#NEXUS [written Mon Jun 08 07:31:14 CST 2015 by Mesquite version 3.03 (build 702) at Yu-2015/127.0.0.1] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Potamogeton_maackianus Syringodium_isoetifolium Ruppia_bicarpa Ruppia_megacarpa TUE0101 TUE0102 TUA0100 TUA0114 Ruppia_polycarpa ANA01 YHO01 MAH02 GRA01 MAR01 UTA01 DEV01 DUB0201 DUB0202 SKA0202 FAL0111 FAL0113 YI1549_1 YI1567_2 YI1571_2 YI1571_1 YI1575_2 YI1988_3 YI1988_2 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Character_Matrix; DIMENSIONS NCHAR=1050; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = -; MATRIX Potamogeton_maackianus AGGTTGCAGGCGCTGCCTGGTGGGGATATCAATCTTTTATGTGACACAGTTGTGGACCATGTTAGGGAACTCACAGGATATCACAGGGTCATGGTCTACA Syringodium_isoetifolium CGGCTGCAAGCTCTACCTGGTGGAGACATCAAGCTTCTCTGTGACACGGTTGTGAACCACGTCAGGGAGCTCACGGGCTACGACAGGGTCATGGTCTACA Ruppia_bicarpa -------------------------ATGTTAAGTTTCTGTGTGACACAGTTGTTGACCATGTTAGGGAACTCACTGGATATGATAGGGTCATGGTCTACA Ruppia_megacarpa CGGTTACAGGCTTTGCCAGGTGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGACACAGTTGTGGACCATGTTAGGGAACTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTCTACA TUE0101 CGCTTGCAGGCTTTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTGACTGGGTATGATAGGGTTATGGTTTATA TUE0102 CGCTTGCAGGCTTTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTGACTGGGTATGATAGGGTTATGGTTTATA TUA0100 CGGTTGCAGGCTCTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTCCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTTACTGGTTATGATAGAGTTATGGTTTATA TUA0114 CGGTTGCAGGCTCTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTCACTGGGTATGATAGAGTTATGGTGTATA Ruppia_polycarpa CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACTGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGGTATGACAGGGTTATGGTGTACA ANA01 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTCCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA YHO01 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTCCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA MAH02 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA GRA01 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTGTATA MAR01 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTGTATA UTA01 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA DEV01 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA DUB0201 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA DUB0202 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTGTATA SKA0202 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA FAL0111 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTTTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA FAL0113 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA YI1549_1 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA YI1567_2 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA YI1571_2 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATA YI1571_1 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA YI1575_2 CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACA YI1988_3 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- YI1988_2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- Potamogeton_maackianus AGTTCCATGAGGATGAACATGGCGAGGTTGTTGCAGAGAGTAAAAGGGACGACTTAGAACCATATATGGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCA Syringodium_isoetifolium GGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTTGTCGCAGAGAGCAAAAGGGGCGACTTGGAGCCGTATATAGGACTCCATTATCCTGCCACCGACATACCTCA Ruppia_bicarpa AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCTGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCGTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA Ruppia_megacarpa AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTTGCTGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCGTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA TUE0101 AGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCTTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGACTTGGAACCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCA TUE0102 AGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCCTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGACTTGGAACCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCA TUA0100 AGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCTTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGATTTGGAGCCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCA TUA0114 AGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCTTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGATTTGGAGCCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCA Ruppia_polycarpa AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTTGCTGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCTTACATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA ANA01 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA YHO01 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA MAH02 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA GRA01 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCTCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACGGACATACCCCA MAR01 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACGGACATACCCCA UTA01 AATTCCACGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAGGTGACTTGGAACCCTATTTAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA DEV01 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAGGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA DUB0201 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCG DUB0202 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA SKA0202 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCA FAL0111 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTGGCCGAGAGTAAAAGAAATGACTTGGAACCTTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA FAL0113 