#NEXUS
[written Tue Sep 03 16:27:00 HKT 2013 by Mesquite  version 2.71 (build 514) at Saunders.local/147.8.76.100]

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	Ambavia_gerrardii                     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	Cananga_odorata                       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	Mkilua_fragrans                       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	Xylopia_peruviana                     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	Goniothalamus_griffithii              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	Annona_glabra                         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	Disepalum_platipetalum                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	Uvaria_lucida                         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	Dasymaschalon_macrocalyx              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	Annickia_affinis                      GAGTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCTGCGGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGACCTGCGAATTCCTACTTCTTATATCAAGACTTTCCAGGGCCCGCCCCATGGCATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGCCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGGTTATCCGCCAAGAACTACGGTAGGGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGCTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCACTTTTTAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCCGTATTTGCCAGGGAATTAGGAGCTCCCATCGTAATGCATGACTACTTAACGGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACAACGGCCTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGGGACATCACTTTGGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTTTGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGCGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCTTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAATTTGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGGGTGGCTTTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGGAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTCATGGTAATGAAATTATTCGTGAAGCTAGCAAATGGAGCCCTGAATTAGCTGCTGCTTGTGAGGTATGGAAGGAGATCAAATTCGAATTCGAAGCAATGGATACGTTGGATTCTGGAAATCTTGGTTCAAATACTTCACTCTTGGATACAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGACTATCAGAATTCGAATAGTCTCAATGCTCCAAAGAAATCCATTTCCCTTTGTTCAAAAGAGAATCGAAGATTCTTCTTGTTCATATATAATTTTCATGTATATGAATGTGAATCGGTATTTGTTTTTCTCCGTAAACAATCTTCTCATTTACGATCAACATCCTTTGGAACTGTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTGTAGTAGTGCTTCATAATGATTTTCAGAAGACCCTATGGTTGTTCAAGGACCCTTTTATGCATTATGTCAGATATCAAGGAAAATCCATTCTGGCTTCAAAGGGGACTCATCTTTGGATGAAGAAATGGAAATCTTACCTTGTCCGTTTTTGGCAATCTCATTTTTACTTGTGGTCTCAACCGGACAGGATCCATATAAACCAATTATACAATCATTCTTTCTATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTGTACGACGAAATCCTTCGATGGTAAGGAGTCAAATGTTAGAGAATTCATTTCTAATAGAGACTTCTATAAAGAAATTTGAGACCCTAATTCCAATTATTCCTCTGATTGGATCATTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTATCAGGGCMCCYTATTAGTAAGCCGGCCCGGGCCGATTCGTCCGATTCTGATATTMTCAATCGATTTGGGCGGATATACAGAAATCTTTCTATATCAACAGGATTGGGACTTCTGCTTGTTCCGACTGCGACAAAAAATGCTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCTAGTGTTTCATTGTTAAGTATAGTTATGGTTTTTTCGGCCGATCTATCTATTCAACAAATAAATGGCAGTTCCGTCTATCAATATCTATGTTCTTGGACTATCAATAATGATTTTTCTTTCGAGTTCGGCCATTTAATCGACCCACTTACTTCTATTATGTCAATACTAATCACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCATGATCAAGGATATTTGAGATTTTTGACTTCTATGAGTTTTTCCACTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTGGGAATGTGTTCGTATCTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCAATTGCGGCAAATGCTTGTCAAAAGGCGTTTGTAACGAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATCTTAGGTTTTTATTGGATAMCGGGTAGTTTTGAATTTCGGGATTTATTCGAAATCTTCAATAACTTGATCCATAATAATGGGGTCAATTCTTTATTTACTATTTTGTGTGCCTTCCTATTATTCGTCGGTGCAGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGGCCTACTCCTATTTCGGCTCTTATACATGCTGCCACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTTGCTCGGCTTTTTCCCCTTTTCACAGTTATACCTCACATAATGTGTCTTATTTCTTTGATAGGTATAATAACGGTACTATTAGGAGCTACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGGAGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCCAGGGATAGGTTCTTATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCGAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCTATTGTTGGCTATTCTCCAGATAAAAGTCAGAACATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATATGTGCCAATTACAAAAACTACTTTTTTAGTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATCCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCCATCTTCGCGATAATAGCTTGTTCCACAGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAGGGGCATTTACGCGTTCAGTTTAAAAATTACAGTGGCACTAAAAATAGTTCGTTCTATTCAATATCTATATGGGGGAAAGAAGGGCCAGAACTGG------TTAACAAAAATTTACCTTTCTCAGCAATTAGTAATAATAAT------GAAAAGGTTTCTTTTTTTTCGAATAAGATATATCAA---------ATTGATGGGAATGTACGAAATATGATTCAATCCTTTAGTACTCACTCTGACAATAAAGACACTTCC------ATATATCCCCATGAATCGGACAATACTATGCTATTACCCTTACTTGTATTGTTCCTATTTACTTTGTTTGTCGGGTCCATAGGAATTCCCTTCGATCAGGTAGGAATGGCTTTTGATATATTATCAAAATGGTTAACCCCATCGATAAACCTTTTACATCAAAATTTGAACTATTCTGTGGATTGGTATGGATTTGTG---ATAAATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCCAATTTCGGAATATTCATAGCGTCTCTTTTCTATGGGTCTGTTTATTCATCTTTTCGTAATTTAGACTTAATTAATTCATTTGTGAAAATGGGTCCTAAGAGAATTTTCTTGGACCGAATAATAAATGGAATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGTTTTTTATGCAACATCCTTAATTAAGGGTATAAGACAATTAGCCCAACTAACTCATTTTTTTGATAAACGAATAATTGACGGAATTACGGGTATGGAAACCTACTAAGTGAGAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTGTTCAGAAAACAAG-ATTCAGAAAGCGAGAATCAAAAACAAAAAAAAA--GGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATAGAGTTGACTGCATTGGTAGGGGAATTCTTT-------------------CCTTCT---------ATCCAAAC-----GAC-AGAAAGGA-----TGACCTTGT----ATATGTACGTATACATACTGAAACATCAAACGATTAATCACGACTCGAATCAGTATTTTTTTATATGAAAAA-TTTCAGAATAGAAGGATTGTGAATTGATTCCAAGTTGAAGGAAGAA------------TCGAATATTCAGAGATCAAATCATTCATTCCCGAGTCTAATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGA------CGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACAGACAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAT----------------AAAAAAGGCCC--ATT-TT-CCCCCCCAACC--CAACCATT----TATCCCTCTTTTTC-----GTCAGTTCTTCAAAA-----------TTCGTTATGTTTCTCATTCACTCTACTCTTTCACAAA--TGGGTCCG-----ACCAGAAATGTTTCTCTCT------TATCACAA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	Greenwayodendron_oliveri              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	Piptostigma_mortehani                 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	Maasia_sumatrana                      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	Onychopetalum_periquino               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	Malmea_dielsiana                      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	Pseudoxandra_lucida                   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	Mosannona_costaricensis               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	Fenerivia_chapelieri                  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	Monocarpia_euneura                    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	Alphonsea_boniana                     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	Haplostichanthus_johnsonii            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	Polyalthia_cerasoides                 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	Sageraea_lanceolata                   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	Mitrephora_alba                       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	Phaeanthus_splendens                  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	Neouvaria_telopea                     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	