NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:11:48]
[Matrix accession#: M2641]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2641;
	DIMENSIONS  NTAX=18;
	TAXLABELS
		Trichonympha_agilis	Pseudotrichonympha_grassii_06B88	Holomastigotoides_mirabile_02A21	Spirotrichonympha_leidyi_13A66	Devescovina_sp._D75	Devescovina_sp._D77	Stephanonympha_sp._St01	Stephanonympha_sp._St03	Stephanonympha_sp._St08	Trichomitus_batrachorum_1	Trichomitus_batrachorum_2	Hypotrichomonas_acosta	Monocercomonas_sp.	Tritrichomonas_foetus_1	Tritrichomonas_foetus_2	Tetratrichomonas_gallinarum	Trichomonas_vaginalis_1	Trichomonas_vaginalis_2
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2641;
	DIMENSIONS NCHAR=326;
	FORMAT datatype = protein gap = - ;
	MATRIX
		Trichonympha_agilis                    GRLVFRAIFELYPTECQVVAIHDLCPIKTNVHLLKYDSAHGRFKGDVKIGSDEKSFICSSGSTSWTVQNLSEKVGPSELPWADLGVDFVLESTGFYKTAYKADASGKVTTDGYDGHIKAGAKKVVLSVPASDAIQCTLVCGVNDEDLTPAVTCISNASCTTNCLGPVAKVINDNFHITSGFMTTVHSYTNDQKVAD-LMHSDLRRARAAAINIIPTSTGAAKALPIVVKALPPKCLDGLALRVPTITGSLVDLSVNVKEVVTVDQVNAALKAASEDGPLKGILKYTEDEIVSTDIIHDPHSSILDSKLTKVIPNTSGNGTLVKVLS
		Pseudotrichonympha_grassii_06B88       GRLVFRAIRELYPVECKVVAIHDLCPIKTNIHLLKYDSAHGVFKEDIVLGADGKSFIVGTGANQWVVQNLDEKVGPAGLPWKELGVDFVLESTGFFKTKAKVGPDGKVTSDGYDGHIIAGAKKVILSVPASDDIQCTLVCGVNDEDLKPEITTISNASCTTNCLGPVAKVINDAFKIKNGFMTTVHSYTNDQKVAD-NMHSDLRRARAAAINIIPTSTGAAIALPIVVKGLPPKSLDGIALRVPTITGSLVDLTVNVEATVTKDDVNKAVEAASKTNALKGILKYVTDPIVSTDIIHDPHSSVFDSQLTKVIPNKDG-GSLVKVLS
		Holomastigotoides_mirabile_02A21       GRLVFRAVRKLYPTECQIVAIHDLLDIKTNVHLLKYDSAHGQLGESIEITG-PDTFTVGTGPTAWVVKNIVGRIDPWQLPWKELGVDVVLESTGVYKTKANIGADGKVIKDGYDGHIKAGARKVVLSVPAGDEIECTLVLGVNNEDLKPETQHISNASCTTNCLAPVTKIIHQKWKVVNGFMTTVHAYTNDQQVAD-LAHADLRRARAAGQNIIPTSTGAAKALPIVVKGLRPKSLDGISIRVPVITGSLVDTSFNVEGQPTAAEVNQALKEASESGPLKGILSYVTDPIVSSDIINSTFSSIVDSLETKVIPHPNG-GAIVKVLS
		Spirotrichonympha_leidyi_13A66         GRLVFRAVRKLYPTECQVVAIHDLFAIDVNIHLLKYDSAHGTWPEPITKID-NEHFQVGEGPTAWKVENMVGRIHPKDLKWGEKKVDVVLESTGVYKTKAQKGPDGKVTRDGYDGHIAAGAKKVVLSVPAGDEIECTLVLGVNDEDVKPTTTMISNASCTTNCLAPITKIINSKWKIITGFMTTVHAYTNDQQVAD-LAHQDMRRARAAAQNIIPTSTGAAKALPIVVHDLRPKSLDGISIRVPVITGSLVDTSFNVEGTPTRDEINAALKAATLEGPLKGILGYTEDAIVSSDIINCTLSSIVDSLETKVIPNPDGKSALVKVLS
		Devescovina_sp._D75                    GRLVFRAIRKLYPTEVQVVAIHDLCEIKTNVHLLKFDTAHKIWPEPIVQTG-EDTFKVGDGADAWTVKNIGGRLSPSQLPWADLGVDIVLESTGIFKKHAVV-ENGAVKSDGYDGHIIAGAKRVVLSVPSADEIECTLVLGVNNEDLKPDTKNISNASCTTNCLAPVVKVLNEAFGVFNGFMTTVHSYTNDQVVSD-VMHADLRRARAAGQNIIPTSTGAAIALPRVVKGLTPKSLDGISLRVPTLTGSLVDVTLNLKKTVTVQEVNDALIAATNRPELKGILVFSTDPLVSSDIVDNPASSIVDGLSTKVINTEGAAGSLVKVLS
