#NEXUS [written Mon Nov 28 15:26:13 CAT 2016 by Mesquite version 3.10 (build 765) at SHAROMCFAR-CBRU/172.16.3.90] BEGIN TAXA; DIMENSIONS NTAX=47; TAXLABELS Aecidium_kalanchoe_AY463163 Aecidium_klufaistianum_HQ699078 Aecidium_verannonae_KF528007 Cronartium_ribicola_HQ317509 Cumminsiella_mirabilissima_DQ354531 Dasyspora_emarginatae_JF263465 Dasyspora_ferrugineae_JF263467 Dasyspora_gregaria_JF263477 Dasyspora_guianensis_JF263479 Dasyspora_segregaria_JF263488 Diorchidium_woodii_KM217352 Gymnosporangium_clavipes_DQ354545 Macruropyxis_fraxini_KP858145 Macruropyxis_fulva_JX036026 Phakopsora_cherimoliae_KF528012 Phakopsora_phyllanthi_KF528025 Phakopsora_rolliniae_KF528032 Porotenus_biporus_JF263494 Puccinia_acroptili_JN204187 Puccinia_argentata_KC433399 Puccinia_coronata_var_gibberosa_KT827286 Puccinia_emaculata_EU915294 Puccinia_graminis_fsp_tritici_New_assembly Puccinia_hemerocallidis_DQ354519 Puccinia_heucherae_DQ359702 Puccinia_komarovii_KC460225 Puccinia_kuehnii_KP201840 Puccinia_malvacearum_EF561641 Puccinia_melanocephala_JX036025 Puccinia_miscanthidii_KX908214 Puccinia_mysuruensis_KC847089 Puccinia_physalidis_DQ354522 Puccinia_polysora_HQ189432_GU058024 Puccinia_sparganioidis_GU058027 Pucciniastrum_epilobii_DQ445906_AF522178 Puccorchidium_polyalthiae_JF263493 Puccorchidium_popowiae_KM217353 Ravenelia_havanensis_DQ354557 Sphenorchidium_deightonii_KM217350 Sphenorchidium_xylopiae_KM217355 Sphenospora_kevorkianii_DQ354521 Sphenospora_smilacina_KM217354 Tranzschelia_discolor_DQ354542 Tranzschelia_fusca_DQ425054 Tranzschelia_prunispinosae_var_americana_DQ425031 Uromyces_acuminatus_GU109282 Uromyces_setariaeitalicae_HQ412654 ; END; BEGIN CHARACTERS; DIMENSIONS NCHAR=1767; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = ?; MATRIX Aecidium_kalanchoe_AY463163 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????----------????????????????????????????---------------????????????????????????????????????????-------------------------????????????????????????????????--------------------??????????????????????????????????????????????????----------???????????????????????????????????????????------------???????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAG-AACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCTTTTT----TT----------TTAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCA-C--AAT----AAGTGTGGA---ACAAATYAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCAAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Aecidium_klufaistianum_HQ699078 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????????????????????-?---??????????????????----????---------------????????????????????????????---------------???????????????????????????????????????????---------------------????????????????--???????????????------------------?????????????????????????-??????????????????????????----------????????????????????????????????????????---------??????????????????????????????????????????ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CCACC-AGTAT-GTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTG-TTATTAGTTCA--GCCTCTTT----------------GGGGGGTGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTGTG-GAAATGTAGCAG-----TCTTT-----------G---GCTGTG--TTATAGACCATAAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCCTT-----GTTATGAGGTGGG---ACCGATTATGGT----CTTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTATGCAGAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--ACCTTC-----------------T--------GGGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTT----ATATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGTAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-TGAATGAAAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Aecidium_verannonae_KF528007 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACC-T-C---TCATTATTTAACTTGTTT----AA-TTAAGG----------TTGGATAATGGATGTTGAGTG-TTGCTG--------T------TAAGTTGGCTCACTTGAAATACATCAGTT-CTTTCATAAT---------------------------GTGAAATGGATTG--ACTTGGTGTGATATT--------------------TTATCTTCATCAGGAAGTTTACCTTTTGGTACTGC----CATTTCTTAGT----------TATAGAGGGCTTCTAACTTGTCAATAATTGTTTCATCAAT---------TATTACACT--TAACTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCT-ATCCTG-GACCATATATAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CTACC-AGGGT-GTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGTTCA--GCTCTT---TT---------------AGGGTGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTT-G-GAAATGTAGCAG------CTTC-----------T---GCTGTG--TTATAG-TCCATGACTTT--GATACAATGCTTAGGATTGA-GGATCGCAGTAAGCC--------TTTTGGTGGAAC--------AAATTTT-TGTTCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCATCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG--TTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTA------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGACGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGARGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCAC----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATG????????????????????????????????????????????????????????????????????????-????????????????????????????????????????????? Cronartium_ribicola_HQ317509 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTC-T--CATTCCAATTCTTTATTT-----TATATAAGGAG--------TTGTGTAATGGATGTTGAGTG-TTGCTG-------TC---------ATTGGCTCACTTTAAATATATAAGTACTTTTATTTGAAAA-------------------AAATAAATGGAGTAAT----ACTTGGTGTAATATT--------------------TATTATTCATTGAGGAGTGTAGT-TTAATTACTACAG-------------------------------------CCATTTGTTTCAGATAAATAGCTTCC---------TAACCACATTTTCAATTTTAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTT-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCC-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCATTGAGGGTGAAAATCCCGTACATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATGTGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTGGTTCA---ACTT-TTTTT-------------AAAAGGTGTATTCCAATGG-TTAACAGACCAGCATCAA-TTT---TTGGGTGTTAGATAAGGGTCTT-G-AGAATGTAGCAA------TTTT-----------G---GTTGTG--TTATAG-CTCATGACTTT--GATATAATGCTTAGGATTGA-GGAACGCAGTGAGCT----TTTCATTAAGTGGATG---------CCTTTGGGGATCTTCTCACTATGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG--TTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGAGA--TCCGTA------------------GC------AGGTGCATCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGATTCAT----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGTAATATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAATGTGAGCATG-TGAATGAGAGTCTCTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGC????????? Cumminsiella_mirabilissima_DQ354531 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????????????????????------------------------????????????????????????????---------------???????????????????????????????????????????----------------------???????????????--???????????????-----------------????????????????????????????????????????????????????-----------????????????????????????????????????-------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????AGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTY--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACC---CT----TC----------TATGGGAGTATTCTGATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCA-C--AAT------GTGTGGA---ACAAATCAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGGGATCTTTGTC------------------AAAG----AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGATATATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dasyspora_emarginatae_JF263465 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACCTTGCACTTTTTGG-AATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAATATAC-C---TCATTCAAAAAATTGTC-----AATTTGA---------------TTGAATGGATTTTGAGTG-TTGCTA----------------AGTATGGCTCACTTTAAATAAATGAGTTACTTTTCTTATTCT---------------------A--ATGAATTTGGTTG--ACTTAATGTGATAAT--------------------CTATCCTCATTAA-AGGCCAAGTTTTGAATAGGAGAAGGGACCTT-----------------------GTG-TGAATGAT--ACAAACC-----------------------------------TTTGAGACCTC-AAATCAGGTGGAATTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAGAGCCCAAATTTGTAATCTGACTCTTTC-----AGTGTCAGAGTTGTAATTTGTCCAAGAGCTGTTTT-T-GAGCTA-TCCCATCTATAAGTCTATTGGAAAGTAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTTATGAGATGGT------AAAAT-AGCTC-ATTATAATAC-AGTT--TCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCAATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAAGC-TTGTGA-T--TTGTTTAT--ACTCTT---TA---------------CAGGGTGTTTTCAACAA-ATTGCAGACCAACATCAA-TCT---TTGAATGTTGGATAAGGTTTTT-G-GAAATGTGGCAG------TTTT-----------G---ACTGTG--TTATAA-TCCAAGAAATT--GATACAATGTTCAAGATTGA-GGATAACAATAAGCCAG--AGTAATTTGGTAAAAG--------AAAATAT-TCTTTTTCTTATTGAGGATGTTGGTATTAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-ATTAAAACCCTTATGCAAAATGAAAGTGAA---AATGAAATGGGA--ACTTTT-------------------C------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTTGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTGA----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATACCCCTGTTTCTTAA-TTGAACTTGGGAATT-????????????????????????????????????????????? Dasyspora_ferrugineae_JF263467 