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------------------------GCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCGGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTAACCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGTGGGGGGG--C Lampropeltis_knoblochi GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGGGGGGGGG--C Lampropeltis_mexicana GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGGGGGGGG---- Lampropeltis_triangulum_MX GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATGCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTTCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTTAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCGTGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTTT-GGGGGGGGGGG-C Lampropeltis_nigra GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATGCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCGGTCCCCTCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTAACCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGTGGGGGG---- Lampropeltis_pyromelana GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCATCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTT---GGGGGGGGGG--C Lampropeltis_ruthveni -----ACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGGGGGGGG---- Lampropeltis_triangulum_SA GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATGCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTTCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTTAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTTT-GGGGGGGGG---- Lampropeltis_splendida GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCGGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTAACCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGTGGGGGG---- Lampropeltis_triangulum_Tamaulipas GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATGCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCGTCCCCCCATCCTGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTTT-GGGGGGGGG---C Lampropeltis_triangulum_Eastern GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATGCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTTCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTTAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTTT-GGGGGGGGG---- Lampropeltis_webbi GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTT---GGGGGGGGG---- Lampropeltis_triangulum_Western GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATGCCTGGTTATTTACTTTCTCACAACCTCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTGTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTTAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGAT--------------------------------- Lampropeltis_zonata GATGGACAAAGCAATCAAAAGGATACCTGGTTATTTACTTTCTCACAACTCCACCCCGTCCCCCCATCCCGCTGCAATATTTATTAAAATCTGTAGTGTAGCACATGTGTTTTTTTCATTAACTTGATGTTTCTTTGGGCAATAAATCTTCTATTGTTCAACCCTTCAGCTGTCTGTTGGTTGTACCTCATCATGTTCCCTTTAAAAGACCAACCATATTCTGCAGGGAAACAGCAAAATCTGGAAAAGCTGTTTTGTTTGATGTATCCCTTAATTTGTTTTAATTAGCAGAGTTAAGAGTTGGATTGTAAGTGTCAGGAAATGATAATGCCTGGCTGATGCTAATATAGCTTTTTTT--GGGGGGGGG---- ; END; BEGIN TREES; Title concatenated_gene_tree; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Lampropeltis_alterna, 2 Arizona_elegans, 3 Lampropeltis_triangulum_CA, 4 Lampropeltis_californiae, 5 Lampropeltis_calligaster, 6 Cemophora_coccinea, 7 Lampropeltis_elapsoides, 8 Lampropeltis_extenuata, 9 Lampropeltis_getula, 10 Lampropeltis_holbrooki, 11 Lampropeltis_knoblochi, 12 Lampropeltis_mexicana, 13 Lampropeltis_triangulum_MX, 14 Lampropeltis_nigra, 15 Lampropeltis_pyromelana, 16 Lampropeltis_ruthveni, 17 Lampropeltis_triangulum_SA, 18 Lampropeltis_splendida, 19 Lampropeltis_triangulum_Tamaulipas, 20 Lampropeltis_triangulum_Eastern, 21 Lampropeltis_webbi, 22 Lampropeltis_triangulum_Western, 23 Lampropeltis_zonata; TREE TREE1 = (2:11.301608487446218,(6:9.131521401278997,(((13:1.9325284089340764,(3:1.4085758888421207,17:1.4085758888421207):0.5239525200919566):3.540645231903696,(23:4.177619026315392,((11:1.4512979251940834,15:1.4512979251940834):1.2207323272186485,(1:2.388339969544813,(12:1.815089156482557,(16:1.5326788041679382,21:1.5326788041679382):0.28241035231461886):0.573250813062256):0.28369028286791886):1.5055887739026605):1.2955546145223806):2.2662952850281552,((19:6.065711121423957,(7:5.028641891297922,(20:2.259579570821309,22:2.259579570821309):2.769062320476615):1.0370692301260354):1.1628677818502204,(5:5.63824275465496,(8:5.187634941084902,((9:2.853059054565959,10:2.853059054565959):1.1785315798329137,(14:3.0392517578297387,(4:1.6141166252857637,18:1.6141166252857637):1.425135132543975):0.9923388765691339):1.1560443066860309):0.4506078135700582):1.590336148619218):0.5108900225917488):1.3920524754130703):2.1700870861672215); END;