NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:14:09] [Matrix accession#: M2842] BEGIN TAXA; TITLE M2842; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS Pinus_strobus_11S2 Pinus_strobus_04S1 Pinus_strobus_03S1_22S3_26Nh_09S1_05S1 Pinus_strobus_02S1_10S1 Pinus_strobus_01S1 Pinus_squamata Pinus_monticola_16S1 Pinus_monticola_13S1 Pinus_monticola_06S1 Pinus_monticola_04S1 Pinus_monticola_02S1_07S1_05S1 Pinus_monticola_01S1_02S3 Pinus_gerardiana Pinus_chiapensis_41S1 Pinus_chiapensis_39S1 Pinus_chiapensis_38S1 Pinus_chiapensis_35S1 Pinus_chiapensis_05N Pinus_chiapensis_02S1 Pinus_chiapensis_01S2 Pinus_chiapensis_01S1 Pinus_ayacahuite_VAR_VEITCII_03S2 Pinus_ayacahuite_VAR_VEITCII_01S1 Pinus_ayacahuite_18S2 Pinus_ayacahuite_09S2_12S1_15S2 Pinus_ayacahuite_04S2_03S3 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M2842; DIMENSIONS NCHAR=779; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ; MATRIX Pinus_strobus_11S2 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTCGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCACCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTTTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCCACA Pinus_strobus_04S1 atggCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCACCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCTCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCCACA Pinus_strobus_03S1_22S3_26Nh_09S1_05S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCACCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCtGGTCATCCCACA Pinus_strobus_02S1_10S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTCGCGCCCGCCGTTGCTCCcACCAAGCcGGCTCCACCcGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGcTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCcTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTcCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCcTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGtGGCaCGCTgGTcATCCCACA Pinus_strobus_01S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCAcCAAGCcGGCTCCACCcGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCcTCCCACCACTAAACCACCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGcTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGcTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTcCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCcTCCGGCCTCTCcTCCGGCTATTccGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCACCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACcGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCgtGTGTGGCACGCTgGTCATCCCACA Pinus_squamata ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAGAGCCTCTGCTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCTCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGGCTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTGGCTCCCACCAAGCCAGCTCCGCCGGTCACGGCGCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACTCCGCCTGTCGCTGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGcaccttcgcaccacaaacacaagaagaagaagaagaagcaccaccaccacggccccGCCCCTGCGCCAACTCCATCCGCACTGAAAAGTCCGCCTAGTCCTCCACTCGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCGTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTAGTTTATTAAATCGATTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTAGCTGCCTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTGCAGAGtGCGGGAAtGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCaCGGTGGTCATCAAAAA Pinus_monticola_16S1 ATGGCTCTGCATTGCAaGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGGCTCCGCCCGTAGCGCCAGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGGCGCCCACGAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTCATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTCTTTTTCTTTTTCGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_monticola_13S1 ATGGCTCTGCATTGCAaGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCTGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACACAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCANNNCGGCTCCGCCCCTGCGCCGACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCCAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTGTTTTTCGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCAAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCACAA Pinus_monticola_06S1 ATGGCTCTGCATTGCAaGTTTCATTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGTGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACGCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGNCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAC Pinus_monticola_04S1 ATCGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCAACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACACCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACGCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCGGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTTTTCGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGACCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_monticola_02S1_07S1_05S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCATTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACGCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCcTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGNCACCATTTATTTTATTAAATCGAcTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGcGTGTGtGGCACGCTGgtCATCCAAAC Pinus_monticola_01S1_02S3 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCATTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTAGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACGCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGNCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGtGGCACGCTGgTcATCCAAAC Pinus_gerardiana ATGGCTCTGCATTGCAAATTTCAGTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGGCTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTCACGGCGCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACTCCGCCTGTCGCTGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCACCACAAACACAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCACCCCTGCGCCAACTCCATCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCGTCACAGCCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTACATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTAGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCCTTTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCAAAAA Pinus_chiapensis_41S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTGATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_chiapensis_39S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCCCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCTCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTGATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTCGTCATCCAAAA Pinus_chiapensis_38S1 ATGGCTCTGCATTGCAaGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTGATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_chiapensis_35S1 aTGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCANNNCGGCTCCGCCCCTGCGCCGACTCCGTCCGCATTGAAAAGCCCGCCCAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCACCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCCTTTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCACAA Pinus_chiapensis_05N ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCANNNCGGCTCCGCCCCTGCGCCGACTCCGTCCGCATTGAAAAGCCCGCCCAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCACCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCCTTTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCACAA Pinus_chiapensis_02S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCANNNCGGCTCCGCCCCTGCGCCGACTCCGTCCGCATTGAAAAGCCCGCCCAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCACCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCCTTTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCtGGTCATCCACAA Pinus_chiapensis_01S2 aTGGCTCTGCATTGCAAGTTTcAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTGATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_chiapensis_01S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGCAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACCCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCTCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGTCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCCGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACCCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTGATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_ayacahuite_VAR_VEITCII_03S2 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAACCTCCCACGACCACGCCCGTAGCGCCCGCAGTCGCTCCCACGAAACCGGCTCCGCCCGTAGCGCCAGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGTTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGGCGCCCACCAAAGCCCCTCCTCCTACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACACCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACGCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCGGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGACTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGNCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCgCCGcGAGcGtGTGTGGCACGCTgGTcATCCAAAC Pinus_ayacahuite_VAR_VEITCII_01S1 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCACCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAACCCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGtGGCACGCTgGTcATCCCACA Pinus_ayacahuite_18S2 aTGGCTCTGCATTGCaaGTTTCAGTAATGGAGAAGAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGGCTCCGCCCGTAGCACCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCGCCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGGCGCCCACCAAAGCCCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACACCTCCGGTTGCCGTACCCCCAGTGGCTACGCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCGGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAAGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCACCACGGCCCCGCCCCTGCGCCGACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCCAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTTTTCGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCAAAA Pinus_ayacahuite_09S2_12S1_15S2 aTGGCTCTGCATTGcaAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCACCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTGACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGTGGCACGCTGGTCATCCCACA Pinus_ayacahuite_04S2_03S3 ATGGCTCTGCATTGCAAGTTTCAGTAATGGAGAAAAGCCTCTGGTTGATACTGTGTTAGCTACTGCACCGGCGGCGCCCACCACTGCTAAACCACCCACAACTGCACCGGCGGCACCGGTCTCAACTCCGAAGCCTCCCACGACAACGCCCGTAGCGCCCGCCGTCGCTCCCACGAAACCGACTCCGCCCGTAGCGCCCGCCGTTGCTCCCACCAAGCCGGCTCCACCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACGGCGCCCACCAAAGCTCCTCCTCCCACCACTAAACCTCCCGCCGTTGCTCCCGCCAAAGCTCCGGTTTCCGCACCGCCGGTGGCTACGCCTCCGGTTGCCGTACCCCCGGTGGCTACTCCGCCTGTCGCCGCTCCGCCAGTAGCGGTGCCTCCGGCCTCTCCTCCGGCTATTCCGCCACCGGTGCAGGCGCCGGCACCTTCGCATCACAAACGCAAGAAGAAGAAGAAGNNNCACCACCACCACGNNNCCGCCCCTGCGCCAACTCCGTCCGCACTGAAAAGCCCGCCTAGTCCTCCACTTGGGAGCCCCGGGCCTTCTACCTCGGCCGATTCCTTCGCTCCCGCCCCTTCACAACCGGTAATCTCCGCCACCATTTATTTTATTAAATCGACTTAATGGCTGTTCAGGATCTAACCGTGGCTGCCTGTTTTTGTTTTTCTTGTTTGCAGAGTGCGGGAATGAAGAGCTCCGCCGCGAGCGTGTGtGGCACGCTgGTcATCCCACA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 779 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;