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCATCTTGCACTTTTTGG-AATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAATATAT-T---TCATTCAAAAAATTTCA-----ATT-------------------TTGAATGGATTATGAGTG-TTGCCA----------------AGTCTGGCTCACTTTAAATAAATGAGTTAATTTTCTTATGCT---------------------A--ATGAATTTGGTTG--ACTTAATGTGATAAT--------------------CTATGCTCATTAACAAGTCAAATTTAGAATAAGAAAAGAGACCTA-----------------------ATGTTGAATGATTCTCAAACC-----------------------------------TTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGAATTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCCCTTTC-----AGGGTCAGAGTTGTAATTTGT-TAAGAGCTGTTTT-C-AAGCTA-ACCCATCTATAAGTCTATTGAAAAGTAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTTATGAGATGGT------CAAGT-AGCTC-ATTATGAAGC-AGTT--TCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCAATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTGA-T--TTGTTTAT--ACCCTT---TT---------------TAGGGTGTTTTCAGCAT-TTTGCAGACCAACATCAA-TCT---TTGAATGTTGGATAAGGTTTTT-G-GAAATGTGGCAG------TTTT-----------G---ACTGTG--TTATAA-TCCAAAAAATT--GATACAATGTTTAAGATTGA-GGATGACAATAAGCCAG--GGTAACCTGGTAAAAG--------AAAATAA-TCTTTTCCTTATTGAGGATGTTGGTATTAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-ATTAAAACCCTCATGCAAAATGAAAGTGAA----ATGAAATGGGA--ACTTTT-----------------TAC------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTTGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTGA----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATACCCCTGTTTCTTAA-TTGAACTTGGGAATT-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Dasyspora_gregaria_JF263477 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCATCTTGCACTTTTTGG-AATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAATCATT-C---TCATTTAATAATTTATT-----TATTTGAAT----------TATTCTAATGGATTTTGAGTT-TTGCTA----------------ATTTTGGCTCACTTAAAATAGATCAGTTAATCCCCTTTTATC---------------------ATTATGAATTGGTTTG--ACTTAATGTGATAAT--------------------ATATTTTCATTGAGCAATCAAATTCTGAATAAAGAGGAAGGCTTC-----------------------AAA-AGTATTTT--GATAACC-----------------------------------TTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGAATTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGACTCTTTC-----AGAGTTAGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTCTT-T-GAACTATTTCCATCTATAAGTCTATTGAAAAGTAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTTATGAGATGGT------CAAAT-TGTTC-ATTATAATAC-AGTT--TCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCAATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGTTCA--ACTCTT---TT---------------AGAGTGTATTCTAATGA-TTTACAGACCAACATCAA-TCT---TTAAATGTTGGATAAGGTTTTT-G-GAAAAGTGGCAG------TTTA-----------G---ACTGTG--TTATAA-TCCAAAAATTT--GATACAATGTTCAAGATTGA-GGAAAACAATAAGCCTA--ACTTTTTAGGTAAAAG--------GAATTAA-TCTTTTTCTTATTGAGGATGTTGGTATTGATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-ATTAAAACCCTCATGCAAAATGAAAGTGAA---TTTTAAATGGGA----TCTT-----------------TAA------ATGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTTGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTAA----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCAAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAAC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dasyspora_guianensis_JF263479 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCATCTTGCACTTTTTGG-AATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAATATAT-C---TCATTCAAAAAATCTCA-----ATT-------------------TTGAATGGATTTTGAGTG-TTGCCA----------------AATCTGGCTCACTTTAAATAAATGAGTTAATTTTCTTATGCT---------------------A--ATGAATTTGGTTG--ACTTAATGTGATAAT--------------------CTATTGTCATTAACAAGTCAAATTTGGGATAAGGAAAGAGACCTA-----------------------ATGTTGAATGAT--TCAAACC-----------------------------------TTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGAATTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAATGGCGAATGAAAAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGTCCCTTTC-----AGGGTCAGAGTTGTAATTTGTTCAAGAGCTGTTTT-T-GAGCTA-TCCCATCTATAAGTCTATTGAAAAGTAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTTATGAGATGGT------CAAGT-AGCTC-ATTATAAAGC-AGTT--TCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCAATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGCAA-T--TTGTTCAT--ACCCTT---TT---------------TAGGGTGTTTTCAGCAT-TTTGCAGACCAACATCAA-TCT---TTGAATGTTGGATAAGGTTTTT-G-AAAATGTGGCAG------TTTT-----------G---ACTGTG--TTATAA-TTCAAAAAATT--GATACAATGTTTAAGATTGA-GGATGACAATAAGCCAG--AGTAATCTGGTAAAAG--------AAAATAA-TCTTTTCCTTATTGAGGATGTTGGTATTAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-ATTCAAACCCTCATGCAAAATGAAAGTGAA----ATGAAATGGGA--ACTTTT-----------------TAA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGAAGGTGCTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTTGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATTGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTGA----ATCAGTTTT-TGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dasyspora_segregaria_JF263488 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCATCTTGCACTTTTTGG-AATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAATCATT-C---TCATTGAATAATTTTTT-----TATTTGAAT----------TATTCTAATGGATTTTGAGTT-TTGCTA----------------ATTTTGGCTCACTTAAAATAGATCAGTTAATCCCCTTTTATC---------------------ATTATGAATTGGTTTG--ACTTAATGTGATAAT--------------------ATATTTTCATTGAGCAATCAAATTCTGAATAAAGAGGAGGGCTTC-----------------------AAA-AGTATTTT--GATAACC-----------------------------------TTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGAATTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGACTCTTTC-----AGAGTTAGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTCTT-T-GAACTATTTCCATCTATAAGTCTATTGAAAAGTAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTTATGAGATGGT------CAAAT-TGTTC-ATTATAATAC-AGTT--TCAMAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCAATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGTTCA--ACTCTT---TT---------------AGAGTGTATTCTAATGA-TTTACAGACCAACATCAA-TCT---TTAAATGTTGGATAAGGTTTTT-G-GAAAAGTGACAG------TTTA-----------G---ACTGTG--TTATAA-TCCAAAAATTT--GATACAATGTTCAAGATTGA-GGAAAACAATAAGCCTA--AATTTTTAGGTAAAAG--------GAATTAA-TCTTTTTCTTATTGAGGATGTTGGTATTGATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCMAGTATTTGGGTG-ATTAAAACCCTCATGCAAAATGAAAGTGAA---TTTTAAATGGGA----TCTT-----------------TAC------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTTGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTAA----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCAAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATACCCCTGTTTCTTAA-TTGAACTTGGGACT??????????????????????????????????????????????? Diorchidium_woodii_KM217352 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATCT--C---TCATCAAATTAA------------------------------TTTTTGGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG---------------TTATCTAGCTCACTTTAAATATATAAGTCTG---------------------------TTT----ATCTTTTGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATATT---------TA---------TTTTGATCATCAAGGAAA---G----TAGCAATACTTGCCAGCACT--------------ATGGAAAAAGGACT-------CCTAAATTGA-----TTTTTTT------------ATTTTTATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCTTT------TT----------CAAAGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGATAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCC----TTTTTTTTGAGGTGGA---ACAAATTATTGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTTAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATAGAAACCCTTTTGCGAAATGAAAGTGAAATTTAA-AGATGGGA--TCCCCT--CT-----------TAAAAGGG---GGGTGCACCGTCGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTTAACG--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATGTGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACTCGAGCATG-TGAATGATAGTCTCTAGTGGGCCATTTTTGGTA???????????? Gymnosporangium_clavipes_DQ354545 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCC-T-C---TCATGTCCACCTTTTTTTTGAAAGAATAGGT----------GTGTCTGATGGATGTTGAGTG-TTGCTG-------GA------CAATCCRGCTCACTTTAAATGTATAAGTC-CTTTTTATAT--------------------------------TTGGAACAACACTTGGTGTGATAT---------------------TTATTTTCATCAGGGAGAGCCCA-GGTTGTAAAAA----GACTTTTCCTT------------------TGATAGAATTTGATGAAAATC---------AA---------ATTTCATCC--TCTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGATTACCCACTGAACTTAAGCATATCAATAAGTGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGGGTCTGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCT-GTGCTG-GACCATTTATAAGTCTGTTGAAATGCAGCATCATTGAAGGTGACAATCCTGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATGC-AGTA--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATACAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTAYGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTG-TCATTGGCTCA--GCTCTT---TT---------------AGGGTGTATGCCAGTGA-TATACAGACCAACATCAG-TTT---TTGGGTGTTGGATAAGGGTCTT-G-GGAATGTAGCAG------TCTT-----------G---GCTGTG--TTATAG-ACCATGACTTG--GATACAATGCTTGGGACTGA-GGTATGCAGCAAGCC----ATTTTGGTGGTGGGAC--------AATTTAT-TGTTCTTCTTGCTGAGGATGTTGGTA-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG--TAAAAACCCTTATGCACAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTA------------------AA------AGGTGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCAC----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATGCCCCTGTTTCTTAA-TTGAA???????????????????????????????????????????????????????? Macruropyxis_fraxini_KP858145 GATGAAGGACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTATACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCC-T-C---TCATTAAATAGTTTTATTAT----------------------TATTTAGTGGATTTTGAGTG-TTGCTA----------TTC----ATTTGGCTCACTTTAAATGTATAAGTCACTAGA-TTTTTTT----------------------AAATGAAGTTGGGTTG-ACTTGGTGTAATAGT---------T----------TATATCTCATCAAGGAAAG--C---TTTAACTAACTTGCCAATTGTAAT-----------TT--AAAAAAGGCT-------TCTAAAATAAATTT--------------------TGTTTCTATTTTAAGACCTCAAAATTAGGTAGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCTGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-ATGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CCACC-AGTAT-GTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTGCGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTG-TTATTAGTTCA--GCCTCTCTT---------------AGGGGGTGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----CCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAGACCATAAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCCTT---------CAAGGTGGG---ACCCATTAAGGT----CTTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTATGCAGAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--ACCTGT--T--------------T--------GGGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTT----ATATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGTAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-TGAATGAAAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTA???????????? Macruropyxis_fulva_JX036026 