#NEXUS
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	Chlorocebus_aethiops_CAE4          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	Theropithecus_gelada_TGE2          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TCATGGGCAGGTAAACATTCTCATATTAAATAGGGAGACATGGTGCCTATAAGTTTTGGACCCATTATCTGCCTGATCAATTTTTCATAGCTTTTCTGTTTTATATTACTAAATAATTACTTATGACACTTGGAGAGAAAATTGCTAAGCATGTTTATGCCATTTGAAATTACCATCTAAAACCCAGTTATATTTCCTTTTTTTCTTTCTTATCATTGCCTCTGTTAATTTTTCTTCAGGATCCATTGAACAGTATACAGTGACATTGTAAGTGGGTTGTACTTCCTCACATCAGTGCCTTGTTAATGCCGTTCATTAATCTAGAACCTCGAGCTTGTTCAGAGATG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACAAAGCAAAATTATTCCTGAAGCAAGGTACTGTGTACTTAGTTGTGACCTATTATAGCCTAAAAATGTAGCTTGCTTTTGAGTTGGATGAATAGGGAGAGTATTTTACAGAATAGGCTTGAATATACTAACAGAGGTTTATAGTTGCCCATACAGAAAGATACATGTCCTCCATTGAACTTTTTTCCCCAAAATGTAATTTTCATATAAAGTC-TTTTAAGTATATTTTCCCTGGTTGCTTGCATGGAGACAATTTTAACTGTTCTGGTATTGTCCTGTAGGGGTAAAATACAATTGCTGGTAATTGTTGGCTTTGTGTGCTCACAGTATAACAAGAGAAGACGGCTTGCATGTTAATGTACCTCAGGTACCTCTTCTGATGCTCAAGCTCTGATTGCAAATTAAAATAGCAAGGCTCTG-TATTGGATTTGATGTGAGGCAAAGCAGACCAAGTTGCTAATTTATCATGTAATATACAATTGCTGAGGTTGGAATTTGTCCACTTATAGTGCTATTCTGTGTGTTTAAATGAGGACCACTGTTTGCATCCAATCTATCATAACAGTTTGGGAGTGCTCCATTATATGGAGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCAGATAAGATTTATGTCATGTCTATTGTTTGCAAGAACAACAAAAGAGTTACTTTTCGCTGCACAGAGAAAGACTTGGTCGGCGATGTTCCTGAAGCCAGATATGGTCATTCCATTAATGTGGTGTATAGCCGAGGGAAAAGTATGGGTGTTCTCTTTGGAGGACGCTCATACATGCCTTCTACCCACAGAACCACAGAAAAATGGAATAGTGTAGCTGACTGCCTGCCCCATGTTTTCCTGGTGGATTTTGAATTTGGGTGTGCTACATCATACATTCTTCCAGAACTTCAGGATGGGCTATCTTTTCATGTCTCTATTGCCAAAAATGATACCATCTATATTTTAGGAGGACATTCACTTGCCAATAATATCCGGCCTGCCAACCTGTACAGAATAAGGGTTGATCTTCCCTTGGGTAGCCCAGCTGTGAATTGCACAGTCTTGCCAGGAGGAATCTCTGTCTCCAGTGCACACCCGACAGTTGTCATTATGTTTGGAAACACTGCCAGCCCATGGAGATGAGGATAAAGTGGATATTTCTCTGCTGCATCAGGGTGAGAATCTTTTTGAACTGCACATCCACCAGGCCTTCCTGACATCTGCCGCCCTAGCTCAAGCTGGAGATACCCAACCTACCACTTTCTGCACCTATTCCTTCTATGACTTTGAAACCCACTGTACCCCATTATCTGTGGGGCCACAGCCCCTCTATGACTTCACCTCCCAGTATGTGATGGAGACAGATTCCCTTTTCTTACACTACCTTCAAGAGGCTTCAGCCCGGCTTGATCTACACCAGGCTGTGGCCAGTGAACACAACACTCTTGCTGCAGGATGGATTTGCTTTGACAGGGTGCTAGAGACTGTGGAGAAAGTCCATGGCTTGGCCACACTGATTGGTAAGTGCTGTTGGCTTCCTGCAGCTCCTA--AGCACCAATGCAGAATTTCCCAAAGCCTACAGTTGCTTTTCTGGTGGTTTCTTATTTTCTTCCTTTGTCTTTGTTCTTGATCCTTGCCACACCATCTGTATTCTCCCTGC-TCTCATACTTTCTGCTGCCCAGGAGCTGGTGGAGAAGAGTTCGGGGTTCTAGAGTACTGGATGAGGCTGCGCTCCTGGAGGGAGAAGGCCTCCAAGACCTTCCTCAAGAAAAATTCTTGCTACACGCTGCTGGAGGTGAGGCCTGGGACCTTGACCTAGAGCGTTTCTTGCCCTGGCTTCTATGAGATGGCTCATGAGATAACATGGGTTTTGTGGGGGCACCAGGGAGAGTCATTCCCTCTCTGTCTGCCTGTCTCAGGTTCTCTGCCCGTGTGCAGACGCTGGCTCA-ACAGCACCAAGCGCAGCCGGTGGATGGAGAAGGACATTCAGGTGCTTAGAAACCTTCATAGAGACATTTGCTAGAAAATGGCTTACAGCCCAATCTTTGGGGCAAGAGATATGAAAAGTATGTTTTCCCAAGAAAATAATACGCTTTATTTCCAGATGTGACTGGAAAGACCAGAACTTATGATATAAAAGCTTACATTTATGCTGTTGCATCATATACAAAGGAACATGGTGGTTGCGGGTTATGTAAATCCCAAACTTATGAACAGGAAATGTGTACAGTGCATGATAGGTTAAATTTTTCTTTATTGTTGTCCAACGCAGGTCCTTTGGAGAGAAAAAAAGATCACAGTGCTGACCAGGTAACTCAATAGGTTAAGTCAAGGTAACCATTGAAAGATAATAGGAATAGGGAGGTGTTTATTTTATGGCATCTTCTCTCATGGAGTTCTTAGCACTTCGGACAATTTGTCTTTTCCCCACTTTGTACAGCTGTTATGTGTCATTCACCAGCCGGCTGTATTTAACTTGCCTACTGAGGTGGACTACTGGCCAGGGGAAAGGCCAATGGTAAGATCGAGGTACAATTCCTTGGACATTCTTTTCAAAGTACTGAAATGGCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTGCAAACAGTAAAGATACCACTAAAACCCCTTCTGCAGTTCAAACTAGCACCAGCCACAACCCTGGACTTCCTCCTAATTTTAACGAATGGTACGTCTGAGGACAA------ACACAAACCCTGTTAACTATAGAATGGACCAAATGCATTTTTAAAAGAAAACTGAGACCAATCAGATGGAAATGGAGTTTTAAGGCAAGAGGCCATATATAGGGCTACATCTTGTTAATTGCAATTGTCCAGGAAGGTTTTGGGCAAGATCCAAAAGTAGCCATGCCCTTTTCTCAGGATTAGAAAATATGTTTTGGCATTGGAAGCATTTTTACAAAATCTTTACACTGCTTTTTCTTCCCCTTCCTCTTGCTGTCTGCACACCCCATTCTTAAACTCCTGCAATTCATTTTAACAGTTGTCCTGTTTCTTGAGAGGAAGTTATAGAAGGCTTGTTGGTGGTGGTGATGTTAAACTGATGGAAATTCTTTTTCGCCTTAGTGGTGATTGTTTAAACTCTCACAGTCTTAAACCGTGCC

