#NEXUS [written Sat Sep 27 19:44:55 SGT 2014 by Mesquite version 3.0 (build 644) at Mesemite.local/192.168.1.2 (William Piel)] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=116; TAXLABELS Philodendron_grandipes_DQ866896 Homalomena_cochinchinensis_DQ866877 Philodendron_panamense_DQ866905 Homalomena_pygmaea_M525 Adelonema_crinipes_DQ866878 Adelonema_wendlandii_DQ866883 Adelonema_wendlandii_M529 Adelonema_crinipes_M526 Adelonema_picturata_M528 Adelonema_crinipes_M519 Adelonema_peltata_M513 Adelonema_wendlandii_M532 Adelonema_peltata_M522 Adelonema_peltata_M521 Adelonema_wendlandii_M580 Adelonema_panamensis_DQ866880 Adelonema_panamensis_M520 Adelonema_sp._M533 Adelonema_picturata_M511 Adelonema_picturata_M512 Adelonema_picturata_DQ866882 Lasia_spinosa_B1812 Adelonema_speariae_M524 Adelonema_hammelii_M531 Adelonema_wallisii_Ar3603 Adelonema_erythropus_DQ866879 Adelonema_erythropus_M510 Philodendron_surinamense_DQ866918 Philodendron_sp._DQ866915 Homalomena_rostrata_Ar2532 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Adelonema_erythropus_M510 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Homalomena_debilicrista_Ar3057 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Homalomena_curvata_Ar3052 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Philodendron_longistilum_DQ866902 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Philodendron_glaziovii_DQ866894 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Philodendron_insigne_DQ866899 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Philodendron_insigne_M596 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Philodendron_linnaei_DQ866901 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Philodendron_pterotum_DQ866907 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Philodendron_sp._DQ866917 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Philodendron_serpens_DQ866911 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Philodendron_martianum_DQ866888 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Philodendron_sp._DQ866910 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Philodendron_smithii_DQ866912 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCGTAGGT----------------GAACCTGCGGTAAGGATCAT--TG----------TCGCA-------TCTCCGT-----------CTCGG-ACGGCCC-------GACCCACCCGCGAA-CGGTTGA--CCCCCACAC----TTCTCTTAAA-----CTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCCACTCCC---CG-CGCGT----CGCC-CTCGCCGGCGGCCGC--GG--GGCGGCGGGACGACG-A----ACCTCCGGGCGCGGCCTGCGCCAAGGATTACGGAAC-GGGGACC---GCCCGCGCACGC----------------------TCCGA----GCGGG---GAGTGCT-GCGC-GGTCTCGGTCGCCCCAG--------AACGAGTCT-TCTCC-GGACGACTCCCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAG-AACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAATCTTCGAACGCAAG-TTGCGCCCGAG-GCCATCGGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCACGC--CCCCCCGTCGCTCCCCG----CCCCC----CGCC-GCAGC------------------------GGCGGCTGACGGC----G-----AGGACGCGGACGTTGGCCTCCCGT----GCT-CC----CGCACGGCGGGCTGAAGGACCT---C-GGCCC---TCTC--GC-GGGGCGAG-CGCGGCCAGCGGTGGAC-GA-----------ATTCG----GCGCTGCA------------------------CATGCGCCCGTCGCCGTC---GTG-CTCGCCGC-----CGTCCGACAGGAA----CGGAACG---------------GATCAGA--------GAGC---GCCG----CTCACT-------CGCCGTGG--------------GTGAGTCACGGCGGAAG-------------GAAGG-----AACCCA---TCCG---CGAGCCGACGC---GCGTCGTCGC-----TCGG-ATCGC-GACCCCAGGT-CAGGCGGGGCCACCCGCTGAGTTTAAC----------------------------------------------------- Philodendron_angustisectum_DQ866884 