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAGGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA YI1549_1 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCA YI1567_2 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCA YI1571_2 AATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCA YI1571_1 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCA YI1575_2 AGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCA YI1988_3 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- YI1988_2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- Potamogeton_maackianus AGCCTCAAGATTCTTGTTCAAACAAAATAGAGTTAGGATGATAGCAGATTGTCGTGCAACCCCTGTTCGAGTCATACAAGATGAGAATCTGATGCAACCA Syringodium_isoetifolium GGCCGCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGATTGCCGGGCAACGCCCGTCCGAATGGTACAAGATGAGAATCTAATGCAGCCC Ruppia_bicarpa AGCCTCAAGGTTCTTATTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGATTGTCGTTCAACTCCTGTTCGCATGATACAAGATGAGAACTTGATGCAGCCG Ruppia_megacarpa AGCCTCAAGGTTCTTATTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGATTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCA TUE0101 GGCGTCGAGGTTCTTGTTTAAGCAGAATAGAGTTAGGATGATTGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAAGATGAGAATTTGATGCAGCCG TUE0102 GGCGTCGAGGTTCTTGTTTAAGCAGAATAGAGTTAGGATGCTTGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAAGATGAGAATTTGATGCAGCCG TUA0100 GGCGTCGAGGTTCTTGTTTAAGCAGAATAGAGTTAGGATGATCGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAGGATGAGAATCTTATGCAGCCT TUA0114 GGCGTCGAGGTTCTTGTTCAAGCAGAATAGAGTTAGGATGATTGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAGGATGAGAATTTGATGCAGCCG Ruppia_polycarpa AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCA ANA01 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YHO01 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG MAH02 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG GRA01 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG MAR01 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG UTA01 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG DEV01 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG DUB0201 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCGTGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG DUB0202 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTGCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG SKA0202 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCATGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG FAL0111 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGCCATGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG FAL0113 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YI1549_1 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCGTGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YI1567_2 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCGTGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YI1571_2 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTGCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YI1571_1 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCGTGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YI1575_2 AGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCATGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCG YI1988_3 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- YI1988_2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- Potamogeton_maackianus CTTTGCCTTGTGGGTTCCACTCTACGAGCTCCCCATGGTTGCCATGCACAGTATATGGCCAACATGGGATCAATTGCATCTCTTGCCATGGCTGTAATTA Syringodium_isoetifolium CTCTGCCTTGTTGGATCCACTTTGCGAGCTCCACATGGTTGCCATGCACAATACATGGCCAACATGGGCTCAATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTAATCA Ruppia_bicarpa CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCACATGGCTGCCATGCACAATACATGGCCAACATGGGGTCAATTGCCTCTCTTGTTATGGCCGTTATCA Ruppia_megacarpa CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGGTCAGTTGCTTCTCTTGTTATGGCTGTTATCA TUE0101 CTTTGCCTTGTTGGATCGACGCTACGAGCACCTCATGGGTGCCACGCGCAGTACATGGCGAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATTA TUE0102 CTTTGCCTTGTTGGATCGACGCTACGAGCACCTCATGGGTGCCACGCGCAGTACATGGCGAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATTA TUA0100 CTTTGCCTTGTCGGATCGACGCTACGAGCGCCTCATGGTTGTCATGCGCAGTACATGGCTAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATCA TUA0114 CTTTGCCTTGTCGGATCGACGCTGCGAGCACCTCATGGTTGTCATGCGCAGTACATGGCGAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATTA Ruppia_polycarpa CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGTGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA ANA01 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YHO01 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA MAH02 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA GRA01 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA MAR01 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA UTA01 CTTTGCCTTGTAGGATCCACATTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA DEV01 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA DUB0201 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGCTATCA DUB0202 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA SKA0202 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGTTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA FAL0111 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTAAGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA FAL0113 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YI1549_1 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YI1567_2 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YI1571_2 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YI1571_1 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YI1575_2 CTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGTTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCA YI1988_3 