Undescribed_genus                     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	Desmopsis_schippii                    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	Stenanona_costaricensis               GAGTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCTGCGGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACTAATATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGACTTGCGAATTCCTATTTCTTATATCAAGACTTTCCAGGGTCCGCCCCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGCCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGGTTATCCGCCAAGAACTACGGTAGGGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGCTGGAGAGACCGTTTCTGCTTTTGTGCCGAAGCACTTTTTAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCCATATTTGCCAGGGAATTGGGAGTTCCCATCGTAATGCATGACTACTTAACGGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACAACGGCCTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGGGACATCACTTTGGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTTTGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGCGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCTTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAATTCGGTGGAGGAACTTTAGGGCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGGGTGGCTTTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGGAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTCAGGGTAATGAAATTATTCGTGAAGCTAGCAAATGGAGCCCTGAATTAGCTGCTGCTTGTGAGATATGGAAGGAGATCAAATTCGAATTCGAAGCAATGGATACGTTGGATTCTGGAAATCTTGGTTCAAATACTTCACTCTTGGATACAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGACTATCAGAATTCGAATAGTCTCCATGCTCCAAAGAAATCCATTTCCCTTTGTTCAAAAGAGAATCGAAGATTCTTTTTGTTCATATATAATTTTCATGTATATGAATGCGAATCGGTATTTGTTTTTCTCCGTAAACAATCTGATCATTTACGATCAACATCCTTTGGAACTGTTCTTGAGCGAACGCATTTTTATGGAAAAATAGAACATCTTGTTGTAGTGCTTCGTAATGATTTTCATAAGACCTTATGGTTGTTCAAGGACCCTTTTATGCATTATGTCAGATATCAAGGAAAATCCATTCTGGCTTCAAAGGGTACTCATCTTCGTATGAAGAAATGGAAATCTTACCTTGTCCGTTTTTGGCAATCTCATTTTTACTTGTGGTCTCAACCGGACAGGATCCATATAAACCAATTATACAATCATTCTTTCTATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTATACGACGAAATCCTTCGGTGGTAAGGAGTCAAATGTTAGAGAATTCATTTCTAATCGAGACTTCTATAAAGAAATTTGAGACCCTAATTCCAATTATTCCTCTGATTGGATCGTTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTATCAGGGCACCCTATTAGTAAGCCGGCCCGGGCCGATTCGTCCGATTCTGATATTATCAATCGATTTGGGCGGATATACAGAAAACTTTCTATATCA?TAGGAT????ACTTCTACTTGT?CCGACTGTGACAAAA??TGCTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCTAGTGTTTCATTGTTAAGTATAGTTATGGTTTTTTCGGCCGATATGTCTATTCAACAAATAAATGGCAGTTCCGTCTATCAATATCTATGTTCTTGGACTATCAATAATGATTTTTCTTTCGAGTTCGGCCATTTAATCGACCCACTTACTTCTATTATGTCAATACTAATCACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTACTTCTATGAGTTTTTCCACTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTAGGAATGTGTTCGTATCTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAATGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACGAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATCTTAGGCTTTTATTGGATAACGGGTAGTTTTGAATTTCGGGATTTGTTCGAAATTTTGAATAACTTGATCCATAATAATAGGGTAAATTCTTTATTTTCTATTCTGTGTGCCTTCCTATTATTCGTCGGTGCAGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGGCCTACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCTGCCACTATGGTAGCAGCAGGAATTTTTCTTGTTGCTCGACTTTTTCCTCTTTTCACAGTCATACCTCACATAATGTGTCTTATTTCTTTGATAGGTATAATAACGGTACTTTTAGGAGCTACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGGAGTTTAGCCTATTCTACRATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCCAGGGATAGGTTCTTATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCGAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAATCTATTGTTGGTTATTCTCCAGATAAAAGTCAGAACATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATATGTGCCAATTACAAAAACTACCTTTTTAGTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAGGATGAAATCCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCTATCTTTGCGATAATAGCTTGTTCCACAACAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGCGGGGCATTTACGAATTCAGTTTCAAAATTACAGTGGCACTAAAAAAAGTTCGTTCTATTCAATATCTATATGGGGGAAAGAAAGGCCGGAACTGG------TTAACAAAAATTTACCTTTCTTAGCAATTAAGAATAATAAT------GAAAAGGTTTCTTTTTTTTCGAATAAGATATATCAA---------ATTGATGGAAATGTACGAAATCTGATTCAATCTTTTATTACTCACTCTGACAATAAAGACACTTCC------ATATATCCCCATGAATCGGACAATACTATGCTATTGCCCTTACTTGTATTGTTCCTATTTACTTTGTTCGTCGGGTCCATAGGAATTCCCTTCGATCAAATAGGAATGGATTTTAATATATTATCAAAATGGTTAACCCCATCGATAAACCTTTTACATAAAAATTTGAACTATTCTGTGGATTGGTATGAATTTGTG---ACAAATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCCTTTTTCGGAATATTCATGGCGTCTCTTTTCTATGGGTCTGTTTATTCATCTTTTCAGAATTTAGACTTAATTAATTCTTTTGTAAAAATGGGTCCTAAGAGAATTTTCTTGGACCGAATAATATATGGRATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTTTATGCAACATCCCTAATTAAGGGTATAAGAGGATTAGCCCAACTAACTCATTTTTTTGATAAACGAATAAWWGATGGAATTACAGGTATGGAAACCTACTAAGTGAGAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTGTTCAGAAAACAAG-GTTCAGAAAGCGAGAATCAAAAACAGAAAAA----GGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATAGAGTTGACTGCATTGGTAGGGGAATTCTTT-------------------CCTTCT---------ATCCAAAC-----GAC-AGAAAGGA-----TGACCTTGT----ATACGTACGTATACATACTGAAACATCAAACGATTAATCACGACTCGAATCAGTCTTTTTTTATATGAAAAA-TTTCAGAATAGAAGGATTGTGATTTGATTCCAAGTTGAAGGAAGAA------------TCGAATATTCAGAGATCAAATCATTCATTCCCGAGTCTAATAGATCTTTAGAATAACTGATTAATCGGA------CGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACAGACAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAT-----------------AAAAAGGCCC--ATT-TT-CCCCCC-------CAACCATT----TATCTCTCTTTTTT-----GTCAGTTCTTCAAAA-----------TTCGTTATGTTTCTCATTCACTCTACTCTTTCACAAA--CGGGTCCG-----ACCAGAAATGTTTCTCTCT-TCTCTTATCACAA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	M_hainanensis                         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	Meiogyne_dumetosa                     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	Polyalthia_amicorum                   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTGGAAATCTTGGTTCAAATACTTCACTCTTGTATCCAAGATGCTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGACTATCAGAATTCGAATAGTCCCCATGCTCCAAAGAAATCCATTTCCCTTTGTTCAAAAGAGAATCGAAGATTCTTTTTGTTCATATATAATTTTCATGTATATGAATGCGAATCGGTATTTGTTTTTCTCCGTAAACAATCTGATCATTTACGATCAACATCCTTTGGAACTGTTCTTGAGCGAACGCATTTTTATGGAAAAATAGAACATCTTGTAGTAGTGCTTCGTAATGATTTTCATAAGACCCTATGGTTGTTCAAGGACCCTTTTATGCATTATGTCAGATATCAAGGAAAATCCATTCTGGCTTCAAAGGGGACTCATCTTCGTATGAAGAAATGGAAATCTTACCTTGTCCGTTTTTGGCAATCTCATTTTTACTTGTGGTCTCAACCGGACAGGATCCATATAAACCAATTATACAATCATTCTTTCTATTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTATACGACGAAATCCTTCGGTGGTAAGGAGTCAAATGTTAGAGAATTCATTTCTAATCGAGACTTCTATAAAGAAATTTGAGACCCTAATTCCAATTATTCCTCTGATTGGATCGTTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTATCAGGGCACCCTATTAGTAAGCC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCGAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAATCTATTGTTGGCTATTCTCCAGATAAAAGTCAGAACATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATATGTGCCAATTACAAAAACTACCTTTTTAGTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAGGATGAAATCCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCCATCCTTGCGATAATAGCTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCAGTCTTTTTTTATATGAAAAA-TTTCAGAATAGAAGGATTGTGATTTGATTCCAAGTTGAAGGAGGAA------------TCGAATATTCAGAGATCAAATCATTCATTCCCGAGTCTAATAGATCTTTAGAATAACTGATTAATCGGA------CGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACAGACAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAT-----------------AAAAAGGCCC--ATT-TT-CCCCCC-------CAACCATT----TATCTCTCTTTTTT-----GTCAGTTCTTCAAAA-----------TTCGTTATGTTTCTCATTCACTCTACTCTTTCACAAA--TGGGTCCG-----ACCGTAAATGTTTCTCTCT-TCTCTTATCACAAGTTTTGTGATAGATATGATGTACGTACATACGCACAAATGAACAGATAATGAATGGGCTGGGCAA-AGAA-TCTCCACTATTGAATCATTCACAGTAATATCATTACTCTTATACAA-TACAAAGTCTCCTTTTTT---------------------------------------------AGGGTACAAGAAATTCCAGGACCTAGGTAAGATTTTGTAATGTTTTTTGAGTGTCTTTAATT------GACATAGACC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????

