NEXUS
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[Matrix accession#: M2393]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2393;
	DIMENSIONS  NTAX=21;
	TAXLABELS
		Glycera_dibranchiata	Riftia_pachyptila	Paramphinome_jeffreysi	Schistomeringos_rudolphi	Protodorvillea_kefersteinii	Ophryotrocha_labronica	Onuphis_elegans	Oenone_fulgida	Ninoe_nigripes	Marphysa_sanguinea	Lumbrineris_latreilli	Lumbrineris_inflata	Lumbrineris_funchalensis	Hyalinoecia_tubicola	Eunice_pennata	Eunice_sp	Drilonereis_longa	Dorvillea_erucaeformis	Diopatra_aciculata	Arabella_semimaculata	Arabella_iricolor
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2393;
	DIMENSIONS NCHAR=446;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Glycera_dibranchiata              GTTTGAGCCCACCACATATTCACCGTCGGAATAGATGTTGATACTCGAGCCTACTTCACCGCCGCCACTATAATTATTGCCGTGCCAACAGGAATTAAGGTCTTCAGTTGACTAGCAACAATCCACGGGACAAAAATTACCTACACAGCTCCTATATGCTGAGCATTAGGATTTATTTTTCTATTCGTAGTAGGAGGATTAACAGGAATTATTCTATCTAATTCCTCTGTAGACATCATTCTTCACGACACCTATTACGTAGTAGCTCATTTCCATTATGTCTTAAGAATGGGAGCTATTTTTGCCATCTTCGGGGGGTTCTGTCACTGATTCCCTTTATTTACGGGACTAACCTTAAACCAACGTTGAGCAAAAGCCCACTTTTTCGCCATGTTTATTGGAGTTAATATTACTTTCTTCACCCAACACTACCTAGG---------
		Riftia_pachyptila                 GTATGAGCTCATCATATGTTTACTATTGGAATAGACGTAGATACACGAGCATATTTTACAGCTGCCACTATAATTATTGCCGTCCCTACAGGAATTAAAGTATTTAGATGACTAGCAACCATTCATGGTTCAAAAATCAAATACGACACTCCTATACTCTGAGTTCTTGGATTTATTTTCCTATTTACAGTAGGAGGATTAACAGGAATTGTAGTAGGAAACTGCTCATTAGATATTATGATACACGACACATACTATGTAGTAGCCCATTTCCACTATGTCCTTAGGCTAGGAGCTGTATTTGCTATTTTTGGGGGTCTTACACATTACTTCCCTCTATTTACAGGTGTAACTCTTCATTCTCGATGATCTAAATCTCACTTCTTCATGATGTTTACAGGAGTAAATCTAACTTTCTTCCCTCAACATTTCCTAGGACTTAGAGG
		Paramphinome_jeffreysi            GTCTGAGCCCATCACATATTTACAGTAGGAATAGACGTAGATACCCGTGCCTATTTCACCGCAGCTACTATAATCATTGCTGTCCCCACTGGAATTAAAGTATTTAGATGGTTGGCAACAATCCACGGAGCAAAAGTAAGCTACGACACCCCGATGCTCTGAGCTTTAGGATTCATTTTCTTATTCACCCTTGGCGGACTAACCGGAATCATCCTCTCAAACTCCTCATTAGATATTATACTACACGACACCTACTATGTCACAGCCCACTTTCACTACGTTCTTAGAATGGGCGCTGTATTTGCAGTATTCGCAGGATTTAACCATTGGTACCCTTTAATAACAGGCTTAGTATTACACCCACGATGATCAGCCGCACAATTTTTCCTTATATTCATCGGAGTAAACCTTACCTTCTTCCCCCAACACTTCCTAGGACTAAGCGG