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Philodendron_hylaeae_DQ866898 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Philodendron_barrosoanum_DQ866886 ------------------------------------------------------------------------------TTTGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGT----------------GAACCTGCGG-AAGGATCAT--TG----------TCGCA-------TCTCCGT-----------CTCAG-ACGGCCC-------GACCCACCCGCGAA-CGGTTGA--CCCCCRCAC----TTCTCTTAAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCCCCCCCTCCC---CG-CRCGT----CGCC-CTCGCCGGCGGCCGC--GG--GGCGGCGGGACGACG-A----ACCTCCGGGCGCGGCCTGCGCCAAGGATTACCGAAC-GGGCACC---GCMCGCGCACGC-----GCRCCTCGC-CT-CGC-TCCGA----GCGRGCGGGGAGTGCTACGC-GGTCTCGGTCGYCCCG---------AACGAACGAGTCTCC-GGACGACTCCCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAG-AACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAATCTTCGAACGCAAGATTGCGCCCGAG-GCCATCGGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCACGC--CCCCTCGTCGCTCCCCG----CCCCY---CCGCCCGCAGT--GTCTCTGCTCACACCGCGCGGCGGCGGCTGATGGC----G-----AGGACGCGGACGTTGGCCTGCCGT----GCT-CC----CGCACGGCRGGCTGAAGGACCT---C-GGCCC---TCTA--GC-GGGGCGAG-CACGGMCARCGGTGGAC-SA-----------ATTCK----GCGCTGC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Philodendron_findens_DQ866892 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Philodendron_sodiroi_DQ866913 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Philodendron_mamei_DQ866904 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Philodendron_ornatum_DQ866891 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Philodendron_squamiferum_DQ866916 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Philodendron_pedatum_DQ866906 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCCCACAC----CTCTCTAAA------CTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCCCCTCCC---CG-CGCGT----CGCC-CTCGCCGGCGGCCGC--GG--GGCGGCGGGACGACG-A----ACCTCCGGGCGCGGCCTGCGCCAAGGATTACCGAAC-GGGGACCGCGGCCCGCGCAACGCATCTGC--------CT-CGC-TCCGA----GCGGG---GAGTGCT-ACGC-GGTCTCGGTCGCCCCGAACGA----AACGAG----TCTCC-GGACGACTCCCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAG-AACGTAGCGAAATGCGATACGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAATCTTCGAACGCAAG-TTGCGCCCGAG-GCCATCGGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCACGC--CCCCCCGTCGCTCCCCG----CCCCC----CGCCCGCAGT--------------ACCGCGCGGCGGCGGCTGATGGC----G-----AGGACGCGGACGTTGGCCTCCCGT----GCT-CC----CGCACGGCGGGCTGAAGGACCT---C-GGCCC---TCCC--GC-GGGGCGAG-CACGGCCAGCGGTGGAC-TC-----------ATTCG----GCGCTGCGGGCGC-------------------TGTGCGCTCGTCGTCGCC---GTG-CTCGCCGC-----CGTCCGA----------CGGAACG---------------GAACGGA-----TCAGAC----GGCG---------------------------------------------------------------------GAAGG-----AACCCA---TCCG---CGAGCCGACGC---GCGTCGTCGC-----TCGG-ATCGC-GACCCCAGGT-CAGGCGGG-CCACCG----------------------------------------------------------------- Philodendron_distantilobum_DQ866889 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Philodendron_radiatum_Ar4339 