#NEXUS [written Sat Dec 07 14:07:34 EST 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at spiekeries/192.168.2.10] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Phytophthora_katsurae_P6921 Phytophthora_heveae_P1000 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596 Phytophthora_bisheria_P10117 P1200_CTR2 Phytophthora_glovera_P10619 Phytophthora_capsici_P1319 Phytophthora_citricola_CBS_22188 Phytophthora_citricola_STEU6750 P3771_CTR3 Phytophthora_meadii_CBS_21988 Phytophthora_colocasiae_P6290 Phytophthora_colocasiae_P6317 Phytophthora_botryosa_P6945 Phytophthora_himalsilva_86 Phytophthora_himalsilva_73 Phytophthora_himalsilva_72 Phytophthora_himalsilva_44 Phytophthora_himalsilva_61 Phytophthora_himalsilva_60 Phytophthora_citrophthora_STEU6751 BO02 P3078_CTR1 P7487_CTR1 STEU7477 STEU7430 P3079_CTR1 P0318_CTR1 STEU7420 STEU7465 STEU7468 Vi11 STEU7423 Phytophthora_citrophthora_3BO ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'Concatenated B-tubulin, COX1 and ITS aligments including only representative strains'; 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Phytophthora_citricola_STEU6750 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P3771_CTR3 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Phytophthora_botryosa_P6945 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P3079_CTR1 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P0318_CTR1 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STEU7420 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STEU7465 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STEU7468 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Vi11 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STEU7423 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Phytophthora_citrophthora_3BO ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCCTGATCGACTCGGTGCTTGATGTCGTCCGTAAGGAGGCTGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCGCTTGGTGGCGGTACCGGTTCCGGTATGGGTACGCTTCTTATCTCGAAGATTCGTGAGGAGTACCCCGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCTAAGGTGTCGGACACTGTCGTGGAGCCCTACAACGCCACGTTGTCGGTACACCAGCTTGTCGAGAACGCTGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCTCTGTACGATATTTGCTTCCGTACGCTAAAGCTCACCACGCCCACCTACGGTGACCTGAACCACTTGGTGTGTGCTGCCATGTCCGGTATCACGACGTGCCTGCGTTTCCCCGGTCAGTTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCTGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTTATGATTGGTTTCGCCCCGTTGACCTCGCGTGGATCTCAGCAGTACCGTGCCCTCACGGTCCCTGAGCTGACCCAGCAACAGTTCGATGCTAAGAACATGATGTGTGCCGCTGACCCTCGCCACGGTCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGGATGAGCACGAAGGAGGTTGACGAACAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCATCGTACTTCGTTGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGTGTGTGTGATATTCCTCCCAAGGGTCTGAAGATGAGCACCACGTTCATTGGTAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGTGTGTCCGAACAGTTTACGGCAATGTTCCGTCGTAAGGCTTTCTTGCA-----------------------------------------------------------------------TCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACCGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTGTTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACCGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAGGTGTTGCTTGGCGTTTTTGCTG-------------------------------AGCCACGCCCTATCATGGCGAATGTTTGGACTTCGGTCTGGGCTAGTAGCTTTTTTGTTTTAAACCCATTTAACAATACTGATTATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTA--ACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAAAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATGTGCCAGATGTGAAGTGTCTTGCG-GTTTTTGTGCCTTCGGGCCAT-GGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGGCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GCGCTTATTGTATGCTTTTCCTGCTGTGGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGCTTGGCTTTTGAATCGGCTTTGCTGTTGCGAAGTAGAGTGGCGGCTTCGGCTGTCGA-GTGTCGATCCA-TTTTGGGAACGTTTGTGTGCGCTTTCGAGT----------- ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 2538; END; BEGIN TREES; Title 'ML Btub_COI_ITS'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Phytophthora_katsurae_P6921, 2 Phytophthora_heveae_P1000, 3 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596, 4 Phytophthora_bisheria_P10117, 5 P1200_CTR2, 6 Phytophthora_glovera_P10619, 7 Phytophthora_capsici_P1319, 8 Phytophthora_citricola_CBS_22188, 9 Phytophthora_citricola_STEU6750, 10 P3771_CTR3, 11 Phytophthora_meadii_CBS_21988, 12 Phytophthora_colocasiae_P6290, 13 Phytophthora_colocasiae_P6317, 14 Phytophthora_botryosa_P6945, 15 Phytophthora_himalsilva_86, 16 Phytophthora_himalsilva_73, 17 Phytophthora_himalsilva_72, 18 Phytophthora_himalsilva_44, 19 Phytophthora_himalsilva_61, 20 Phytophthora_himalsilva_60, 21 Phytophthora_citrophthora_STEU6751, 22 BO02, 23 P3078_CTR1, 24 P7487_CTR1, 25 STEU7477, 26 STEU7430, 27 P3079_CTR1, 28 P0318_CTR1, 29 STEU7420, 30 STEU7465, 31 STEU7468, 32 Vi11, 33 STEU7423, 34 Phytophthora_citrophthora_3BO; TREE 'Btub, COI, and ITS ML - only representative strains included' = (((((((((((((((((28:2.0E-10,24:2.88E-8)15:2.66E-8,26:3.44E-8)7:3.05E-8,27:0.0030642386)52:9.924533E-4,23:2.0E-10)75:0.0054959773,((25:2.0E-10,22:0.0010043152)9:2.022E-6,29:2.49E-8)0:2.88E-8)1:2.88E-8,((33:9.985613E-4,30:2.0E-10)1:2.83E-8,(31:0.0019939535,21:9.918705E-4)1:2.697E-6)2:3.6561E-6)1:3.73E-8,32:5.89E-8)61:0.0052591987,34:0.0080158742)100:0.0203441508,((20:2.62E-8,19:2.0E-10)82:0.0011188877,18:0.0022514779)95:0.0034444383[%triangled = on ])43:0.0010771214,((17:3.29E-8,16:2.0E-10)65:2.95E-8,15:2.0E-10)92:0.002270396[%triangled = on ])79:0.0090867152,14:0.0177589284)48:0.0010433884,(((13:2.0E-10,12:2.88E-8)100:0.0151647461[%triangled = on 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Phytophthora_himalsilva_72, 18 Phytophthora_himalsilva_44, 19 Phytophthora_himalsilva_61, 20 Phytophthora_himalsilva_60, 21 Phytophthora_citrophthora_STEU6751, 22 BO02, 23 P3078_CTR1, 24 P7487_CTR1, 25 STEU7477, 26 STEU7430, 27 P3079_CTR1, 28 P0318_CTR1, 29 STEU7420, 30 STEU7465, 31 STEU7468, 32 Vi11, 33 STEU7423, 34 Phytophthora_citrophthora_3BO; TREE 'Btub, COI, and ITS BA - only representative strains included' = (((((((((((28:6.54E-4,27:0.007679,26:6.46E-4,24:6.57E-4)0.98:0.003014,23:7.39E-4)1:0.013944,33:0.002961,32:6.65E-4,31:0.004918,30:6.72E-4,29:6.74E-4,25:6.68E-4,22:0.002826,21:0.001994):0.013802,34:0.020206)0.99:0.052206,((20:7.68E-4,19:7.95E-4)0.87:0.003369,18:0.006566)0.99:0.010165[%triangled = on ])1:0.003056,(17:7.32E-4,16:7.3E-4,15:7.17E-4)0.99:0.006632[%triangled = on ])0.6:0.023706,(((13:6.69E-4,12:7.42E-4)1:0.038129[%triangled = on 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