		Schistomeringos_rudolphi          ------------------------------------------------GCATAYTTGACTGCAGCCACCATAATCATCGCGGCCCCAACAGGAATTAAAGTATTCAGATGACTAGCCACAATTCATGGAAGAAAAATTAAATATGAAACCCCAATACTCTGAGCCTTAGGATTTATCTTCCTATTTACCGTAGGCGGTCTCACAGGAATTATACTAGCCAATTCCTCACTTGACGTTATACTTCATGACACATACTATGTTGTAGCCCACTTTCACTATGTTCTTTCAATAGGAGCAATCTTTGCACTCTTCGCAGCATTCACCCACTGATTCCCACTTCTATCCGGACTCACACTTCATGAACGATGAGCAAAAATCCATTTCTTCCTTATATTTATCGGCGTAAATTTAACATTCTTCCCTCAGCACTTTTTAGGCCTAGCTGG
		Protodorvillea_kefersteinii       GTCTGAGCACACCATATGTTTACCGTCGGGATAGACGTAGACACCCGAGCATACTTCACTGCTGCCACTATAATTATCGCAGTCCCAACTGGCATTAAAGTTTTTAGCTGACTCGCTACTATCCACGGAACTCAAATAAAATACGAAACCCCAATACTCTGAGCCCTCGGATTTATTTTCCTATTCACCCTGGGGGGCCTCACAGGGATTATTCTTTCTAACTCCTCCCTCGATGTAGTTCTTCACGACACTTACTATGTAGTAGCCCATTTCCATTATGTTTTATCTATAGGAGCCGTATTTGCCCTATTTGCTGCTTTCACACATTGGTTCCCTTTAATAACCGGGTTAACCCTTCATAGACGCTGGACAAAAACCCACTTCTTCTTAATATTTATTGGGGTTAACCTCACTTTCTTCCCTCAACACTTCCTGGGCCTTGCCGG
		Ophryotrocha_labronica            GTCTGGGCCCACCACATGTTTACAGTCGGACTAGATGTTGATACACGGGCCTACTTCACCGCTGCAACCATAaTTATTGCTGTCCCTACTGGAATTAAAGTATTTAGATGATTAGCTACAATCTATGGAACCAATAATAGATTTAATGCCTCTACACTTTGAGCCCTGGGATTTATTTTCTTATTTACTGTGGGAGGATTAACTGGAATTATTTTAGCTAACTCATCACTAGATATTATACTACATGACACTTACTATGTAACTGCTCATTTTCACTATGTTCTTTCAATGGGAGCAGTCTTTGCTATCTTCGCCGGATTTATTCATTGATTCCCCATAATAACAGGATTAGGATTACATGAACGTTGGGCTAAAACACAATTCACCATAATATTCATCGGTGTAAACCTTATTTTCTTTCCcCAACAcTTCCTAGGTCTAAGCGG
		Onuphis_elegans                   GTCTGAGCTCACCATATATTTACTGTAGGAATAGATGTTGACACACGAGCCTACTTCACAGCCGCCACTATAATTATtgCAGTTCCAACAGGAATTAAGGTAtTTAGATGACTTGCAACAATTCATGGAAGAAAAATAAAATACGAAACTCCTATATTATGAGCTCTAGGTTTTATTTTCCTATTCACTACAGGAGGATTAACTGGCATTGTACTAGCTAATTCTTCCTTAGATATTATCCTTCATGATACTTATTATGTTGTTGCCCATTTCCATTATGTTCTCTCAATAGGAGCAATTTTTGCCCTATTTGCAGCtTTTACTCATTGATTTCCCCTCATATTTGGATTAACTCTCCATAccCGATGAACTAAAATTCATTTGGACTTAgtaTT---------------------------------------------------
		Oenone_fulgida                    GTATGAGCCCATCATATATTTACTGTGGGTATAGATGTAGATACCCGCGCCTACTTTACAGCAGCAACCATAATCATTGCCGTTCCTACAGGAATTAAAGTCTTTAGATGATTAGCCACAATTCACGGATCTCGAATCAAGTATGAAACACCAATACTATGAGCCTTAGGATTCATTTTCCTATTTACAACAGGAGGCCTAACAGGAATTGTATTAGCTAATTCCTCCCTAGATATTATGCTTCATGATACCTATTATGTTGTAGCCCACTTTCATTACGTTCTTAGAATAGGAGCAGTCTTTGCCATGTTTGCAGGTTTTAACCACTGATTTCCTCTAATATCAGGGGTAACCCTGCATGCCCGATGAGCTAAAATTCACTTCTTCCTTATATTTATTGGTGTGAACCTAACATTCTTCCCCCAACACTTTCTAGGACTAAGTGG
