#NEXUS [written Fri May 09 15:27:52 EDT 2014 by Mesquite version 2.75 (build 564) at Macintosh.local/131.128.204.186] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=75; TAXLABELS Ballia_callitricha_AF149029 Audouinella_arcuata_AF029138 Batrachospermum_antipodites_AY423421 'Sheathia exigua Stream_6' 'Sheathia arcuata Stream_21' Sheathia_arcuata_DQ393129 Sheathia_arcuata_DQ393131 Sheathia_arcuata_GU457346 Sheathia_arcuata_EF116873 Batrachospermum_atrum_AF029139 Batrachospermum_brasiliense_FJ386458 Batrachospermum_cayennense_AF209980 Batrachospermum_cayennense_AY423392 'Sheathia confusa Stream_13_15_16_17' 'Sheathia confusa Stream_19' 'Batrachospermum gelatinosum Stream 2_3_9_10_12_14_22' Batrachospermum_gelatinosum_AF029141 Batrachospermum_gelatinosum_EF375888 'Batrachospermum vogesiacum Stream_13_16' 'Batrachospermum helminthosum Stream5_19' Batrachospermum_helminthosum_AB114642 Batrachospermum_helminthosum_AB114643 Batrachospermum_helminthosum_AB114644 Batrachospermum_helminthosum_AB114645 Batrachospermum_helminthosum_AB114646 Batrachospermum_helminthosum_AF244109 Batrachospermum_helminthosum_AF244115 Batrachospermum_helminthosum_AF244116 Batrachospermum_helminthosum_AF244117 Batrachospermum_helminthosum_AF029142 Batrachospermum_macrosporum_AY423417 Batrachospermum_macrosporum_EU106049 Balliopsis_priuerii_AY960688 Batrachospermum_pseudogelatinosum_AF209983 'Sheathia exigua Stream_20' 'Batrachospermum turfosum Stream1_7' 'Batrachospermum turfosum Stream_11_18' Batrachospermum_turfosum_AF029147 Batrachospermum_turfosum_AY423407 Batrachospermum_turfosum_DQ449028 Sheathia_americana_AF029140 Sheathia_boryana_JX669773 Sheathia_exigua_GU457344 Sheathia_grandis_JX669803 Sheathia_involuta_AF029143 Sheathia_heterocortica_DQ393136 Kumanoa_americana_JN589995 Kumanoa_tabagatenensis_JN590009 Lemanea_borealis_AF029149 'Paralemanea catenata Stream_8' Lemanea_fluviatilis_AF029150 Lemanea_fluviatilis_AY575149 Lemanea_fluviatilis_AY575157 Lemanea_fluviatilis_AY575164 Lemanea_fluviatilis_AY575168 'Lemanea fucina Stream_3_4' Lemanea_fucina_AY575158_ Lemanea_fucina_AY575166 Lemanea_fucina_var._parva_AF029151 Nothocladus_nodosus_AF029152 Paralemanea_annulata_DQ449029 Paralemanea_annulata_GQ285124 Paralemanea_annulata_U04038 Paralemanea_sp_JF701688 Petrohua_bernabei_AY960690 Paralemanea_catenata_AF029154 Paralemanea_catenata_JF701686 Paralemanea_grandis_DQ523258 Paralemanea_grandis_DQ523259 Psilosiphon_scoparium_AF029155 Sirodotia_delicatula_DQ646475 Sirodotia_huillensis_AF029157 Sirodotia_suecica_JF344718 Tuomeya_americana_AF029159 Thorea_violacea_AF029160 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'Batrachospermales_rbcL'; DIMENSIONS NCHAR=1282; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Ballia_callitricha_AF149029 TATTGAAGCTTCAGCTGCTGTTGCAGGAGAATCTTCAACCGCAACTTGGACAGTAGTTTGGACAGATCTTCTAACTGCCTGTGATCTTTATCGTGCTAAAGCTTATAAGGTAGATAAGGTACCTAACAGTTCAGATCAATATTTTGCATATATTTCTTATGATATTGATTTATTTGAAGAAGGCTCTATATCCAACTTAACGGCATCTATTATCGGTAATGTATTCGGCTTTAAAGCTGTTAAAGCTCTTCGTCTTGAAGATATGCGTTTACCTGTAGCTTACCTAAAAACATTCCAGGGTCCAGCAACAGGAACAATCGTAGAACGCGAACGCATGGATAAATTTGGCCGTCCTTTTTTAGGAGCAACAGTGAAACCTAAGCTAGGTCTTTCAGGTAAAAATTATGGAAGAGTTGTATATGAAGGCTTAAAAGGTGGTTTAGACTTTCTAAAAGATGACGAGAACATTAACTCTCAGCCATTCATGAGATGGAGAGAAAGATATCTTTACTCTATGGAAGGCGTGAATCGTGCCCAAGCTGCAGCAGGAGAGATTAAAGGACATTACCTAAATGTAACCTCTGCCACTATGGAAGACATGTATGAGCGTGCTGCGTTTGCCAAAGAACTCGGCAGTATTATATGCATGGTTGATCTTGTTATTGGATATACTGCAATTCAAACAATGGCTATATGGGCTCGTAAGAACGATATGATCTTACATTTACATCGTGCTGGTAATTCAACTTATTCTCGCCAAAAAAGTCATGGAATGAACTTTAGGGTAATTTGTAAATGGATGCGCATGGCTGGTGTGGACCATATTCATGCAGGTACGGTAGTAGGAAAACTAGAGGGAGATCCTTTAATGATTAAAGGATTCTATAATACTTTATTGGATAGTCATTTAGACATTAATCTTCCTCAAGGTATATTTTTTAAACAAGAATGGGCATCTTTACGAAAAGTTACTCCTGTTGCATCTGGCGGAATTCATTGTGGACAGATGCACCAACTTCTTCACTACTTAGGAGATGATGTAGTCTTACAGTTTGGTGGTGGTACAATTGGACATCCGGATGGAATCCAAGCCGGTGCAACTGCAAATCGTGTAGCCTTGGAAAGTATAGTATTAGCTCGTAACGAAGGTCGTGACTACTTAAAAGAAGGACCTCAAATCTTACAAGATGCAGCAAAAACTTGTGGCCCTCTACAAACAGCGTTAGATTTATGGAAAGATATTACATTTAACTATACTTCTACCGATACAGCTGA??????? 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; END; begin mrbayes; mcmcp samplefreq = 100 printfreq = 500 relburnin = no starttree = random; lset nst = 6 rates = invgamma; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 1282; END; BEGIN TREES; Title 'France_Batrachospermales_Phylogeny'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Ballia_callitricha_AF149029, 2 Audouinella_arcuata_AF029138, 3 Batrachospermum_antipodites_AY423421, 4 'Sheathia exigua Stream_6', 5 'Sheathia arcuata Stream_21', 6 Sheathia_arcuata_DQ393129, 7 Sheathia_arcuata_DQ393131, 8 Sheathia_arcuata_GU457346, 9 Sheathia_arcuata_EF116873, 10 Batrachospermum_atrum_AF029139, 11 Batrachospermum_brasiliense_FJ386458, 12 Batrachospermum_cayennense_AF209980, 13 Batrachospermum_cayennense_AY423392, 14 'Sheathia confusa Stream_13_15_16_17', 15 'Sheathia confusa Stream_19', 16 'Batrachospermum gelatinosum Stream 2_3_9_10_12_14_22', 17 Batrachospermum_gelatinosum_AF029141, 18 Batrachospermum_gelatinosum_EF375888, 19 'Batrachospermum vogesiacum Stream_13_16', 20 'Batrachospermum 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