#NEXUS [written Thu Jul 25 22:12:42 BRT 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at MacBook-Pro-de-Noemy.local/192.168.0.101] BEGIN TAXA; TITLE Hermeuptychia_taxa; DIMENSIONS NTAX=194; TAXLABELS Godartiana_muscosa_DQ338582 Pharneuptychia_innocentia_DQ338808 Zischkaia_pacarus_GQ864819 Splendeuptychia_boliviensis_GU205866 Splendeuptychia_itonis_DQ338811 Rareuptychia_clio_DQ338810 Amphidecta_calliomma_DQ338879 Euptychia_ordinata_GU205835 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF02 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF03 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF04 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF10 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF11 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF12 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J01 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J04 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J06 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT03 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT04 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT05 Hermeuptychia_atalanta_SantaTerezinha_BA_BA01 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TGAGCAGGAATAATTGGTACATCATTAAGTTTAATTATCCGAATAGAATTAGGTAATCCAGGATTTTTAATTGGAGATGACCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAATTGGTGGATTTGGTAATTGACTTATTCCCCTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTCCCACGTATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCATCTTTAATTTTATTAATTTCCAGTAGCATTGTAGAAAATGGAAGTGGAACTGGATGAACAGTTTACCCCCCTCTTTCATCTAATATTGCTCATAGAGGTTCTTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCTCTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCAATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCCCTATTTATCTGAGCCGTAGGAATTACAGCTCTCCTCTTACTTCTTTCATTACCTGTTCTGGCAGGAGCTATTACTATACTTCTTACTGATCGAAATTTAAATACATCATTTTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGACCCCATTTTATATCAACATTTATTCTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTAT Hermeuptychia_hermes_Buga_ValleCauca_CO_CO26 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TGAGCAGGAATAATTGGTACATCATTAAGTTTAATTATCCGAATAGAATTAGGTAATCCAGGATTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTATCCCTTTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTCCCACGTATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCCCCATCTTTAATTTTATTAATTTCCAGTAGCATTGTAGAAAATGGAAGAGGAACTGGATGAACAGTTTACCCCCCTCTTTCATCTAATATTGCTCATAGAGGTTCCTCAGTAGATTTAGCAATTTTTTCACTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCAATCTTAGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTATTTGAGCTGTAGGAATTACAGCTCTTCTTTTACTTCTTTCATTACCTGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATACTTCTTACTGATCGAAATTTAAATACATCTTTTTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGCCATCCAGAAGTTTAT Hermeuptychia_cucullina_Peru_PE04 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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATAGAATTAGGTAATCCAGGATTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTATTCCATTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCCCCATCTTTAATTTTATTAATTTCAAGTAGTATTGTAGAAAATGGAACTGGAACAGGATGAACAGTTTACCCCCCTCTTTCTTCTAATATTGCCCATGGAGGTGCTTCAGTAGATTTAGCAATTTTTTCCCTTCATTTAGCTGGTATTTCCTCTATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATCATTAATATACGAATTAATAATATATCATATGATCAAATACCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACTGCTCTTCTTTTACTTCTTTCTTTACCTGTATTAGCAGGAGCTATTACTATACTTTTAACTGATCGTAATTTAAATACATCATTTTTTGATCCTGCAGGAGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACCCCGAAGTTTAC Hermeuptychia_spn2_FLONA_RS_RS108 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TGAGCAGGAATAATTGGTACATCATTAAGTTTAATTATCCGAATAGAATTAGGTAATCCTGGATTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTATCCCTTTAATATTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTCCCACGTATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCATCTTTAATTTTATTAATTTCTAGTAGTATTGTAGAAAATGGAAGTGGAACAGGATGAACAGTTTACCCCCCCCTTTCATCTAATATTGCTCATGGAGGTTCTTCAGTAGATTTAGCAATTTTTTCACTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCAATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATATCCTTATTTATTTGAGCTGTAGGAATTACAGCTCTCCTTTTACTTCTTTCATTACCTGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATACTTCTTACTGATCGAAATTTAAATACATCATTTTTTGATCCTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN ; END; begin mrbayes; log start filename = BI_200213.log replace; lset nst = 6 rates = gamma; set autoclose = yes; outgroup Godartiana_muscosa; mcmcp filename = BI_200213 ngen = 5000000 printfreq = 1000 samplefreq = 500 nchains = 4 starttree = random; mcmc; sump filename = BI_200213 relburnin = yes burninfrac = 0.25; sumt filename = BI_200213 relburnin = yes burninfrac = 0.25; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 660; END; BEGIN TREES; Title BI_tree_of_Hermeuptychia_barcode_main_matrix; LINK Taxa = Hermeuptychia_taxa; TRANSLATE 1 Godartiana_muscosa_DQ338582, 2 Pharneuptychia_innocentia_DQ338808, 3 Zischkaia_pacarus_GQ864819, 4 Splendeuptychia_boliviensis_GU205866, 5 Splendeuptychia_itonis_DQ338811, 6 Rareuptychia_clio_DQ338810, 7 Amphidecta_calliomma_DQ338879, 