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Philodendron_radiatum_DQ866908 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Philodendron_solimoense_DQ866914 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Philodendron_solimoense_M599 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Philodendron_lundii_DQ866903 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Philodendron_selloum_Ar4340 --------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCCGTAGGT----------------GAACCTGCGG-AAGGATCAT--TG----------TCGCA-------TCTCCGT-----------CTCGG-ACGACTC-------GATGCACCCGCGAA-CGGTTGA--CCC---TTC----TCCTTCTAAATCGTCCCCGCCG-GCCGGGGCGGAGGT-----------------------------------------GAGATCGATCGGTTTCT---------------CGGCTCTGGCCG--------------------------------------CGT-CCGTCGTGCCGCCTCCGCCC-------------------CTCCA---CA-CGCGT--------------CGGCGGCCTCGTCGGCGGCGGCGGGACGACGCAACCCACCTCCCGGCGCGGCATGCGCCAAGGATCAGTGAAT--GGGGAC---GTCCGCACGCGC-----GC--------CC-CGC-TCCGA----GCGGG---GAG-----GCGC-------GGTCGCCCCCAACGGAACGAACGAG----TCTCT-GAACGACTCCCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAG-AACGCAGCAAAATGCGATAGGTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAATCTTCGAACGCAAG-TTGCGCCCGAG-GCCATCGGGTCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCACGC--CCCG-CGTCGCTCCCCG----CCCCC------------------------CCCCCCCCTGT---------CGAGGGT----G-----AGGATGCGGAGATTGGCCCGCCGT----GCT-CC----GGCGCGGCGGGCTGAAGGACCT---C-GGCCG---TCTC--GT-GGGGCGAG-CACGGCGAGCGGTGGAC-GA-----------ATTCAGTCGGCGCTGCGGGCGCCGCTATGCGGG-----TCGTACGCGCTCATCGTCGTC---GTG-----CCGC---------CGG----------CGAGGCG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAAGG-----AACCCA---CCCG---CGAGCCGACGC---ACGTCGTCGC-----TCGG-ACCGC-GACCCCAGGT-CAGGAAGAGGCGGA------------------------------------------------------------------ ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 1420; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 1420; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 1420; END; BEGIN TREES; Title Adelonema_ITS; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Philodendron_grandipes_DQ866896, [1] 2 Homalomena_cochinchinensis_DQ866877, [2] 3 Philodendron_panamense_DQ866905, [3] 4 Homalomena_pygmaea_M525, [4] 5 Adelonema_crinipes_DQ866878, [5] 6 Adelonema_wendlandii_DQ866883, [6] 7 Adelonema_wendlandii_M529, [7] 8 Adelonema_crinipes_M526, [8] 9 Adelonema_picturata_M528, [9] 10 Adelonema_crinipes_M519, [10] 11 Adelonema_peltata_M513, [11] 12 Adelonema_wendlandii_M532, [12] 13 Adelonema_peltata_M522, [13] 14 Adelonema_peltata_M521, [14] 15 Adelonema_wendlandii_M580, [15] 16 Adelonema_panamensis_DQ866880, [16] 17 Adelonema_panamensis_M520, [17] 18 Adelonema_sp._M533, [18] 19 Adelonema_picturata_M511, [19] 20 Adelonema_picturata_M512, [20] 21 Adelonema_picturata_DQ866882, [21] 22 Lasia_spinosa_B1812, [22] 23 Adelonema_speariae_M524, [23] 24 Adelonema_hammelii_M531, [24] 25 Adelonema_wallisii_Ar3603, [25] 26 Adelonema_erythropus_DQ866879, [26] 27 Adelonema_erythropus_M510, [27] 28 Philodendron_surinamense_DQ866918, [28] 29 Philodendron_sp._DQ866915, [29] 30 Homalomena_rostrata_Ar2532, [30] 31 Homalomena_borneensis_Ar2559, [31] 32 Homalomena_ovata_Ar2361, [32] 33 Homalomena_borneensis_Ar227, [33] 34 