NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:11:47]
[Matrix accession#: M2634]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2634;
	DIMENSIONS  NTAX=34;
	TAXLABELS
		Timmia_sibirica_3	Timmia_sibirica_2	Timmia_sibirica_1	Timmia_norvegica_variety_excurrens_2	Timmia_norvegica_variety_excurrens_1	Timmia_norvegica_5	Timmia_norvegica_4	Timmia_norvegica_3	Timmia_norvegica_2	Timmia_norvegica_1	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_9	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_8	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_7	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_6	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_5	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_4	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_3	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_2	Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_1	Timmia_megapolitana_4	Timmia_megapolitana_3	Timmia_megapolitana_2	Timmia_megapolitana_1	Timmia_austriaca_6	Timmia_austriaca_5	Timmia_austriaca_4	Timmia_austriaca_3	Timmia_austriaca_2	Timmia_austriaca_1	Funaria_hygrometrica	Encalypta_armata	Ditrichum_flexicaule	Diphyscium_foliosum	Bryobrittonia_longipes
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2634;
	DIMENSIONS NCHAR=691;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Timmia_sibirica_3                               ??????????????????????????????????????????GCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AATTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAATAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAACCCCAAAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGCCGAAACG--AAAC??
		Timmia_sibirica_2                               CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_sibirica_1                               ???????????????????????????????????????????????CTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGGCCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_variety_excurrens_2            ??????????????TGAGCTTTAGTAGAAAAACTTA-TAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AATTAAGTAATTAATTAATAAAAGTAAATTTAA-------------CTAAAATTTTCT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCTTAATTTATGTTACGATAACCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_variety_excurrens_1            CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_5                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_4                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_3                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_2                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AGTTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_norvegica_1                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAAGAATATTTTAAGATTTTATT-AATTAAGTAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAA---------------------------------------------------------------------------------TTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA-------------------------------------------------------------TTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGTTCCTAATTTATGTTACGATAGTCGAAACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_9       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAAGAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_8       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_7       ????????????????????????????????CTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_6       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_5       ????????????????????????????AAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_4       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_3       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_2       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_1       CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGATTTTTTT-TATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAACTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_4                           CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTTATTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGACTTTTTTTTATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAACGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAGTTTATGTTACGATAACCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_3                           ?????????????????????????????????????????TGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTTATTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGACTTTTTTTAATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAACGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_2                           CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTTATTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGACTTTTTTTAATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAACGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_megapolitana_1                           CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGTTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTTATTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATGTTTTAAGACTTTTTTTAATTAAATAATTAATTAATAAAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAACGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTATTTTTAGCAACAATTTAAATTGTGGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAATCTAA------------------------------------------------------------CTTTTTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------CTTGACATAAGCTTCTAATTTATGTTACGATAGCCGAGACG--AAACAA
		Timmia_austriaca_6                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATATTTTAAGATTTTTTT-AATTAAATAATTAATTAATAGAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA------------------------------------------------------------CCTTTCTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAAGCTCCTAGTTTATGTTACGATAGCCGAAACA--AAACAA
		Timmia_austriaca_5                              ????????????????AGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATATTTTAAGATTTTTTT-AATTAAATAATTAATTAATAGAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA------------------------------------------------------------CCTTTCTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAAGCTCCTAGTTTATGTTACGATAGCCGAAACA--AAACAC