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTATACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCC-T-C---TCATTAATTAATTT----------------------------TAATTAATGGATTGTGAGTG-TTGCTA----------TTA----ATTTGGCTCACTTTAAATATATAAGTCACTATATTTTTTTT----------------------AAATGAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATAGT---------TA------ATATATATATCATCAAGGAAAG--T---TTTAATTAACTTGCCAATTGTAAT-----------TT--AGAAAAGACT-------TCTAAACACGCAAT-------------------------AATTTTTAAGACCTCAAAATTAGGTAGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCT-GCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-ATGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CCACC-AGTAT-GTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCKAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAAGGGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGACTTTGTTG-TTATTAGTTCA--GCCTTCTTCAA-------------AGGGGGTGTATTCTAATGA-TCAACAGACCAACATCAGTTTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAGACCATAAACTTT--GATACAATGCTTAAGACTGA-GGAATGCAGTAAGCCTT--TTATTAATAAGGTGGG---ACCCCAAGGGGT----CTTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTATGCGGAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--ACCTCT--TCT----------GGG--------GGGCGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCAAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTT----ATATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGTAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-TGAATGAAAGTC-TTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Phakopsora_cherimoliae_KF528012 GATGAAGGACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATTTCCGAACGCACCTTGCACCTCTAGG-TATTCCTAGAGGTATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAACTCTA-C---TCGCTAATCATTCTTTT-----AAAGACT------------TGGTTGGTTGGATGGTGAGTG-TTGCTG-------AGACACTCTGTCTCAGCTCACTTTAAATAGATCAATATGGGAGCGCATTGT----------------------------ATATAAG----CTTTGGTGTAATAAT--------------------ACTTTGTTTTTCATCAAGATCCT-GTTCCTGTGAACAGAAGTATACATGT----------TGTG----------GCTCTTGTAGCTATTAATCAGTTG-----------TGCAAACACTCAATCTTTAAGACCTC-AAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAGAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTTCACTTGAT-GAAGCCTGAGTTGTAATTT---AAAGAACTGTTTTCA-GTGCTA-GACCATGCATAAGTCTGTTGGAAAACAGCATCAGTGAGGGTGATAAT-CCGTTCATGGTATGGA------CCACT-AGTGC-AATGTGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGTAAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTCAGTTCA--AACCT-CTCCT-------------GAGGGGTGTATTCTGATGG-TTAACAGATCAACATCAA-TTCTT-TTGGGTGCTGGATAAGGGTTTT-G-GAAATGTGGCAG-----TCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCATTACTTT--GATATGGTGCCTAGGATTGA-GGTATGCAGCAAGCT----CTCTCCTTGTGGGGGA---GTGGACTTATCGCAAGTCTTCTTGCTGAGGATGTTGATG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCARGGAGTCTAACATGCTTGCRAGTATTTGGGTG-ATAGAAACCCTTGTGCGTAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCCCCT------------TTGAAAAA------GGGAGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTCATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAGGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTYGTAGYGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCGT-TATATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCCCCTGTTTCTTAA-CTGAACGTGGGCATG-TGAATGA?????????????????????????????????????? Phakopsora_phyllanthi_KF528025 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTC-T---CAACTAA----------------------------------TTTCAAGTTGGATGATGAGTG-TTGCTG-------TG------GYAAATGGCTCACTTTAAAAGCATTGATATAAGTGGTTATATT---------------------------------ATTA--AGTAGATGTAATAAT-----------------AATGTTTCATCAAAAAGTAATATAAA-TTGCTTTGTAATATTG-------------------------------------------?????????????-------------TTACAAAAATTTATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGATGAGCCCAAATTTGTAATCTGGTTTTCTTTG---AGGATCAGAGTTGTAATTT---GAAGAGCTGTTTTCA-GTGCTG-GACCGTACAAAAGTTTGTTGGAAAACAACATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTAATGGTATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTATGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGCCAGTTCATTAACCT-CTTTT-------------GGGGGGAGTATTCTGGTGG-TTAACAGATCAACATCAG-TTCTGATTTTGTGCTGGATAAGGGTTGT-G-GAAATGTGGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCATGACTTT--GATATGGTGCTTGGGACTGA-GGTATGCAGCAAGCT----CTCTTTAGGGGGAGAG---GATTTACCTTGGTAGGTCTTCTTGCTGAGGATGTTGATG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTATTTGGGTG-ATAGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCCTGT----------------CAAA------GGGAGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGACGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTTAT----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATGTGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCAT--????????????????????????????????????????????? Phakopsora_rolliniae_KF528032 GATGAAGGACACAGTGAAATGTGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTCCGAACGCACCTTGCACCTCCTGG-TATTCCAGGAGGTATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAACTATG-C---TCGCCAGCCCTTTCTCA-----TCCCTGAGGGGATCTGGGATGGCTGGTCGGATGGTGAGTG-TTGCTG-------GG--AGTTCTTCTCGGCTCGCTTCAAATAGATCAATACGGCGGTCCGGTAT-------------------TGAGGAGAGGGGAAAG----CCTTGGTGTAATAAT-----------------ATGCTCTGTTCTTTCATCAATGTCCC-TGGCCTCTGCACCGCA----------------------------------GCCCTCGTAGCAGTTAAGTGTT-------------GGACACAACATGACCTCTAAGACCTC-AAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAGAGCCCAAATTTGTAATCTGGCCTTCTTTAGTGGAGGTCTGAGTTGTAATTT---AAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCACGCATAAGTCTGTTGGAAAACAGCATCAGTGAGGGTGATAATCCCGTCCGTGGTGTGGA------CTCCC-AGTGC-GGTACGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGTAAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTCA-TTGCCAGTTCA--AGCCT-CTTCT-------------GAGGGGTGTACTCTGACGG-TTGACAGATCAACATCAG-TTCCT-GTGGGTGCTGGATAAGGGTTTY-G-GAAATGTGGCAG-----TCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCGTTGCTTT--GATACGGTGCCTGGGACTGA-GGTATGCAGCAAGCT----TCTCCTCTCCTGGGGGA--GCGGACCTACCGCAGGTCTTCTTGCTGAGGATGTTGATG-T-ATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTATTTGGGTG-ACAGAAACCCTTCTGCGTAATGAAAGTGGA---TGT-AAATGGGA--TCCCCT------------TTAAGAAA------GGGAGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAGGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCGT-TACATCAGTTTTWTGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Porotenus_biporus_JF263494 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????---??????????????????????????---------------????????????????????????????------------??????????????????????????????????????????????----------------------????????????????????????????????-----------------????????????????????????????????????????????????????-----------????????????????????????????????????------------------------??????????????????????????????????????????????????ATCAATAAGCGGAGGAAA-G-AACTAACCAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCCTTCCTTGTTGGAGGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GCCCACATACAAGTCTGTTGGAATACAGCATCATTGAGGGTGAGAATCCCGTACATGATGTGGT------ATACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCCAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTAGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTATGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGCC-TTGCTG-TGGTTAGTTCA--GCCCCACTTTT-------------TTGGGGTGTATTCTGGCCT-TCAGCAGACCAACATCAG-TC----TTGGGTGCTGGATAAGGGCCTCTG-GAAATGTAGCAG-----TCTTT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCTTGGCTTT--GATACTGTGCCTGAGACTGA-GGAATGCAGTAGGCC----ATCTCATGGGTGGCAGG--TCCAATGAAAATTGGGCCTTCCTACTGAGGATGTTGGTA-GAATAGCTTCAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG--GTCAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTGAA---TGT-AAGTGGGA--TCCACTCTC------CCCTGTGGGGG------TGGTGCACCATTGACCAGTCCTGCG-TATTTATACAAGGGTACTGAGTAAGAGCAGGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGGACAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCATCTTCATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGACCCTGTTTCTTAG-TTGAACGTGGTCATT?????????????????????????????????????????????? Puccinia_acroptili_JN204187 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATCT--C---TCATCAAATTAA------------------------------TTTTTGGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG---------------CTATATAGCTCACTTTAAATATATAAGTC-----------------------------CTG----TATAAGTGTTGGATTGAACTTGGTGTAATATT---------AT-------AAATTTTTTCATCAAGGAAA---G----TAGCAATACTTGCCAATACCT-------------TTAGTGCTAGGACT-------CCTAACTTTGAGAACTTTTTTTTTTTCTCTAACCCTTCTTTTTTTTAARACCTC-AAATCAGGKGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAGGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACGATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCCT-------TT----------CAAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTGAGCC------CCTTTTGGGGTGGA---ACACATTATTGT----TCTTCTTGCTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAACGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-TTTGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--ACTTTT--TT----------------------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTA--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_argentata_KC433399 