Homalomena_clandestina_Ar3007, [34] 35 Homalomena_vivens_Ar2363, [35] 36 Homalomena_vivens_Ar3006, [36] 37 Homalomena_matangae_Ar230, [37] 38 Homalomena_baangongensis_Ar2574, [38] 39 Homalomena_giamensis_Ar1691, [39] 40 Homalomena_hanneae_Ar3010, [40] 41 Homalomena_debilicrista_Ar3057, [41] 42 Homalomena_gastrofructa_Ar2575, [42] 43 Homalomena_sp._Ar3051, [43] 44 Homalomena_clandestina_Ar2385, [44] 45 Homalomena_sengkenyang_Ar2387, [45] 46 Homalomena_sengkenyang_Ar3034, [46] 47 Homalomena_sengkenyang_Ar2362, [47] 48 Homalomena_sengkenyang_Ar2388, [48] 49 Homalomena_symplocarpifolia_Ar2411, [49] 50 Homalomena_hanneae_Ar3005, [50] 51 Homalomena_hanneae_Ar2382, [51] 52 Homalomena_josefii_Ar2380, [52] 53 Homalomena_sengkenyang_Ar3004, [53] 54 Homalomena_insignis_Ar2066, [54] 55 Homalomena_insignis_Ar2111, [55] 56 Homalomena_havilandii_Ar2451, [56] 57 Homalomena_stella_Ar2390, [57] 58 Homalomena_stella_Ar3011, [58] 59 Homalomena_chartacea_Ar2414, [59] 60 Homalomena_punctulata_Ar2424, [60] 61 Homalomena_sp._Ar3033, [61] 62 Homalomena_humilis_Ar2371, [62] 63 Homalomena_tonkinensis_Ar4302, [63] 64 Homalomena_atrox_Ar2389, [64] 65 Homalomena_sp._Ar4759, [65] 66 Furtadoa_sumatrensis_Ar4045, [66] 67 Homalomena_rubescens_M527, [67] 68 Homalomena_sp._Ar3065, [68] 69 Homalomena_curvata_Ar3052, [69] 70 Homalomena_curvata_Ar3053, [70] 71 Homalomena_zippelianum_M514, [71] 72 Homalomena_philippinensis_DQ866881, [72] 73 Homalomena_sp._Ar3047, [73] 74 Homalomena_expedita_Ar2357, [74] 75 Homalomena_asmae_Ar2597, [75] 76 Homalomena_sp._Ar4054, [76] 77 Furtadoa_mixta_Ar4781, [77] 78 Homalomena_sp._Ar4763, [78] 79 Homalomena_sp._Ar4764, [79] 80 Philodendron_ecordatum_DQ866890, [80] 81 Philodendron_fragrantissimum_DQ866893, [81] 82 Philodendron_brevispathum_DQ866887, [82] 83 Philodendron_longistilum_DQ866902, [83] 84 Philodendron_glaziovii_DQ866894, [84] 85 Philodendron_insigne_DQ866899, [85] 86 Philodendron_insigne_M596, [86] 87 Philodendron_linnaei_DQ866901, [87] 88 Philodendron_pterotum_DQ866907, [88] 89 Philodendron_sp._DQ866917, [89] 90 Philodendron_serpens_DQ866911, [90] 91 Philodendron_martianum_DQ866888, [91] 92 Philodendron_sp._DQ866910, [92] 93 Philodendron_smithii_DQ866912, [93] 94 Philodendron_angustisectum_DQ866884, [94] 95 Philodendron_heleniae_DQ866897, [95] 96 Philodendron_sagittifolium_DQ866909, [96] 97 Philodendron_anisotomum_DQ866885, [97] 98 Philodendron_lindenii_DQ866900, [98] 99 Philodendron_hylaeae_DQ866898, [99] 100 Philodendron_barrosoanum_DQ866886, [100] 101 Philodendron_findens_DQ866892, [101] 102 Philodendron_sodiroi_DQ866913, [102] 103 Philodendron_mamei_DQ866904, [103] 104 Philodendron_ornatum_DQ866891, [104] 105 Philodendron_squamiferum_DQ866916, [105] 106 Philodendron_pedatum_DQ866906, [106] 107 Philodendron_distantilobum_DQ866889, [107] 108 Philodendron_radiatum_Ar4339, [108] 109 Philodendron_radiatum_DQ866908, [109] 110 Philodendron_goeldii_DQ866895, [110] 111 Philodendron_solimoense_DQ866914, [111] 112 Philodendron_solimoense_M599, [112] 113 Philodendron_undulatum_DQ866919, [113] 114 Philodendron_xanadu_DQ866920, [114] 115 Philodendron_lundii_DQ866903, [115] 116 Philodendron_selloum_Ar4340; TREE con_50_majrule = 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