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- YI1988_2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- Potamogeton_maackianus TCAATGGAGGTGAAGAAGAGGGTACGAAGAACTCGATGAAGTTATGGGGTCTCGTTGTTTGTCACCACACTTCTCCGAGGTTCATACCCTTCCCATTGCG Syringodium_isoetifolium TTAATGGAGGTGAAGAGGAGAGCTCCAGGAAATCCATGAAGCTATGGGGCCTAGTTGTCTGTCATCACACTTCCCCTAGATGCATTCCATTTCCACTGCG Ruppia_bicarpa TTAATGGTGGTGAAGAAGATGGCACAAGAAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTCGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG Ruppia_megacarpa TTAATGGGGGAGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG TUE0101 TTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGACAAGGAACTCTATGAAGCTTTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTTCCGTTGCG TUE0102 TTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGACAAGGAACTCTATGAAGCTTTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTTCCGTTGCG TUA0100 TTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGACTAGGAACTCTATGAAGCTTTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTTCCGTTGCG TUA0114 TTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGTCAAGGAACTCTATGAAGCTGTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTCCCATTGCG Ruppia_polycarpa TTAATGGGGGTGAAGAAGATGGCACACGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG ANA01 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG YHO01 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG MAH02 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG GRA01 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG MAR01 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG UTA01 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATATCCATTGCG DEV01 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG DUB0201 TCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG DUB0202 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG SKA0202 TCAATAGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG FAL0111 TCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCACTGCG FAL0113 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTTTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCACTGCG YI1549_1 TCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG YI1567_2 TCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG YI1571_2 TCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG YI1571_1 TCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG YI1575_2 TCAATAGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCG YI1988_3 -----------------------------------------------------------------------------AGATGCATTCCATTTCCATTGCG YI1988_2 -----------------------------------------------------------------------------AGATGCATTCCATTTCCATTGCG Potamogeton_maackianus GTATGCATGCGAGTTCCTTATGCAGGCTTTTGGCCTTCAGTTGAATATGGAACTCCAGTTGGCCTCCCAAATGTCTGAGAAGCATATCTTGAGAACCCAG Syringodium_isoetifolium ATATGCCTGCGAGTTCCTCATGCAGGCCTTTGGGCTTCAGCTAAATATGGAACTTCATTTGGCATCTCAGCTGTCCGAGAAGCACATCTTGCGGACTCAG Ruppia_bicarpa CTATGCCTGTGAATTCCTCATGCAGGCTCTGGGCCTTCAGCTTAATATGGAACTTCAGTTGGCTGCGCAGATGTCTGAAAAACACATATTAAGAACTCAA Ruppia_megacarpa CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAACACATATTAAGAACTCAA TUE0101 CTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAGGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAG TUE0102 CTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAGGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAG TUA0100 CTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAG TUA0114 CTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAGGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAG Ruppia_polycarpa CTATGCCTGTGAGTTCCTAATGCAGGCTCTAGGCCTCCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA ANA01 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA YHO01 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA MAH02 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA GRA01 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA MAR01 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA UTA01 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTAAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA DEV01 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA DUB0201 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA DUB0202 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA SKA0202 ATATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA FAL0111 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTTTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCCGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA FAL0113 CTATGCCTGTGAGTTCTTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA YI1549_1 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA YI1567_2 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA YI1571_2 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA YI1571_1 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA YI1575_2 ATATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAA YI1988_3 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAA YI1988_2 CTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAACACATATTAAGAACTCAA Potamogeton_maackianus ACCCTTTTGTGCGATATGATCCTTCGAGATTCACCTACTGGAATTGTCACACAAAGCCCTAGCATAATGGATCTTGTGAAGTGTGACGGCGCAGCGCTTT Syringodium_isoetifolium ACACTTTTGTGTGACATGCTTCTTCGTGATTCTCCCACTGGAATTGTCACACAGAGTCCTAGCATAATGGATCTTGTTAAGTGTGATGGGGCTGCGCTCT Ruppia_bicarpa ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTAACGCAAAGTCCTAGTATAATGGATCTTGTGAAGTGTGACGGTGCAGCACTCT Ruppia_megacarpa ACCCTTTTATGTGATATGCTTCTTCGTGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCGAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCT TUE0101 ACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTAGAGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCTGCGCTCT TUE0102 ACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTAGAGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCTGCGCTCT TUA0100 ACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTAAAGTGTGATGGTGCGGGGCTCT TUA0114 ACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCGCTCT Ruppia_polycarpa ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCGCTCT ANA01 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCT YHO01 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCT MAH02 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCT GRA01 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT MAR01 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT UTA01 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT DEV01 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT DUB0201 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAATCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCT DUB0202 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT SKA0202 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCT FAL0111 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTATTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCT FAL0113 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT YI1549_1 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCT YI1567_2 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCT YI1571_2 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT YI1571_1 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCT YI1575_2 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCT YI1988_3 ACCCTTCTAAGTGATATGATTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCT YI1988_2 ACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCT Potamogeton_maackianus ATTACCATGGAAAGTATTGGCCACTAGGTGTAACTCCTTCAGAATCACAAATTAAGGATATCGTGGAATGGCTGTTGGCAACCCACGGAGACTCCACAGG Syringodium_isoetifolium ATTACCAGGGTAGTTATTGGCCACTTGGTGTTACTCCTTCTGAGGCAGAGATTAAGGATATTATTGGGTGGCTGTTGGAAAGTCATGGAGACTCCACAGG Ruppia_bicarpa ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTTGGTGTTGCTCCTTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATCATTGGATGGTTACTGGCGAGTCATGGAGATTCCACCGG Ruppia_megacarpa ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAAAAAATTAAAGATATCATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG TUE0101 ATTATCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATCATTGGCTGGTTGTTGACAAGTCATGGAGACTCCACGGG TUE0102 GTTATCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATCATTGGCTGGTTGTTGACAAGTCACGGAGACTCCACGGG TUA0100 GTTACCATGGGAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATTATTGGGTGGTTGTTGACGAGTCATGGAGACTCCACGGG TUA0114 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTTGGGGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATTATTGGCTGGTTGTTGACGAGTCATGGAGACTCCACGGG Ruppia_polycarpa ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCGTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACAGG ANA01 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG YHO01 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG MAH02 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG GRA01 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG MAR01 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG UTA01 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG DEV01 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG DUB0201 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG DUB0202 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG SKA0202 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG FAL0111 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCGCTCGGTGTTGCCCCGTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG FAL0113 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGTTAACTCATGGAGACTCCACAGG YI1549_1 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG YI1567_2 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG YI1571_2 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGG YI1571_1 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG YI1575_2 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG YI1988_3 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACAGG YI1988_2 ATTACCATGGTAAGTATTGGCCGCTCGGTGTTGCTCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGG Potamogeton_maackianus CCTGAGCACAGATAGTTTGGCTGATGCCGGATACCCTAGTGCTGCATCACTTGGTGATGCTGTTTGTGGTATGGCTGTGGCTTACATCACATCAAGAGAT Syringodium_isoetifolium CTTGAGCACAGACAGTTTGGCTGATGCTGGCTATCCAGGAATTGCTTCCTTTGGTGATGCAGTTTGTGGTATTGCGGTGGCCTACATCGCCCCAGGGGAC Ruppia_bicarpa CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGGTGCTGCATCTCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT Ruppia_megacarpa CTTGAGCACAGATAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGGTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT TUE0101 GTTGAGCACAGACAGCTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCTCGAGAGAT TUE0102 GTTGAGCACAGACAGCTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCTCGAGAGAT TUA0100 GTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCACGAGAGAT TUA0114 GTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCTCGAGAGAT Ruppia_polycarpa CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT ANA01 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YHO01 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT MAH02 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT GRA01 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT MAR01 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT UTA01 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCGAGAGAT DEV01 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT DUB0201 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT DUB0202 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT SKA0202 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT FAL0111 