NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:11:48]
[Matrix accession#: M2639]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2639;
	DIMENSIONS  NTAX=19;
	TAXLABELS
		Trichonympha_agilis	Pseudotrichonympha_grassii_06B34	Pseudotrichonympha_grassii_07A70	Holomastigotoides_mirabile_H53	Spirotrichonympha_leidyi_09B45	Devescovina_sp._D31	Stephanonympha_sp._St07	Stephanonympha_sp._St13	Trichomitus_batrachorum_2	Hypotrichomonas_acosta_2	Monocercomonas_sp._2	Monocercomonas_sp._1	Trichomitus_batrachorum_1	Hypotrichomonas_acosta_1	Tritrichomonas_foetus	Tetratrichomonas_gallinarum	Trichomonas_vaginalis_1	Trichomonas_vaginalis_4	Trichomonas_vaginalis_2
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2639;
	DIMENSIONS NCHAR=331;
	FORMAT datatype = protein gap = - ;
	MATRIX
		Trichonympha_agilis                    VYAKHLGEVVLVARSSAPSGASTGSGEAMELRDKDNSKYGGKGTEKASANVAEKISPAVKGEKFCDLTNLDDKICKADGTELKTNIGGNACTAASFALAEAAAKLKGVELFQYLAENYYG-AGKAPKKFSLPAPCFNILNGGKHAGGNLQIQEFMLTPNTKRSYPDQLRVIAEVYQHLGALLVKEHGVSAKNLGDEGGFAPNLDTPAQALDIIERAVKAAGYVPVDDVKYCLDCASSEFYNEETKKYEIEKGSWKTGDELIEYYQDLINKYPAITSIEDPFDEHDYETWTKFTAAVGSKVQIVGDDLYTTNPKTIAKGIAGKWANALLLKV
		Pseudotrichonympha_grassii_06B34       VYVKYLGNEIFAGRSSAPSGASTGSNEARELRDKDPGRYGGKGTLTAADNVTTKLSPVLQGKCLCCIKELDELILQTDGTELKENIGGNATTATSFALAESAAALKGVQLFEHIATNYWG-KGNEPKQYKLPSPCFNILNGGKHAGGKLQIQEFMLTPSRKFKYPDQLRVVAEVYQKLGALLVKEIDISAKNLGDEGGFAPNLDSPDQALDLIQRAVQEAGYVPADDVFYCLDCASSEFYKEG-K-YEVEHEKFLSGDELIEYYNALVTKYPAIISVEDPFDEKDYETWAKWTAQVGDKVQIVGDDLYTTNPKTIALGLEGKWANALLLKV
		Pseudotrichonympha_grassii_07A70       VYVSYLGNELFAGRSSAPSGASTGSNEARELRDKDPKRYGGKGTLTAANNVTTKISPVLKGQPLWYIEKLDKLILELDGTELKENIGGNATTATSFALAESAATLQGIQLFEHIATNYWG-KGNEPKKYKLPSPCFNILNGGKHAGGKLQIQEFMLTPARKFSYPDQLRVVAEVYQKLGALLVKEINISAKNLGDEGGFAPNLDSPDQALDLIQRAVQEAGYVPAEDVFYCLDCASSEFYKEG-K-YEVEHEKFLSGDELIQYYNDLVAKYPAIISVEDPFDEKDYETWAKWTAQIGDKVQIVGDDLYTTNPKTIALGLEGKWANALLLKV
