NEXUS
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[Matrix accession#: M3122]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3122;
	DIMENSIONS  NTAX=15;
	TAXLABELS
		Cyanophora_sp.	Nephroselmis_sp.	Chaetosphaeridium_sp.	Mesostigma_sp.	Arabidopsis_sp.	Amphidinium_sp.	Emiliania_sp.	Odontella_sp.	Guillardia_sp.	Cyanidium_sp.	Cyanidioschyzon_sp.	Gracilaria_sp.	Porphyra_sp.	Synechocystis_sp.	Nostoc_sp.
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3122;
	DIMENSIONS NCHAR=10000;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Cyanophora_sp.              taatcgttggtgcaggtgctcatgctgctattttcatggtacgtgattacgatccggcacaaaactacaataacttattagaccgtgtacttcgccatagagatgcaattatttctcatttaaattgggtttgtattttcttaggtttccatagttttggattatatatccataatgatactatgcgtgcattaggtcgtccacaagatatgttctctgatgcagcaattcaattacaacctgtatttgctcaatgggtacaaggtgtaaacagtgctgctgcaggtaatactgctccaaacgctttacgtaacgcaagttatgcattt---ggtggcgatattgtttctgtaggcgaaaaagttgcaatgatgcctatttctttaggtactgcagatttcttagtacatcatattcatgcatttactatccacgtaactgttttaattttattaaaaggtgtacttttcgcaagaaattctcgtttaattcctgataaagcaaatcttggtttccgtttcccttgtgacggtccaggccgtggtggtacttgtcaagtatctgcttgggatcatgttttcttaggcttattctggatgtataattccctttctgttgttcttttccattttagttggaaaatgcaatctgatgtttggggtaatgtaaccgcagacggtgcagttagccatattacaggtaataactttgcacaaagctccattacaattaatggttggttacgtgatttcttatgggcacaagcatctcaagtaattcaatcttacggttctgctttatccgcatatggcttaatgttcttaggagctcactttatttgggcatttagtttaatgttcttatttagtggtcgtggttattggcaagaattaattgaatctattgtttgggcacataacaaattaaaatttgcaccttctattcaaccacgtgcattgagtattactcaaggtcgtgctgtaggtgttgcacattatctcttaggtggaatcgcgactacttggtccttcttccatgcgagaattatttcagtaggtatggcacataccgtaaaaatttacgacacttgtattggttgtacccaatgtgtacgtgcatgtcctactgatgtattagaaatggttccttgggatggttgtcgtgcaaaccaaatcgcttctgctccgagaactgaagattgtgtaggttgtaaaagatgtgaatctgcatgtcctactgatttcttaagtattcgtgtttacttaggtgca------gaaactactcgtagtatgggtctaggttattcttttagcaaatatctttcaactgctcctgttataggaactttaactgcgtttttcttagcaggtttattaattgaaattaaccgttttaacccggatttattaatgggactaccctggtaccgtgtacatacggttgtacttaatgaccctggtcgtttaattgctgtacatttaatgcatactgcacttgttgcaggttgggctggctcaatggccttatatgaaattgctgtttttgatccttctgatcctgtattaaatccaatgtggcgtcaaggtatgtttgtattaccttttatggttcgccttggtattacaaattcttggggcggttggactattaatggtgaaaacgttactgatccaggattctggagttttgaaggcgtagcagctgctcatattggcttatccggtttacttttcttagcagctatttggcactgggtatattgggatcttgaattattccgcgatccacgtactggtgaaccagcattagatttacctaaaatgtttggtatccatttatttttatctggtttactttgttttggatttggtgctttccacttaactggtttatttggaccagggatgtgggtttctgatgcatatagtataactggaagagttcaaccagttgctcctgcatggggaccagaaggatttaatccttttaacccaggtggtgttgtttctcatcatatcgctgctggtattgttggtattttagctggtttattccatctaagtgttcgtccaccacaacgtttatataaagcactacgtatgggtaatattgaaacagtattatctagtagtatttctgcagtattctttgctgctttcattgttgctggtactatgtggtatggtagtgcagctactccagtggaattatttggtcctacccgttatcaatgggatcaggaatacttccatcaagagatggaacgtcgtgttcaaaaagatgtagcagcaggagcttctttatctgaagcttggaatcgtattcctgcaaaactagctttctatgattatattggtaacaacccagctaaaggtggtcttttccgtgccggtccaatgaacaaaggtgatggtattgcagaatcttggttaggacatgctacatttaaagataaagaaggtcgtgaactaactgtacgtcgtatgcctactttctttgaaacattcccagttgttttaattgacaaagatggcgttctacgtgcggatatcccattccgtcgtgctgaatctaagtatagtatcgaacaaatgggtgttactgttagtttttatggtggaaaattagatggtcaaactttcactgatgcacctactgttaaaaaatatgcacgtaaagcgcaattaggtgaagcttttgaatttgatcgtgaaactttaaaatctgacggtgtattccgtagtagcgctcgtggttggtttacttttggtcatgcaagttttgcattaattttcttctttggtcatctttggcatggcggtcgtaccttattccgtgatgtatttgcgggtattggtgaagaagttactgaacaagtagaattcggtgcattccaaaaagtaggtgataaaactactcgtaaa------------------------------------gtggaaacgctctttaatagttctgttgctgtatctggacgtgaccaacaatccactggctttgcatggtggtctggtaacgctcgtttaattaacctttctggtaaattattaggtgctcacgtagcacatgctggtttaattgtattctggactggtgctatgactttatttgaagttgcgcattttattccagaaaaaccaatgtatgaacaagggttaattttacttcctcacttagctacccttggatggggtgtaggtcctggtggagaagtaattgacgtttatccatactttgttgtaggtgttttacacttagtatcttctgctgttttaggttttggtggtttatatcatgcaatcattggacctgaagtattagaagaatctttccca------------ttctttggatatgattggaaagataaaaataaaatgactactattattggtattcatttaattcttttaggaagtggtgctttacttttagtattaaaagcaatgttcttcggtggtgtttatgacacttgggcaccaggcggtggagatgtacgtgtaattagtaatccaacattaaacccaacagtaatttttagttatattactaaatctccatggggtggtgatggttggattgttagtgtagataatatggaagatattattggtggtcacatttggcttgctttcatttgtatcatcggtggtgtatggcatattttaaccaaaccatttagctgggcacgtcgtgctttagtttggtctggtgaagcgtacttatcttacagtttagcagctttagctttaatgggctttattgcaaactgttttgtttggtttaacaatactgcttatcctagtgaattctttggtccaactggtccagaagcttctcaagcacaggcatttactttcttagtacgtgaccaacgtttaggtgctaatgtaggttctgctcaaggtcctactggtctaggtaaatacttaatgagatctccttctggggaaatcatttttggtggtgaaacaatgcgtttctgggatactcgtgctccatggttagaaccattacgtggggcaaatggtctagatttaacaaaaattaaatatgatattcaaccatggcaagaacgtcgtgcagctgaatatatgactcatgctccattaggttctttaaactctgtaggtggtgtagcaacagaaattaactctgtaaactatgtatctccgcgctcttggttatctacttctcatttcgtattaggtttcttcttattcattggtcatttatggcatgcaggtcgtgctcgtgcggctagtggtggatttgaaaaaggtcttgatagagaaaacgaaccagttttatctatgaagcttttagactaatttgacgttcttgatgactggttaaaaagagatcgatttgtatttcttggctggtctggtcttttattattaccgtgtgcatacttagcagtaggtgcatggtttacaggaacaacttttgtaacttcttggtatactcatggtttagcaagttcttatcttgaaggttgtaactttttaacagcagcggtttctacaccagcaaatagtatgggacattctattttatttgtttggggtcctgaagctcaaggtgatttcactcgttggtgtcaaattggtggtttatggacatttactgctttacatggagcattaggtttaattggctttactttacgtcaatttgaaattgcacgtttaattggtttaagaccatataacgcaattgctttctctggtcctattgctgtatttgtttccgtattcctattatatcctcttggtcaagctggttggttctttgcacctagttttggtgtagcagcaattttccgcttcttattattcttccaaggtttccataactggactttaaacccattccacatgatgggtgtagctggtgtattaggtgcagctttactttgtgcaattcacggtgcaactgtggaaaacactttatttgaagatggtgat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
		Nephroselmis_sp.            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
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 10000 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;