#NEXUS [written Mon Jan 06 13:23:40 CET 2014 by Mesquite version 2.74 (build 550) at D0135944/10.85.9.195] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=116; TAXLABELS CA872 QL13003 RV122 RV21 BS2664 CJ10522 RV94 RV118 RV115 EK165 RV100 RV54 RV58 GA2124 GA2112 RO13 QL12962 FB11 GA2122 GS7751 JW4451 JW4419 JW4566 FB9 RV32 GA2118 GA2111 LC567 GA2115 RV48 MS2592 RV121 RV126 CJ6729 RV15 RO31 CJ7011 CJ6788 JV2549 RV23 GA2208 GW95 BS2591 QL10365 GA2110 GA2167 RV42 GA2337 RV60 GA2119 GA2180 GAsn1 RO29 CJ6241 JW5388 JA30109 CJ2157 CJ3314 GW4 GR38 PP4947 NCsn2 YA1274 YA2282 JW4382 JW5172 ATBP610 RO42 TA3620 JB9908 GW21 JB07 JB10128 RV49 RV80 QL12745 GW113 JB10171 DH2964 RV55 RV56 FB6 LC578 RV59 AG66982 CS217 HB94 JPS5679 JPS9541 PM9505 GA2117 RO41 TS2859 GA2178 FB12 GS327 GS8294 JW4640 GA2108 RV134 RV30 CJ6054 FB13 FB15 JW4474 FB3 RV83 GA2174 RV39 JW5155 RV50 RV87 TA3364 RO12 CJ6148 RV43 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE ITS PRANK; DIMENSIONS NCHAR=1022; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX 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RO31 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GW95 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CJ6241 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JB07 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RV49 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PM9505 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FB13 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RV83 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GA2174 TAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCTC-GGCAGAACGA-CCCGCGAACATGT-GTA--A-A--AC-AT-AGCG-----CCCGGCGGGGGT--------------------G-G---G-GAT-G----CAG----G---------CG-TGC--------------------------------------------------CTGC--TC---------T------T-CC------TCC-CTTCCGGCGTACAAACAA--AC-GAAC-CCCCGGCGCAGCACGCGCCAAGGA--A-C--------A-ATCACAAAGAAA-G-----CG-----TG-TGC--GCC--CC-CC--TT-----T---C-----GCC-CCGGGAACGGTGA-GCGC-A---GA--GGGGGGGGTGCTG---CC---A-TCTC-T------T---T----AC-G-AA--ACAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCC-C--TCGAAAGTCGGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCACCG-TCGCCCCCAACACCGTCGTCCC--AG-ACGA--G-GGTT--GTCGGT-GGCG---GACCATGGCCTCCCGTAAGC-CTCCGT--C-GCC--TGCGGTTGGCCCAAAATACAGCACTCGG-CGATGAG--CGCCACGACAA---GCGGTGGTTGACCAGA--G------------------------AAAACC-CTCGGACAC-TGTCGTGT--G-----CC-CT-CACCGC-GGAGCGAGTGCG--AG-A-GA-CC---C-----C-C--C-------------GT--G------CG-A--GCGCACG---C-CC---TCACTGAGGCCCCAGGTCAGGCGG-GATTACCCGCTGAATTTAAGCATATCAATAAGCGG RV39 ------------------------------------------------------------------TA--C-A--AC-ACGAGCG-----CCCGGC-GGGGC--------------------G-G---GCGAT-G----CGG----G---------CG-TGC--------------------------------------------------CTGC--CC---------T------T-CC------TCC-CTTCCGGCGCACAAACAA--AC-GAAC-CCCCGGCGCAGTACGCGCCAAGGA--A-C--------A-ATCACAAAGAAA-G-----CG-----TG-TGC--GCC--CC-CC--TT-----T---CTTC--GCC-CCGGGAACGGTGA-GCGC-A---GA--GGGGGGCGTGCTG---CC---A-TCTC-T------T---T----AC-G-GA--ATAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCC-C--TCG------GGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCACCG-TCGCCCCCGACACCGTCGTCCC--AG-ACGA--G-GGTT--GTCGGC-GGCG---GACCATGGCCTCCCGTAGGC-CTCCGT--C-GCC--TGCGGTTGGCCCAAAACACAGCACTCGG-CGATGAG--CGCCACGACAA---GCGGTGGTTGACAAGTTTG------------------------AAAACC-CTCGGACAC-TGTCGTGC--G-----CC-CTCCACCGC-GGAGCGAGTGCG--AG-A-GA-CC---C-----C-C--CC------------GT--G------CG-A--GCGCACG---C-CC---TCACTGAGGCCCCAGGTCAGG--------------------------------------- JW5155 