;



END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  8868;

END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "MPF4_part_branl.nex.con"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Anaxagorea_silvatica,
		2 Ambavia_gerrardii,
		3 Cananga_odorata,
		4 Mkilua_fragrans,
		5 Xylopia_peruviana,
		6 Goniothalamus_griffithii,
		7 Annona_glabra,
		8 Disepalum_platipetalum,
		9 Uvaria_lucida,
		10 Dasymaschalon_macrocalyx,
		11 Annickia_affinis,
		12 Greenwayodendron_oliveri,
		13 Piptostigma_mortehani,
		14 Maasia_sumatrana,
		15 Onychopetalum_periquino,
		16 Malmea_dielsiana,
		17 Pseudoxandra_lucida,
		18 Mosannona_costaricensis,
		19 Fenerivia_chapelieri,
		20 Monocarpia_euneura,
		21 Alphonsea_boniana,
		22 Haplostichanthus_johnsonii,
		23 Polyalthia_suberosa,
		24 Platymitra_macrocarpa,
		25 Miliusa_indica,
		26 Polyalthia_cerasoides,
		27 Orophea_spec,
		28 Marsypopetalum_crassum,
		29 Pseuduvaria_fragrans,
		30 Popowia_pisocarpa,
		31 Stelechocarpus_burahol,
		32 Sageraea_lanceolata,
		33 Mitrephora_alba,
		34 Trivalvaria_costata,
		35 Polyalthia_lateriflora,
		36 Enicosanthum_fuscum,
		37 Phaeanthus_splendens,
		38 Neouvaria_telopea,
		39 Undescribed_genus,
		40 Sapranthus_viridiflorus,
		41 Tridimeris_sp,
		42 Desmopsis_schippii,
		43 Stenanona_costaricensis,
		44 M_hainanensis,
		45 M_mindorensis,
		46 M_virgata,
		47 M_monosperma,
		48 Meiogyne_sp_2,
		49 Meiogyne_sp_1,
		50 M_pannosa,
		51 M_cylindrocarpa_subsp_cylindrocarpa1,
		52 M_cylindrocarpa_subsp_cylindrocarpa2,
		53 M_baillonii,
		54 M_lecardii,
		55 M_glabra,
		56 M_verrucosa,
		57 M_cylindrocarpa_subsp_trichocarpa1,
		58 M_cylindrocarpa_subsp_trichocarpa2,
		59 M_hirsuta,
		60 M_stenopetala,
		61 Fitzalania_heteropetala,
		62 Fitzalania_bidwillii1,
		63 Fitzalania_bidwillii2,
		64 Polyalthia_amygdalina,
		65 Polyalthia_habrotricha,
		66 Polyalthia_laddiana,
		67 Meiogyne_cylindrocarpa_Guam,
		68 Meiogyne_dumetosa,
		69 M_stenopetala_subsp_insularis,
		70 Polyalthia_amicorum;
	TREE con_50_majrule = (1:0.054517,(2:0.025509,3:0.020345)1.00:0.021179,((4:0.071375,(5:0.043005,((6:0.052991,(7:0.04208,8:0.029649)1.00:0.004761)1.00:0.01237,(9:0.032985,10:0.030979)1.00:0.017767)1.00:0.013976)1.00:0.011506)1.00:0.005468,((11:0.011027,(12:0.015488,13:0.013295)1.00:0.003145)0.91:0.001025,(14:0.012383,15:0.009699,16:0.013653,(17:0.00657,18:0.013781)0.74:9.54E-4,19:0.011283,(20:0.005882,(((21:0.010186,24:0.004853)1.00:0.001357,33:0.006386)0.99:0.001031,((22:0.004897,23:0.008115)1.00:0.004692,30:0.011097)1.00:0.001581,(25:0.013612,26:0.012156)0.53:0.00116,27:0.010867,(28:0.015637,34:0.007294)1.00:0.002282,29:0.010572,((31:0.007264,32:0.003353)0.99:0.001157,(((35:5.68E-4,36:0.001447)1.00:0.004811,38:0.006081)1.00:0.001462,37:0.008744)0.60:3.8E-4)0.82:8.42E-4,((39:0.005002,((40:0.007365,41:0.006666)1.00:0.00251,(42:0.004878,43:0.003114)1.00:0.003494)1.00:0.001364)0.85:4.54E-4,(44:0.005513,((45:0.00284,46:0.002444)0.68:5.21E-4,((((47:0.003883,50:0.003882)0.99:5.63E-4,(48:0.002042,49:0.001255)1.00:9.48E-4)0.97:2.51E-4,((52:0.001189,67:0.003207)1.00:0.001205,(53:0.001647,(54:0.001165,55:0.002135)1.00:0.002165,(56:0.001679,(57:1.22E-4,58:2.49E-4)1.00:0.001935)1.00:0.001609,(59:0.00221,(60:0.002192,(61:0.001819,(62:1.7E-4,63:1.66E-4)1.00:0.0025)1.00:0.00105)0.60:2.39E-4)1.00:0.001003,(((64:9.94E-4,65:3.17E-4)1.00:0.001143,(66:0.004074,69:8.66E-4)0.62:6.44E-4)0.54:0.001146,70:0.003665)1.00:0.002981,68:0.002346)0.63:3.89E-4)1.00:0.001055)0.99:3.7E-4,51:0.002796)0.99:6.02E-4)1.00:0.001005)1.00:0.001152)0.99:2.97E-4)1.00:0.003087)1.00:0.003054)1.00:0.006384)1.00:0.00818)1.00:0.003456);