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGGATTGCATAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATTT--C---TCATCAAATTAA------------------------------TTTTTGGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG---------------CTATCTAGCTCACTTTAAATATATAAGTCAT-------CTTTT---------------TCG----TCTATTTGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATA-----------TT----------TTTTTTCATCAAGGAAA---G----TAGTAATACTTGCCAACATTT-------------TTGGAATATGGACT-------CCTAAATTGAAT---TTATTTT------------CATCTTATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATACGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGTTCA--ACCCATT-----TT----------TAAAGGATTATTCTAAT-A-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----CCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCC----CTTTT----GGGTGGA---ACAAATTATTGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-TTTGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTTTT--TT----------------------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTA--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_coronata_var_gibberosa_KT827286 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCT--C---TCACAAAACAAC--TTTATTGTTGCT----------------TTTTTTGTGGATGTTGAGTG-TTGCTA------------TATATTTATAGCTCACTTTAAATATATAAGTCACACTTTT----------------------------CAAGTAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATAAT---------TT--------TATCATCACATCAAGGAAA---G----TAGCAATACTTGCCATCTTTTGA--------------AAGGAGGGACT-------CCTAAAAAACCCCTCA------------------TAACCTTTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATATATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTCCC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACC-TTTT----CT----------TAAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCTGAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCA-C--TTT---ATTGTGTGGG---ACAAATTAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGATCTCTGTC------------------AC------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGCCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TGAA????????????????????????????????????????????????????????? Puccinia_emaculata_EU915294 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGYGCCTTTTGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCT--C---TCACAAAAATAA--TTT-TATTATTA----------------TTCTTTGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG------------TGCA--TATAGCTCACTTTAAATATATAAGTTATCTTCTTATTCTG---------------ACAAAAAAAGCCAAGATGGATTG-ACTTGATGTGTAATA---------AT--------TTTCATCACATCAAGGAAA---G----TAGCAATACTTGCCATCTTTGTAAAATTTTGTTGTTGAGAAAGAGACT-------TCTAAAGAACCCAAA-----------------------TAATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACC----T----TT----------TTAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCA-C--TTT----TTGTGTGGA---ACAAATTAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_graminis_fsp_tritici_New_assembly GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTC-----TCATTAAACATTTTTTTAATAAT------------------TTGTTTATTGGATGTTGAGTG-TTGCTA--------------TAATTATAGCTCACTTTAAATATATAAGTCACTTTT------------------------------CAAATAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATAAT-----------------TTTATCATCACATCAAGGAAAGTAGT-----CAAACACTTGCCATTTTTTT------------TGTAACAAGAGACT-------CCTAAAAA--------------------CCCAATATCTATTTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCTTTTTATT--------------AAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTTT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCG----CAATTTATTGTGTGGA---ACAAATTAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCGT----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_hemerocallidis_DQ354519 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATCT--C---TCATCAAATTAA------------------------------TTTTTGGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG---------------TTATCTAGCTCACTTTAAATATATAAGTCA----------------------------TTT----TATGAATCTTGGATTG-ACTTGGTGTAATATT---------TT----------TTTGATCATCAAGGAAA---G----TAGCAATACTTGCCAATATT--------------TATTTTCAAGGACT-------ACTAAAC-----------CCTT------------CAACTTATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATATATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGTTCA--ACCTTT------TT----------ATAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCC---------TTTTAGGTGGA---ACAAATTATTGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-TTTGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--CCTTTT--TT----------------------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCRAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTA--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCT????????????????????????????-????????????????????????????????????????????? Puccinia_heucherae_DQ359702 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????????????????????-?---??????????????????----????---------------????????????????????????????---------------???????????????????????????????????????????---------------------????????????????--???????????????------------------?????????????????????????-??????????????????????????----------????????????????????????????????????????---------??????????????????????????????????????????ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCTGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACC-TTTT----CT----------TAAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAGCATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAT-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCG-C--AACCTTGTTGTGTGGA---ACAAATTAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-TTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_komarovii_KC460225 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATTT--C---TCATCAAATTAA------------------------------TTTTTGGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG---------------CTATCTAGCTCACTTTAAATATATAAGTCAT-------CTTTT---------------TCC----TCTATTTATTGGATTG-ACTTGGTGTAATATT---------TT----------TTTTTTCATCAAGGAAA---G----TAGTAATACTTGCCAACATTT-------------GTGGAATAAGGACT-------CCTAAATTGAAT---TTATTTT------------CAACTTATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATACGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTGGTTCA--ACCTTTT-----TT----------TAAAGGATTATTCTAAT-A-TCAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----CCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCC----CTTTT----GGGTGGA---ACAAATTCTTGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-TTTGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTTTT--TT----------------------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGCAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTA--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGGATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-TGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_kuehnii_KP201840 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAGAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTTAC---TCATTTTATGAA---TTTTTAACATT----------------TTTAAAATGGATGTTGAGTG-TTGCAA------------TTTTTTAATTGCTCACTTTAAATATATTCAAGTTCCTCCTCCCCCT---------------TAA----CATTATGTTTGGATTG-ACTTGATGTGTAATA---------ATTAAAAAAAAAAAATCACATCAAGGAAG---G----TGTT---ACCTGCCAAATTTTTA-----ATATTGTTGAGAATGGGACT-------ACTAAAAAAACACAC-------------------ACATTTTATTTTTAGACCTC-AAATCAGGTGGGATTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTTTAAA-GGAGTCTGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAAGGTGATAATCCTGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATACAAGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTGCGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTAAAGTTAGAC-TTGTTATTTATTAGTTCA--ACCTTTTTTTT-TT----------AAAAGGAGTATTCTAAAAG-ATAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GGAATGTAGCAG-----TCTTT-----------G---ACTGTG--TTATAGACCTTGAGCTTT--GATGCAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAACC-C--TTGTTTTTGGGGAGAA---ATAAAATAATATTTTCTTTTATTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTGATTTGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCCTCT--TTTTTTTTCCAAAAGAAAAGGGGGGGGAGCACCATTGACCAGTCTTGAT-TATTTATATGAGGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTATTTGAATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCCCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCATGTTGAATGAAAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_malvacearum_EF561641 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCT--C---TCACAAAAGAAT--TTT-TATTAATT----------------CTTTTAGTGGATGTTGAGTG-TTGCCG------------TC----ATTGGCTCACTTTAAATTAATGTGTCTATT--------------------------------TAATTAAATTGGATTG-ACTTGGTGTAATATT---------TT--------TA-AAAAACATCAAGGAAA---G----TAGCAATACTGCCAAATTGATTA----------------AAGAAGGCT-------TCTAAAAAACCCACAA------------------T---TATTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCTGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACC--TTT----TT----------AAAGGGAGTATTCTGATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGATAAGGGTTTAAG-GAAACGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCC-T--GTT----ATGGGTGGA---ACAAATTATTGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG--TTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTT------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGAGCATG-CGAATGAGAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_melanocephala_JX036025 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCT--C---TCACTAAAACAACTTTGTTATAGTTT----------------TTTTTAGTGGATGATGAGTG-TTGCTG----------------TAATTAGCTCACTTTAAATATATAAGTCTG---------------------------TCT----TGAATAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATA----------------------ATTTGAGCATCAAGGAAA---G----TAGCAATAC-TGCCATCTTAT-------------TTTGGGTAAGGGCT-------CCTAACATTGAACCATTTTTAAAATGATGGA---CCCCTAACATTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATATATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAGTCCCGTTTATGATATGGA------CTCCC-AGTGC-AATATGTTAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTGCGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCTTTT-----TT----------AAAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGCTTAAG-GAAATGTGGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-ACCTGAGCTTT--GATACAATGCCTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCG----CCACTTGTGGTGTGGG---ACTAATTATAGT----CCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTA--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCATG-TGAATGAAAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_miscanthidii_KX908214 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?