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TA3364 TAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCTC-GGCAGAACGA-CCCGCGAACATGT-GTC--A-A--AC-ACGAGCG-----CCCGGT-GGGGC--------------------G-G---G-GAT-G----CAG----G---------CG-TGC--------------------------------------------------CTGC--TC---------T------T-CC------TCC-CTTCCGGCGCGCAAACAAACAC-GAAC-CCCCGGCGCAGTACGCGCCAAGGA--A-C--------A-ATCACAAAGAAA-G-----CG-----TG-TGC--GCC--CC-CC--TT-----T---C-----GCC-CCGGGAACGGTGA-GCGC-A---GA--GGGGGGTGTGATG---CC---A-TCTC-T------T---T----AC-G-AA--ACAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCCC--TCG------GGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCACCG-TCGCCCCCGACACCGTCGTCCC--AG-ACGA--G-GGCT--GTCGGT-GGCG---GATCATGGCCTCCCGTAGGC-CCCCGT--C-GCC--TGCGGTTGGCCCAAAATACAGCACTCGG-CGATGAG--CGCCACGACAA---GCGGTGGT---------CG------------------------AAAACC-CTCGGACAC-TGTCGTGC--G-----CC-CT-CACCGC-GGAGCGAGTGCG--AG-AAGG-CC---C-----C-C--C-------------GT--G------CG-A--GCGCACG---C-CC---TCACTGAGGCCCCAGGTCAGGCGG-GATTACCCGCTGAATTTAAGCATATCAATAAGCGG 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RV43 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--GGTGCGTTG---CC---A-TCTC-T------T---T----AC-G-AA--ATAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCC-T--TCG------GGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAACG-TCGCCCCCAACACCGTCGTCCC--CG-ACGA--G-GGTC--GTTAGT-GGCG---GATCATGGCCTCCCGTGTGC-CC---T--C-GCC--CGCGGTTGGCCCAAAACACAGCACTCGG-CGATGAG--CGCCACGACAA---GCGGTGGT---------TG-AC----------T-----G-GAGAAAACC-CTCGGACAC-TG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ; END; begin mrbayes; set nowarn = yes; lset nst = mixed rates = gamma; unlink statefreq = ( all ) revmat = ( all ) shape = ( all ) pinvar = ( all ); prset applyto = ( all ) ratepr = variable; mcmcp ngen = 50000000 relburnin = no diagnfreq = 100000 printfreq = 10000 samplefreq = 10000 nchains = 4 temp = 0.05; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 1022; END; BEGIN TREES; Title ITS PRANK_BI; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 CA872, 2 QL13003, 3 RV122, 4 RV21, 5 BS2664, 6 CJ10522, 7 RV94, 8 RV118, 9 RV115, 10 EK165, 11 RV100, 12 RV54, 13 RV58, 14 GA2124, 15 GA2112, 16 RO13, 17 QL12962, 18 FB11, 19 GA2122, 20 GS7751, 21 JW4451, 22 JW4419, 23 JW4566, 24 FB9, 25 RV32, 26 GA2118, 27 GA2111, 28 LC567, 29 GA2115, 30 RV48, 31 MS2592, 32 RV121, 33 RV126, 34 CJ6729, 35 RV15, 36 RO31, 37 CJ7011, 38 CJ6788, 39 JV2549, 40 RV23, 41 GA2208, 42 GW95, 43 BS2591, 44 QL10365, 45 GA2110, 46 GA2167, 47 RV42, 48 GA2337, 49 RV60, 50 GA2119, 51 GA2180, 52 GAsn1, 53 RO29, 54 CJ6241, 55 JW5388, 56 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