		Timmia_austriaca_4                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATATTTTAAGATTTTTTT-AATTAAATAATTAATTAATAGAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA------------------------------------------------------------CCTTTCTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAAGCTCCTAGTTTATGTTACGATAGCCGAAACA--AAACAA
		Timmia_austriaca_3                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATATTTTAAGATTTTTTT-AATTAAATAATTAATTAATAGAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA------------------------------------------------------------CCTTTCTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAAGCTCCTAGTTTATGTTACGATAGCCGAAACA--AAACAA
		Timmia_austriaca_2                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATATTTTAAGATTTTTTT-AATTAAATAATTAATTAATAGAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA------------------------------------------------------------CCTTTCTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAAGCTCCTAGTTTATGTTACGATAGCCGAAACA--AAACAA
		Timmia_austriaca_1                              CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA------TTCTTTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGAATAATATTTTAAGATTTTTTT-AATTAAATAATTAATTAATAGAAATAAATTTAA-------------CTAAAATTTTAT--------------------------------------------------------------------------CTTTTATATATT------------AAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAAGTCTAA------------------------------------------------------------CCTTTCTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAAGCTCCTAGTTTATGTTACGATAGCCGAAACA--AAACAA
		Funaria_hygrometrica                            CTTAAAAAATAATTTGAGCTTTAATAAAAAAACTTATTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTC------TATATTTTTAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATCCTAACGCATAAT----------------------------------------------------TTTTTTTTT-----------------------------------------------------------AATTTATACAAAATTTAA-------------TTAAATTAAA------------AATCGAGGGTAAAGAGA-GAGTCCAATTTTACATGTTAAATTTAGCAACAATTCAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTAAGTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTTCCCCCA------AAAGTATTTAATAAAAAAAAGTTAATGTACTTTCTAAAAATTA--------------------------TTTTTTT------------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACACAAACTTTTAATTTATGTTAGTATGTT-CACGTA--AAACAA
		Encalypta_armata                                ??????????????????CTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTTGGTTGAAAAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTC--------TTTTAAAAGTAAGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGC-TATCCTAACGTATAATATTTTTATATTTATTT-AATTATTGAT--------------------------------GAAACTAAAT------TTAAACTGAAATTTTATTA--------------------------------------------------------TTTTGAATATT------------AAGCAAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAA------------------------------------------------------------------CTTT-------ATTAGTTTT---GTACATTTCTATTTGTTATATATAATAGCA------------TATACAAA--TGTACAAAATTATAAACAAATATTTTTTATTGACATAAACTTTTAATTTATGTTAAAATAATTTGAACA--AAA-AA
		Ditrichum_flexicaule                            CTTAAA---TAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTGCTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCGATCCTGAGCCAAATCTTA--------CTTTAAAAGTAAGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGC-TATCCTAACGCAAAATTTTTTAAGATTTATTT-AATTGAATTTT-----------------------------------CTGGATTAATAG-AAATAAAAAAAATTTAA--------------------------------------------------------CTATAATATTATTTTTTAAATAGCAAGCGAGGATAAAGATA-GAGTCCAATTTTACATGTTACTTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAACTATGA-------------------------------------------------------------TTTTTTTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------ATTGACATAGGCTTCCAGTTTATGTTAGGATAGCCCAAACG--AAAAAA
		Diphyscium_foliosum                             ???????????????????????????AAAAACTCACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGGAACTTAGGTTGAAAAA-AGTATAAGCGATCCTGAGCCAAATCTTA-------TTTCAAAAACAAGCATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGC-TATTCTAACGAATAATATTTTGAAATTTAATT-AATAATAAAATAATTATAAA--------TTTAT--TATTAAATTTACTGATA------AAAAACGACAAAACAAGAAGATATTTTACTAAGAGTAAAAAAAGTAAAAAACTTTATTTAAACTGTAATTTTGTCTATTAAGTATT------------AAACGAGGATAAAGATA-GAGTCCAAATTTACATGTTAATTTTAGCAACAATTTGAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AGATCATTT---------------------------AAAAAATTATTGAAAATAGAAAAATAAAATATACTTTTT-----ATATT----CTATATATGTATAT---G-TATATATATATGAAA-TATAAAAA-GTATAGAAAAATATAAAGATAAATTTTTTT---------GTTGACATAAGCTTCTAAATTATG?????????????????????????
		Bryobrittonia_longipes                          ???????????????????????????AAAAACTTACTAAATGCGAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAA-AATATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTA----TTTTTATTAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGC-TATCCTAACGCATAATAGTTTAATATTTATTT-AATTAAGTTTATTAATTGATAAAA-----------CTAAAATGAAACTAAAA-------TTTTTTAATA----------------------------------------------------------------TTTTGAATATT------------AAGCAAGGATAAAGAGA-GAGTCCAATTTTACATGTTAATGTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCA------AAACTAGTA-----------------------------------------------------------------------AAATTTTT------------------G-TATATTTAATAGCACGTATAAAT-G---TACAAAATTCTAAA----------CAAATAATTTTTATTGACATAAACTTCTAATTTATGTTAAAATAATCCAAATA--AAAAA?
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 691 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET trnL = 1 - 691 ; 
 CHARSET trnLStems = 1 - 6 13 - 27 33 - 41 47 - 69 71 - 73 81 - 83 85 - 88 90 - 100 103 - 108 126 - 131 133 - 161 350 - 355 363 - 368 371 - 376 379 - 382 387 - 396 401 - 405 407 - 412 ; 
 CHARSET trnLLoopsFreeSpacer = 7 - 12 28 - 32 42 - 46 70 74 - 80 84 89 101 102 109 - 125 132 162 - 349 356 - 361 369 370 377 383 - 386 397 - 400 406 471 - 479 540 - 550 643 - 683 686 - 691 ; 
 CHARSET messytrnL = 222 - 234 247 - 320 465 - 470 480 - 642 ; 
 CHARSET intron = 1 - 412 ; 
 CHARSET 3.exon = 413 - 464 ; 
 CHARSET spacer = 465 - 691 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;