#NEXUS [written Sat Dec 07 14:08:53 EST 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at spiekeries/192.168.2.10] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Phytophthora_katsurae_P6921_HQ261346 Phytophthora_heveae_P1000_HQ261321 Phytophthora_multivesiculata_P10670_HQ261371 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596_HQ708340 Phytophthora_bisheria_P11311_HQ261249 Phytophthora_bisheria_P7191_HQ261248 Phytophthora_bisheria_P10117_HQ261250 P1200_CTR2 P1212_HQ261453_CTR2 Phytophthora_siskiyouensis_P16301_HQ261419 Phytophthora_siskiyouensis_P15122_HQ261421 Phytophthora_mengei_P10139_HQ261366 Phytophthora_mengei_P1275_HQ261365 Phytophthora_tropiclalis_CBS_43491_HQ708417 Phytophthora_tropicalis_P6522_HQ261467 Phytophthora_glovera_P10619_HQ261436 Phytophthora_capsici_P1319_HQ261266 Phytophthora_capsici_P10386_HQ261267 Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133459 Phytophthora_citricola_CBS_22188_HQ708269 Phytophthora_botryosa_P3425_HQ261256 Phytophthora_botryosa_CBS_58169_HQ708222 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AATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTCTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------- Phytophthora_citrophthora_CBS_111338_HQ708275 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AATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTCTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------- STEU7420 AATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTCTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------- Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133458 AATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTCTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------- P7487_CTR1 AATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTCTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------- ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 797; END; BEGIN TREES; Title ML_COI; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Phytophthora_katsurae_P6921_HQ261346, 2 Phytophthora_heveae_P1000_HQ261321, 3 Phytophthora_multivesiculata_P10670_HQ261371, 4 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596_HQ708340, 5 Phytophthora_bisheria_P11311_HQ261249, 6 Phytophthora_bisheria_P7191_HQ261248, 7 Phytophthora_bisheria_P10117_HQ261250, 8 P1200_CTR2, 9 P1212_HQ261453_CTR2, 10 Phytophthora_siskiyouensis_P16301_HQ261419, 11 Phytophthora_siskiyouensis_P15122_HQ261421, 12 Phytophthora_mengei_P10139_HQ261366, 13 Phytophthora_mengei_P1275_HQ261365, 14 Phytophthora_tropiclalis_CBS_43491_HQ708417, 15 Phytophthora_tropicalis_P6522_HQ261467, 16 Phytophthora_glovera_P10619_HQ261436, 17 Phytophthora_capsici_P1319_HQ261266, 18 Phytophthora_capsici_P10386_HQ261267, 19 Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133459, 20 Phytophthora_citricola_CBS_22188_HQ708269, 21 Phytophthora_botryosa_P3425_HQ261256, 22 Phytophthora_botryosa_CBS_58169_HQ708222, 23 Phytophthora_botryosa_P1044_HQ261257, 24 Phytophthora_botryosa_P6945_HQ261254, 25 Phytophthora_botryosa_P6944_HQ261255, 26 Phytophthora_meadii_CBS_21988_HQ708324, 27 P3771_CTR3, 28 Phytophthora_aff_botryosa_CBS_23828_HQ708213, 29 Phytophthora_aff_botryosa_CBS_23530_HQ708214, 30 Phytophthora_colocasiae_P6317_HQ261286, 31 Phytophthora_colocasiae_P6290_HQ261287, 32 Phytophthora_meadii_P6128_HQ261354, 33 Phytophthora_himalsilva_73_HM752800, 34 Phytophthora_himalsilva_86_HM752801, 35 Phytophthora_himalsilva_72_HM752799, 36 Phytophthora_himalsilva_44_HM752796, 37 Phytophthora_himalsilva_61_HM752798, 38 Phytophthora_himalsilva_60_HM752797, 39 Phytophthora_citrophthora_P10368_HQ261282, 40 Phytophthora_citrophthora_CBS_111339_HQ708274, 41 Phytophthora_citrophthora_PCRh71_HM752781, 42 Phytophthora_citrophthora_P10341_HQ261283, 43 Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752780, 44 P3079_CTR1, 45 Phytophthora_citrophthora_CBS_95087_HQ708272, 46 P3078_CTR1, 47 Phytophthora_citrophthora_CBS_111726HQ708273, 48 BO02, 49 STEU7423, 50 P0318_CTR1, 51 Phytophthora_citrophthora_CBS_111338_HQ708275, 52 STEU7468, 53 STEU7430, 54 STEU7420, 55 Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133458, 56 P7487_CTR1; TREE 'COI ML - only representative strains included' = ((((((((((((((((((((((((51:1.0E-10,49:0.0017042989)22:1.00303E-5,47:1.0E-10)59:8.3441E-6,48:0.0016567039)26:1.03581E-5,52:0.0033958083)79:8.25E-8,53:1.0E-10)7:1.008E-7,55:1.0E-10)3:1.008E-7,56:1.0E-10)0:8.39E-8,45:9.98E-8)0:8.69E-8,54:1.0E-10)2:8.88E-8,50:1.0E-10)2:8.29E-8,46:1.0E-10)8:8.78E-8,44:1.0E-10)88:0.0031855247,((((41:1.0E-10,40:8.07E-8)20:1.024E-7,43:1.0E-10)66:1.133E-7,39:1.0E-10)40:9.82E-8,42:1.0E-10)95:0.005238295)100:0.0121659866,(((38:9.47E-8,37:1.0E-10)94:0.0019323992,36:0.0038415136)92:0.0076250058[%triangled = on ],((35:1.338E-7,34:1.0E-10)80:9.04E-8,33:1.0E-10)91:0.0039567598[%triangled = on ])48:0.0017937945)31:0.0019692628,32:0.0035531206)22:0.0017398576,((31:1.0E-10,30:1.0E-10)99:0.0127113481[%triangled = on 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