#NEXUS [written Thu Feb 06 15:31:31 CST 2014 by Mesquite version 2.72 (build 527) at PC/128.252.128.111] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Hap_1 Hap_3 Hap_2 Hap_4 Hap_13 Hap_16 Hap_19 Hap_11 Hap_12 Hap_14 Hap_5 Hap_15 Hap_6 Hap_7 Hap_8 Hap_9 Hap_17 Hap_20 Hap_25 Hap_21 Hap_22 Hap_23 Hap_24 Hap_26 Hap_27 Hap_29 Hap_28 Hap_31 Hap_10 Hap_18 Hap_30 Hydrangeae.angustipetala_Hay.ab1 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'Matrix in file "H31+out.nex"'; DIMENSIONS NCHAR=348; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Hap_1 ATTGCAGGTACAAACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTGTTAGCAGTTATGT----G----------------TTT----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTCGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_3 ATTGCAGGTACAAACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTGTTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_2 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGTTGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_4 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_13 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCTGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_16 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCTGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------ATTTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_19 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCTGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTATTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTCGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_11 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTGCCAGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTTGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_12 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTGCCAGTTGCCACATAGAAGAAGTTGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTTGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_14 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTTTGCTTCTCCCTTTTGAATTTGATATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTGCCAGTTGCCACATAGAAGAAGTCGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTGTTCTCCGTTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTTTGCAGCTCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_5 ATTGCAGGTACACACTTCCCACAGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTA----CTTTAATTTCATTGTTCTC-----ATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_15 ATTGCAGGTACACACTTCCTACAGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGTCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTA----CTTTAATTTCATTGTTCTC-----ATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_6 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_7 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCCTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACTTAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_8 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAATAAATTCGGTGCTTCTTAAAAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_9 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAATAAATTCGGTGCTTCTTAAAAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACCGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_17 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGTTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_20 ATTGCTGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_25 ATTGCTGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGACCTGGTAAAGA Hap_21 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_22 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGA-CTGGTAAAGA Hap_23 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTATGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_24 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTCCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTGATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_26 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTCCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTGATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGA-CTGGTAAAGA Hap_27 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTACCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTCCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTGATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_29 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTCCTCGGATAATTTTTGTTTGCCAATTGATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_28 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCTCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_31 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTAGTTCTCTACCAGCTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCTGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_10 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGGTAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_18 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAAATAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATTGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hap_30 ATTGCAGGTACACACTTCCCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCTTAAGAAGCCTGCTTCTCCCTTTTGAACTTGGTA-CTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTTGCCACATAGAAGAAGACGTTTCTTTCACATGTTTTGCTTCAGC----------AATTTGTATTAGCAGTTATGT----G----------------TTG----CTTTAATTTCATTTTTCTCCGATAATTTTTGTTTGCCAATTAATCTTCAACTGTCCTATGCAGATCAAGTGTCAAACTGGTCTAATGTTGTTATAGCTTACGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGA Hydrangeae.angustipetala_Hay.ab1 