	TREE con_50_majrule = (1:0.054517,(2:0.025509,3:0.020345):0.021179,((4:0.071375,(5:0.043005,((6:0.052991,(7:0.04208,8:0.029649):0.004761):0.01237,(9:0.032985,10:0.030979):0.017767):0.013976):0.011506):0.005468,((11:0.011027,(12:0.015488,13:0.013295):0.003145):0.001025,(14:0.012383,15:0.009699,16:0.013653,(17:0.00657,18:0.013781):9.54E-4,19:0.011283,(20:0.005882,(((21:0.010186,24:0.004853):0.001357,33:0.006386):0.001031,((22:0.004897,23:0.008115):0.004692,30:0.011097):0.001581,(25:0.013612,26:0.012156):0.00116,27:0.010867,(28:0.015637,34:0.007294):0.002282,29:0.010572,((31:0.007264,32:0.003353):0.001157,(((35:5.68E-4,36:0.001447):0.004811,38:0.006081):0.001462,37:0.008744):3.8E-4):8.42E-4,((39:0.005002,((40:0.007365,41:0.006666):0.00251,(42:0.004878,43:0.003114):0.003494):0.001364):4.54E-4,(44:0.005513,((45:0.00284,46:0.002444):5.21E-4,((((47:0.003883,50:0.003882):5.63E-4,(48:0.002042,49:0.001255):9.48E-4):2.51E-4,((52:0.001189,67:0.003207):0.001205,(53:0.001647,(54:0.001165,55:0.002135):0.002165,(56:0.001679,(57:1.22E-4,58:2.49E-4):0.001935):0.001609,(59:0.00221,(60:0.002192,(61:0.001819,(62:1.7E-4,63:1.66E-4):0.0025):0.00105):2.39E-4):0.001003,(((64:9.94E-4,65:3.17E-4):0.001143,(66:0.004074,69:8.66E-4):6.44E-4):0.001146,70:0.003665):0.002981,68:0.002346):3.89E-4):0.001055):3.7E-4,51:0.002796):6.02E-4):0.001005):0.001152):2.97E-4):0.003087):0.003054):0.006384):0.00818):0.003456);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  8868;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  8868;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 6271035594024270317;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 3890536530532036176;
			checksumv 0 2 152747588 null;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 325;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1236 544;
			setLocation -42 214;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #6271035594024270317 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #6271035594024270317;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 911 477;
					setLocation -42 214;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam;
					endTell;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #6271035594024270317  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 805.1378196725220.3015671334490405459;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 911 477;
					setLocation -42 214;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
						endTell;
						setEdgeWidth 6;
						orientUp;
						setCornerMode Right_Angle  50;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;

exclude 4809 -4831 5413 -5441 6321 -6337 6435 -6450;
BEGIN MRBAYES;
log start filename = MPF4_part.log;
CHARSET rbcL = 1 -1374;
CHARSET matK = 1375 -2144;
CHARSET ndhF = 2145 -4204;
CHARSET trnLF = 4205 -5263;
CHARSET ndhFrpl32 = 5264 -5952;
CHARSET rpl32trnL = 5953 -7235;
CHARSET ycf1 = 7236 -8868;
partition favored = 7 : trnLF , matK , rbcL , ndhF , ndhFrpl32 , rpl32trnL , ycf1;
set partition = favored;
lset applyto = ( 1 ) nst = 6 rates = invgamma;
lset applyto = ( 2 ) nst = 6 rates = gamma;
lset applyto = ( 3 ) nst = 6 rates = invgamma;
lset applyto = ( 4 ) nst = 6 rates = gamma;
lset applyto = ( 5 ) nst = 6 rates = invgamma;
lset applyto = ( 6 ) nst = 6 rates = invgamma;
lset applyto = ( 7 ) nst = 6 rates = invgamma;
unlink statefreq = ( all ) revmat = ( all ) shape = ( all ) pinvar = ( all );
prset applyto = ( all )  ratepr = variable;
mcmcp nruns = 2 temp = 0.08 ngen = 10000000 samplefreq = 1000 printfreq = 1000 nchains = 4 savebrlens = yes;
mcmc;
sumt burnin = 2500;

END;