#NEXUS
[written Thu Feb 13 15:04:28 CET 2014 by Mesquite  version 2.75 (build 566) at COL-PC/195.37.167.225]

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END;

BEGIN TREES;
	Title nfile.nex.con;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Trigonopterus_sp_427_ARC0323_326_N_Sulawesi,
		2 Trigonopterus_sp_418_ARC0330_N_Sulawesi,
		3 Trigonopterus_sp_393_ARC0341_Sulawesi,
		4 Trigonopterus_sp_400_ARC0349_N_Sulawesi,
		5 Critomerus_iliacus_ARC0914_NG,
		6 Microporopterus_cf._setosus_ARC1391_NG,
		7 Miocalles_sp._ARC1552_Java,
		8 Ouporopterus_squamiventris_ARC1675_Aus,
		9 Trigonopterus_sp_1_NG_ARC0670,
		10 Trigonopterus_durus_NG_ARC1790,
		11 Trigonopterus_lineellus_NG_ARC0422,
		12 Trigonopterus_sp_117_NG_ARC1732,
		13 Trigonopterus_sp_150_NG_ARC0967,
		14 Trigonopterus_tibialis_NG_ARC0429,
		15 Trigonopterus_sp_165_NG_ARC1235,
		16 Trigonopterus_pseudonasutus_NG_ARC0492,
		17 Trigonopterus_kurulu_NG_ARC0735,
		18 Trigonopterus_sp_251_NG_ARC1320,
		19 Trigonopterus_tridentatus_NG_ARC0606,
		20 Trigonopterus_sp_280_C_Bali_ARC0586,
		21 Trigonopterus_sp_281_W_Sumbawa_ARC1529,
		22 Trigonopterus_sp_282_Lombok_ARC1470,
		23 Trigonopterus_sp_283_W_Sumbawa_ARC1499,
		24 Trigonopterus_sp_285_W_Bali_ARC0595,
		25 Trigonopterus_sp_286_E_Bali_ARC0589,
		26 Trigonopterus_sp_287_W_Sumbawa_ARC1497,
		27 Trigonopterus_sp_288_Lombok_ARC1462,
		28 Trigonopterus_sp_289_Bali_Telaga_ARC2314,
		29 Trigonopterus_ferrugineus_NG_ARC0475,
		30 Trigonopterus_sp_290_Flores_ARC2212,
		31 Trigonopterus_sp_291_Flores_ARC2243,
		32 Trigonopterus_sp_292_Lombok_ARC1466,
		33 Trigonopterus_sp_295_Flores_ARC2588,
		34 Trigonopterus_sp_298_Flores_ARC2242,
		35 Trigonopterus_sp_299_Java_ARC0183,
		36 Trigonopterus_sp_303_Flores_ARC2192,
		37 Trigonopterus_sp_307_Java_ARC0249,
		38 Trigonopterus_sp_308_E_KALIMANTAN_ARC0714,
		39 Trigonopterus_sp_309_E_KALIMANTAN_ARC0722,
		40 Trigonopterus_sp_31_NG_ARC0695,
		41 Trigonopterus_sp_310_E_KALIMANTAN_ARC1422,
		42 Trigonopterus_sp_314_Java_ARC0254,
		43 Trigonopterus_sp_317_E_Java_ARC0301,
		44 Trigonopterus_sp_320_W_Java_ARC2504,
		45 Trigonopterus_sp_322_Lombok_ARC1461,
		46 Trigonopterus_sp_323_Lombok_ARC1458,
		47 Trigonopterus_sp_324_W_Sumbawa_ARC1534,
		48 Trigonopterus_sp_325_Flores_ARC2231,
		49 Trigonopterus_sp_326_W_Sumbawa_ARC1516,
		50 Trigonopterus_sp_327_C_Bali_ARC0584,
		51 Trigonopterus_sp_328_C_Bali_ARC0576,
		52 Trigonopterus_sulcatus_NG_ARC0508,
		53 Trigonopterus_sp_330_Lombok_ARC1481,
		54 Trigonopterus_sp_331_W_Sumbawa_ARC1513,
		55 Trigonopterus_sp_333_W_Sumbawa_ARC1509,
		56 Trigonopterus_sp_334_Bali_Mesehe_ARC2247,
		57 Trigonopterus_sp_340_Bali_Batukaru_ARC2302,
		58 Trigonopterus_sp_342_Flores_ARC2198,
		59 Trigonopterus_sp_343_PHILIPPINES_ARC1437,
		60 Trigonopterus_sp_345_E_Java_ARC2326,
		61 Trigonopterus_sp_348_Flores_ARC2213,
		62 Trigonopterus_sp_349_Lombok_ARC2256,
		63 Trigonopterus_lineatus_NG_ARC0519,
		64 Trigonopterus_sp_352_Flores_ARC2189,
		65 Trigonopterus_sp_353_Flores_ARC2245,
		66 Trigonopterus_sp_357_E_Java_ARC2483,
		67 Trigonopterus_sp_360_E_Java_ARC2458,
		68 Trigonopterus_sp_362_Sarawak_ARC2526,
		69 Trigonopterus_sp_363_W_Kalimantan_ARC2531,
		70 Trigonopterus_sp_365_W_Kalimantan_ARC2538,
		71 Trigonopterus_sp_366_W_Kalimantan_ARC2542,
		72 Trigonopterus_dromedarius_NG_ARC0534,
		73 Trigonopterus_rhinoceros_NG_ARC0562,
		74 Trigonopterus_zygops_NG_ARC0516,
		75 Trigonopterus_dentirostris_NG_ARC0538,
		76 Trigonopterus_aeneipennis_NG_ARC0530,
		77 Trigonopterus_scharfi_NG_ARC0678,
		78 Trigonopterus_scissops_NG_ARC0836,
		79 Trigonopterus_eremitus_NG_ARC0426,
		80 Trigonopterus_inflatus_NG_ARC0858,
		81 Trigonopterus_sp_70_NG_ARC1722,
		82 Trigonopterus_vandekampi_NG_ARC0460,
		83 Trigonopterus_discoidalis_NG_ARC1179,
		84 Trigonopterus_sp_93_NG_ARC1707;
	TREE con_all_compat = (6:0.1019855,((5:0.266029,(7:0.306458,8:0.176269):0.034886):0.050858,(78:0.29062,(16:0.181735,((13:0.192843,(18:0.183228,(1:0.219581,(76:0.215112,80:0.16397):0.021374):0.030643):0.017679):0.02601,(40:0.212937,(((9:0.174008,12:0.197883):0.007074,(10:0.136207,(54:0.067674,84:0.076027):0.075259):0.057456):0.019077,(((82:0.180743,83:0.175216):0.02201,(77:0.176224,(74:0.183584,81:0.10222):0.021748):0.046178):0.016519,((15:0.201174,(19:0.199624,(52:0.164761,63:0.13319):0.027586):0.023646):0.022472,((14:0.161581,(11:0.144343,(72:0.125964,75:0.124367):0.0465):0.019401):0.00413,(79:0.173498,(((17:0.090589,73:0.127537):0.048609,(29:0.138044,(59:0.149513,68:0.143743):0.036986):0.045444):0.019483,(69:0.175094,((43:0.172459,((49:0.032841,51:0.084943):0.055628,(64:0.065304,(46:0.086967,(47:0.044454,65:0.052651):0.02402):0.006247):0.019082):0.111153):0.071293,(((61:0.127377,(62:0.153598,(53:0.105393,55:0.086232):0.041419):0.016502):0.036712,((42:0.142318,(44:0.109187,(35:0.061186,37:0.078925):0.037793):0.063085):0.010021,(66:0.192271,(45:0.121553,(60:0.084731,67:0.064615):0.08032):0.028428):0.014362):0.01072):0.017737,((2:0.140388,3:0.175518):0.020017,((71:0.167619,(38:0.090907,70:0.118781):0.04999):0.022414,((4:0.065706,(39:0.062977,41:0.065631):0.057972):0.03518,(32:0.096181,((27:0.074265,(23:0.091161,(26:0.028742,(25:0.014086,(57:0.007372,(28:0.004698,(24:0.05198,56:0.003817):0.001027):0.007726):0.007947):0.017182):0.037143):0.010365):0.006553,(48:0.085943,(((31:0.057457,34:0.063358):0.010045,(33:0.02711,36:0.027438):0.036158):0.01241,(30:0.053058,(58:0.018981,(21:0.013344,(22:0.029783,(20:0.016721,50:0.013011):0.017433):0.003765):0.007503):0.026135):0.011357):0.009024):0.023048):0.006904):0.041076):0.012259):0.011113):0.032661):0.007296):0.004807):0.029928):0.004174):0.00477):0.003858):0.002329):0.013712):0.008279):0.008344):0.016722):0.111428):0.10768):0.1019855);

