NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:09:34]
[Matrix accession#: M2456]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2456;
	DIMENSIONS  NTAX=11;
	TAXLABELS
		Collomia_wilkenii_NV1c_T	Collomia_wilkenii_NV1c_L	Collomia_tinctoria	Collomia_tenella_UT	Collomia_tenella_NV	Collomia_renacta	Collomia_linearis_UT	Collomia_linearis_NV	Collomia_grandiflora	Collomia_cavanillesii_ARG_L	Collomia_cavanillesii_ARG_G
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2456;
	DIMENSIONS NCHAR=1393;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Collomia_wilkenii_NV1c_T          TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTC------ACTGGTTCTTCTATTTGTTGG-TGTGTCAAGCTTTGCATCCTTAACTGGCATCCTTTTCTAGTGATCGCTTTGATTATTGAAAAGTG---CAGCACGCTTTTGTTTTTGTTGGTCCTTCAAGGTTCAAACGTTACATCCTCATGTACCATCCTTTTT-AGTCATTGCCTTCCTTACTGACAAGTGTAATTTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATTGCTCGGACCTCAATTTTTTTTT-----AAAATTTATGTTTGTAAGCATGGAACGGATGCTAATCC-GATGGTATTCTGATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGCGAGTTTTGTCGTTGTTAATGATTTTGTTGCTGTTTGTGTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCACGGCTTATTCCAGGTATTACTATTGCGACAAACCCAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTAACTGTTGTACAATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTTCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTTCCCAACATGTATGCAGTACCGGAAGGAGGTGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAAC--TTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTGCAGGTTATATAATTTAACATCTTTTCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTCTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCCTATGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGTGGCATTTTCTTTAGTCTATCCTTGAAACTTTCTATTCTCTAGTTT-CACTCTTCTATCGTACAAACTTCGTTTGTTCTAATACTATTGCAAGTTGTCATGCTTGTTACTTCGGTC-------------------------------GACTATGCATGGTGAAGACTCTGGGCACCTTATATATTA-TATTGGTTTCTATTCTGTTTTTTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
		Collomia_wilkenii_NV1c_L          TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTC------ACTGGTTCTTCTATTTGTTGGGTGTGTCAAGCTTTGCATCCTTAACTGACATCCTTTTCTAGTGATCGCTTTGATTATTGAAAAGTG---TAGAACTCTTTTGTTTTTGTTGGTCCTTCAAGGTTCAAACATTACATCCTCATGTACCATCCTTTTTTAGCCATTGCCTTCTTTACTGACAAGTGTAATTTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATTGCTCGGACCTCATTTTTTTTATTTTTTTAAATTTATGTTTGTAAGCATGGACCGGATGCTCATCTACATGGTATTCTGATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGTGAGTTTTGTCGTCGTTAGTGATTTTATTGCTGTTCGTTTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCGCGGCTCATTCCAGGTATTATTATAGCGACGAACCTAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTTACCGTTGTACGATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTTCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTTCCCAACATGTATGCAGTACCAGAAGGAGGCGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAACACTTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTGCAGGTTATATAATTTAACATCTTCTCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCCTACGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTAGTCTATCGTTGAAACTTTCTATACTCTAGTTT-CACTGTTCTATCCTATAAACTTAGTTTGTTCTAATATCATTGGAAGTTGTCATGC-TGTTGCTT-----ATGTCGTGCGTATACATGGAGCTGTATTCTAGACTCTGCCTGGTGAAGACTCTGAGCACGTTATATTTAA-TATTGGTTTCTGTTCTGTTTTCTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
		Collomia_tinctoria                TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTTACTCTCTCTCTCTCACTGGTTCTTCTATTTGTTGG-TCTGTCAATCTTTGCATCCTTATGTGACATCCTTTTCTAGTGATCGCTTTGATTACTGACAAGTG---TAGCATGCTTTTGTATTTGTTGGTCCTTCAAG-------CGTTACATCCTCATGTACCATCCTTTTCTAGTCATTGTTTTCGTTACTGACAAGTGTAATCTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATCGCTTGGGCCTCAATTTTTTTCTTCTTTTTTTAA-ATGTTTGCAAGCATGGACCGGATGCTCATCTACATGGTATTCTAATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGTGAGTTTTGTTGTCGTTAATGATTTTGTTGCTGTTCGTTTTCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCACGACTTATTCCAGGTATTATTATTGTGACAAACCCAAAAATCTTTATGTTGTACATGTTACAGTTGTACGATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCTTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATACTTCCTTGTCTCTCCACCTTGTGCCCAAGCATACTGGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTACAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTTCCCAACATGC-TGCAGTGCCAGAAGGAGGTGAGAGGGTAGAGTTAGATGTTTATAACTTCACTGGAGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAACACTTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTCCAGGTTATATTATTTAACATCTTTGCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCTTACGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAAAATACCATCCTTAAGAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTATTCTATCCTTTAAATTTTCTATACTCTAGTTTTGACTCTTCTATCCTATAAACTTCGTTTGTTCTAATACTATTGCAAGTTGTCATGCTAGTTGCTTCTGTC-------------------------------GACTATGCATGGTGAAGACTCTGAGCACCTAATATATAAATATTGGTTTCTATTCTGTTTTTTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
		Collomia_tenella_UT               TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTC------ACTGGTTCTTCTATTTGTTGG-TGTGTCAAGCTTTGCATCCTTAACTGGCATCCTTTTCTAGTGATCGCTTTGATTATTGAAAAGTG---TAGCACGCTTTTGTTTTTGTTGGTCCTTCAAGGTTCAAACGTTACATCCTCATGTACCATCCTTTTTTAGTCATTGCCTTCCTTACTGACAAGTGTAATTTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATTGCTCGGACCTCAATTTTTTTTTT-----AAATTTATGTTTGTAAGCATGGAACGGATGCTAATCC-GATGGTATTCTGATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGTGAGTTTTGTCGTTGTTAATGATTTTGTTGCTGTTTGTGTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCACGGCTTATTCCAGGTATTACTATTGCAACAAACCCAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTAACTGTTGTACAATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTTCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTTCCCAACATGTATGCAGTACCGGAAGGAGGTGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAAC--TTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTGCAGGTTATATAATTTAACATCTTTTCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCCTATGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTAGTCTATCCTTGAAACTTTCTATTCTCTAGTTT-CACTCTTCTATCGTACAAACTTCGTTTGTTCTAATACTATTGCAAGTTGTCATGCTTGTTACTTCGGTC-------------------------------GACTATGCATGGTGAAGACTCTGGGCACCTTATATATTA-TATTGGTTTCTATTCTGTTTTTTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
		Collomia_tenella_NV               TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTC------ACTGGTTCTTCTATTTGTTGG-TGTGTCAAGCTTTGCATCCTTAACTGGCATCCTTTTCTAGTGATCGCTTTGATTATTGAAAAGTG---TAGCACGCTTTTGTTTTTGTTGGTCCTTCAAGGTTCAAACGTTACATCCTCATGTACCATCCTTTTTTAGTCATTGCCTTCCTTACTGACAAGTGTAATTTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATTGCTCGGACCTCAATTTTTTTTTT----AAAATTTATGTTTGTAAGCATGGAACGGATGCTAATCC-GATGGTATTCTGATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGTGAGTTTTGTCGTTGTTAATGATTTTGTTGCTGTTTGTGTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCACGGCTTATTCCAGGTATTACTATTGCAACAAACCCAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTAACTGTTGTACAATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTTCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTCCCCAACATGTATGCAGTACCGGAAGGAGGTGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAAC--TTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTGCAGGTTATATAATTTAACATCTTTTCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCCTATGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTAGTCTATCCTTGAAACTTTCTATTCCCTAGTTT-CACTCTTCTATCGTACAAACTTCGTTTGTTCTAATACTATTGCAAGTTGTCATGCTTGTTACTTCGGTC-------------------------------GACTATGCATGGTGAAGACTCTGGGCACCTTATATATTA-TATTGGTTTCTATTCTGTTTTTTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