---??????????????????----????---------------????????????????????????????------------??????????????????????????????????????????????---------------------?????????????????????????????????-----------------????????????????????????????????????????????????????-----------????????????????????????????????????------------------------??????????????????????????????????????GAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCTTTCT----------------TAAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAACAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TTCTGAGCTTT--GATAAAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCA------CTTTATTGTGTGGA---ACAAATTAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGATCTAATCGAACC???????????????????????????????????????????????????--????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Puccinia_mysuruensis_KC847089 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTATACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCC-T-C---TTATTAAATAATTTTTTTTAATT-------------------ATTTATATGGATGTTGAGTG-TTGCTA----------TTA----ATTTGGCTCACTTTAAATATATAAGTCTTGGCAAATTTTCT----------------------TAATGAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATATA---------T----------TATATCTCATCAAGGAAAG--TATATTATATATACTTGCCAATTGTAAT-----------TTTGAAAAAAGACT-------CCTAAAAAACCATTT-------T-----------ACTTCATTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTAGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTCCC-AGTAT-GTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGTAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTATGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTG-TTATTAGTTCA--GCCTCTCTC---------------AAGGGGTGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---GCTGTG--TTATAGTTCATAAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGC???--????????????????---???????????????????????????????????????-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---????????????--??????--??------------????------?????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????--?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Puccinia_physalidis_DQ354522 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????????????????????-----???????------------????????????????????????????-------???????????????????????????????????????????????????---------------------????????????????--???????????????-------------------??????????????????????????????????????????????----------------------------------------------------------------???????????????TTTAAGACCTCAAATTCAGGTAGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATGT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CTACC-AGTATGGTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGTAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTG-TTATTAGTTCA--GCCTCTC-----------------AAGGGGTGTATTCTAATGA-TGAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TC--------------A---ACTGTG--TTATAGTCCAAGAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCCTT-----TTAATAAGGTGAG---ACCAATTGAGGT----CTTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTATGCAGAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGAGA--ACCTTT--TAT------------T--------AGGTGCACCATTGACCAGTCCAAAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTGA--AAATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGTAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGCGGGCATG-TGAATGAAAGTCTTTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccinia_polysora_HQ189432_GU058024 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAGAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTT-C---TCATTATTAAATTTATT------------------------TTTAATATTGGATGTTGAATG-TTGCAA-------AATGGAGTTCATTTTGCTCATTTTAAATGCAACAAAGTTATATTCAGGAAA--AGAAAAAAAAAAGGAAACTCAGATGGAGTGGATTG--ACTTGATGTGTAATA--------ATGTTTTTAACTGAGATCACATTGAGGAGG---AAGTTCTTGGAGCTTTGCCACTTTTC-------------ATCAATGAAATTCTATTCTTCTTGAAAAGGACTTCTAAAGTAA------AAAAGCAATTTTTTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTAACTCCTTTAACA-AGAGTTAGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCT-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAAGGTGATAATCCTGTTTATGACATGGGTGTTCTCTACC-AGTGC-TTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTATTTATTAGTTCA--ACCTTTTTCTTT------------AAAGGGTGTACTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAA-GGAATGTAGCAG-CCATTTTAT-----------G---ACTGTGTTTTATAGACTTTGAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAACC--------ATTTTTGGAGGG---ATAAATTACTAT-CCTTTATATTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG-TTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCTTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTG????????????????????????????????--????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Puccinia_sparganioidis_GU058027 ??????????????????????????????????????????GAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTATACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCC-T-C---TCATTAAATAATTTTATTAT----------------------TATTTAGTGGATCTTGAGTG-TTGCTA----------TTA----ATTTGGCTCACTTTAAATATATAAGTCACTTAA--TTTTTT----------------------AAATGAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTAATATA---------C----------TATATCTCATCAAGGAAAG--T---TTCA--TTACTTGCCAATTGTART-----------TT--AGAAAAGACT-------TCTAAAAAAACAAA--------------------CTATTATTTTTTAAGACCTCAAAATTAGGTAGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CCCCC-AGTAT-GTTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGTAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTG-TCATTAGCTCA--GCCTCTTA----------------TAGGGGTGTATTCTAATGATTTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGGGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCCCT-----------G---ACTGTG--TTATAGTCCTAGAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAGCCCT---------TTGGGTGGG---ACCAATTATGGT----CTTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTATGCGGAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGAGA--ACCTCT--TCT---------G--G--------GGGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTT----ATATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGTAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTCTTA---ATGAACGTGAGCAT?-????????????????????????????????????????????? Pucciniastrum_epilobii_DQ445906_AF522178 GATGAAGAACGCAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTCTTGGTTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTC-T--CATTCTGATTCTTTATTA-----AGTTAAAGG----------GTTGGTGATGGATGTTGAGTG-TTGCCG-------TA---------ATTGGCTCGCTTTAAATACATAAGTACTTTTGTTGACGAA--------------------TGAAAATGGATATAT----ACTTGGTGTGATATT--------------ATTATTATCAAATCATTGAGGAGTGTAGT-TAACTCTGCAGCC-------------------------------------ATTTTTGTGTATGTTGATGAATAGCTTCCTAACCCCATTATAATTTAATCATTTAGACCTC-AAATCAGGTGGGATTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCCTTTCTTGAA-AGGGTCCGAATTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCT-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGAAAATCCCGTAGATGATATGGA------CTACC-AGGGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTGGATCA---GCTT-CTTTA-------------TTGAGGTGTATTCTGATGA-TTAACAGACCAGCATCAA-TTT---TTGAGTGCCGGAAAAAGGTATT-G-GGAATGTAGCAT-----CCTCT-----------G---GTTGTG--TTATAG-ACCTTTACTTCAGAATACGGTGCTTAGGATTGA-GGAACGCGGTAAGCT----TTGTTGCAG---------------ACTTTAAACGGTCTCCTTACTACGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG--TTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCCGTA------------------AA------AGGTGCACCATTGACCAGTCCTGAA-TATTTATATAAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAG?????????????--?