		Ninoe_nigripes                    GTCTGAGCACACCACATATTTACTGTAGGAATAGACGTTGACACACGTGCCTATTTTACAGCRGCCACAATAATTATTGCCGTACCTACCGGTATTAAAGTATTTAGATGATTAGCAACAATTCACGGAGCCCCAATTAAATATGAGCCTGCTATACTTTGAGCCTTAGGATTTATTTTCCTGTTTACAACAGGAGGCCTTACCGGAATTGTTTTAGCTAACTCATCACTTGATATTATATTACACGACACATACTATGTTGTTGCTCATTTCCATTATGTATTAAGAATAGGAGCTGTATTTGCGATCTTTGCAGGATTTAATCACTGATTCCCATTACTTACAGGAACCACCTTACATGCTCGATGATCTAAAGTTCACTTCTTTATAATATTTATTGGGGTAAACATAACATTCTTCCCCCAACACTTYYTAGGWCTAAGCGG
		Marphysa_sanguinea                -------------------TTACCGTAGGCATAGATGTTGATACCCGTGCCTACTTCACGGYTGCTACAATAATCATTGCCGTTCCAACTGGAATTAAAGTATTTAGGTGACTGGCAACAATTCACGGCTCACGAGTAAAATACGAACTACCCATACTCTGAGCTTTAGGATTTATTTTCTTATTCACGACAGGGGGTCTAACCGGCATTGCCTTAGCTAATTCTTCCTTAGATGTAATCCTCCACGATACTTACTATGTTGTAGCACATTTCCATTATGTTCTATCCATAGGAGCTGTATTTGCTCTATTTGCCGCCTTTACTCATTGATATCCGTTAATAACAGGTATAACACTTCATGCACGATGAAGAAAAGTACATTTTGGCCTAATATTTGTCGGGGTTAATATAACCTTCTTTCCCCAACACTTTCTCGGTCTAAGAGG
		Lumbrineris_latreilli             GTGTGGGCGCATCACATGTTCACGGTAGGTATAGACGTAGACACACGCGCATATTTTACAGCCGCAACAATAATTATTGCTGTTCCAACAGGAATTAAAGTCTTCAGCTGACTAGCAACCATCCATGGAGCACCAGTAAAACATGATCCAGCAATATTATGAGCCCTTGGGTTTATTTTCTTATTTACAACTGGAGGTCTTACAGGTATTGTCCTAGCAAATTCCTCTCTCGACATCTCTCTTCATGATACATACTATGTAGTAGCACACTTTCACTATGTATTAAGAATAGGAGCAGTATTTGCAATCTTCGCAGGGTTTAATCACTGATTCCCCTTAATAACAGGCCTATCACTACACACCCGATGAGCAAAAACTCACTTTTTCATAATATTTGTTGGAGTAAACACAACCTTTTTTCCACAACATTTCTTAGGACTAAGAGG
		Lumbrineris_inflata               GTGTGGGGGCACCATATGTTCACGGTCGGTATAGACGTAGATACACGAGCATACTTCACGGCAGCAACCATAATTATAGCCGTCCCTACCGGAATTAAAGTATTTAGATGATTAGCAACAATCCATGGTGCACCTATTAAATATGACCCACCAATACTATGAGCTCTAGGATTTATCTTCCTATTTACAATAGGCGGACTAACTGGAATCATTTTAGCCAATTCATCCCTTGATATTAGCTTACACGACACATATTATGTAGTAGCCCATTTCCATTATGTTCTAAGAATGGGAGCTGTATTCGCCATTTTTGCTGGATTTACGCACTGATTCCCTCTCTTCACAGGCCTAACAATACATATCCGCCTTCTAAAAGTCCACTTTTTCCTCATATTTATTGGGGTTAACATAACATTCTTCCCCCAACACTTTTTAGGCCTAAGAGG
