#NEXUS [written Tue Jan 06 17:32:35 EST 2015 by Mesquite version 3.01 (build 658) at RSS-iMac.local/10.11.58.166] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Crithidia_bombi_GU321187.1 Crithidia_bombi_GU321188.1 Crithidia_expoeki_GU321189.1 Crithidia_expoeki_GU321190.1 Crithidia_expoeki_GU321191.1 Crithidia_mellificae_30254_KJ684951 Crithidia_mellificae_30254_KJ684952 Crithidia_mellificae_30254_KJ684953 Crithidia_mellificae_30254_KJ684954 Crithidia_mellificae_30862_KJ684965 Crithidia_mellificae_30862_KJ684966 Crithidia_mellificae_30862_KJ684967 Crithidia_mellificae_30862_KJ684968 Crithidia_mellificae_30862_KJ684969 Crithidia_mellificae_BELGIUM_ex._OSMIA_BICORNIS_KM066251 Endotrypanum_schaudinni_AB434689.1 Leishmania_braziliensis_EF579900.1 Leishmania_equatorensis_AB434686.1 Leishmania_mexicana_M92828.1 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066240 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066241 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066242 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066243 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066244 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066245 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066246 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066247 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066248 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066249 Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066250 Lotmaria_passim_BRL_KJ684960 Lotmaria_passim_BRL_KJ684961 Lotmaria_passim_BRL_KJ684962 Lotmaria_passim_BRL_KJ684963 Lotmaria_passim_BRL_KJ684964 Lotmaria_passim_CHINA_ex._APIS_CERANA_HAPC_AB744129.1 Lotmaria_passim_JAPAN_ex._APIS_MELLIFERA_HAPA_AB716358.1 Lotmaria_passim_JAPAN_ex._APIS_MELLIFERA_HAPB_AB716359.1 Lotmaria_passim_SF_KJ684955 Lotmaria_passim_SF_KJ684956 Lotmaria_passim_SF_KJ684957 Lotmaria_passim_SF_KJ684958 Lotmaria_passim_SF_KJ684959 Trypanosoma_brucei_M17998.1 Trypanosoma_cruzi_DQ343646.1 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Cytb_nucleotide_alignment; DIMENSIONS NCHAR=593; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Crithidia_bombi_GU321187.1 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGATTTAGGATTTGTTATTAGAAGTGTTCATATTTGTTTTACGTCATTATTATTTTTTTTATTGTATGTA-CATATTTTTAAA-GCAATCGTTTTAATTATATTATTTGATACTCATATTTTAGTGTGGGCTGTTGGATTTGTTATTTATATTTTTATTGTTGTAATAGGTTTTATAGGTTATGTTTTACCGTGTACAATGATGTCTTATTGAGGATTAACAGTTTTTAGTAATATTTTGGCCACTGTACCAGTTATTGGTTTATGATTGTGTTATTGAATTTGAGGAAGTGAATTTATTAATGATTTTACGTTACTGAAATTACATGTGTTGCATGTTTTATTGCCATTTGTTTTAATTTTAGTTATTGTAATGCATTTGTTTTGTTTACATTATTTTATGAGTTCAGATGGTTTT??????????? 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Lotmaria_passim_BELGIUM_ex._APIS_MELLIFERA_KM066250 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CATGATTATTTTTTAGCTGTTTTATATGTACT-AATTGGTATTTTGTTTTATTTTTATGAGATTTTGATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACATATATGCTTTACATCATTATTATTCTTTTTACTGTATGTT-CATATATTTAAA-GCGATCGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGTTTTATTATATATATATTCATAGTAGCTATAGGTTTTATTGGATATGTATTACCATGTACAATGATGTCTTATTGAGGTCTAACTGTTTTTAGCAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTGTTGGTGTTTGGCTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAGTTTATAAATGATTTTACACTATTAAAATTACATGTGCTACATGTATTATTACCATTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATTTTGCTTA?????????????????????????????????????? Lotmaria_passim_BRL_KJ684960 ?AAAGGCTTTTAACGTCAGGTTGCTTATTAAGAGTATATGGAGTAGGTTTTAGTTTAGGTTTTTTTATATGCATGCAAATTATATGTGGTGTATGTTTAGCATGATTATTTTTTAGCTGTTTTATATGTACT-AATTGATATTTTGTTTTATTTTTATGAGATTTTGATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACATATATGCTTTACATCATTATTATTCTTTTTACTGTATGTT-CATATATTTAAA-GCGATCGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGTTTTATTATATATATATTCATAGTAGTTATAGGTTTTATTGGATATGTATTACCATGTACAATGATGTCTTATTGAGGTCTAACTGTTTTTAGTAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTATTGGTGTTTGGCTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAGTTTATAAATGATTTTACACTATTAAAATTACATGTGCTACATGTATTATTGCCATTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATTTTGCTTACATTATTTTATGAGCTCGGATGGTTTTTGTGATCGTTT