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-????????????????????????????????????????????? Puccorchidium_polyalthiae_JF263493 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCC-T-C---TCATTAATTAATTTTATT----AATTTATGA----------TTTTTTAGTGGATGTTGAGTG-ATGCTG----------------TAATTGGCTCACTTTAAATACATAAGTT-TTTTTCATAC-TA---------------------A--ATGATTTGGATTG--ACTTGATGTGATATA--------------------TTAT-TTCATTAAGAAGTGTATC-TTTGATACTGC----CATTTCTAATA----------ATTA----GTATTGAAATTGCTGCCAATT----TGGTCAT---------TTGACCATCAATTTTTTTAAGGCCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCTGAGTTGTAATTT---CAAGAACTGTTTTCT-GTGCTA-TCCTACTTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAGGGTGATAATCCCGTATATGAGGTAGA------TTTAT-AGTAC-TATATGATAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGCT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGCTCA--GCTCTT---TT---------------AGAGTGTATTCTAATT--TTAACAGACCAACATCAA--TT---TTAAATATTGGAAAAGGTTTAA-G-GAAATGTTACAG------TTTT-----------G---GCTGTG--TTATAA-TCCTTAAATTT--GATACAATGTTTGAGATTGA-GGATTGCAGTAAGCC----ATTAATTTGGTGGGCC--------AATTT---TGACCTTCTTACTAGGGATGTTGGTA-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG--TTAAAACCCTGATGCATAATTAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTTGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCAA----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATACCCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGAATT-TGAATGAGAGTCTCTAGTGGGCMATTTTTGGTAAGCAGAACTGGC Puccorchidium_popowiae_KM217353 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCT-T-C---TCATTAATTAGTTTTATT----AGTTTAAGA----------TTTTTTAATGGATGTTGAGTG-TTGCTA----------------TAATGGGCTCGCTTTAAATATATAAGTT-TTTTTCATAC-TA---------------------A--ATGATTTGGATTG--ACTTGATGTGATATA--------------------TTAT-TTCATTAAGAAGTGTATC-TTTGATACTAC----CATTTCTAATA----------ATTA----GTATTGAAATTGCTTCCAACT----TGTCAAT---------ATGACATTC--TTTTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCT-GTTCTA-TTCTACTTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATGGAGGGTGATAATCCCGTATATGAGGTAGA------CTTAT-AGAAC-TATATGATAC-AGTT--TCTAAGAGTCAAGTTGTTTGGGAATGCAGCTTAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGCT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTGTTAGTTCA--GCTCTT---TT---------------AGGGTGTATTCTAATT--TTAACAGACCAACATCAA--TT---TTAAATGTTGGAAAAGGTTTAA-G-GAAATGTTGCAG------TTTA-----------G---GCTGTG--TTATAA-TCCTTAAATTT--GATACAATGTTTAAGATTGA-GGATTTCAGTAAGCC----ATTAATTTGGTGGGTC--------AATTT---TGACCTCCTTACTAGGGATGTTGGTA-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTG--TTAAAACCCTGATGCGTAATTAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTA------------------AA------AGGTGCACCATTGACCAGTCCTAAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAGGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCAC----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGATACCCCTGTTTCTTAA-TTGAACATGGGAATT?????????????????????????????????????????????? Ravenelia_havanensis_DQ354557 ??????????????????????????TSSTATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCATCTTGCACCATTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGCCATGAAATTTAA-CAACTCACCAACAAGTTGACT-----CTTGTCAGC----------TTGTATTGTGGATGATGAGTG-CTGCTG-------GC--ATTTGAGGACAGCTCACTTGAAAGGAATTGGAAGGCATGTAACAGATTCTCTCTGATCCTTGAGTCAGCAGTCTGGATGTGTTG--AGCTGGTGTAATAATCAAAGCTGAGGTGCTGCACTCTTTGTGTTGAAGTCAGAGTAGA-TTGCCCACAATCTGTCACCCTGACAG----------GGTGCCTGTGGTGTGAACCTCTGCACAAGGAGGGAGTTGTTACGCAAACAGATGCACATCTGAAGTTTAGGCCTC-AGATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGTGGGAAGAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTTCTTTTTCA-GAAGTCTGAGTTGTAGAGT---TGAGAACTGTTTTCT-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGAAAATCCTGTAGATGATATGGA------CTCCC-AGTGC-AATAAGAGAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATACTAGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-GAAAGGGAAACACTTGAAGTTGTTA-CTGCTC-TTTTCAGTTCA--ACCTTTTTTTATTTTG--------AAGGGGGGTATTCTGATGA--GATGAAGCCAACATCAA-TT----TTGAGTGCTGGATAAGGATGCTTG-GAAATGTAGCAGTGATTTATTT-----------T---GCTGTG--TTATAG-GCCAGCATTTT--GATGCGGTGCTTGGGATTGA-GGATACAAGTCAGCT----CTGTCAAAGGAGTGGG---GACCAACTTGTTGGGCCTTTCTGACTGTGGATGTTGGTA-AAGCAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGAGTG--TTGAAACTCATGTGCACAATCAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--ACTTTTTCTGAGCAATTGCTAGGGGG------GAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGTTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGTTTCAT-TTGATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGTGAAACACCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATGTGTAAGAGACCCTTGTTTCTTAA-GTGAACTTGGGCAGA-TGGAATGAGAAACTCTAGTGGGCCATTTTTGGTAGC????????? Sphenorchidium_deightonii_KM217350 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACTTTGCGCCTTATGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCT-A-C---TCATTATTCAATTTTATT----AATTTAAAG----------TTGTTTAATGGATGTTGAGTG-TTGCTG----------------TAATTAGCTCACTTTAAATATATAAGTT-TTTTTCATATACT---------------------A--AGGATTTGGATTG--ACTTGATGTGATAAA--------------------TTTTATTCATTAAGAAGTGTACC-TTAGGTACTGC----CATTTCTATTT----------TTTA----GTATTGGAATTGCTTCTAACT-----GTCAAT---------TGACAATTT--TTAATTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTT-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCT-GTGTTG-TTCTATTTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATGGAGGGTGATAATCCCGTAAATGAAATAGA-------TAAC-AATGC-TATATGATGC-AGTT--TCAAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAATTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATAAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGCT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTACCC-ATACTA-GTTTTAGTTCA--ACCTTTTCATT---------------AAGGTGTATTCTATTTC-TTAGTAGACCAACATCAA-TTT---TTTTATGTTATAGAAGGTTCTT-G-GAAATGTTGCAG------TCTA-----------G---GCTGTG--TTATAA-TCCTTGAA-TT--GATGTAATGTTGGAGATTGAGGGAACACAGTAAGCC----ATTAACTTGGTGGAGT--------GTATTGCACGCTCTTCTTACTGATGACGTTGGTA-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCAAGTATTTGGGTC--TTAAAACCCTGATGCGTAATTAAAGTGAA---TGA-AAATGGGA--TCTGTA------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTTAT----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACACCCTTGTTTCTTAA-TTGAACTTGGGATTT-????????????????????????????????????????????? Sphenorchidium_xylopiae_KM217355 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACTTTGCGCCTTATGG-TATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCT-A-C---TCATTATTCAATTTTATT----AATTTAAAG----------TTGTTTAATGGATGTTGAGTG-TTGCTG----------------TAATTAGCTCACTTTAAATATATAAGTT-TTTTTCATATACT---------------------A--ATGATTTGGATTG--ACTTGATGTGATAAA--------------------TTTTATTCATTAAGAAGTGTACC-TTAGGTACTGC----CATTTCTATTT----------TTTA----GTATTGGAATTGCTACTAACT-----GTCAAT---------TGACAATTT--TTAATTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTT-----AGAGTCCGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCT-GTGTTG-TTCTATTTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATGGAGGGTGATAATCCCGTAAATGAAATAGA-------TAAC-AATAC-TATATGATAC-AGTT--TCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAATTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATAAGAGACCGATAGCATACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGCT-AAAAGGGAAACATTTGAAGTTACCC-ATACTA-GTTTTAGTTCA--ACCTTT---TT---------------AAGGTGTATTCTATTTC-TTAGTAGACCAACATCAA-TTT---TTTTATGTTATAGAAGGTTTGA-G-GATATGTAGCAG------TTTA-----------G---GCTGTG--TTATAA-TCCTTGAA-TT--GATGTAATGTTGAAGATTGAGGGAACACAGTAAGCC----ATTAATTTGGTGGAGT--------GTATTGCACGCTCTTCTTGCTGATGACGTTGGTA-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTA--TTAAAACCCTGATGCGTAATTAAAGTGAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTA------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTTAT----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACACCCTTGTTT?????-????????????????????????????????????????????????????????????? Sphenospora_kevorkianii_DQ354521 ????????????????????????????????????ATTGCAGAATTCAGTGAACCATCAAATCTTTGAATGCACCTTGTGCCTTTTGG-TATTCCAAGAGGTATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAGTCCAA-C---CTYATTAAAAATGAATTTACCTCAGGGAAAACC--------AATTTTAATGGATGGTGAGTGCTTGCTA----------TTGAAACATATGGCTCACTTTAAATAAATATATGGGA-----TCTCTT----------------------GTCCTGAATAGAAAAG-AATTGGTGTAATAA----------------------------------------------TCATAAGAATTCATCAATTAAGGA-----------TATTGTGGGAAGGGAGCCTATACTAAAAAAAAAGA--------A-----------TAACTTATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCACTGAACTTAAGCATATCAATAAGTGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTTATTC-----AGAGTTAGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCATGTGCAG-AGTCATATATAAGTCTGTTGAAAAGCAGTGTCATGGAGGGTGATAGTCCCGTGAATGATATGAA------AGTCA-GCATG-TTTATGATAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTATGTGAAATTGTT--AAAGGGAAACAGTTGAAGTTAGAC-TTGTTC-TCATTAGTTCA--GCTCTCTCCTTTTTTC-----ATGAAAGGGTGTATTCTAATGA-TGAACAGACCAACAAGAA-TTT---TTGGGTGTCAGAGAAGGGTTTGAG-GAAATGTAGCAG-----ATTTC---ATTATGAAA---GCTGTG--TTATAGCCC-TGAGCTTT--GATATGATGCCTAAGATTGA-GGAAAGCAGCAAGCCCTGGTGAAAAAGGGGAGGGG---GAAAGTATTTCC----CCTTCTTGCTGAGGATGTTGGTG-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATTGAAACCCTTGTGCATAATGAAAGTAAA---TGA-AAATGGGA--ACCAGA--AT-------------A--------TGGAGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGAACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTTGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTAGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCRAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTGA-GACATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCATGTGTTTCTTAAGTTGAACACATGTTTATTGAATGAAAGTCTTTAGTGGGCC?????????????????????? Sphenospora_smilacina_KM217354 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAATGCACCTTGTGCCTTTTGG-TATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAATAAAC-C---TCATTAAATAAATTGTTT------------------------TGTTTAATGGATGATGAGTGTTTGCTA----------CTTAA--GTGTGGCTCACTTTAAATATATATATGAGT----------T----------------------CTATTTAATGTGAAGA-AATTGGTGTAATAA----------------------------------------------TAACTTGTGTTCATCAATTGTGAT-----------TTTAAACAGAACTTTAATGACCATAGGAGAGATGATTTCCCTCC-----------TAATTTTCTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCACTGAACTTAAGCATATCAATAAGTGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTTAGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCATGTGCTG-TTGCATATATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATGGAGGGTGATAATCCTGTTAATGATATGAG------GACAT-GCATG-TTTATGATAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGATTGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTATGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTAAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--GCCCATTTTTTTTTTTTTATATTAAAAGGGTGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACAGGAA-TTT---TTGAGTGTCAGAGAAGGGTTTGAG-GAAATGTAGCAG-----TTTTCTGTTATATGAAA---GCTGTG--TTATAGTCC-TGAGCTTT--GATATGATGCTTAAGATTGA-GGAGTGCAGTAAGCCTT----ATATAGGGTGGGGA---AGAGTTTATTTC----CCTTCTTGCTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG-ATAGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTTGA--ATTTCTTAGGGAGTGA--------GGGAGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTTGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTGA-TAGATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCATGTGTTTCTTAACTTGAACATATGTT??