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAACTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCTGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT FAL0113 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCTCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1549_1 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1567_2 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1571_2 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1571_1 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1575_2 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1988_3 CTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT YI1988_2 CTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGAT Potamogeton_maackianus TTCTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACAGCTAAAGAGGTTAAGTGGGGTGGTGCAAAACATCACCCTGAAGACAAGGATGATGGGCAGCGGATGCATCCTC Syringodium_isoetifolium TTCTTGTTTTGGTTCAGATCACATACAGAAAAAGAGATAAAATGGGGTGGTGCAAAGCACCATCCTGAAGACAAGGATGATGGGCAGCGTATGCACCCAC Ruppia_bicarpa TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAGGTAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC Ruppia_megacarpa TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAAGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC TUE0101 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCACATACTGCAAAAGAGGTAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCC TUE0102 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCACATACTGCAAAAGAGATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCC TUA0100 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAGATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCC TUA0114 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAGGTAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCC Ruppia_polycarpa TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGAGCTAAACATCACCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC ANA01 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCAC YHO01 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC MAH02 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC GRA01 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC MAR01 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC UTA01 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC DEV01 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC DUB0201 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC DUB0202 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC SKA0202 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC FAL0111 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATCAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC FAL0113 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC YI1549_1 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC YI1567_2 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCAGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC YI1571_2 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCC YI1571_1 TTCTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC YI1575_2 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAACACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC YI1988_3 TTCTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCACCCAGAAGACAAGGATGATGGGCAGCGTATGCATCCCC YI1988_2 TTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAGATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCC Potamogeton_maackianus GGACATCTTTTAATGCTTTCCTCGAAGTAGTGAAAAGTGAGAGCCTTCCG Syringodium_isoetifolium GCACATCTTTCAATGCCTTCCTGGAAGTAGTGAAAAGTAGAAGCCTTCCA Ruppia_bicarpa GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA Ruppia_megacarpa GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA TUE0101 GCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA TUE0102 GCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA TUA0100 GCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA TUA0114 GCGCATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA Ruppia_polycarpa GCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA ANA01 GCACGTCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YHO01 GCACGTCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA MAH02 GCACGTCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA GRA01 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA MAR01 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA UTA01 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA DEV01 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA DUB0201 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA DUB0202 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA SKA0202 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA FAL0111 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTAGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCG FAL0113 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YI1549_1 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YI1567_2 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YI1571_2 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YI1571_1 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YI1575_2 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA YI1988_3 GCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCTA YI1988_2 GCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 1050; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 1050; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 1050; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "Ruppia_phyB....MrBayes.nex.con.tre"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Potamogeton_maackianus, [1] 2 Syringodium_isoetifolium, [2] 3 Ruppia_bicarpa, [3] 4 Ruppia_megacarpa, [4] 5 TUE0101, [5] 6 TUE0102, [6] 7 TUA0100, [7] 8 TUA0114, [8] 9 Ruppia_polycarpa, [9] 10 ANA01, [10] 11 YHO01, [11] 12 MAH02, [12] 13 GRA01, [13] 14 MAR01, [14] 15 UTA01, [15] 16 DEV01, [16] 17 DUB0201, [17] 18 DUB0202, [18] 