NEXUS
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[Matrix accession#: M2580]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2580;
	DIMENSIONS  NTAX=40;
	TAXLABELS
		Ustilago_maydis	Tunicata	Toxoplasma_gondii	Theileria	Thalassiosira_pseudonana	Sulfolobus_solfataricus	Schizosaccharomyces_pombe	Saccharomyces_cerevisiae	Rhodophyta	Pyrococcus_abyssi	Pyrobaculum_aerophilum	Plasmodium	Phytophthora	Physcomitrella_patens	Phaeophyceae	Phaeodactylum_tricornutum	Oryza_sativa	Neurospora_crassa	Monosiga_brevicollis	Methanococcus_jannaschii	Mastigamoeba_balamuthi	Mammalia	Hydrozoa	Gymnospermes	Glomus_intraradices	Encephalitozoon_cuniculi	Eimeria	Dunaliella_salina	Drosophila_melanogaster	Dictyostelium_discoideum	Cryptosporidium_parvum	Cryptococcus_neoformans	Ciliophora	Chytridiomycota	Chlamydomonas_reinhardtii	Candida_albicans	Babesia_bovis	Archaeoglobus_fulgidus	Arabidopsis_thaliana	Aeropyrum_pernix
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2580;
	DIMENSIONS NCHAR=12034;
	FORMAT DATATYPE = PROTEIN SYMBOLS = " 1 2 3 4 " MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Ustilago_maydis                 GTSVLGIKYKDGIMLATDTLASYGGDMSDWQYVQHMLKINPLWNSFVLGGLGYVDLLGATGFGLHLAQPLLEAKEILENCMKVLFYRDKSHLNIVFIGHVDAGKSTMGGNLLFLTGMVDKRTMEKYEREAKEAGRESWYLSWALDSTAQEREKGKTVEVGRAYFETGKRRYTILDAPGHKSFVPSMISGAAQADVAVLVISARKGEFETGFERGGQTREHAVLVKTAGVQRLIVVVNKMDWEKSRYPVSAYAGGPSLLEFLDPLKMPISEKYNDGKLEAGGYSAVVHCHERFKDYPQLGRFTLRDEGRTVAIGNIQAVSELSEIVRTSFGPNGRNKMVINHLERLFVTSDAATIIRELDVVHPAAKLLVMASQQQEAEMGDSTNLVLIFAGELLKKAEYLIGLHPSEILQGYEIAKIMGGSLSQSKVVRGMVAKVGVYTCGMDITQTETKGTVLLKNADELSSFSRGEEQQLEKYFKEIADSGVKVVVTQSQVGELAQHYLNRFGILVIKILSKFELRRLCRLLGATPLARLGAPLPEEAGTIVLRGATSNLLDDVERAIDDGAGATEKSWALRYATGAAISVLSVDSIIMSALQVNTAGAIGLAQVVRSNLGPRGTIKMLVDGSGNLKMTKDGKVLLTEMQIQNPTAAMIARTAVAQDEQCGDGTTSVVLLVGELLKQAEEGVHPRVISEGFDVAKTGALKFLLIKVATTSLSTKDLHMVEITQLVRGLVLDHGARHADMPKRVENAYVLTLNVSLEYEKTEVIFNQKGIDPMSLDILAKNGILALRRAKRRNMERLQLCCGGVAQNSVDDLSPDVLGYAGLVYEHTLGEEKYTFVEECRDPKSVTILIKGPNAHTMSQIQDAVRDGLRSVKNAIEDTTLIAGGGAFEGRAKLGVQAFADAMLVIPKTLASNSGFDVKRHMLHSSAVIASNLLSVDEILRAPIMDNLHPFVSSLLNVLYDKNHYKLALYIRLIKFGDSLYRCKQLKRAALGRMATIMKRQKDPLAYLEQVRQHMSRLPPIDPSTRTLLICGYPNVGKSSFINKVTRSDVDVKPYAFTTKSLFVGHMDYKYLRWQVIDTPGILDHPLEEMNTIEMQSITALAHLRAAVLYFMDLSEQCGYTVEAQVQLFSIKPLFANKPCVLAINKTDSTYTDEGVMETRNLRKNGHVVIKGRPCKIVDMSTSKTGKHGHAKVHLVAVDIFTTKKYEDISPSTHNMDVPNVRREEYQLVNIVKSGLAQMLKGGVIMDVVNAEQARIAEDAGACAVMALEKIPADIRVEGGVARMSDPAMIKEIQETTTVPCMAKVRIGHIVEAQILQAIGVDYIDESEVLTPADDQHHINKHNFKVPFVCGAKNLGEALRRISEGAAMIRTKGEAGTGNVVEAVRHQRTIQGEIAKDIQAPLLKETARLKRLPVVNFAAGGIATPADAALMMQLGSDGVFVGSGIFKRARAIVEAVTHYNDPAKLAAVSENLGEAMVGMLLVTKNIAPGESVYGEKREYRVWNPFRSKLAAGVLGGLDNIHIAPGKKVLYLGAASGTSVSHVADLVGPEGIVYAVEFSHRSGRDLINMAKKVIPIVEDARHPHKYRMLVTVDVIFADVAQPDQARIVAHNAESFLKNEGHALISIKASCIDSTAPAEAVFAAEVNKLKGMKFKPREQLTLEPYERDHAMLVAQYLLSFLSAIVLGFLDDVFDIRWRYKLPIPIISSIPLLTVYYYLYMSLLSTFCTNSINIIAGINGVEVGQAIVALFSWNRYPARVFVGDTFCYFAGMVFSTVGILGHFSKTVLLFFVPQIFNFVLSCPQLFGLVPNPRLARRGGVKRISGLIYDETRGVLKLFLESVIRDSVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKEGQEYAQVLKMLGNGRLEAQCFDGEKRLAHIRGKLRKKVWINQGDIILISLRDFQADVIQKYNADEARALKQQGELLGRPPQVARDGSKKTVFANVVDICKRMHRQPEHVIQFLFAELGTIGSVDGLVIRGKQIENVLRRYITEYVICKTCKRPETKLTKRIFFVTCEKCGSQRSVSAIKQATINIGTIGHVAHGKSTVVKAISGVQTVRFKNELVRNITIKLGYANAKIYKCEREECPRPQCYLLRHVSFVDCPGHDILMATMLNGAAVMDAALLLIAGNESCPQPQTSEHLAAVEIMKLQHIIILQNKVDLIINFVKGTVADGAPIVPISAQLKYNIDAVNEYIVKRVPVPVRDFTSPPRLIVIRSFDVNKPGGGVAGGSILSGVLKIGQEIEVRPGPIFSRVESLLAEHNDLQFAVPGGLIGVGTKIDPTLCRADRLVGQVLGAVGQLPAIYTELEINYFLLRRLLGVQKLAKNELLMVNIGSTSTGGRVMSVKDLAKIFLTSPACTGEKIALSRRIDKHWRLVGWGTVRSPICCILGHVDTGKTKLLDKIRQTNVQEGEAGGITQQIGATYFPPGLLVIDTPGHESFTNLRTRGSSLCNIAILVVDIMHGLEPQTIESIRLLRDKKTPFIVALNKIDRLYGWVPTSAHTGEGIPDMLRLIIELTQTVLEVKVIEGLGTTIDVVLSNGVMHEGDRIVVCGLNGPIVTQVRALLTPQPLKEMRVKGAYVHHKMVKAALGVKIAAPDLEKAIAGGVCVQASTLGSLEALLEFLIPVNGINIGPVFKKDVLAFDVPVDKEAEKLAEELGIKIFTARIIYHLPCRLKTIAFAKRDPIILGCDIIDGTLRVGTPGKVTSLEINKERDVVLKVAVKIIGVFARLTNAYCLVAIGGSANFYSTFEAELIPVVHCSIAGTRLVGRLTVGNRHGLLVPSTTTDQELQHLRIQRVEERLSALGNVIACNDYVALVHPDLDRETEEIIADVLKVEVFRQTVGDNVLVGSYSAISNQGALTHPRTSLQDQDELSSLLQVPLVAGTVNRGSDLIGAGLVVNDFAAFCGTDATATEISVIEIVVWTANTERSTIFAIACILENAPYVNGAPNTFVPGCIQLAEKHKAFIGGDDLKTGQTKVKSVLAEFLVNAGIKPLSIASYNHLGNNDGYNLSSQRQFKSKEISKSSVVDDCCYQPAVGDQKVAMDDYTSELCMGGRNRLYVTNLCEDSLLASPLLLDLTILKRRNFNETVELQIGLKNYDPQRDKRFSGTVKLPHVPRPRMSLCILADAADVDRAKLINMTVEDLKKLNKNKKLVKKLAKKYDAFLASEALIKQIPRLLGPGLSKGKFPTPVSHLEKKVTEVKSTIKFQLKKVLCGVAIGHVQMSDDQLLANVMLAINFLISLLKKQWQNIKSLHVKSTMGGRRPARCYRYCKNKPFPKSRYNRGVPDPKIRIYDLGRKKASVDDFPFCAHLVCDEHQQITSEALEAARICANKYITKTSGKDFHLRVRVHPFHVIRINKMLSCAGADRLQTGMRGAYGKPYDTVARVNIGQILLSVRTREALRRSRYKFAGRQKIIINPMKELKVDKLVVNISVGESGDRLTRATKVLEQLTGQTPVTSKARYTLRGFGIRRNEKIACHVTIRGPKAEEIIERGLKVKEYELRRRNFSDTGNFGFGITEHIDLGIKYDPSIGIFGMDFFVCMTRAGARVARRKQRVGAPHRVKKEETAAWFIVDGKGHLLGRLAATLAKELLSGQKVVVVRSELINVSGSFFRNKLKYHRHLVNPKKGPFHHRAPSRILYKAIRGMIPHKTARGAAALQRLKVYEGVPPPYVLRLKPGRKFATIKRISHEVGWVEVGRVVLVEEGPSAGELAVIVEVIDQNRAIIDSPRQAFAFKHLTLTKLPRGAGSTAVKKFGAYKYVEELYKKKQSDVLRFLLRVRCWEYRQLNVIHRASRPSRLDKAHRLGYKAKQGYVVYRIRVRRGNRKKPVPKGATYGKPVRQGVNHLKYQRSLRATAEERVGRKSNLRILNSYWINQDGVYKYFEVIAVDPQHKAIRRDARINWIAKAVHKRRECRGLTATGKKSRGQGLRTQKRLAASVLGCGKRKVWLDPAEDIGNANSRANIRKLIRDGQIIRKPVVGGSRSRARATAAAKRAGRGTGQGHRKGSSEARMPTKVMWMRRQRVLRRLLRKYRESGKIDKHLYHELYLKSKGNVFKNKRVLARVTKVLGRTGSRGGIIQVRVEFRSIIRNVKGPVKADDILALLESEREARRLRVKGRIMGHKRSQRVAKCHTSLIKIEGVFYLGKRVAYVYKRVIWGRITRPHGNSGVVRAKFNIPPQAFAARVRIMLYPSSITVKVGITGKYGTRYGASLRRQIKKIEISQHSKYTCTFCGKKRKAVGIWECRACKKVIAGGAWTLSTSAAAKGTTSFGKRHKTHTVCRRCNARAFHRQKKVCASCGYPAAKIRSYEWGQKAKRPDITHQCLLTLLDSPLNKAGLLQVYIHTAKGVLIEVNPHVRIPRTFKRFSGLMVQLLLQKGADFVKAFALGFEADDAIALLRMDDLFDTFEIKDVKLQGDNLSRAIGRIAGKDGRTRFAIENASRTRLVIADTKIHILGNFANIKIARDAVVALIRGSPPGKVYANLKTIGARIVRLRKAGKRFEIACYKNKVREWRSGVETDLDEVVQIENVFVNVSKGQVAPSDDLQKAFGTTEIPKIILKKGELQVGEKERQHELTNTWKDIATQVAEKCVDPSSQRPYTVGMIE???????????KVSRIGLVKPQKARQITDLLIRMAQSGQIRGRITEDQLIGLLKKLVKQLDAARGAGTSMISLILPPRSQISQASNMLTQEYGTASNIKSRVNRLSVLAAITSTQQRLKLYNRPDNGLVVYCGTILTDEGKFSFEPFKPINTSLYLCDNKFHTEALSELLEADAKFGFIVMDGNGSLFGTLSGNTRTVLQKLSVDLPKKHGRGGQSALRFARLREEARHNYVRKIAELSTQHFINKCNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDYRLQPKKIVDVSYGGENGFNQAIELAAETLSNVKFVQEKRLIQKYFDEISMETGKYCFGLEDTFKALDLGAVETLIVWEQFGTNLEFVTDRSQEGMQFCKGFGGIGGIL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		Tunicata                        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		Toxoplasma_gondii               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		Thalassiosira_pseudonana        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		Sulfolobus_solfataricus         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		Schizosaccharomyces_pombe       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		Saccharomyces_cerevisiae        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		Rhodophyta                      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		Pyrococcus_abyssi               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		Pyrobaculum_aerophilum          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		