		Collomia_renacta                  TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTC------ACTGGTTCTTCTATTTGTTGG-TGTGTCAAGCTTTGCATCCTTAACTGACATCCTTTTCTAGTGATTGCTTTGATTATTGAAAAGTG---TAGCACACTTTTGTTTTTGTTGGTCCTTCAAGGTTCAAACGTTACATCCTCGCGTACCATCCTTTTTTAGTCATTGCCTTCCTTACTGACAAGTGTAATTTCATAATAAGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATTGCTCGGACCTCAATTTTTTTT----AAAAAAATTATGTTTGTAAGCATGGACCGGATGCTCATCTACATGGTATTCTGATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAGTGGTATGTGAGTTTTGTCGTCGTTAGTGATTTTATTGCTGTTTGTTTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGTACGGTCTTTAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCGCGGCTCATTCCAGGTATTATTATAGTGACGAACCTAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTTATAGTTGTACGATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGGCCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTCCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGATGAGGTTCCCAACATGTATGCAGTACCGGAAGGAGGTGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAACACTTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTGCAGGTTATATAATTTAACATCTTTTCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCCTACGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTAGTCTATCCTTGAAACTGTCTATACTCTAGTTT-CACTCTTCTATCCTATAAACTTAGTTTGTTCTAATATCATTGGAAGTTGTCATGC-TGTTGCTT-----ATGCCGTGCGTATACATGGAGTTGTATTCTCGACTCTGCCTGGAGAAGACTCTGAGCACGTTATATTTAA-TATTGGTTTCTGTTCTGTTTTCTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
		Collomia_linearis_UT              TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTC------ACTGGTTCTTCTATTTGTTGGGTGTGTCAAGCTTTGCATCCTTAACTGACATCCTTTTCTAGTGATCGCTTTGATTATTGAAAAGTG---TAGAACTCTTTTGTTTTTGTTGGTCCTTCAAGGTTCAAACATTACATCCTCATGTACCATCCTTTTTTAGCCATTGCCTTCTTTACTGACAAGTGTAATTTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATTGCTCGGACCTCATTTTTTTTTTTTTTT-AAATTTATGTTTGTAAGCATGGACCGGATGCTCATCTACATGGTATTCTGATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATGGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGTGAGTTTTGTCGTCGTTAGTGATTTTATTGCTGTTCGTTTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGCTGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCGCGGCTCATTCCAGGTATTATTATAGCGACGAACCTAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTTACCGTTGTACGATGATCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTTCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTTCCCAACATGTATGCAGTACCAGAAGGAGGCGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGCACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAACACTTTTGTGGTCTATTCAACTTGAAATGTGCAGGTTATATAATTTAACATCTTCTCTTTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACAGCCTACGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACCAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTAGTCTATCGTTGAAACTTTCTATACTCTAGTTT-CACTGTTCTATCCTATAAACTTAGTTTGTTCTAATATCATTGGAAGTTGTCATGC-TGTTGCTT-----ATGTCGTGCGTATACATGGAGCTGTATTCTAGACTCTGCCTAGTGAAGACTCTGAGCACGTTATATTTAA-TATTGGTTTCTGTTCTGTTTTCTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
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		Collomia_cavanillesii_ARG_G       TAAGTAAGTTTGTTAAGGAGTT--TCTCTCTT----ACTGGTTCTTCCATTTGTTGG-TATGTCAAGCTTTACATCCTTATGTGACATCCTTTTCTAGTGATTTCTTCGATTACTGACAAGTGGTGTAGCACACTTTTGTGTTTGTTGGTCCTTCAAG-------CGTTACATCCTCATGCACCATCCTTTTCTAGTCATTGCCTTTCTTACTGACAAGTGTAATCTCATAATAGGTATAATGTAGCAATCAAGTGTGCAACTATTACTCCAGGTGCACATCGCTTGGACCTCAAATTTTTTCTA-TTTTTTATTTATGTTCTTAAGCATGGACTGGATGCTCATCTACGTGGTATTCTAATTTGCAGATGAAGCTCGTATGGAGGAATTCAAACTGAAGCAGATGTGGAGGAGTCCTAATAGAACAATTAGGAACATTCTGAATGGTATGTGAGTTTTGTCGTCGTTAATGATTTTGTTGCTGTTTGTTTCCCGGTGATGGCTCACCTTGCTTGGCACTTGATGCAGGAACGGTCTTCAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTACCGCGGCTCATTCCAGGTATTATTATAGCGACAAACCTAAAA-TCTTTATGTTGTACATGTTACAGTTGTACGATGCTCACCATCATTTTCAGGTTGGACAAAACCTATATGCATTGGAAGGCATGCGTTTGGAGATCAGTACAGAGCTACTGATACAGTCATCAAAGGACCTGGAAAACTTCAAATGGTGTTTGGTATAGTTCCTTTTCTCTCCACCTTATGCCCAAGCATACTAGATCAGTTATATACTTTAGTTTGTTCAATTTATTTTGACTGATGAGACGAGGTTCCCAACATGTTTGCAGTACCAGAAGGAGGTGAGAAGGTAGAGTTAGATGTTTACAACTTCACTGGTGCTGGAGGTGTAGCTCTGTCCATGTACAATACTGATGAGGTTTGAATTGCCAAACACTTTTGTGGTCTATTCAACTTGG---GTGCAGGTTACATAATTTAACATCTTTTCATTATCTTGGTTGTCAGTCAATCTATGCTTTTGCGGAAGCTTCAATGACCACGGCCTACGAGAAAAAGTGGCCTCTTTATCTTAGCACAAAGAATACTATCCTTAAAAAATATGATGGAAGGTGCGCGGCATTTTCTTTAGTCTATCGTTGAAACTTTCTATTCTCTAGTTT-CACTCTTCTATCGTACAAACTTCGTTTGTTCTAATACTATTGCAAGTTGTCATGCTTGTTGCTTCGGTC-------------------------------GACTATGCATGGAGAAGGCTCTGAGCACCTTATATATAA-TATTGGTTTCTATTCTGTTTTTTGTGAAGATTCAAGGACATTTTTCA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 1393 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;