		Lumbrineris_funchalensis          GTGTGGGCGCANCANATGTTCACGGTTGGGATAGATGTTGATACCCGAGCATATTTCACAGCAGCAACAATAATTATTGCTGTACCAACAGGAATTAAAGTCTTTAGATGATTAGCAACTATTCATGGGGCCCCAATCAACTATGAGCCGGCTATATTATGAGCCTTAGGATTTATTTTCCTCTTTACCACAGGAGGCCTAACAGGGATTGTTCTAGCCAACTCCTCCTTAGACATTAGATTACATGACACATATTACGTAGTAGCTCACTTTCATTACGTATTAAGAATAGGAGCTGTATTCGCAATTTTCGCAGGATTTAACCACTGATTTCCTTTAATAACAGGAGTAACCCTCCACATTCGTTGATCAAAAGTCCACTTCTTCTTAATATTTATTGGTGTAAATSKAACCTTTTTCCCTCAACATTTTCTAGGACTGAGAGG
		Hyalinoecia_tubicola              GTGTGGGCGCANCACATGTTCACGGTTGGTATAGATGTAGATTCCCGAGCCTACTTTACAGCTGCTACTATAATTATTGCTGTCCCCACAGGAATCAAAGTATTTAGTTGACTAGCAACAATTCATGGATCAAAAATAAAATATGAACCACCAATATTATGAGCCTTAGGTTTTATTTTTCTTTTCACTACTGGAGGCCTTACAGGAATTATCCTAGCCAATTCCTCACTAGATATTATTCTTCATGACACCTACTATGTAGTTGCACATTTCCACTATGTTCTATCTATAGGCGCTATTTTTGCCCTATTTGCTGCCTTCACACACTGATTTCCACTAATATCGGGACTAACATTAAACTCTCGATGAGCAAAAACACACTTTAGCTTAATATTCGTAGGAGTTAATATAACATTCTTCCCTCAACATTTCCTGGGTCTTAGTGG
		Eunice_pennata                    GTCTGAGCTCACCATATATTCACAGTCGGCATAGACGTAGACACTCGCGCATATTTTACCTCCGCCACAATAATCATTGCAATCCCCACAGGAATTAAAGTATTCAGCTGACTTGCTACCCTTCACGGAAGCCGCGTAAAATACCCTACTCCTGTCCTATGAGTTCTGGGCTTCATTGTCCTTTTTACTATAGGAGGTTTAACAGGCATCATACTGTCAAACTCCTCTTTAGATATTATGCTACACGACACCTACTATGTTGTAGCCCACTTTCACTATGTCCTCAGAATAGGCGCTATTTTTGCCATGTTCGCAGGAATTACACATTGATACCCTCTTTTCACTGGCCTAGTCTACCACCCCCGCATAGCAAAAGCCCAATTGGAaTTAATGTTCGTAGGGGtaAACCTAaC---------------------------------
		Eunice_sp                         GTGTGGGCGCACCACATGTTCACGGTAGGCATAGACGTAGACACACGAGCATACTTCTCCGCAGCAACAATAATCATTGCCGTTCCAACAGGAATCAAAGTATTTAGGTGACTAGCAACAATCTACGGATCCCGTATAAAATTCCAAGTCCCAATACTATGGGCCCTCGGATTCATCTTCCTATTCACTGTCGGCGGCCTTACCGGAATTATCCTGGCCAACTCCTCATTAGACATCGTCTTACACGACACCTACTATGTAGTAGCTCACTTCCACTACGTTCTATCTATAGGAGCCGTATTTGCCCTCTTTGCCGCCTTCACATACTGATACCCCCTAATAACAGGACTAACCCTCCACACCCGATGAAGAAAAGTCCACTTCTTCCTTATATTTATCGGAGTAAACGTAACCTTCTTCCCCCAACATTTCCTGGGATTAAGGGG
		Drilonereis_longa                 GTATGAGCCCACCACATATTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACCCGTGCCTACTTCACAGCAGCTACAATAATCATTGCCGTACCAACCGGAATTAAGGTCTTTAGATGACTCGCCACCATCCACGGATCACGAATTAAGTACGAAACACCCATACTATGAGCACTAGGCTTTATYTTCTTATTTACGGTAGGAGGGCTAACAGGCGTAATTCTTGCCAATTCATCTCTAGATATTGTACTTCATGACACATACTACGTAGTAGCCCATTTCCACTATGTATTAAGAATAGGAGCTGTCTTCGCCCTATTCGCAGGATTCACGCATTGATTTCCTCTTCTATCAGGAATAACGCTCCATCAACGATGAGCAAAAGTACACTTCTTCCTAATATTCATTGGTGTTAACCTGACCTTCTTCCCSCAACACTTCCTAGGTCTAAGCGG
