NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:12:18]
[Matrix accession#: M2681]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2681;
	DIMENSIONS  NTAX=31;
	TAXLABELS
		Gnetum_woodsonianum	Gnetum_urens	Gnetum_ula	Gnetum_tenuifolium	Gnetum_sp_Takeuchi7049	Gnetum_sp_Harder5621	Gnetum_schwackeanum	Gnetum_raya	Gnetum_parvifolium	Gnetum_paniculatum	Gnetum_nodiflorum	Gnetum_neglectum	Gnetum_microstachyum	Gnetum_microcarpum	Gnetum_macrostachyum	Gnetum_latifolium_Won575	Gnetum_latifolium_Won524	Gnetum_klossii	Gnetum_hainanense_Won600	Gnetum_hainanense_Won580	Gnetum_hainanense_RBGE	Gnetum_gnemonoides	Gnetum_gnemon_Won514	Gnetum_gnemon_Ashby	Gnetum_diminutum	Gnetum_cuspidatum	Gnetum_costatum	Gnetum_africanum	Gnetum_aff._latifolium_Won545	Gnetum_aff._latifolium_SAN151116	Gnetum_acutum
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2681;
	DIMENSIONS NCHAR=8957;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Gnetum_woodsonianum                    ---------CAAACAGAAACTAAAGCAAGTGTAGGATTCCAAGCTGGTGTTAAAGATTATAGATTAACTTATTATACTCCGGAGTATCAGACTAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACACCGCAGCCCGGAGTACCGCCTGAGGAAGCAGGAGCAGCTGTCGCTGCTGAATCCTCCACCGGTACATGGACCACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGGTACAAAGGACGATGCTACGACCTTGAGCCTGTTCCTGGAGAAGACAATCAATTTATTGCTTATGTGGCGTATCCTTTGGACCTTTTCGAAGAGGGTTCCGTGACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGAAACGTTTTTGGATTCAAAGCTCTACGGGCTTTACGCCTGGAAGACTTACGGATTCCTCCTGCTTATATAAAAACATTTCAAGGGCCCCCTCACGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGACGCCCTTTATTGGGGTGTACTATCAAGCCTAAGTTAGGTCTATCGGCCAAAAACTACGGTAGAGCCGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGGCTTGACTTTACTAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAACCATTCATGCGCTGGAGAGACCGCTTTGTTTTTTGCGCGGAAGCTCTTTATAAAGCTCAAGCTGAAACAGGCGAAATTAAGGGGCATTATTTAAATGCTACTGCAGGTACATGCGAGGAAATGATCAAAAGGGCAGTATTTGCAAGAGAATTAGGAGTTCCTATTGTCATGCATGACTATCTGACAGGAGGTTTTACCGCGAATACCACCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAACGGCTTACTCCTTCACATTCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAAAAAAATCATGGCATGCATTTCCGTGTACTGGCTAAAGCGTTACGCTTGTCCGGCGGGGATCACATTCATGCTGGTACTGTAGTTGGTAAACTTGAAGGAGAACGAGAAATCACTTTAGGCTTTGTGGATTTACTTCGCGATGATTTTGTTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTATTTCACCCAAGATTGGGTATCTACGCCAGGCGTCCTGCCTGTAGCTTCGGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCTCTAACTGATATTTTTGGAGATGACGCAGTACTCCAATTTGGTGGAGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGGAATGCACCCGGTGCTGTAGCTAATCGAGTTGCTTTAGAGGCTTGTGTACAGGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGTTCGTGAAGGTAATGAAGTGATCCGCGAAGCTAGTAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCT---------------------------------------------------------ATGGTTATT---TTATTTCAAAAAGATAACATACTTTACCAAGAATGTTTTTTATATCCGTTTTTGTTTCAGCACGCTTTTTACGTTATTGCTCAGAATCTTTTTTTTAGTTCACAGACCTCCTTCGAGGGCAGGGAGGATGCGTATCAAAAGTCCGACAGTTTTAGTTTTTTCGCCGTAAAGCGTTTAATTGGACGAATACATCAACAAAGTTCGCTTGTCGAAGACAAGACGAATGTTCCTGTTGAGCTTATAACAAAAGGGTTTCTTTTGGGCGTGGATGCTTTTGTTTCTAAACGGTGGAAACGCTTTCTTCGTATAGAGGGAATGAAAGAGCAGATCAATATTCAATCGATTCATGCTGTTATTCCCTGTTTAGAAGAAACAATAATGTATGCATATTCTCCTTTAAGTGTAAGAATACCCTGCTTTGTTCATCCAGAGCTTTTGATACGTGTATTTTCTTTTTGGGTTAAGGATATTTGTTTTTTACATCTTTTAAGCTCGATCCTTTGTTTTTCACCGTTTTTGAAGCTGTTGGATAAATCCAATTTTTGGAGATCCAAAGCTTTTTTTAGGTTAGTTCTGCTATTTTGGAACATTTTTGTTTCCAGGTGGGAGTTACTACAGATTTCTATTTTGAAAAAAAAAAGTTACCACGCAAAATTGGAAACTTTTTTACTTTTTCTTGAACGAATGTTTTTTCATCGAAAGAGGAAAAAAAAAAAACTGAAAAAAAAA-CTTCAGCGAACCCATTGCGTGTGACTTTTTTTTTCAGTAATTATATCAGATTTGGGAATATTTTGATTTTAATGGGAAATCCTTTTCTAGTAAATCAATTTAGATCTTTCCTTTCTTGTTTTTGGCAAACTTTGTTTTTTTTCTCCGACCCGTATGGTCTATTTTTTCATCAAATTTTTGAAAAAAAATTGACTTTTATAGGTTATTGTGTTGACATTCCAATCGAAAAATTTTTATTTTGGATAAAGATGTCATATAATTTTTATCATGCAGAGTTTATTACCAGGGAGCTTAGTCCTCAAATTAGAGTCATTTCAATTATTGAGTTTTTGTCCATAGAGGGGTTCTGCGACATTACGGGAAAACCGATTAGTAAGTTGTCTTGGATTCGTTTTACAGATGATTATATTTTTGATAGATATGATCGATCGTGGAAATTTATGTATTACTACTATAGTGGAGTAATAAATAAAGGAAGTTTGGATCGTGTAAAGTATATTCTATTATTTTCATGTTTTAAAACGTTAGCCTTGAAACATAAAAGTACGATACGTGTGGTTCGCAAAGAATTTGATGTTAAACTTTTTAACAAATTTTTTACAAAAAAATTGGAAGGAGAATTTTGTTTTTCATTTTTTGATCAAAAATTAGTGAAATGGGTATCAAAGATTGACTTAGTTACAGAACGCTTTTGGCTTTTCAATATTTTGAACTTAGATTTTTTCCCGAAGTCTTGGCAAAGAGAGCAGGATGTCTCGAAATTTTTTTATCTTGTTCGTAAAAATTTTCTGCTTATTTTACAGAGCTTTTTGTAACATTACAAATGCGATGCTCTAACCTCTGAGCTAAGCAGGCTATTAATTTTCTAGCGCTAGCTATTCTTATGAGTCAATTATGCAAGAAGAAACTTATCAGAAAGACGAAA-AAGTGTTTTTCGATATATTGATCTTGATCG----------------------------------------TTTATAACTAACTTCTACGATCGAATCGTATCCACATGGATATTATTTGCAAAATAGTAAAAAG---------------ATAGAA-----TCAAAAGGGCTCTACTTTTTTATTT-----ATCTCCCGACCTCGGAAGATAGTTAGTCAATGAT----CTGATTCAAAGAGGTTGTTCAGGC-TAAATCATAGAATGAAAGGGACTTTTGTTTTTCGGAACAGAAAAAAGGGGGATATGGCGAAATCG?????????????ACTTGATTTTCTTGAGCTTTAGTTGGAAAGCCTACTAAATGGGAGCTTTCCAATACAGGGAATCCTAGGGTATCTGAATAGGTAATCCTGAGCCAAATCCAATTTGAAGAGATAGTAACTAGTCTCTTTTCTTAAAAAAAAAAAAA-----------GGGGGGGTAGGCGCAGAGACTCCATGGAAGCTATTCTAACGAACGATTCTAAGTAAACCAAA---------TAATTTTGAAAAA-GGTGGCAAATCTTTTTCAGTA---------------------------------------TAAA-TAAATATGATTGAACGAGAATAAAGGTAGAGTCCTTTTCTGCTAGTTATAGTTTATTATT--------------------------------------------ATAGCACCAAAGCAATTTGGAGTAGGGAGAAAATCCGTTGGTTTACAAAACTGTGAGGGTT????????????????CAAGCCCGGTTTTTAAA-GACCAAAATTATCGTTGCTTTCGGATCGGGGGG------------TTCGTTCCTCAATAAGTTATATATATAT--------ATATAGAAATATATATAAATAA--------------AAAGGGAAGGGGTAGCCAAAAGTAGAGGACTTCAAAATCCTTGCGTTACCCGTGGAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATC--------------------ACACCCAACCAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTACCGTAGGTGAACCTGCGGTAGGATCATTGACAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCGCACGCATTGTCTCTGGTACACGCTCGTGGTCTTTT---GGGAGGTGCCTTGGGGTTGGGTAGCGATCCGTCGCAGCGAGGAAGAACGCTCGGTCG------TTCTTTTTTC-----ACCCATGCATTTTTCCGAAGACACGGGGAGACAGGGATGCGATGGGTTAGGAGCCGAACTATTTTTGTCCGCC---GCACATGCTGGAA---GCGAACGG--TTGCCTTCGC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		Gnetum_urens                           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		Gnetum_parvifolium                     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		Gnetum_paniculatum                     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		Gnetum_nodiflorum                      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		Gnetum_neglectum                       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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 8957 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET * exclude = 1 - 74 1313 - 1428 2986 - 3025 3127 - 3166 3231 - 3245 3252 - 3256 3282 - 3286 3349 3351 - 3387 3397 - 3431 3561 - 3591 3647 - 3655 3691 - 3730 3795 - 3838 3868 - 3918 3961 - 4055 4091 - 4098 4107 - 4166 4178 - 5247 5838 - 5896 6687 - 6749 8817 - 8957 ; 
 END;