-????????????????????????????????????????????? Tranzschelia_discolor_DQ354542 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGG-TAATCCAAGAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCCT-C---TCATTGATCAATTTTAT-----TATT---------------GATCTCAATGGATGATGAGTG-TTGCTC-------TTCTTTTAAGAAGCAGCTCACTTTAAATTGATCAGTTCATTTTTAGAAAAT------------------------CATAAAAAGAG----AGTTGATGTGATACT-------------------------TATCTTCATCAATTCCAA-GCATTTTTTAATAAG-----------------------------------GCACTTC----------------------------TAAAGCAAACTTTTGATTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTA-----AGAGTCTGAGTTGTAATTT---TAAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAACACAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CTCCC-AGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCCAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGTC-TTGTTA-TTACTGGTTCA-------GCTCTT-------------TTAGAGTGTATTCCAGTGG-TTAACAGATCAACATCAA-TTC---TTGGGTGCTAGATAAGGGTTTT-GTGAAATGTAGCAG-----CTTCT-----------A---GCTGTG--TTATAG-TCTGAGACTTT--GATATAGTGCCTAGGATTGA-GGAATGCAGTGAGCC----TTTTTTTTTAAAAAAGGTGAACCAATTTTAATTGGTTTTCTCACTGAGGATGTTGATA-CAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG--TTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTT------------------AA------AGGTGCACCATTGACCAGTCCTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTCGT----ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-????????????????????????????????????????????????????????????? Tranzschelia_fusca_DQ425054 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGG-TAATCCAAAAGGTACGCCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCAC-C---TCATATATATATTATTT-----TTTAAATA-----------AAATAAAATGGATGATGAGTG-TTTGCT-------GT---------AATGGCTCACTTTAAATATACCAA-----GTTCTGAATTT---------------------------TTTTTAAG----ACTTGATGTGATAAA----------------------AAATATCTTCATCAAAATCAA-AAAACTATTAAGAACTAT-------------------------------------------------------------------ATAAACCTTTTAACACTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCAGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCCTAGTAATGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTTTAAA-GGAGTCTGAGTTGTAATTT---TGAGAACYGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------CTACCAAGTGC-AATATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGTC-TTGTTA-TTATTGGTTCA--------GCTTT-------------AAATAGTGTATTCCAATTT-TTAACAGATCAACATCAA-TTC---TTGGGTGTTGGATAAGGGTCTT-GTGAAATGTAGCAG----CTTTTT-----------T---GCTGTG--TTATAG-TCTGAAACTTT--GATACAGTGCCTAGGATTGA-GGAATGCAGTGAGC???--????????????????---???????????????????????????????????????-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---????????????--??????--??------------????------?????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-??????????????????????????????????????????????????????????????--????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tranzschelia_prunispinosae_var_americana_DQ425031 GATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTAG-TATTCTAAAAGGTACGCCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCCC-TCTCTCATTTAACTTTTTTTT-----TTTAAAT-------------------GTGGATGTTGAGTG-TTTGCT-------GT-TTTTTTTTAACAGCTCACTTTAAATAAATCAGTTCTACTTCCCATTAA---------------------------AGTGAAGA----AATTGATGTGATAAA-------------------ATTCTCTATCATCATCATTCACTG-GGGCCTGCTAGAGCTTCTAAT----------------------????????????????--------------------------GCCAAATTCTTAATTTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGAAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCTGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAGACAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGA------TTACCAAGTGC-TATATGATAC-AGTCTTTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGTC-TTGTTA-TTATTGGTTCA--ACTCATTATTT-------------TTGGGGTGTATTCCAGTGG-TTAACAGATCAACATCAA-TTCT--TTGGGTGCTGGATAATGGTCTTAATGAAATGTAGCAG----CCTTTT-----------TCAGGTTGTG--TTATAG-TCTGAAACTTT--GATACAGTGCCTAGGATTGA-GGAATGCAGTGAGC???--????????????????---????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---????????????--??????--??------------????------?????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-??????????????????????????????????????????????????????????????--????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Uromyces_acuminatus_GU109282 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-????????????????????????????????????????--?---????????????????TTTTGTTATT----------------ATATTTGTGGATGTTGAGTG-CTGCTG------------TA----ATTAGCTCACTTTAAATATATAAGTCAATGTTTTTGTTT-----------------------CAGATAAGTTGGATTG-ACTTGGTGTGTAATA---------AT----TTCATATCATCACATCAAGGAAAAGTA----GTAAAATACTTGCCATCTTTTCA----TCCTTGAAATAAAATGAGACT-------CCTAAAAAACCCACTA------------------TTA-TAACCTTTAAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGGGTCCGAGTTGTAATTT---TGAGAACTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-ATTATGATAC-AGTC--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACC--TTT----CT----------AAAGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GAAATGTAGCAG-----TCTCT-----------G---ACTGTG--TTATAG-TCCTGAGCTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAAGGCAGTAAGCG-C--AAC-TTGTTGTGTGGG---ACAAATTAATGT----TCTTCTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCAAGTATTTGGGTG-CTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTT------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTCG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTCCTGTTTCTTAA-TTGAACGTGGGCA???????????????????????????????????????????????? Uromyces_setariaeitalicae_HQ412654 ??????????????????????????????????????????????????????????????????????CGCACCTTGCACCTTTTGG-TATTCCAAGAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCT--T---CTCATTATAAAA--TTTTAATTAATT----------------TTATATATGGATTTTGAATG-TTGCAAAAAAATAATCATAAATTTATTTGCTCATTTTAAATAAATAAAAGTT-------ATATT---------------CAA----ATGTATGAGTGGATTG-ACTTGATGTGTAATA---------ATT----TTCCAATCTCACATTAAGGAAG---GAGTTTTGATAAACTTGCCACTTTTTAT-----ATA---TTTTGAAAAGGACT-------ACTAAAGTAAAA----------------------TCAATTTCTTTTTAGACCTC-AAATCAGGTGGGACTACCYGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTAACTCCTTCAACA-AGAGTTAGAGTTGTAATTT---TGAGAGCTGTTTTCA-GTGCTG-GACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGA------CTACC-AGTGC-CCTATGATAC-AGTT--TCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGG-AAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTT-AAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGAC-TTGTTA-TTATTAGTTCA--ACCTCTTTTTTGTT----------AAGGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAA-TTT---TTGAGTGTTGGAGAAGGGTTTAAG-GGAATGTAGCAG-CCATTTTAT-----------G---ACTGTG--TTATAGACTTTGAACTTT--GATACAATGCTTAAGATTGA-GGAATGCAGTAAACCGA--ATTCATTTTTGGAGGG---ATAAATTATTATCTTTTTCTTTTACTGAGGATGTTGGTG-TAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTGATTTGAAACCCTTATGCGTAATGAAAGTAAA---TGT-AAATGGGA--TCTGTC------------------AA------AAGTGCACCATTGACCAGTCTTGAT-TATTTATATGAAGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGA-CTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTG--T--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGCTC???????????-????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 1767; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 1767; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 1767; END; BEGIN TREES; Title MLT_rust_fungi_including_Macruropyxis_fulva; ID 01589acf89834; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] n0 Aecidium_kalanchoe_AY463163, [1] n1 Aecidium_klufaistianum_HQ699078, [2] n2 Aecidium_verannonae_KF528007, [3] n3 Cronartium_ribicola_HQ317509, [4] n4 Cumminsiella_mirabilissima_DQ354531, [5] n5 Dasyspora_emarginatae_JF263465, [6] n6 Dasyspora_ferrugineae_JF263467, [7] n7 Dasyspora_gregaria_JF263477, [8] n8 Dasyspora_guianensis_JF263479, [9] n9 Dasyspora_segregaria_JF263488, [10] n10 Diorchidium_woodii_KM217352, [11] n11 Gymnosporangium_clavipes_DQ354545, [12] n12 Macruropyxis_fraxini_KP858145, [13] n13 Macruropyxis_fulva_JX036026, [14] n14 Phakopsora_cherimoliae_KF528012, [15] n15 Phakopsora_phyllanthi_KF528025, [16] n16 Phakopsora_rolliniae_KF528032, [17] n17 Porotenus_biporus_JF263494, [18] n18 Puccinia_acroptili_JN204187, [19] n19 Puccinia_argentata_KC433399, [20] n20 Puccinia_coronata_var_gibberosa_KT827286, [21] n21 Puccinia_emaculata_EU915294, [22] n22 Puccinia_graminis_fsp_tritici_New_assembly, [23] n23 Puccinia_hemerocallidis_DQ354519, [24] n24 Puccinia_heucherae_DQ359702, [25] n25 Puccinia_komarovii_KC460225, [26] n26 Puccinia_kuehnii_KP201840, [27] n27 Puccinia_malvacearum_EF561641, [28] n28 Puccinia_melanocephala_JX036025, [29] n29 Puccinia_miscanthidii_KX908214, [30] n30 Puccinia_mysuruensis_KC847089, [31] n31 Puccinia_physalidis_DQ354522, [32] n32 Puccinia_polysora_HQ189432_GU058024, [33] n33 Puccinia_sparganioidis_GU058027, [34] n34 Pucciniastrum_epilobii_DQ445906_AF522178, [35] n35 