Plasmodium                      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		Phytophthora                    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		Phaeodactylum_tricornutum       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		Oryza_sativa                    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		Methanococcus_jannaschii        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		Hydrozoa                        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		Encephalitozoon_cuniculi        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		Drosophila_melanogaster         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		Dictyostelium_discoideum        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		Cryptosporidium_parvum          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		Cryptococcus_neoformans         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		Ciliophora                      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		Candida_albicans                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		Babesia_bovis                   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BEGIN CODONS;
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BEGIN ASSUMPTIONS;
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 CHARSET rps14 = 7368 - 7454 ; 
 CHARSET rps15 = 7455 - 7588 ; 
 CHARSET rps16 = 7589 - 7711 ; 
 CHARSET rps17 = 7712 - 7826 ; 
 CHARSET rps19 = 7827 - 7949 ; 
 CHARSET rps20 = 7950 - 8013 ; 
 CHARSET rps23 = 8014 - 8099 ; 
 CHARSET rps29 = 8100 - 8281 ; 
 CHARSET rps2 = 8282 - 8374 ; 
 CHARSET rps3a = 8375 - 8509 ; 
 CHARSET rps3 = 8510 - 8549 ; 
 CHARSET rps4 = 8550 - 8711 ; 
 CHARSET rps5 = 8712 - 8871 ; 
 CHARSET rps6 = 8872 - 9077 ; 
 CHARSET rps8 = 9078 - 9255 ; 
 CHARSET s15a = 9256 - 9319 ; 
 CHARSET s15p = 9320 - 9421 ; 
 CHARSET s27e = 9422 - 9540 ; 
 CHARSET sap40 = 9541 - 9684 ; 
 CHARSET sra = 9685 - 9730 ; 
 CHARSET srp54 = 9731 - 9886 ; 
 CHARSET srs = 9887 - 10064 ; 
 CHARSET T-cct = 10065 - 10362 ; 
 CHARSET tfiid = 10363 - 10602 ; 
 CHARSET vata = 10603 - 10747 ; 
 CHARSET vatb = 10748 - 11207 ; 
 CHARSET wrs = 11208 - 11644 ; 
 CHARSET xpb = 11645 - 11900 ; 
 CHARSET Z-cct = 11901 - 12034 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;