		Holomastigotoides_mirabile_H53         VYVLWLGQVTLVARSSAPSGASTGSNEARELRDGD-KWYGGKGTKKAASNVTTILSPVLKGQKLCCLKELDGIIIKTDGTELKEKVGGNATTATSFALAEAAAAVKGIQLFEYIAAQYYGGCDKVPAKFSLPTPCFNILNGGKHAGGNLKLQEFMVLPGEGVPFPEGLRIVAEVYQVLGKLLVAKYGLSAKNLGDEGGFAPNLNTPEEALSIIEEAIKGAGYTPAKDVFIALDAAASEFYDKAKKTYEVELGVHKTGDQLVQYWAELVAKHPAIKSIEDGLDEKDYEHWVKLNAAIGGKVQLVGDDLYTTNPRTIKKGLEGKWCNALLLKV
		Spirotrichonympha_leidyi_09B45         VYAKYLGRVVLAARSSAPSGASTGSNEARELRDGD-KRYGGKGTQKAAHNVDTILSPALAGKGFCSLKELDEKIIEVDGTELKEKVGGNASTATSFALAESAAALGEKQLFEYLACQYYGGCDAKPKKFKLPTPFFNILNGGKHAGGKLKVQEFMVCPGVGIAFPDGLRIVAEVYQKLGGILTAKCGVSARNVGDEGGFAPNLDTPEQALSFIEEAIKAAGYTPGKECCIGMDAAASEFYHKDTKKYEIEEGVFKTGDEMITYWEELLKKHPAICSIEDGLDEKDYEHWVKLEARIGSKCQIVGDDLLTTNWRTIEKAIAGKWCNALLLKV
		Devescovina_sp._D31                    VYVKYLNQVLFAGRSSAPSGASTGSNEARELRDSASPRYGGKGTQQAVANVNTLLSPALKGLKLCCLKALDDKIREVDGTALKEKVGGNATTATSFALVESAAALQHIQLFQYLAKQYYG-CQNVPPKFKLPSPYFNILNGGKHAGGNLRFQEFMVSPYRAVPFPDQLRIVAEVYQKLSGLLVKKYGVSAKNLGDEGGFAPPINTPAEALTVTEEAIVAAGYRPGVEVFIGLDAAASEFYDGAKKLYEVEVGVFKTGDEMVEYYRQLTTAHPSIVSIEDGLDEKDYEHWIKLNQAIGGKIQLVGDDLYTTNPATIREGLAGKWCNALLLKV
		Stephanonympha_sp._St07                VYVKFLNQVIFAGRSSAPSGASTGSGEARELRDTSSPRYLGKGTATAAANVTARLSPALVGQKLCCIKALDAKIQEVDGTPLKENIGGNATTATSFALAEAGAALQHIQLFQYFAKNYFG-CQNVPAKFKLPSPFFNILNGGKHAGGNLKFQEFMVTPTRSLRYPDQLRIIAEVYQKLGGLLVKKYGVSAKNLGDEGGFAPPLNTPEEALVVIEEAIAAAGYAPGAQIGIALDAAASEFYIEDRQVYEVEVGVFKTGDEMVDYYEALITKHPAIVSIEDGLDEKDYPHWIKLNERIGGRVQLVGDDLYTTNPATIRQGLAGKWCNALLLKV
		Stephanonympha_sp._St13                VYVKYLNQVIFAGRSSAPSGASTGSGEARELRDVSSPRYLGKGTATAAANVTTRLSPALTGLKLCCIKALDAKIQEVDGTPLKENIGGNATTATSFALAEAGAALQHIQLFQYFAKNYFG-CGNVPAKFKLPSPFFNILNGGKHAGGNLKFQEFMVTPTRSLPYPDQLRFIAEVYQKLGGLLVKKYGVSAKNLGDEGGFAPPLNTPEEALVVIEEAIAAAGYTPGAQIGIALDAAASEFYIEDRQVYEVEVGVFKTGDEMVDYYEALITKHPAIVSIEDGLDEKDYPHWIKLNERIGGRIQLVGDDLYTTNPATIRQGLAGKWCNALLLKV