END;


begin mrbayes;
	outgroup ARC1391_NG;
	CHARSET ALL = 1 -6800;
	CHARSET nuc = 1 -4805;
	CHARSET mito = 4806 -6800;
	partition codon_pos = 2 : nuc , mito;
	partition nopart = 1 : ALL;
	set partition = codon_pos;
	lset applyto = ( 2 ) nst = 6 rates = invgamma;
	lset applyto = ( 1 ) nst = 6 rates = gamma;
	prset applyto = ( 1 , 2 ) ratepr = variable;
	unlink revmat = ( all );
	unlink statefreq = ( all );
	unlink shape = ( all );
	unlink pinvar = ( all );
	mcmc ngen = 30000000 printfreq = 1000 samplefreq = 1000 nchains = 8 savebrlens = yes;

END;
BEGIN SETS;
	CHARSET nuc   =   1 -  4805;
	CHARSET mito   =   4806 -  6800;

END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  6800;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  6800;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  6800;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1392300268885;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 2284827092336992952;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 6733443097637145490;
			mqVersion 275;
			checksumv 0 3 2096234731 null  getNumChars 6800 numChars 6800 getNumTaxa 84 numTaxa 84   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 9928504.0 sumSquares -3.873816255479006E21 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 321;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1920 1002;
			setLocation 1912 -8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #2284827092336992952 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #2284827092336992952;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					getTable;
					tell It;
						rowNamesWidth 346;
					endTell;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1599 935;
					setLocation 1912 -8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;