Lotmaria_passim_BRL_KJ684961 ?AAAGGCTTTTAACGTCAGGTTGCTTATTAAGAGTATATGGAGTAGGTTTTAGTTTAGGTTTTTTTATATGCATGCAAATTATATGTGGTGTATGTTTAGCATGATTATTTTTTAGCTGTTTTATATGTACT-AATTGATATTTTGTTTTATTTTTATGAGATTTTGATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACATATATGCTTTACATCATTATTATTCTTTTTACTGTATGTT-CATATATTTAAA-GCGATCGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGTTTTATTATATATATATTCATAGTAGTTATAGGTTTTATTGGATATGTATTACCATGTACAATGATGTCTTATTGAGGTCTAACTGTTTTTAGTAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTATTGGTGTTTGGCTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAGTTTATAAATGATTTTACACTATTAAAATTACATGTGCTACATGTATTATTGCCATTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATCTTGCTTACATTATTTTATGAGCTCGGATGGTTTTTGTGATCGTTT Lotmaria_passim_BRL_KJ684962 ?AAAGGCTTTTAACGTCAGGTTGCTTATTAAGAGTATATGGAGTAGGTTTTAGTTTAGGTTTTTTTATATGCATGCAAATTATATGTGGTGTATGTTTAGCATGATTATTTTTTAGCTGTTTTATATGTACT-AATTGATATTTTGTTTTATTTTTATGAGATTTTGATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACATATATGCTTTACATCATTATTATTCTTTTTACTGTATGTT-CATATATTTAAA-GCGATCGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGTCTTATTATATATATATTCATAGTAGTTATAGGTTTTATTGGATATGTATTACCATGTACAATGATGTCTTATTGAGGTCTAACTGTTTTTAGTAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTATTGGTGTTTGGCTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAGTTTATAAATGATTTTACACTATTAAAATTACATGTGCTACATGTATTATTGCCATTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATTTTGCTTACATTATTTTATGAGCTCGGATGGTTTTTGTGATCGTTT Lotmaria_passim_BRL_KJ684963 ?AAAGGCTTTTAACGTCAGGTTGCTTATTAAGAGTATATGGAGTAGGTTTTAGTTTAGGTTTTTTTATATGCATGCAAATTATATGTGGTGTATGTTTAGCATGATTATTTTTTAGCTGTTTTATATGTACT-AATTGATATTTTGTTTTATTTTTATGAGATTTTGATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACATATATGCTTTACATCATTATTATTCTTTTTACTGTATGTT-CATATATTTAAA-GCGATCGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGTTTTATTATATATATATTCATAGTAGTTATAGGTTTTATTGGATATGTATTACCATGTACAATGATGTCTTATTGAGGTCCAACTGTTTTTAGTAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTATTGGTGTTTGGCTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAGTTTATAAATGATTTTACACTATTAAAATTACATGTGCTACATGTATTATTGCCATTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATTTTGCTTACATTATTTTATGAGCTCGGATGGTTTTTGTGATCGTTT Lotmaria_passim_BRL_KJ684964 ?AAAGGCTTTTAACGTCAGGTTGCTTATTAAGAGTATATGGAGTAGGTTTTAGTTTAGGTTTTTTTATATGCATGCAAATTATATGTGGTGTATGTTTAGCATGATTATTTTTTAGCTGTTTTATATGTACT-AATTGATATTTTGTTTTATTTTTATGAGATTTTGATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACATATATGCTTTACATCATTATTATTCTTTTTACTGTATGTT-CATATATTTAAA-GCGATCGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGTTTTATTATATATATATTCATAGTAGTTATAGGTTTTATTGGATATGTATTACCATGTACAATGATGTCTTATTGAGGTCTAACTGTTTTTAGTAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTATTGGTGTTTGGCTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAGTTTATAAATGATTTTACACTATTAAAATTACATGTGCTACATGTACTATTGCCATTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATTTTGCTTACATTATTTTATGAGCTCGGATGGTTTTTGTGATCGTTT Lotmaria_passim_CHINA_ex._APIS_CERANA_HAPC_AB744129.1 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTTAGGTTTTGTAATACGAAGTGCACACATATGCTTTACATCATTATTATTTTTTTTACTGTATGTA-CATATATTTAAA-GCGATAGTTTTAATAATTTTATTTGATACTCATATTTTAGTATGAGCAGTAGGATTTATTATATATATATTCATAGTTGTTATAGGCTTTATTGGATATGTATTACCATGCACGATGATGTCTTACTGAGGTCTTACTGTTTTCAGCAATATTTTAGCAACAGTACCAGTTATTGGTGTTTGACTATGTTATTGAATATGAGGTAGTGAATTTATAAATGATTTTACATTATTAAAATTACATGTGTTACATGTATTATTGCCTTTTGTTTTAATATTAGTTATAGTTATGCACTTATTTTGCTTACATTATTTTATGAGTTCGGATGGTTTT??????????? 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