		Trichomitus_batrachorum_2              VYAKQFGEVVFAGRSSAPSGASTGSGEAQELRDKDLPRYGGKGTQKAASNVAEFISPAIRGMTFADLSALDGAICQADGTTLKTKIGGNACTAASFALAESAASLLHLQLFQYLAQQFH--QAALPPKFRLPTPFFNILNGGKHAGGKLKVQEFMISPREDAPFPEQLRMADEVYMHLGAILAKEKGVSAKNLGDEGGFAPLLDTPEEALSYIEKAIVEAGLKVGEDIRLGLDAAASEFYDKTTKTYEIEEGVVKTGEEMIQYWAALVEKHPAVVSIEDGLDEQDYENWVKLNEALGSKIQLVGDDLYTTNPATIRKGLEGKWCNALLLKV
		Hypotrichomonas_acosta_2               VYAKRFGDVVFAGRSSAPSGASTGSNEARELRDKDSPRYGGKGTQTAAQNVTTTLSAALRGMPFTDLQNLDNAICAADGTELKENIGGNACTAASFALAEAAASLNNEQLFLYLARQY---QGEVPAKFKLPTPFFNILNGGKHAGGNLKIQEFMISPREDIPFPEQLRMAAEVYQQLGSLLAKEINVSARNPGDEGGFAPALNTPEEALGYIERAIQAAGLKVGEDIRLGLDAAASEFYNSETKTYEIETGMNKTGDEMVEYWKDLVTRHPAIVSIEDGLDEKDYETWIKLNEAIGDHVQLVGDDLYTTNPKTIRQGLDGKWCNALLLKV
		Monocercomonas_sp._2                   VYATQYGQVNLAGRSSAPSGASTGSNEARELRDTDRPRYGGKGTLQASENVSTILSPALHGMSFADLNALDEAIRNADGTELKEKVGGNACTAASFALAEAAAALNGEELFLYLARQFYK-NGEVPTKFKLPTPFFNILNGGKHAGGNLKIQEFMISPNTEIPFPDQLRMAAEIYHKLGAILAQEKGVSAKNLGDEGGYAPLLNTPEEAIEFIERAIKDAGYTPGTDIRLGLDAAASEFYNQETKTYEVEVGVQKTGEEMIQYWQDLVTRHPSIYSIEDGLDEKDYENWIKLNAAIGDKVQLVGDDLYTTNPKTIRAGLEGKWCNALLLKV
		Monocercomonas_sp._1                   VYANYCGEVVFAGRSSAPSGASTGSNEARELRDNDPKRYNGKGTLQAAQNVTELITPAVKNLVLNNIHDLDRAIRRVDKPELKEKIGGNATTATSFAFATAGANMNGEELFQYLARQIYP-EESIPTKFKLPTPFFNILNGGKHAGGNLKLQEFMVSPAENIPFPDQLRMVAEVYQKLGGILSKQFGVSAKNLGDEGGFAPLINSPDEALTVIEQAITEAGYKPGEEIRIGLDAAASEFYDKETKLYEVEVGMKKNGDELIQYWADMIEHHPSIVSVEDALDEKDYAHWIKLNKELGSKVQLVGDDLYTTNPNTIKKGLEGNWCNALLLKV
		Trichomitus_batrachorum_1              VYADYLGQVIFAGRSSAPSGASTGVGEAYELRDGDAKRFGGKGTLTASGNVAKLLSPALKGMCFCDLKALDKKICDTDGTPLKKNVGGNACTATSFALAESAANLCGCQLFEYLAKQYHG-AEKVPKKFKLPTPFFNILNGGKHAGGNLKLQEFMASPKPGIPFPDQLRMVAEVYQKLGALLVKTKGVSAKNLGDEGGFAPLIDNPEEAITLIEQAMREAGYEPGVDMFLGLDAAASEFYDKDKKLYEVEVGKFLTAEQMIDYWDQMCTRHKCLVSIEDGLDELDYENWTKMNEKIGKKVQLVGDDLYTTNPSTIRKGLAGKWCNALLLKV
		Hypotrichomonas_acosta_1               VYADYLGEVIFAGRSSAPSGASTGSGEARELRDAASKRYGGKGTLAASGNVAKLLSPALKGMCFCDLRALDKKICDTDGTILKEVVGGNACTACSFALAEAAANLKGCQLFEYLAEAYWG-KEHVPKKFKLPVPFFNILNGGKHAGGNLKLQEFMVSPKRDVPFPDQLRMVAEVYQKLGSILVKEKGVSAKNLGDEGGFAPLIDTPEEAILLIERAMTEAGYTPAKDMFLAFDAAASEFYDSATKLYEVEVGMKKTGDEMITYWEELIARHPCVYSIEDGLDELDYDNWAKLQARIGSKVQLVGDDLYTTNPRTIKKGLEGKWCNALLLKV