;



END;

BEGIN TREES;
	Title 'ML_tree';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Arctocebus_calabarensis_ACL1,
		2 Chlorocebus_aethiops_CAE4,
		3 Daubentonia_madagascariensis_DMD5,
		4 Euoticus_elegantulus_AMNH269911,
		5 Galago_matschiei_FMNH148985,
		6 Galago_moholi_ABSHER009f,
		7 Galago_moholi_GMO4,
		8 Galago_moholi_JCM001,
		9 Galago_senegalensis_GSE1,
		10 Galagoides_cocos_GCDN006,
		11 Galagoides_demidoff_3048f,
		12 Galagoides_demidoff_AMNH_269853,
		13 Galagoides_thomasi_GTH1,
		14 Galagoides_zanzibaricus_GZUD002,
		15 Homo_sapiens_HSA34,
		16 Lemur_catta_LCT10,
		17 Loris_tardigradus_LTA2,
		18 Macaca_mulatta_MMA14,
		19 Nycticebus_bengalensis_NBE1,
		20 Nycticebus_coucang_NCO2,
		21 Nycticebus_pygmaeus_NPY1,
		22 Otolemur_crassicaudatus_OCR1,
		23 Otolemur_garnettii_GGR2,
		24 Otolemur_garnettii_OGDN006,
		25 Pan_troglodytes_PTR104,
		26 Papio_hamadryas_PHM1,
		27 Perodicticus_potto_PEP2,
		28 Pongo_pygmaeus_PPY155,
		29 Propithecus_verreauxi_PVE1,
		30 Theropithecus_gelada_TGE2;
	TREE Imported_tree_0 = (1:0.014892730912668193,((17:0.013212736831729823,(21:0.009798488375966521,(20:1.1631593693094891E-4,19:0.001033938016604766)100:0.002997850870986029)100:0.006922786131925519)100:0.010710188187100844,(((((13:0.0026574322253502545,11:0.0020631003746656275)100:0.002232733565935738,12:0.004563195096964118)100:0.004564033736696304,(((24:0.0010422238019740405,23:6.220069756159033E-4)100:0.0025709598980782297,22:0.00254088638530437)100:0.0035808547125375846,((14:0.0016071507743409673,10:0.001707532303860352)100:0.005472277132366135,(5:0.002478754802660902,((9:3.6047766884088117E-4,(6:2.1972660959500761E-4,8:5.444233106116482E-4)36:1.43565745374579E-6)90:2.489304426393734E-4,7:4.680757159389886E-4)100:0.0015248245667674066)100:0.007505649467629105)96:0.0013062178689783445)100:0.0024833792407033496)100:0.0081225569806517,4:0.018927828947235215)100:0.003758193312253358,(((28:0.006198572672142235,(15:0.004021672614075012,25:0.002998794198838091)100:0.004842140517770891)100:0.006751955864967628,(2:0.0046318363893832135,(18:0.0028434075899297483,(26:0.0011995013037674213,30:7.143649173386072E-4)98:0.0010254581202885076)100:0.0016228015102551345)100:0.009060846318076455)100:0.05234747558483614,(3:0.017263028340125965,(29:0.01920876968942263,16:0.01903508541452663)100:0.011486758470725429)74:0.0035648745170383305)100:0.035776334960670085)74:7.958158397952091E-4)100:0.0108189217642343,27:0.011833004412663318);

END;


BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  14372;
END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  14372;


END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  14372;

END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
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		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1394036389660;
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		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 7667168035794137266;
			mqVersion 275;
			checksumv 0 3 2041599188 null  getNumChars 14372 numChars 14372 getNumTaxa 30 numTaxa 30   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 9090050.0 sumSquares -3.6893488147419097E20 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
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		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
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						setTool mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindow.reroot;
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					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setTree '(((28:0.006198572672142235,(15:0.004021672614075012,25:0.002998794198838091)100:0.004842140517770891)100:0.006751955864967628,(2:0.0046318363893832135,(18:0.0028434075899297483,(26:0.0011995013037674213,30:7.143649173386072E-4)98:0.0010254581202885076)100:0.0016228015102551345)100:0.009060846318076455)100:0.02617373779241807,((3:0.017263028340125965,(16:0.01903508541452663,29:0.01920876968942263)100:0.011486758470725429)74:0.0035648745170383305,(((1:0.014892730912668193,27:0.011833004412663318):0.0108189217642343,(17:0.013212736831729823,(21:0.009798488375966521,(19:0.001033938016604766,20:1.1631593693094891E-4)100:0.002997850870986029)100:0.006922786131925519)100:0.010710188187100844)100:7.958158397952091E-4,(4:0.018927828947235215,((12:0.004563195096964118,(11:0.0020631003746656275,13:0.0026574322253502545)100:0.002232733565935738)100:0.004564033736696304,((22:0.00254088638530437,(23:6.220069756159033E-4,24:0.0010422238019740405)100:0.0025709598980782297)100:0.0035808547125375846,((10:0.001707532303860352,14:0.0016071507743409673)100:0.005472277132366135,(5:0.002478754802660902,(7:4.680757159389886E-4,(9:3.6047766884088117E-4,(6:2.1972660959500761E-4,8:5.444233106116482E-4)36:1.43565745374579E-6)90:2.489304426393734E-4)100:0.0015248245667674066)100:0.007505649467629105)96:0.0013062178689783445)100:0.0024833792407033496)100:0.0081225569806517)100:0.003758193312253358)74:0.035776334960670085)100:0.02617373779241807);';
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					toggleWhiteEdges on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #7667168035794137266 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 918 623;
					setLocation 90 73;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;