Puccorchidium_polyalthiae_JF263493, [36] n36 Puccorchidium_popowiae_KM217353, [37] n37 Ravenelia_havanensis_DQ354557, [38] n38 Sphenorchidium_deightonii_KM217350, [39] n39 Sphenorchidium_xylopiae_KM217355, [40] n40 Sphenospora_kevorkianii_DQ354521, [41] n41 Sphenospora_smilacina_KM217354, [42] n42 Tranzschelia_discolor_DQ354542, [43] n43 Tranzschelia_fusca_DQ425054, [44] n44 Tranzschelia_prunispinosae_var_americana_DQ425031, [45] n45 Uromyces_acuminatus_GU109282, [46] n46 Uromyces_setariaeitalicae_HQ412654; TREE _1 = (((((n17:0.246987,n37:0.545489):0.023355,(n15:0.141088,(n16:0.108935,n14:0.070065):0.090532):0.06041):0.035125,((n44:0.106471,n43:0.082163):0.058771,n42:0.07608):0.080579):0.039508,((n2:0.064081,((((n39:0.006497,n38:0.01247):0.093284,(n35:0.031337,n36:0.022506):0.030688):0.026183,((n7:0.004656,n9:0.00274):0.056086,((n6:0.011192,n8:0.019694):0.024498,n5:0.031043):0.07897):0.164367):0.045586,n11:0.15476):0.010564):0.042416,((((n31:0.03184,n30:0.032081):0.005277,(n33:0.029531,(n1:0.022628,(n12:0.026989,n13:0.03064):0.004126):0.006859):0.015728):0.049347,(n41:0.056688,n40:0.159556):0.177693):0.018483,((((n32:0.109153,n46:0.039885):0.04836,n26:0.075209):0.065115,(((((n25:0.009003,n19:0.005686):0.011544,n10:0.053688):0.010866,n18:0.029066):0.010403,n23:0.022693):0.032018,n28:0.071506):0.019714):0.007644,(n27:0.042131,(n4:0.019084,(((n29:0.012145,(n21:0.010481,n0:0.005937):0.021582):0.007051,(n24:0.01017,n45:0.029833):0.011378):0.0132,(n22:0.031956,n20:0.026724):0.010901):0.006462):0.020665):0.013711):0.011115):0.070631):0.030408):0.031136,(n3:0.068872,n34:0.134963):0.031136); END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1480339574106; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 8163019348405704047; tell It; setDefaultOrder 37 10 38 19 22 32 26 20 17 27 36 29 18 23 13 14 21 24 9 7 0 35 45 42 11 6 25 43 5 44 1 15 46 41 39 33 31 2 34 12 30 40 8 28 16 3 4; attachments ; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 4667156916642661601; mqVersion 310; checksumv 0 3 752169223 null getNumChars 1767 numChars 1767 getNumTaxa 47 numTaxa 47 short true bits 2305843009213693967 states 15 sumSquaresStatesOnly 1530306.0 sumSquares -9.223372036854774E19 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState false false 283; setPopoutState 300; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1440 812; setLocation 1890 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; desuppress; endTell; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; showTaxa #8163019348405704047 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList; tell It; setTaxa #8163019348405704047; getWindow; tell It; newAssistant #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1157 740; setLocation 1890 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam; endTell; endTell; showWindow; getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon; tell It; setColor Dark Gray; removeColor on; endTell; getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord; tell It; makeTreeWindow #8163019348405704047 #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker; tell It; suppressEPCResponse; setTreeSourceEditMode #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees; tell It; laxMode; setTreeBlock -2147483647; toggleUseWeights off; endTell; setAssignedID 981.1480325570430.4833428643492552824; getTreeWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1157 740; setLocation 1890 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator; tell It; suppress; setTreeDrawer #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree; tell It; setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard; tell It; branchLengthsToggle off; toggleScale on; toggleBroadScale off; toggleCenter on; toggleEven on; setFixedTaxonDistance 0; endTell; setEdgeWidth 4; showEdgeLines on; orientUp; endTell; setBackground White; setBranchColor Black; showNodeNumbers off; showBranchColors on; labelBranchLengths off; centerBrLenLabels on; showBrLensUnspecified on; showBrLenLabelsOnTerminals on; setBrLenLabelColor 0 0 255; setNumBrLenDecimals 6; desuppress; getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames; tell It; setColor Black; toggleColorPartition off; toggleColorAssigned on; toggleShadePartition off; toggleShowFootnotes on; toggleNodeLabels on; toggleCenterNodeNames off; toggleShowNames on; namesAngle ?; endTell; endTell; setTreeNumber 1; setTree '(((((1,2),(3,(4,5))),((6,(7,8)),(9,(10,11)))),(((12,(13,14)),(15,(16,17))),((18,(19,20)),(21,(22,23))))),((((24,(25,26)),(27,(28,29))),((30,(31,32)),(33,(34,35)))),(((36,(37,38)),(39,(40,41))),((42,(43,44)),(45,(46,47))))));'; setDrawingSizeMode 0; toggleLegendFloat on; scale 0; toggleTextOnTree off; togglePrintName on; showWindow; endTell; setEditMode ' 1 [Stored Trees] [Stored Trees] [Stored Trees] [Stored Trees] [Stored Trees]'; desuppressEPCResponseNORESET; getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes; tell It; setAlwaysOn off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition; tell It; colorByPartition off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles; tell It; setOn on; setDigits 4; writeAsPercentage off; toggleCentred off; toggleHorizontal on; toggleWhiteEdges on; toggleShowOnTerminals on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings; tell It; setOn on; toggleCentred on; toggleHorizontal on; setFontSize 10; setOffset 0 0; toggleShowOnTerminals on; endTell; getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; makeTreeWindow #8163019348405704047 #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker; tell It; suppressEPCResponse; setTreeSource #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees; tell It; setTreeBlock 1; setTreeBlockID 01589acf89834; toggleUseWeights off; endTell; setAssignedID 1013.1480334639385.313316670532744214; getTreeWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1157 740; setLocation 1890 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setActive; getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator; tell It; suppress; setTreeDrawer #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree; tell It; setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard; tell It; branchLengthsToggle on; toggleScale on; toggleBroadScale off; toggleCenter on; toggleEven on; setFixedTaxonDistance 0; endTell; setEdgeWidth 4; showEdgeLines on; orientUp; endTell; setBackground White; setBranchColor Black; showNodeNumbers off; showBranchColors on; labelBranchLengths off; centerBrLenLabels on; showBrLensUnspecified on; showBrLenLabelsOnTerminals on; setBrLenLabelColor 0 0 255; setNumBrLenDecimals 6; desuppress; getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames; tell It; setColor Black; toggleColorPartition off; toggleColorAssigned on; toggleShadePartition off; toggleShowFootnotes on; toggleNodeLabels on; toggleCenterNodeNames off; toggleShowNames on; namesAngle ?; endTell; endTell; setTreeNumber 1; setDrawingSizeMode 0; toggleLegendFloat on; scale 0; toggleTextOnTree off; togglePrintName on; showWindow; endTell; desuppressEPCResponse; getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes; tell It; setAlwaysOn off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition; tell It; colorByPartition off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles; tell It; setOn on; setDigits 4; writeAsPercentage off; toggleCentred off; toggleHorizontal on; toggleWhiteEdges on; toggleShowOnTerminals on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings; tell It; setOn on; toggleCentred on; toggleHorizontal on; setFontSize 10; setOffset 0 0; toggleShowOnTerminals on; endTell; getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord; tell It; showDataWindow #4667156916642661601 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker; tell It; getWindow; tell It; getTable; tell It; rowNamesWidth 194; endTell; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1157 740; setLocation 1890 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow; endTell; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow; colorCells #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState; tell It; setStateLimit 9; toggleUniformMaximum on; endTell; colorRowNames #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor; colorColumnNames #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor; colorText #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor; setBackground White; toggleShowNames on; toggleShowTaxonNames on; toggleTight off; toggleThinRows off; toggleShowChanges off; toggleSeparateLines off; toggleShowStates on; toggleAutoWCharNames off; toggleAutoTaxonNames off; toggleShowDefaultCharNames off; toggleConstrainCW on; toggleBirdsEye off; toggleShowPaleGrid off; toggleShowPaleCellColors off; toggleShowPaleExcluded off; togglePaleInapplicable on; toggleShowBoldCellText off; toggleAllowAutosize off; toggleColorsPanel off; toggleLinkedScrolling on; toggleScrollLinkedTables off; endTell; showWindow; getWindow; tell It; forceAutosize; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.AlterData.AlterData; tell It; toggleBySubmenus off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector; tell It; autotabOff; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped; tell It; gapCosts 8 3 2 2; subCosts 10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10; endTell; getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA; tell It; emphasizeDegeneracy off; endTell; getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; endTell; end;