NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:10:07]
[Matrix accession#: M2542]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2542;
	DIMENSIONS  NTAX=8;
	TAXLABELS
		Pomatoschistus_marmoratus	Pomatoschistus_microps	Pomatoschistus_minutus	Pomatoschistus_norvegicus	Pomatoschistus_lozanoi	Pomatoschistus_pictus	Gobiusculus_flavescens	Gobius_paganellus
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2542;
	DIMENSIONS NCHAR=786;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Pomatoschistus_marmoratus       CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCCCCTCTTGTTCCCCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTGTGAAGGACTAACAGTGAGCATAATTGGCACAGCCTAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTCACTGAGCCAGTGAAAACGAACGATGCcTTGAAACAACCATCTGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGCAGTAGAGCGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTCTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATGAAAACATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCGAACGTTAAGACCCCTGGGCCAACAGCTACAACCAAGTTAGCGCCTGCCCtTTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGGGGAACGAAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGCTCCTtAAGACCAGAGCCTCAGCTCTAGTAAACAGAACATCTGACCATAAAGATCCGGTAATACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTtAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Pomatoschistus_microps          CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCCTCTCTTGTTCCTCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTGTGAAGGACTAACAGTGAGCATAATTGGCACAGCCTAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTCACTGAGCCAGTGAAAACGAACGATGCCTTGAAACACTTATCTGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGCAATAGAGCGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTCTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATGAGAACATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCGAACGTTAAGACACCTGGACGAACAGCTACAACCAAGTTAGTGCCTGCCCTCTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGGGGAACGAAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGATCCTTAAAACCAGAGCCTCAGCTCTAGTAAACAGAACATCTGACCAAAAAGATCCGGTAATACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTTAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Pomatoschistus_minutus          CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTAAACCTCACCCCCTCTTGTTCTCCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTATGAAGGACTAATAGTGAGCGCAATTGGTACAACCTAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTCACTGGCCCAGTGAAAACGAACGATGATTTGAAACACCTATCCGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGCAATAGAGTGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTTTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATAAAACCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCAAACGTTAAGACCCCTGGATAAACAGACACAACCTAGTTAGTGCCTGCCCTTTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGGGGAACAAAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGCTCCTTAAAACCAGAGCCACAGCTCTAGTAAACAGAACATCTGACCAAAAAGATCCGGTATTACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTCAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Pomatoschistus_norvegicus       CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTAAACCTCACCCCCTCTTGTTCTCCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTGTGAAGGACTAATAGTGAGCATAATTGGTACAACCTAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTCACTGGCCCAGTGAAAACGAACGATGCTTTGAAACACCTATCCGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGAAATAGAGTGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTTTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATAAAACCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCAAACGTTAAGACCCCTGAATCAACAGACACAACCAAGTTAGTGCCTGCCCTTTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGGGGAACAAAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGCTCCTTAAAGCCAGAGCCACAGCTCTAGTGAACAGAACATCTGACCAAAAAGATCCGGTATTACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTCAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Pomatoschistus_lozanoi          CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTAAACCTCACCCCCTCTTGTTCTCCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTCTGAAGGACTAATAGTGAGCATAATTGGTACAACCTAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTCACTGGCCCAGTGAAAACGAACGATGCTTTGAAACACCTATCCGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGCAATAGAGTGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTTTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATAAAACCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCAAACGTTAAGACCCCTGGGCCAACAGACACAACCAAGTTAATGCCTGCCCTTTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGGGGAACAAAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGCTCCTCAAAGCCAGAGCCACAGCTCTAGTAAACAGAACATCTGACCAAAAAGATCCGGTATTACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTCAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Pomatoschistus_pictus           CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCCCCTCTTGTTCTCCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTGTGAAGGACTAATAGTGAGCGTAATTGGTACAACCTAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTTACTGAATCAGTGAAAACGAACGATGCCTTGAAACACCTATCTCAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGCAGTAGAGCGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTCTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATGAAAACATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCAAACGTTAAAACCCCTGGGCAAACAGATACAACCAAGTTAATGCCTGCCCTTTTGTCTTTTGTTGGGGCGACCGCGGGGGAACACAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGCTCCTCAAAATCAGAGCCTCAGCTCTAGTAAACAGAACATCTGACCAAAAAGATCCGGTATTACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTCAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Gobiusculus_flavescens          CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAACCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCCTCTCTTGTTCTCCCCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTGTGAAGGACTAATAGTGAGCGTAATTGGTACAACCCAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGTATGAGAGGGGAAGAAATGGGCTACATTCACTGAGTCAGTGAAAACGAACGATGCCTTGAAACACTTATCTGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGAGGGCAGTAGAGCGCCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTAAGCTGTCTCCTCTCCCCAGTCAATGAAATTGATCTTTCCGTGCAGAAGCGGGAATGAACACATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAGACAC-AAGGCAGCAAACGTTAAAACCCCTGAGTAAACAGACATAACCAAGTTGATGCCTGCCCTTTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGAGGAACAAAAATCCCCCACGTGGAACAGGAC-CTGCTCCTCAAAACCAGAGCCTCAGCTCTAGTAAACAGAACATCTGACCAAAAAGATCCGGTACTACCGATCAACGGACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTTCAGAGCCCATATCGACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACCCCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
		Gobius_paganellus               CCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAGACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTAGAATCGATATTCCCCGTTCAACCTCACCCCCTCTTGTTTATACCGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCTTACCCTGTGAAGGATTAATAGTAAGCAAAATTGGCAGAGCCTAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCGTAC-AGGGGGGAAGAAATGGGCTACATTTGCTGACCCAGCAAACACGGACGTTGCACTGAAACGTGCAGCTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAGGAGAGAATAGAGCGcCCCTCTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCGAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATGAAGACCCGTATGAATGGCATAACGAGGGCTGTACTGTCTCCTTTCTCCAGTCAATGAAATTGATCTACTCGTGCAGAAGCGGGTATTAACACATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACACCAAAACAGACCACGTTAAAATCCCTGGACCAACAGGACTAACCAAGTGGGCGCCTGTTTTTTTGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGAGAAACACAAATCCCCCGAGTGGAACGGGATCAACTCCCTGAGA-CAAGC?CCACAGGCCTAGCACCCAGAAAATCTGACCAAAAAGATCCGGCAATGCCGATCAACGGACCCAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCCCTTCTAGAGCCCACATCAACAAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACTTCCTAATGGTGCAGCCGCTATTA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 786 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;