		Tritrichomonas_foetus                  VYVHYLGEEQFAGRSSAPSGASTGSNEARELRDTDSKRYGGKGTATAASNVTNVLGPALKGMKLDDLKALDAKICSTDGTELREKVGGNACTATSFALAEAGAALEGVELFQYLARQYWG-AEKVPAKFHIPCPCFNILNGGKHAGGNLKLQEFMAMPSTKYEFPDQLRIVAEVYQKLSSLLQKKYGVSAKNLGDEGGFAPCLDTPDEALDCIEQAVKDAGYEPGVDVNICLDAAASEFYDPEAKLYEVEVGVKKTGDEMIKYWEDLIARHPCIKSIEDGLDEKDYEHWVKLNAAIGSKCQLVGDDLYTTNPNTIRKGLEGKWCNALLLKV
		Tetratrichomonas_gallinarum            VYANYMGGVRFAGRSSAPSGASTGSGEALELRDKDPKRFFGKGTLTACGNVTNKLSPALKGLPLEDLKAIDRKICETDGTDLKENIGGNACTATSFACAEAAAALNNEQLFLYLARQYYG-AENVPKKFKLPSPFFNILNGGKHAGGKLKLQEFMVNPRKDVPFPDQLRMVAEVYHTPGGLLQKKYGVSAKNLGDEGGFAPLLDTPEEALSVIEEAVKAAGYEPGKDIFFGLDAAASEFYNDEKKQYEVELGVWKTGDEMIQYWEELINKHPAIVSIEDGLDEKDYDHWVKLNQAIGGRCQLVGDDLYTTNPKTIRKGIEGNWCNALLLKV
		Trichomonas_vaginalis_1                VYVKYLGRITLAGRSSAPSGASTGVGEALELRDGDKARYGGKGTQKAAKNVTEVLSPALKGMCFCDFPALDKKICDTDGTVLKKNIGGNACTATSFALAEAGAAVQEIELFQYLAKAFYGGCDKVPKKFKLPSPFFNILNGGKHAGGNLKFQEFMVTPTRKVPFPDQLRMVAEVYQKLGGLLVKKYGLSAKNLGDEGGFAPNLNDPEEALTVIEEAIKAAGYEAGKDIMIGMDVASSEFYDENKKLYEVEVGKFLTADQMIDYFDELLKKHPAIVSIEDALAELDYENWTKLNARLGQRVQLVGDDLYTTNPITIKKGLEGKWCNALLLKV
		Trichomonas_vaginalis_4                VYVKYLGRITLAARSSAPSGASTGVGEALELRDGDKARYGGKGTLKAAANVTEKLSPALKGMCFCDLPALDKKICDTDGTVLKKNIGGNACTATSFALAEAGAAIQEIQLFEYLAKAFYGGADKVPKKFKLPSPFFNILNGGKHAGGNLKFQEFMVTPTRKVPFPDQLRMVAEVYQKLGGLLVKKYGLSAKNLGDEGGFAPNLNDPEEALSVIEEAIKAAGYEAGKDIMIGMDVASSEFYDEEKKLYEVEVGKFLNADQMIDYFDDLLKRHPAIVSIEDALAELDYENWTKLNARLGQRVQLVGDDLYTTNPITIKKGLEGKWCDALLLKV
		Trichomonas_vaginalis_2                VYVKYLGRITLAGRSSAPSGASTGVGEALELRDGDKARYGGKGTQKAAKNVTEVLSPALKGMCFCDFPALDKKICDTDGTVLKKNVGGNACTATSFALAEAGAAIQEIELFQYLAKAFYGGCDKVPKKFKLPSPFFNILNGGKHAGGNLKFQEFMVTPTRKVPFPDQLRMIAEVYQKLGGILVKKYGLSAKNLGDEGGFAPNLDSPEEALVVIEEAIKAAGYEAGKDVFIAMDVASSEFYDEEKKLYEVEVGKFLNADQMIEYYEDLLKRHPAIVSIEDALGELDYENWTKLNAKIGDKVQLVGDDLYTTNPITIKKGLEGKWCNALLLKV
	;
END;