		Devescovina_sp._D77                    GRLVFRAVRKLYPKEVQVIAIHDLCDIKTNVHLLKFDTAHNIWPEPIIQTS-GDEFRVGDGPDAWTVKNIGGRLGPSQLPWGELGIDVVLESTGIFKKHAVV-ENGAVKSDGYDGHIIAGAKRVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDLKPDTKNISNASCTTNCLAPVVKVLNEAFGVFNGFMTTVHSYTNDQVVSD-VMHADLRRARAAGQNIIPTSTGAAIALPKVVKGLTPKCLDGISLRV?TLTGSLVDVTLNLKKTVTIEEVNKALTDAASRPELKGVLVFSTDPLVSSDIVDNPASSIVDGLSTKVINTEGAAGSLVKVLS
		Stephanonympha_sp._St01                GRLVFRACRKLYPTEVQVVAIHDLCDLKTNIHLLKFDTAHKIWPESIVQTA-DDEFQIGDGPGAWTVKSIGGRLGPSQLPWAELGVDVVLESTGIFRKKAVI-EDGKVKADGYDGHIVSGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNNEDLTPATKCISNASCTTNCLAPLVKVLNEAFGVINGFMTTTHSYTNDQVVSD-VMHADLRRARAAAQNIIPTSTGAAIALPRVVKGLTPKSLDGLSLRVPTLTGSLVDVSLNLKKVVTIQEVNDALIAATKTPELQGILVFSTDPLVSSDIVDNPASSIVDGLSTKVITTPGLPGSLVKVLS
		Stephanonympha_sp._St03                GRLVFRACRKLYPTEVQVVAIHDLCDLKTNIHLLKFDTAHKIWPEPIVKTA-DDEFQIGDGPDAWKVKSIGGRLGPSQLPWADLGVDVVLESTGIFKKKAVL-EDGKVKSDGYDGHIISGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNNEDLTPATKCISNASCTTNCLAPLVKVLNEAFGVINGFMTTTHSYTNDQVVSD-VMHADLRRARAAAQNIIPTSTGAAIALPRVVKGLTPKSLDGISLRVPTLAGSLVDVSLNLKKVVTIQEVNDALIAATKTPELQGILVFSTDPLVSSDIVDNPASSIVDGLSTKVITTPGLPGSLVKVLS
		Stephanonympha_sp._St08                GRLVFRACRKLYPSEVQVVAIHDLCDLKTNIHLLKFDTAHKIWPEPIVKTA-EDEFQIGEGPDAWTVKSIGGRLGPSQLPWAELGVDVVLESTGTFRKKAVV-EDGQVKSDGYDGHIISGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNNEDLTPATKCISNASCTTNCLAPLVKVLNEAFGVINGFMTTTHSYTNDQVVSD-VMHADLRRARAAAQNIIPTSTGAAIALPRVVKGLTPKSLDGLSLRVPTLTGSLVDVSLNLKKVVTIQEVNDALIAATRTPELQGILIFSTDPLVSSDIVDNPASSIVDGLSTKVITTPGLPGSLVKVLS
		Trichomitus_batrachorum_1              GRLAFRAVRERYAKEIQIVAIHDIGDIKTNTHLLKYDSAHGKFTEEIKILS-NDTFTVGTGDNLWTVKSLEGRTPPSQLPWGEMQIDIVLESTGAFRRKLVLAPDGSVQNDGYDGHIRAGAKKVLLSVPSLDEIDGVIVVGVSTNDLRKEMKCISAASCTTNCLAPIVKVLMEQFEVVCGFLTTVHAFTNDQIVADRTKHKDLRRARSAGINMIPTSTRAKFVLPKVIPGLKPGSMDGLSIRVPIITGSLVEVTAVVKKSCTVAEVNGALRAATQSGPLVGILDYTEDPIVSTDIRSNPFSSIIDSISTKAIQIPTG-GTLVKVLS
		Trichomitus_batrachorum_2              GRLVFRAIRERYAKDCQVVAIHDLCDLRTNVHLLKYDSAHGRFQDELKIIA-DDAFTVGSGADMWTVKSVGGRIGPSQLPWAELKVDVVLESTGIFRTKMVLKADGSVEKDGYDGHLKAGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNNEDLKKETSCISNASCTTNCLAPVAKTLMEHFEIINGFMTTVHSYTNDQVVAD-TVHKDLRRARSAAVNMIPTSTGAAIALPKVVHALPPKSMDGLSIRVPTVTGSIVDVTVNVKKACTVAEVNAALKAATESGPLVGIMKYTEDPIVSTDIISDPYSSIVDSQCTKVIPNPAG-GSLVKVLS
