC-TTACGTGATCTGAGTTCAGACC--
		Lumbrineris_inflata               -GCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTATTGATCCA---CCATAATAGGTGA--TTCCTGCCCAGTGATACG-----TTAAACGGCCGCGG-TAACCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTCCTAATTAGAGGCTGGTATGAATGGATTTACGAAAGTATAGCTGTCTCCTATAAAAAC-ATAAAAACTAAACTTCAAGTGAAGATGCTTGAATAAAACTAAAGGACAAAAAGACCCTGTCGAGCTTTACCTAAAATTAGTTTAATAACTTA---------------------------ATTAAGGTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAAAA----AATAAAG---CTTCCTTAATAATC--AGACAAA-TATGTCTCAT------AAAAGATCTGC----TATAAGCAATTTACAAAAAAGCTACCGCAGGGATAACAGGCTAATCCTTCTTAAGAGCTCAAATT-GACAGAAGGGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGGTC-CCCTCTAAGTGTAGCAGCCTAGAAG-GTAGGTTTGTTCAACCTTTAAAACC-TTACGTGATCTGAGTTCAGACC--
		Lumbrineris_funchalensis          CGCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTATTGATTAAC--CCATAATAGGTGA--TTCCTGCCCAGTGATTTCTA---TTAAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATAATTTGCCTCTTAATTAGTGGCTAGTATGAATGGATTTACGAGAGTATAGCTGTCTCCTACAAAAAA-GTAAAAACTAAACTCTAAGTGAAGATGCTTAGATTAATCTAAAGGACAAAAAGACCCTGTTGAGCTTAACCTAAACAAAATTTAATAA---------------------------TTTCTTAAAGGTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAAAA----AATAAAG---CTTCCTTAACATAAAGACAATAT----AAGTCAA----ATAAAAGATCTGTTA-----AAACAATCTGTAAACAAGCTACCACAGGGATAACAGACCAATCCTCCTTAAGAGCTCAAATT-GACAGGAGGGCTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATT-TCCTCTAAGTGCAGCCGCCTAGTAG-GTGGGTTTGTTCAACCCTTAAAATC-TTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Hyalinoecia_tubicola              CGCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTAATGACTTTA--ATATATTAGGTAA--ACTCTGCCCAGTGAATA------TTCAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCCCTTAATTAGGGGCTAGTATGAATGAGTTAACGAGATTCTTACTGTCTCAAGTATAAAA-ATAAAAACTAGCCTTTAGGTGAAGAGACCTAAATCAATTTAAAAGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTTAATATCTTAAAGAATAAAAATA------------------ATTACCCTTTATAAATATTTTTGTTGGGGCGACAAAGGAATA----TATAAAA---CTTCCTAAAAAAAA--AGATTTC----AAATCAA----TTACCAGACCCATAT---TATATGATCAAAGAATAAAGCTACCGCAGGGATAACAGACTTATTCTCCTTAAGAGCTCAAATT-TACAGGAGAGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGAAC-TCTCTCGGGTGCAAAAGCCCGATAA-GAGGGTTTGTTCAACCCTTAATTTC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Eunice_pennata                    -----------CAAAAACATAGCCTGTTGACCCAT--CAATAACAGGTCC--ATCCTGCCCAGTGACAAAC----TTAAACGGCCGCAG-TACCCTGACTGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCCTAACTAGAGGCTAGTATGAACGGACAAACGAGAGCAAAGCTGTCTCCCCTATATTC-ATAAAAATTTACCTTTAGGTGAAGAGGCCTAAATAAATATAAAAGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTTAATCAAAGCAAACCTACAGTTTACAAAA----------TACTAACACTTGTTCATGATTTTTGTTGGGGCGACAAAGGAATA----AATAAAT---CTTCCTGCACAACAA-AGA--------AACTTATTCTCCCAAATGAGCCATTA-----TATGATCAACAAAACTAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATCTTCCTCAAGAGCCCAAATC-TACAGGAAGGCTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGAAT-TCTTTTAGATGCAGAAGTCTAAAAAAGAAGGTTTGTTCAACCTTTAATATC-TTACGTGATCTG------------
		Drilonereis_longa                 -----------CAAAAACATTGCCTCACGATAAAT---GATGTAAGGTTA--ATCCTGCCCAGTGAACCAAAAATTTCAACGGCCGCGGCTACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTCGCCTCTTAATTAGAGGCTAGAATGAAAGGACAAACGAAAGCCAAGCTGTCTCCCTCACACCA-ATGCAAACTAACCTTCGAGTGAAGAGGCTCGAATACCTAAAAAGGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTCAATTTGAAACCCATTTAAGCTCTAGACTCCCACAATCATAAGCTAATCCCTGATCAAATTAAGTTGGGGCGACTTGGGACCACTATACCAAACTAACGTCCCTACCTCTACAAGGCTTCTCAGCCTACAA----CCACCTGATCCGCACCTTAACGCGACCAAAAAAACCAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATCCTCCTAAAGAGCCCAAATT-GTCAGGAGGGCTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGGCA-ACTATTGGGCGCAGCAGCCCTATAAAGTAGGTTTGTTCAACCTTTAAAGCC-TTACGTGATCTGAG----------