ATTGCTGGTACACACTTCTCACTGTCCAGAAGTAAATTCGGTGCTTCGTAAGAGGTCTGCTT-TCCCTTTTGAACTTGGGATCTACTGTGATGGCATTACTTCTCTACCAGTAGCCACATAAAAGAAGACGTTTCTTCCTTATGTTTTGCTTCACCAAACTTCATTAATTTGTATTAGCAGTTATATTCACGGAAAATAAAAAAAAACTTGGGCACGTTAATTTCATTGTGCTATGTTAATTTATGTTTGCCAATCAACCTTTGACCGACCTATACCAATCAAGTGACAGACTGGACGAAGGTTGTTATAACTAACCAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGGAAAGA ; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "Tpi tree-MP.strict.tree"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Hap_1, 2 Hap_3, 3 Hap_2, 4 Hap_4, 5 Hap_13, 6 Hap_16, 7 Hap_19, 8 Hap_11, 9 Hap_12, 10 Hap_14, 11 Hap_5, 12 Hap_15, 13 Hap_6, 14 Hap_7, 15 Hap_8, 16 Hap_9, 17 Hap_17, 18 Hap_20, 19 Hap_25, 20 Hap_21, 21 Hap_22, 22 Hap_23, 23 Hap_24, 24 Hap_26, 25 Hap_27, 26 Hap_29, 27 Hap_28, 28 Hap_31, 29 Hap_10, 30 Hap_18, 31 Hap_30, 32 Hydrangeae.angustipetala_Hay.ab1; TREE Strict = (((((1,2),3,4,(5,6,7)),(8,9,10)),(11,12),(13,(14,(15,16),17,(18,19),20,21,22,(23,24,25,26),27,28),29,30,31)),32); END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 348; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 348; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 348; END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1391722291921; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 7443631675510451812; tell It; attachments ; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 7061949771336590912; checksumv 0 2 889415758 null numChars 348 short true bits 15 states 15 sumSquaresStatesOnly 281646.0 NumFiles 1 NumMatrices 1; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState false false 100; setPopoutState 400; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1486 789; setLocation 136 86; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; desuppress; endTell; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; showTaxa #7443631675510451812 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList; tell It; setTaxa #7443631675510451812; getWindow; tell It; newAssistant #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder; newAssistant #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1386 722; setLocation 136 86; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam; endTell; setActive; endTell; showWindow; getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord; tell It; makeTreeWindow #7443631675510451812 #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker; tell It; suppressEPCResponse; setTreeSource #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees; tell It; setTreeBlock 1; toggleUseWeights off; endTell; setAssignedID 1373.1391722224293.633677317613374569; getTreeWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1386 722; setLocation 136 86; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator; tell It; suppress; setTreeDrawer #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree; tell It; setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard; tell It; branchLengthsToggle off; toggleScale on; toggleBroadScale off; toggleCenter on; toggleEven on; endTell; setEdgeWidth 6; orientUp; setCornerMode Right_Angle 50; endTell; setBackground White; setBranchColor Black; showNodeNumbers off; showBranchColors on; labelBranchLengths off; centerBrLenLabels on; showBrLensUnspecified on; showBrLenLabelsOnTerminals on; setBrLenLabelColor 0 0 255; setNumBrLenDecimals 6; desuppress; getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames; tell It; setColor Black; toggleColorPartition on; toggleShadePartition off; toggleShowFootnotes on; toggleNodeLabels on; toggleCenterNodeNames off; toggleShowNames on; namesAngle ?; endTell; endTell; setTreeNumber 1; setDrawingSizeMode 0; toggleLegendFloat on; scale 0; toggleTextOnTree off; showWindow; endTell; desuppressEPCResponse; getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes; tell It; setAlwaysOn off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition; tell It; colorByPartition off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles; tell It; setOn on; setDigits 4; writeAsPercentage off; toggleCentred on; toggleHorizontal on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord; tell It; showDataWindow #7061949771336590912 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker; tell It; getWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1386 722; setLocation 136 86; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow; colorCells #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState; colorRowNames #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor; colorColumnNames #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor; colorText #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor; setBackground White; toggleShowNames on; toggleShowTaxonNames on; toggleTight off; toggleThinRows off; toggleShowChanges off; toggleSeparateLines off; toggleShowStates on; toggleAutoWCharNames off; toggleAutoTaxonNames off; toggleShowDefaultCharNames off; toggleConstrainCW on; toggleBirdsEye off; toggleAllowAutosize off; toggleColorsPanel off; toggleLinkedScrolling on; toggleScrollLinkedTables off; endTell; showWindow; getWindow; tell It; forceAutosize; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector; tell It; autotabOff; endTell; getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped; tell It; gapCosts 8 3 2 2; subCosts 10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10; endTell; getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA; tell It; emphasizeDegeneracy off; endTell; getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; endTell; end;