		Hypotrichomonas_acosta                 GRLVFRAVRELYPNECQVVAVHDLSNVAVNAHLLKYDTAHGIFPEKIERTG-NNVFTVGEGPNMWTINSMEGSDGPSKLPWKELGVDVVLESTGVFRKK------GTDTKEGYYGHIKAGAKKVILSAPADDDIESTLVLGVNDSDLKPETQCISNASCTTNALGPVAQTIMEHFKITNGFMTTVHAYTNDQVVHD-GVHSDPRRARSACQNIVPTSTGIAKALPKVVRSLPSQSFNGISFRVPVVTGSLIDLTVLVEKKCTRDEVNAALKTATLSGPLKGIMDYSEEPLVSSDIIHNQFSCVVDGLSTQVMDTKD--GSLIKILA
		Monocercomonas_sp.                     GRLVFRAVRRLYPTECQIVAIHDLCDIKTNVHLLKYDTAHRSFGEKIEITG-ADTFTVGEGSNVWTVKCIGGRLGPSELPWGELGVDVVLESTGIFRRHLTKKADGSVDKDGYDGHIVSGAKRVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDFTAAVKCVSNASCTTNCLAPVTKVINDQFKVLNGFMTTVHSYTNDQVVSD-VMHADLRRARAAAMNIIPTSTGAAIALPRVVKALPPKSMDGLSLRVPTITGSLVDVTFNVEKAVTKEEVNNALKAACETPALKGIMKFTMDPIVSSDIIDDNHSSIVDGLSTMVLPNPKG-GSLVKVLS
		Tritrichomonas_foetus_1                GRLVFRAVRTLYPTECQVVAIHDLCDIKTNVHLLNYDSAHRKFPEVVRVTG-EDTFEVGEGANKWVVKNIGGRLGPSQLPWKELNVDVVLESTGIFRTHCVKEGD-NVTKDGYDGHIVAGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDLKPDTTCISNASCTTNCLAPVVKTINDKFGVKNGFMTTVHSYTNDQVVSD-VMHKDLRRARAAAMNIIPTTTGAAIALPRVVKALAKGSMDGLSLRVPTITGSLVDVTVNTREAVTKEQVNEALKAAAETPALKGILRYTTDPIVSSDIIDDNHSSIVDGLSTMVLPNPDG-GSLVKVLS
		Tritrichomonas_foetus_2                GRLVFRAVRDLYPKECQIVAVHDLCDIATNVHLLNYDSAHQRFPEQLTVTA-EDTFEVGTGSDKWVVKNLTGRLGPSQLPWKELDVDVVLESTGLFRTHCVKGEDGSVTKDGYDGHLLAGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDLKPDTNCISNASCTTNCLAPVIKVLNDTFGIRNGYMTTVHAYTNDQVVSD-IMHKDLRRARAAAMNIIPTSTGAAIALTRVVKNLTRGCMDGLALRVPAITGSLVDITVNTREKVTKDQVNQALKAASESEALRGILGYTDEPIVSSDIIGDRHSSIVDSLSTMVLDNEKG-GSLVKVLS
		Tetratrichomonas_gallinarum            GRLVFRAVRALYPRDCQVVAIHDLCDLKTNAYLLRYDSAHRTFQEEITVNEQESTLTIGTGDDKWVVKSLGGRLNPSQLPWKEMGIDVVLESTGIFRSKAVV-EDGKVVKDGYDGHILAGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDLKPETKCISNASCTTNCLGPVAKTLNNAFGIVSGFMTTVHSYTNDQVVAD-TMHKDLRRARAAGMNIIPTSTGAAIALPKVCHGLPKGSLDGFALRVPTITGSLVDLTVNVKAICTKEEVNAALKKATEEGSLKGIMTYVTDPIVSTDIIGCQYSSIVDSLSTKVLKNPEGFGTLVKVLS
		Trichomonas_vaginalis_1                GRLVFRACRKLYPKDIQVVAIHDLGDIKTNVYLLKYDTAHRAFPEPVTVDEAKQEFTVGEGADKWVVKSIGGRLGPSQLPWKELGIDVVLESTGIFRTKAEKDAEGKIKKDGYDGHLVSGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDLKPETKCISNASCTTNCLGPVAKTLNNAFGIRNGFMTTVHSYTNDQVVAD-TMHKDLRRARAAGMNIIPTSTGAAIALPKVCHGLPPKSLDGFALRVPTITGSLVDLTVNVNAKVTKEEVNAALKKATEEGSLKGIMTYVTDPIVSSDIIGCQYSSIVDALSTKVLPNPEGQGTLVKVLS
		Trichomonas_vaginalis_2                GRLVFRACRKLYPKDVQVVAIHDLGDIKTNVYLLKYDTAHRAFPEPVTVDEEKQEFTVGEGDDKWVVKSIGGRLGPSQLPWKELGIDVVLESTGIFRSKAEV-VDGKVTKDGYDGHIISGAKKVVLSVPSADEIECTLVLGVNDEDLKPETKCISNASCTTNCLGPVAKTLNNAFGIRNGFMTTVHSYTNDQVVAD-TMHKDLRRARAAGMNIIPTSTGAAIALPKVCHGLPPKSLDGFALRVPTITGSLVDLTVNVNAKVTKEEVNAALKKATEEGSLKGIMTYVTDPIVSSDIIGCQYSSIVDALSTKVLPNPEGQGTLVKVLS
	;
END;