#NEXUS [written Sat Aug 10 13:48:26 EDT 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at spiekeries/192.168.2.10] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=96; TAXLABELS Phytophthora_colocasiae_P6317 Phytophthora_colocasiae_P6290 Phytophthora_bisheria_P10117 Phytophthora_capsici_P1319 Phytophthora_citricola_STEU6750 Phytophthora_citrophthora_3BO BO01 BO02 BO03 BO04 BO05 BO06 P0318_CTR1 P3078_CTR1 P3079_CTR1 P3771_CTR3 P7487_CTR1 Phytophthora_citrophthora_STEU6751 STEU7420 STEU7421 STEU7422 STEU7423 STEU7424 STEU7425 STEU7426 STEU7427 STEU7428 STEU7429 STEU7430 STEU7431 STEU7432 STEU7433 STEU7434 STEU7435 STEU7436 STEU7437 STEU7438 STEU7439 STEU7440 STEU7441 STEU7442 STEU7443 STEU7444 STEU7445 STEU7446 STEU7447 STEU7448 STEU7449 STEU7450 STEU7451 STEU7452 STEU7453 STEU7454 STEU7455 STEU7456 STEU7457 STEU7458 STEU7459 STEU7460 STEU7461 STEU7462 STEU7463 STEU7464 STEU7465 STEU7466 STEU7467 STEU7468 STEU7469 STEU7470 STEU7472 STEU7473 STEU7474 STEU7475 STEU7476 STEU7477 STEU7478 STEU7479 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BO02 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STEU7420 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STEU7421 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STEU7422 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STEU7426 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STEU7427 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STEU7429 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STEU7430 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STEU7431 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STEU7432 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STEU7433 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STEU7434 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STEU7436 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STEU7438 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STEU7439 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STEU7440 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STEU7444 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STEU7445 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STEU7446 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STEU7447 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STEU7450 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STEU7451 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STEU7452 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STEU7453 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STEU7456 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STEU7457 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STEU7458 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STEU7459 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STEU7460 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STEU7461 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STEU7462 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STEU7464 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STEU7468 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STEU7475 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STEU7476 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STEU7477 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STEU7478 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STEU7479 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STEU7480 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Vi11 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Vi12 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Vi21 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Vi22 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P1200_CTR2 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Phytophthora_botryosa_P6945 CTGCAGCTGGAGCGCATCAATGTGTACTACAACGAGGCTACGGGCGGCCGTTACGTGCCCCGCGCCATCCTCATGGATCTGGAGCCCGGCACAATGGACTCGGTCCGCGCAGGCCCCTACGGTCAGCTCTTCCGTCCGGACAACTTCGTGTTCGGCCAAACAGGCGCTGGTAACAACTGGGCCAAGGGACACTACACAGAGGGTGCTGAGCTGATCGACTCAGTGCTTGATGTCGTCCGTAAGGAGGCTGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCGCTTGGTGGCGGTACCGGTTCCGGTATGGGTACGCTTCTTATCTCGAAGATTCGTGAGGAGTACCCCGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCTAAGGTGTCGGACACTGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACGTTGTCGGTACACCAGCTTGTCGAGAACGCTGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGATATTTGCTTCCGTACGCTGAAGCTCACCACGCCCACCTACGGTGACCTGAACCACTTGGTGTGCGCTGCCATGTCCGGTATCACTACGTGTCTGCGTTTCCCCGGTCAGTTGAACTCGGACCTGCGTAAGTTGGCTGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTTATGATTGGTTTCGCTCCGTTGACCTCGCGTGGATCTCAGCAGTACCGTGCCCTCACGGTGCCTGAGCTGACCCAGCAACAGTTCGATGCCAAGAACATGATGTGTGCCGCTGATCCTCGCCACGGTCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGTGGACGGATGAGCACGAAGGAGGTCGACGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCATCGTACTTCGTTGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGCGTGTGTGATATTCCTCCCAAGGGTCTGAAGATGAGCACTACGTTCATTGGTAACTCGACCGCTATCCAGGAGATGTTCAAGCGTGTGTCCGAACAGTTTACGGCAATGTTCCGTCGTAAGGCTTTCTTGCAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACACGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCAGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTCGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCGATTACTATGTTATTAACCGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGTTGCTTGGCG-TTTTGCTG-------------------------------AGCCGCGCCCTATCATGGCGAATGTTTGGGCTTCGGTCTGGGCTAGTAGC-TTTTTGTTTTAAACCCATTTAACAATACTGATTATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTA--ACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATGTGCCAGATGTGAAGTGTCTTGCG-GTTTTTGTGCCTTCGGGCCGTGGGCCGCGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GCGCTTATTGTATGCTTTTCCTGCTGTGGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGCTTGGCTTTTGAATCGGCTTTGCTGTTGCGAAGTAGAGTGGCGGCTTCGGCTGTCGA-GTGTCGATCCA-TTTTGGGAACTTTTGTGTGCGCTTTCGAGTGTG---------------------------------------------- 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--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCACTACACAGAGGGTGCTGAGCTGATCGACTCGGTGCTTGATGTCGTCCGTAAGGAGGCTGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCGCTTGGTGGCGGTACCGGTTCCGGTATGGGTACGCTTCTTATCTCGAAGATTCGTGAGGAGTACCCCGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCTAAGGTGTCGGACACTGTCGTGGAGCCCTACAACGCCACGTTGTCGGTGCACCAGCTTGTCGAGAACGCTGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGATATTTGCTTCCGTACGCTGAAGCTCACCACGCCCACCTACGGTGACCTGAACCACTTGGTGTGCGCTGCCATGTCCGGTATCACAACGTGCCTGCGTTTCCCCGGTCAGTTGAACTCGGACCTGCGTAAGTTGGCTGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTTCACTTCTTCATGATTGGTTTCGCTCCGTTGACCTCGCGTGGATCTCAGCAGTACCGTGCCCTCACGGTGCCTGAGCTGACCCAGCAACAGTTCGATGCCAAGAACATGATGTGTGCCGCTGACCCTCGCCACGGTCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGGATGAGCACGAAGGAGGTTGACGAGCAGATGCTGAACGTGCAAAACAAGAACTCATCGTACTTCGTTGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGCGTGTGTGATATTCCTCCCAAGGGTCTGAAGATGAGCACTACGTTCATTGGTAACTCGACTGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGTGTGTCCGAACAGTTTACGGCAATGTTCCGTCGTAAGGCTTTCTTGCAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCTGGTAATCAAATTTTTATGGGTAATCATCAATTATATAATGTTATTGTTACTGCTCACGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCAGCTTTAATTGGGGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATATCATCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACCTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGTTGCTTGGCA-TTTTGCTG-------------------------------AGCCGCGCCCTATCATGGCGAATGTTTGGACTTCGGTCTGGGCTAGTAGC-TTTTTGTTTTAAA-CCATTTAACAATACTGATTATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTA--ACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATGTGCCAGATGTGAAGTGTCTTGCG-GTTTGTGTGCCTTCGGGCCGA-GGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-ACGCTTATTGTATGCTTTTCCTGCTGTGGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGCTTGGCTTTTGAATCGGCTTTGCTGTTGCGAAGTAGAGTGGCGGCTTCGGCTGTCGA-GTGTCGATCCA-TTTTGGGAACTTTTGTGTGCGCTTTCGAGTGTG---------------------------------------------- ; END; BEGIN TREES; Title 'Maximum likelihood phylogeny of Phytophthora clade 2 based on concatenated alignments of the beta-tubulin, COI and ITS regions'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Phytophthora_colocasiae_P6317, 2 Phytophthora_colocasiae_P6290, 3 Phytophthora_bisheria_P10117, 4 Phytophthora_capsici_P1319, 5 Phytophthora_citricola_STEU6750, 6 Phytophthora_citrophthora_3BO, 7 BO01, 8 BO02, 9 BO03, 10 BO04, 11 BO05, 12 BO06, 13 P0318_CTR1, 14 P3078_CTR1, 15 P3079_CTR1, 16 P3771_CTR3, 17 P7487_CTR1, 18 Phytophthora_citrophthora_STEU6751, 19 STEU7420, 20 STEU7421, 21 STEU7422, 22 STEU7423, 23 STEU7424, 24 STEU7425, 25 STEU7426, 26 STEU7427, 27 STEU7428, 28 STEU7429, 29 STEU7430, 30 STEU7431, 31 STEU7432, 32 STEU7433, 33 STEU7434, 34 STEU7435, 35 STEU7436, 36 STEU7437, 37 STEU7438, 38 STEU7439, 39 STEU7440, 40 STEU7441, 41 STEU7442, 42 STEU7443, 43 STEU7444, 44 STEU7445, 45 STEU7446, 46 STEU7447, 47 STEU7448, 48 STEU7449, 49 STEU7450, 50 STEU7451, 51 STEU7452, 52 STEU7453, 53 STEU7454, 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