19 SKA0202, [19] 20 FAL0111, [20] 21 FAL0113, [21] 22 YI1549_1, [22] 23 YI1567_2, [23] 24 YI1571_2, [24] 25 YI1571_1, [25] 26 YI1575_2, [26] 27 YI1988_3, [27] 28 YI1988_2; TREE con_50_majrule = (1:0.174887,2:0.159209,(3:0.034386,((4:0.011853,(9:0.018383,((((((10:0.002103,11:0.001048)0.98:0.002047,12:0.001047)1.00:0.003102,(13:0.002,14:0.001049)0.89:0.002779,(18:0.001833,24:0.00124)0.82:0.002038)0.53:0.003506,27:0.019055)0.53:0.004247,(15:0.008286,16:0.001032,21:0.007322)0.70:0.002666)1.00:0.012668,(((17:0.004142,(19:0.001039,26:0.002063)1.00:0.005201,22:0.001014,23:0.002061,25:0.002061)1.00:0.011207,28:0.012605)0.99:0.007137,20:0.020833)0.90:0.005047)0.89:0.007798)1.00:0.019203)0.68:0.007292,((5:0.001359,6:0.005903)1.00:0.014323,(7:0.022079,8:0.013609)0.84:0.009061)1.00:0.100248)0.70:0.013446)1.00:0.076919); TREE con_50_majrule = (1:0.174887,2:0.159209,(3:0.034386,((4:0.011853,(9:0.018383,((((((10:0.002103,11:0.001048):0.002047,12:0.001047):0.003102,(13:0.002,14:0.001049):0.002779,(18:0.001833,24:0.00124):0.002038):0.003506,27:0.019055):0.004247,(15:0.008286,16:0.001032,21:0.007322):0.002666):0.012668,(((17:0.004142,(19:0.001039,26:0.002063):0.005201,22:0.001014,23:0.002061,25:0.002061):0.011207,28:0.012605):0.007137,20:0.020833):0.005047):0.007798):0.019203):0.007292,((5:0.001359,6:0.005903):0.014323,(7:0.022079,8:0.013609):0.009061):0.100248):0.013446):0.076919); END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1433719874212; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 8508822999583019439; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 5053399626572265221; mqVersion 303; checksumv 0 3 1380442825 null getNumChars 1050 numChars 1050 getNumTaxa 28 numTaxa 28 short true bits 15 states 15 sumSquaresStatesOnly 658682.0 sumSquares 658682.0 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState false false 100; setPopoutState 400; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1902 962; setLocation -11 -11; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; desuppress; endTell; getEmployee #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord; tell It; makeTreeWindow #8508822999583019439 #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker; tell It; suppressEPCResponse; setTreeSource #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees; tell It; setTreeBlock 1; toggleUseWeights off; endTell; setAssignedID 943.1433719861959.8406269592749344291; getTreeWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1802 890; setLocation -11 -11; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setActive; getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator; tell It; suppress; setTreeDrawer #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree; tell It; setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard; tell It; branchLengthsToggle off; toggleScale on; toggleBroadScale off; toggleCenter on; toggleEven on; setFixedTaxonDistance 0; endTell; setEdgeWidth 4; showEdgeLines on; orientUp; endTell; setBackground White; setBranchColor Black; showNodeNumbers off; showBranchColors on; labelBranchLengths off; centerBrLenLabels on; showBrLensUnspecified on; showBrLenLabelsOnTerminals on; setBrLenLabelColor 0 0 255; setNumBrLenDecimals 6; desuppress; getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames; tell It; setColor Black; toggleColorPartition off; toggleColorAssigned on; toggleShadePartition off; toggleShowFootnotes on; toggleNodeLabels on; toggleCenterNodeNames off; toggleShowNames on; namesAngle ?; endTell; endTell; setTreeNumber 1; setDrawingSizeMode 0; toggleLegendFloat on; scale 0; toggleTextOnTree off; showWindow; endTell; desuppressEPCResponse; getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes; tell It; setAlwaysOn off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition; tell It; colorByPartition off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles; tell It; setOn on; setDigits 4; writeAsPercentage off; toggleCentred off; toggleHorizontal on; toggleWhiteEdges on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings; tell It; setOn on; toggleCentred on; toggleHorizontal on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord; tell It; showDataWindow #5053399626572265221 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker; tell It; getWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1802 890; setLocation -11 -11; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow; colorCells #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState; tell It; setStateLimit 9; toggleUniformMaximum on; endTell; colorRowNames #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor; colorColumnNames #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor; colorText #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor; setBackground White; toggleShowNames on; toggleShowTaxonNames on; toggleTight off; toggleThinRows off; toggleShowChanges off; toggleSeparateLines off; toggleShowStates on; toggleAutoWCharNames off; toggleAutoTaxonNames off; toggleShowDefaultCharNames off; toggleConstrainCW on; toggleBirdsEye off; toggleShowPaleGrid off; toggleShowPaleCellColors off; toggleShowPaleExcluded off; togglePaleInapplicable on; toggleShowBoldCellText off; toggleAllowAutosize off; toggleColorsPanel off; toggleLinkedScrolling on; toggleScrollLinkedTables off; endTell; showWindow; getWindow; tell It; forceAutosize; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector; tell It; autotabOff; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped; tell It; gapCosts 8 3 2 2; subCosts 10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10; endTell; getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA; tell It; emphasizeDegeneracy off; endTell; getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; endTell; end;