8 Euptychia_ordinata_GU205835, 9 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF02, 10 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF03, 11 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF04, 12 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF10, 13 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF11, 14 Hermeuptychia_atalanta_Brasilia_DF_DF12, 15 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J01, 16 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J04, 17 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J06, 18 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT03, 19 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT04, 20 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT05, 21 Hermeuptychia_atalanta_SantaTerezinha_BA_BA01, 22 Hermeuptychia_atalanta_SantaTerezinha_BA_BA02, 23 Hermeuptychia_atalanta_SantaTerezinha_BA_BA03, 24 Hermeuptychia_atalanta_Catuipe_RS_RS11, 25 Hermeuptychia_atalanta_Catuipe_RS_RS32, 26 Hermeuptychia_atalanta_Catuipe_RS_RS34, 27 Hermeuptychia_atalanta_Catuipe_RS_RS36, 28 Hermeuptychia_atalanta_Campos_Jordao_SP_CJ01, 29 Hermeuptychia_atalanta_Campos_Jordao_SP_CJ02, 30 Hermeuptychia_atalanta_Campos_Jordao_SP_CJ03, 31 Hermeuptychia_atalanta_Campos_Jordao_SP_CJ04, 32 Hermeuptychia_atalanta_Campos_Jordao_SP_CJ05, 33 Hermeuptychia_atalanta_FLONA_RS_RS74, 34 Hermeuptychia_atalanta_FLONA_RS_RS75, 35 Hermeuptychia_atalanta_FLONA_RS_RS98, 36 Hermeuptychia_atalanta_FLONA_RS_RS97, 37 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RC_R01, 38 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RC_R10, 39 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RC_R15, 40 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_SG_SI14, 41 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_SG_SI18, 42 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_SG_SI23, 43 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_CS_C01, 44 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_CS_C02, 45 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_CS_C12, 46 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_CS_C13, 47 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_CS_C23, 48 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_MJ_M02, 49 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_MJ_M18, 50 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_MJ_M24, 51 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RP_P06, 52 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RP_P07, 53 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RP_P14, 54 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RP_P15, 55 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_RP_P21, 56 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_SG_SII10, 57 Hermeuptychia_atalanta_Campinas_SP_SG_SII12, 58 Hermeuptychia_atalanta_Ananas_TO_TO03, 59 Hermeuptychia_atalanta_PortoMaua_RS_RS42, 60 Hermeuptychia_atalanta_PortoMaua_RS_RS77, 61 Hermeuptychia_atalanta_PortoMaua_RS_RS80, 62 Hermeuptychia_atalanta_Bozano_RS_RS70, 63 Hermeuptychia_atalanta_PortoAlegre_RS_RS95, 64 Hermeuptychia_atalanta_PortoMaua_RS_RS85, 65 Hermeuptychia_atalanta_Jaboticatubas_MG_MG11, 66 Hermeuptychia_atalanta_Jaboticatubas_MG_MG21, 67 Hermeuptychia_atalanta_Jaboticatubas_MG_MG22, 68 Hermeuptychia_atalanta_Carajas_PA_PA01, 69 Hermeuptychia_atalanta_Guaramiranga_CE_CE01, 70 Hermeuptychia_atalanta_Guaramiranga_CE_CE02, 71 Hermeuptychia_atalanta_Jaboticatubas_MG_MG12, 72 Hermeuptychia_atalanta_CruzeiroSul_AC_AC01, 73 Hermeuptychia_atalanta_MchalThaumaturgo_AC_AC02, 74 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS02, 75 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS03, 76 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS04, 77 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS05, 78 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS06, 79 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS07, 80 Hermeuptychia_atalanta_TresLagoas_MS_MS08, 81 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT06, 82 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT08, 83 Hermeuptychia_atalanta_Paranaita_MT_MT09, 84 Hermeuptychia_atalanta_SerraBocaina_SP_B01, 85 Hermeuptychia_atalanta_Jacarecanga_PA_PA07, 86 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J07, 87 Hermeuptychia_atalanta_Jundiai_SP_J27, 88 Hermeuptychia_atalanta_Xambia_TO_TO05, 89 Hermeuptychia_atalanta_Ananas_TO_TO02, 90 Hermeuptychia_atalanta_Ananas_TO_TO04, 91 Hermeuptychia_atalanta_Carajas_PA_PA03, 92 Hermeuptychia_atalanta_Jangada_MT_MT11, 93 Hermeuptychia_atalanta_Santos_SP_L04, 94 Hermeuptychia_atalanta_Amalfi_Antioquia_CO_CO12, 95 Hermeuptychia_atalanta_PuertoBerrio_Antioquia_CO_CO51, 96 Hermeuptychia_atalanta_Pirenopolis_GO_GO01, 97 Hermeuptychia_atalanta_Caparao_ES_ES01, 98 Hermeuptychia_fallax_Campinas_SP_RC_R18, 99 Hermeuptychia_fallax_Campinas_SP_RC_R23, 100 Hermeuptychia_fallax_Campinas_SP_RC_R25, 101 Hermeuptychia_fallax_Jundiai_SP_J02, 102 Hermeuptychia_fallax_Santos_SP_L08, 103 Hermeuptychia_fallax_Santos_SP_L09, 104 Hermeuptychia_fallax_Santos_SP_L06, 105 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