		Dorvillea_erucaeformis            ------------CAAAACATAGCTCTCAGGCCCC---CCATTGAGAGTGT--TTCCTGCCCAGTGATTTAT----TTTAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTCTTAATTAGTGGCTAGTATGAATGGAAGCACGTGGTTTCAACTTTTACAGTTTTACCC-CTAAAACCTATCCTTTAGGTGAAGAGACCTAAATCCAAATAAAGGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTTATAAGGGCTTT-------------------------TCACATATGAAATTTACACTTATTTGGTTGGGGCGACCTGAGAACA---TAATAAAC----TTCTCTCAATCCCT-AGATTTAA---GTATCAT----AATAACGACCCCCCC------ATGGTCTCTAACTA-AGCTACCGCAGGGATAACAGGCTAATCCTCCTTAAGAGCCCAAATT-GACAGGAGGGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATA-CCCATTTATCGCAAAAGATAAAAAAGGTAGGCTTGTTCAGCCTTTAAAATC-TTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Diopatra_aciculata                CGCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTATTGTTCAAA--ATATTATAGGTAT--ATCCTGCCCAGTGATAAT-----TTCAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTCTCTTAATTAGTGACTTGTATGAATGGATAAACGAGTATCAAACTGTCTCCTTTATTACA-ATATAAATTAATCTTCAGGTGAAGAAGCCTGAATTTTATTAAAAGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTTATTTTACATTAAACTATAAAAT------------------TCTTTCCTTTAAATAAAATTTAGTTGGGGCGACAAAGGAACA----AATAAAT---CTTCCTTAATATATT-AGATTTC----AAATCAA----GTAATAGATCCAT-----TAATTGATCAAAGAAAATAGCTACCGCAGGGATAACAGTCTAATTCTCCTCAAGAGCTCATATCCTAAAGGAGAGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGAAA-TCTTCTAAACGCAGCCGTTTATATA-GAAGGTTTGTTCAACCTTTAAATTC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Arabella_semimaculata             ------------CAAAACATTGCCTCATGATATAT---AATATGAGGTAA--ATCCTGCCCAGTGAACTATAC--TTAAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAACTCGCCTCCTAATTAGAGGCTAGAATGAATGGACAAACGAAAGCCAAGCTGTCTCCTATGTATTT-ATGTAAACTAACCTTCAGGTGAAAAGGCCTGAATTATTCTAAAGGACAAAAAGACCCTGTCGAACTTTACTCAATTTAAATAATTTATAATACACTACAA-----TTACTACATAACTTAAACGAGTTTAGTTGGGGCGACCAAGGACCACT-ATCTAAAC----GTCCTGCTAAAAA--AGACTCA----ATGTCAA----ACAAATGATCCATAA--TACCATGAACAACAAACTAAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATCCTCCTAAAGAGCCCAAATT-GCCAGGAGGGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGAAA-TCTATTGAGCGCAGCAGCCCAATAAAGAAGGTTTGTTCAACCTATAAATTC-CTACGTGATCTGAGTTTCAGACCG
		Aponuphis_bilineata               CGCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTATAGAATTCT--TTATTATAGGTATTTATCCTGCCCAGTGAAATT-----TTTAACGGCCGCGG-TATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTCTAATTAAAGGCTAGTATGAACGGAAAAATGAGGACTTCCCTGTCTCTTTTATAGCC-TTATAAACTAACCTTCAGGTGAAGAGGCCTGAATATTATTAAAAGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTAACTTTATTATTTTAGAACTACA-----------------TTTTTACTTTATTTATAAGTTTTGTTGGGGCGACAAAGGAGAA----AATAAAA---CCTCCTTGACTACTAAAGACCTT----TAGTCAT----TCTTTAGATCCATTA-----TATGATCTTCTATTTTAGCTACCGCAGGGATAACAGACTTATTTTCCTCAAGAGCCCATATC-TACAGGAAAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGTA-TCTATTAAGTGTAGCCGCTTAAAAAAGAAGGTTTGTTCAACCTTTAATCCC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Glycera_dibranchiata              ----TGTTTATCAAAAACATTGCCTCATGACACAT-TTTATATGAGGTAC--TTCCTGCCCAGTGATATA-----TTCAACGGCCGCAG-TACCCTGACTGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGAAGGCTGGAATGAATGGATTAACGTAAATAAAGCTGTCTCTGTTTATACTTCTAAAACCTAGACTTTAAGTGAAAATACTTAAATACTAATAAAGGACAAAAAGACCCTATAGAGCTACATTCATAATAGTTAACTAAATACAATAT---------ATTAAGTATACTAACAATGAATTTTGTTGGGGCGACAAAGGAATA----TAAAAAT---CTTCCTTCTATACAA-AGATCTACC-AATCTCAT------AAAAGATCCTAA------AAAGATCTAAGGAAAAAGCTACCTTAGGGATAACAGGCTAATCCTCTTAAAGAGTTCACATT-GACAAGAGGGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATA-TCCTCTAGGTGCAGAAGCCTAGAAAGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATC-TTACGTGATCTGAGTTCAGACC--