		Dorvillea_erucaeformis            GTCTGAGCCCACCACATATTTACTGTTGGGATAGATGTAGACACCCGTGCTTACTTTACTGCAGCTACTATAATCATTGCTGTACCCACAGGAATTAAAGTTTTTAGATGACTCGCCACTATCCACGGAAGGAAAGTAAAATTTGAAACACCTATGCTCTGAGCCTTAGGATTTATCTTTCTCTTCACCTTAGGAGGGCTAACTGGAATTGTTCTCTCTAACTCCTCCCTAGACATTATCCTACATGACACTTACTACGTTGTAGCCCACTTTCACTATGTTTTATCTATAGGGGCTATTTTTGCtCTATTCGAGGCAtTTaCCCAGTGATTTCCTCTAATAACAGGATTAACTCTtCACTCCCGATGAA----------------------------------------------------------------------------
		Diopatra_aciculata                GTATGAGCTCACCATATATTTACAGTAGGAATAGACGTAGATACACGAGCCTATTTTACTGCAGCAACCATAATTATTGCAGtACCAACAGGCATTAAAGTATTTAGATGACTAGCCACAATACATGGATCACGCTTAAAATATGATACACCCATCCTATGAGCTCTCGGATTTATCTTTCTATTTACCACAGGAGGATTAACCGGAATTGTTCTATCAAATTCCTCCCTAGATATCGTTCTCCACGACACATACTACGTAGTTGCTCATTTTCATTATGTTTTATCTATAGGAGCAGTATTTGCAATATTCGCAGCATTTTCCCACTGATTCCCTCTGATTTCAGGTATAACACTTCACTCACGATGATCAAAAATCCATTTTGCCTTAATGTTTATTGGAGTAAACATCACATTCTTTCCcCAACAcTTCCTAGGTCTAAGCGG
		Arabella_semimaculata             GTATGAGCCCATCACATATTTACAGTAGGAATAGATGTAGATACACGTGCCTACTTCACCGCAGCAACAATAATTATTGCTGTACCAACAGGAATTAAAGTATTTAGATGATTAGCAACTATCCACGGATCACGAATCAAATATGAAACCCCCATACTATGAGCACTAGGGTTCATTTTCCTATTTACAACAGGAGGTCTCACaGGAATTGTCCTAGCTAATTCATCACTAGACATTATTCTCCATGACACTTACTATGTTGTAGCCCATTTCCACTATGTACTAAGAATAGGAGCAGTCTtCGCCCTTTTTGCAGGCTTCAATCACTGATTCCCACTCATAACAGGAATAACCCTACACCAACGTTGAGCAAAAATCCACTTTTTTCTAATATTCCTTGGAGTAAATCTCACATTCTTCCCCCAACACTTCCTAGGaCTAAGCGG
		Arabella_iricolor                 GTGTGRGCGCAYCAYATGTTCACGGTAGGCATAGACGTAGACACCCGCGCTTACTTCACTGCAGCCACCATAATCATTGCCGTGCCCACCGGAATCAAAGTATTTAGATGACTTGCTACAATTCACGGATCACGAATCAAATATGAAACACCAATACTATGAGCCCTGGGATTCATTTTCCTATTCACCACAGGAGGCCTCACAGGAATTGTCCTGGCCAATTCGTCCCTAGATATTATCCTCCATGACACCTACTATGTCGTAGCCCATTTTCACTATGTCCTTAGAATAGGGGCCGTTTTTGCTCTCTTTGCCGGATTCAATCACTGATTTCCCCTAATAACAGGACTTTCCCTTCATCAACGCTGAGCAAAAATCCACTTCTTCCTAATATTTCTAGGCGTAAATTTAACCTTCTTTCCCCAACACTTTCTTGGGCTAAGCGG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 446 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET Excluded_COI = 1 - 27 421 - 446 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;