		Riftia_pachyptila                 -------------------------------------------------------CTGCCCAATGACTCTTAG--TTCAATGGCCGCGG-TACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGCCCCTTAATTAGGGGCTGGCATGAAAGGACACACGAAAGCTTCCCTGTCTCATAGTAACAA-ATAAAAATTAATCTTTAAGTGAAAAAGCTTAAATATTATTGCAGGACAAGAAGACCCCGTTGAGCTTCATTCTCAATAGACAAAATAAAATATACT------TTATAACCTAAACCTAAAAAAGAATTTAGTTGGGGTGACTAAGGAACA---TCAAAAAC----TTCCTTTTACTTTATAGGAAAA---TTTTCCAA---AATAATTGACCCATA---TATCATGATCAAAAAAATAAGCTACCACAGGGATAACAGGCTAATCTTTCTTAAGAGCCCAAATT-GTCAGAAAGGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGGC-CCCTAATGGCGCAGAAGCCATAAAAGGTAGGTTTGTCC--------------------------------------
		Paramphinome_jeffreysi            -TCCTGTTTATCAAAAACATCGCCTCTTGCACAA-CAAAATAAAAGGTAT--ATTCTGCCCAGTGACACGC----TTAAACGGCCGCGG-TACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAAGTTGCCTCTTAATTAGAGGCTAGAATCAACGAACTAACGCGAGCCCCCCTGTCTCTCTTATGCCC-CCAAAACTTAACCTTTAGGTGAAAATGCCTAAATACAACTAATAGACAAGAAGACCCTATCGAGCTTCATTGCAAATTATCAAGAGGCCAACTTG-----CTCACCCCTCCTTCATAAAGTCGCAATTTTGTTGGGGCAACAAAGGACCA----TCTAAAC---CTTCCTTAAAT-----ACCTTTA----ATAACAA---TAACAACGAGCCAATAA---AACGATCTTAGGATAAATGCTACCGTAGGGATAACAGGTTAATTTTTCTCGAGAGCCCACATT-AACAGAAAAGTTTGGCACCTCGATGT-----------------------------------------------------------------------------------------
		Protodorvillea_kefersteinii       CGCCTGTTTATCAAAAACATAGCCTNTAGGCCAAA--CCATTAGAGGTGA--CTCCTGCCCAGTGAAATA-----TTAAACGGCCGCGG-TACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCCTTTAATTGGGGGCTGGAATGAATGGATTTACGTGACTAAAACTTTTCCCTATACAACC-CTAAAAATTATCCTTTAGATGAAGAGATCTAAATTATAATGGAGGACAAAAAGACCCCGTCGAGCTTTACACAAAATTT---------------------------ATATTATTATTCAACATGTGTTTGGTTGGGGCGACCAAGGAATA----AACAAAT----CTTCCTCTACATAAAAGGACCC----TTATCCG---CCTTATAGACCCTATC------CTGATCTAAAGATA-AGCTACCGCAGGGATAACAGGCTAATCCCCTTTAAGAGTCCACATC-GACAAGGGGGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATT-TCTTTTTAATGCAGCAGTTAAAATA-GTGGGCTTGTTCAGCCCTTAAAATCCTTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
		Pettiboneia_urciensis             CGCCTGTTTATCAAAAACATTGCATGTTGAAAACA--AAATAACAAGTAC--ATCCTGCCCAGTGACTGACTCAGTTCAACGGCCGCGG-TAACCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGCCTCTTAATTAGTGGCTAGTATGAATGGACAAACTA-AGTTTATCTGTCTCAATTAAACCA-ATAAAAATTAGAGCTTAGGTGAAAATACCTAAATCAAAATGAAAGACAAGAAGACCCTGTCGAGCTTAATAATAAACGATACAAACCCTTAAAAAA------ATAAACCTAACTATCCATATATTATTTTGTTGGGGCGACAAGAGCTTA----TATTAAC----CACCTCAAATCTTC-AGAAAAAA---AATTCAC----TCAAATGACCTTATT-------AAAATCACATAAAAAGCTACCGCAGGGATAACAGACTAATTTCTCTCAAAAGTTCATATT-TACAGAGAAGCTTAGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGGC--CTATAAAATGCAGAAGTTTTATCAAGCGGGTTTGTTCAACCCATAAACCC-CTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 586 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET Excluded_16S = 1 - 39 49 - 52 67 - 75 183 - 186 256 - 312 337 - 341 347 - 424 508 - 586 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;