NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:17:39]
[Matrix accession#: M3210]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3210;
	DIMENSIONS  NTAX=74;
	TAXLABELS
		Lophosoria_quadripinnata	Dicksonia_thyrsopteroides	Dicksonia_squarrosa	Dicksonia_lanata	Dicksonia_gigantea	Dicksonia_fibrosa	Dicksonia_arborescens	Dicksonia_antarctica	Calochlaena_villosa	Calochlaena_dubia	Sphaeropteris_atrox	Cyathea_furfuracea	Cyathea_caracasana	Cyathea_valdecrenata	Cyathea_karsteniana	Cyathea_mutica	Cyathea_stipularis	Cyathea_schiediana	Cyathea_gracilis	Cyathea_robertsiana	Sphaeropteris_leichhardtiana	Sphaeropteris_albifrons	Sphaeropteris_excelsa	Alsophila_spinulosa	Alsophila_cunninghamii	Alsophila_smithii	Alsophila_oosora	Alsophila_tryoniana	Alsophila_firma	Alsophila_nigrolineata	Alsophila_coactilis	Alsophila_ferdinandii	Alsophila_sinuata	Sphaeropteris_auriculifera	Sphaeropteris_novaecaledoniae	Cyathea_senilis	Cyathea_speciosa	Cyathea_gibbosa	Cyathea_arborea	Alsophila_imrayana	Cyathea_poeppigii	Sphaeropteris_horrida	Alsophila_tricolor	Alsophila_stelligera	Alsophila_foersteri	Alsophila_ramispina	Alsophila_cuspidata	Cyathea_multiflora	Cyathea_divergens	Cyathea_horrida	Cyathea_parvula	Alsophila_colensoi	Sphaeropteris_celebica	Alsophila_capensis	Alsophila_dregei	Alsophila_australis	Sphaeropteris_medullaris	Sphaeropteris_glauca	Sphaeropteris_capitata	Sphaeropteris_polypoda	Sphaeropteris_megalosora	Alsophila_havilandii	Cyathea_howeana	Sphaeropteris_robusta	Alsophila_hooglandii	Alsophila_pachyrrachis	Sphaeropteris_tomentosissima	Sphaeropteris_aeneifolia	Cyathea_grandifolia	Sphaeropteris_brunei	Alsophila_salvinii	Alsophila_bryophila	Cyathea_alata	Hymenophyllopsis_dejecta
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3210;
	DIMENSIONS NCHAR=5972;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Lophosoria_quadripinnata            ????GTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATCGATTGACCTATTACACTCCCGATTATGCGACCAAAGACACCGATATCTTGGCGGCCTTTCGAATGACCCCGCAACCCGGAGTACCGGCTGAGGAAGCTGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCCACAGGTACATGGACCACTGTATGGACGGATGGACTTACTAGTCTCGATCGCTACAAAGGTCGATGCTATGATATCGAACCTGTTTCTGGAGAGGAGAATCAGTATATTGCATATGTAGCTTATCCTTTGGATCTATTTGAAGAAGGTTCCGTTACCAATTTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTTTTTGGATTCAAAGCCCTACGCGCTCTCCGCTTAGAAGATCTTCGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAGACTTTCATTGGACCGCCCCACGGTATCCAGGTTGAAAGGGATAAGCTGAACAAATATGGGCGTCCCTTATTAGGATGTACAATCAAACCAAAATTGGGCTTATCTGCTAAGAATTATGGGAGAGCCGTTTATGAATGTCTCCGTGGTGGACTTGACTTCACCAAGGATGATGAGAACGTAAATTCCCAACCATTCATGCGTTGGAGAGATCGCTTCTTATTCGTAGCAGAAGCTCTCTTCAAAGCTCAGGCCGAAACAGGCGAAATTAAGGGACATTACTTAAACGCTACTGCAGGTACTTGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCCGTTTTTGCTAGAGAATTGGGGGCACCAATTGTAATGCATGACTATCTGACCGGAGGGTTTACCGCAAATACTAGCTTGGCTTTTTATTGTCGAGACAATGGGCTGCTTCTTCACATTCACCGTGCGATGCATGCTGTCATCGATAGACAGAGAAATCACGGTATACATTTTCGTGTATTAGCCAAAGCATTACGTATGTCCGGTGGAGATCATATTCACGCTGGGACTGTAGTAGGCAAACTAGAGGGAGAACGAGAAGTCACTTTGGGCTTTGTCGATTTGCTTCGCGACGATTATATCGAAAAAGACCGTAGCCGCGGCATCTATTTTACCCAAGATTGGGTATCTATGCCGGGCGTACTTCCCGTAGCTTCGGGGGGTATCCATGTCTGGCATATGCCTGCTCTAACCGAAATCTTCGGAGACGATTCCGTCTTACAGTTCGGTGGAGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGAAATGCACCCGGTGCCGTAGCTAATCGAGTCGCGTTAGAGGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGCCGTGACCTTGCTCGTGAAGGTAATGAGATTATT?????????????????????TTAGTAAATCTTGCAAGGATGAGATCTGCTCGACATAGGTGGAGTATTTCGATGTGAAACGTAAAGT---GGGTTTCGGTAATTCAACCTGCGCGCGATACTTA-TACTTGTCGAAACTCCATTTCAAGCATGGAACATTACTATTTTATATTGCGTTTCATGCGGAGTGCAACTAACTACTACGGTTTCTTGCAAAAATCGCTTGAGAAATAGGATTCTATCCCATCCCAATACATTGACTCAGGAATCTCTTCATGGTTAGACTGGTCGATAGAAGAAAGAAA----GGGATCGAACCGAATGTCTGGTCCGTTTTGGAAAA-----TACAGAAATTTATAATGAAGATTCAATGGATAGAACATGATGGTCGCATGTAACAGAGTGGACTTATTTATAGAACGTGGATTTTATTAGTCCTTTAATGATAAAAAAAAAA--------GAATTATGCTAGGTCTACGGCAACTTTTGCCCATCTCTCTGTTCCATCTATCTCTAACTATATTTATGAGAAAAGGG--AAAAAGGAGTTTGGAACTACTGACTCTTTATTCACCATCGATCGGCGACGAAATACCAGATATTTTTATCGATTCAGTAATCAAATAAAGATAATACACCAAAATAGTTCGTGAAGCTTGTAAGTGGAGTCCTGAATTGGCTGCTGCCTGCGAGATATGGAAAGAAATCAAATTTGAATTTGATACAATCGATACACTGTAATTTCCATAAACTATTTGATACTATCAGTCGTTCCACGGGACTCATGAAACGGTCAGGGAGTATCGGG-----AGAGAAATCTTCTTT----------------------CCCATACTCCTCATATGTCACAGATTAGAGTTGGTTGCTCAGTAGATGGGAGCACATGGTTTCGAGCCGTGGATCCGGGGGTTCAAATCCCTACCAATTCATATTGAATAACCACGAGATGTGGACGATTAGTGTGAAATCGAATCACCAGTTTACTAGTAAGAGTTTTACGACGTATCGTTTCACAACATCAACATATT----GTTGGATAATCAATTTCAAGCTTCTAACATATGATTGATCGAATGGATAATTATTCAATTGCCAATTAGTTATTGGGCTACTGAACTTGGGGTCGGTCCCAAATTGGTATCTATTCCAATCAGACAATGATTCTGGTGTTTCAGAAAATATCTCAATATCTCTTAACCTATTTTGTTGATGAAGTGGAATCCGAACAACTTGGACTTTTTTTTTTT----------------TAATTTCCCGAGCTGAAGGGCAAAAACAGATGAGGAGATTTTTACGTCTGTAATAAATTGGTTTGAAGATAAACGCAAATTCGGTGGATTGATTGGAGCTTTCCTCGAAGAAGCTACCAAAGGCTCCATTTCAAGTGAAAGGGAGAGGGATAGACGGATAAGTATCAATACCAATAAGGGATTATGGGCTCGGTGTGATAACTGTGGGAACATGCTTCATGTGAGATTTTTGAAACAGAATAAGAGTGTTTGTGAAGAGTGCGGTTATCACCTTTCAATGAATAGTATGGAAAGGATCGAACTTCCAATTGATCGCGACACTTGGATTCCCATGGATGAAGACATGACTGCAAAAGATGTTTTAGGTTTCTCCGATGAGGATTCTCATCAGAATCGTATCACTACTTCTCAAGAAAAAACGGGTTTAACTGATGCTGTTCAAACAGGTATAGGATATCTAAATGGAACACCTATTGCGCTTGGTGTTATGGACTTTCACTTCATGGGGGGAAGTATGGGTTCCGTAGTAGGTGAGAAGATTACCCGCTCAATCGAATATGCTACACATGAGTCTCTGCCACTAATTATAATTTGTGCTTCTGGCGGAGCACGTATGCAAGAAGGAACGTTAAGTTTAATGCAAATGGCTAAGATTTCTTCCGTTCTGCAAATTCATCAAGTTCAAAAGAGATTGCTCTATATATCGGTTCTTACTTATCCAACTACGGGTGGTGTCACTGCTAGTTCCGGTATGTCAGGGGACATAATTATTGCCGAGTCTAAAGCATATACAGCATTCGCCGGTAAAAGGGTAATTGAATAAACATCACGCCAAAAGATACCTGATGGCTTTCAAGCG???????????????AGTGTGATTCGTATCAATTTGAGCTGACTAGTCAAGGGATCTTTCAAACCGATTTTCGACTAAATCAAAGCAAAAAGCTTTATTTCTATA-AAAGTACGTATACTTC-TCTATAATAGTTGTTGGTATGAAAAACGTAATTCTCGTTATTCCTATAC-----TTTGCTTTGCAAAGTCAAATTAATTAGTAACGAAGCAGAATTGTTTTTGTATACGGAGGCCCCAAAACAATTATTGAAGAAGAATAAAAAA-----CAAAATCTATGGGTAGACACCTAAAATATTCGTTTCATCGTCACTGAACCTTGGAGAATAATCCGAGATCGACAGTTCCATAGAGATTCATCCTGGTTTATCAGGATTATCAAGCATTTCCTCACTTAAGCAATTGCTTCTACGACTCGGTGAAAAATATTTTCCTAAAGATTCTTGCCAATAGAAATAAAGAACGAAGTAACTGGAAGAAAAAA----------GATATTTACCAAGCTCTATCGATT----AATTAATCGTGAAATTGATAAAAA-TGGATTTCTTCTCAACGGGATCATCTAGGAAGTATGTTCTTGTTATGCAAGATACAGACGAGACTGACATAGATGTTATGGATGCTTCTTT----------CTCGCGGTAACATTCTTTCC---------------------AGAATAAATTAGAGAAA-A--AAGTAAGTGTGTGGGAAAGATTAACCTTCGTAAGAAGATTAT-GCTACCTCATATTCCTTCTCATACAAAAGAGATA---------GAGGGGCGATCCCTTTTAGCTGGGGATATGCATCCCTTCCAATTTTATATCCCC--------TCCCCTCCTTCCATAAAGGAGCCGAATGAATAGAGACTTTCACGTTCGGTTCTGGATTAGAGATGTCATAACCATCCATTGGCATCGACTATAACCTTTAGCCTTCCAAGCTACTGATGCGGGTTCGATTCCCGCTACCCGCTAATAATA---------TGGGTCGGACCGCCCCGAACCTTGT------------CTATTTCATCTATCAG----CTACATCGTGAACAAACTAAAGTTATTGTTTGTTCACAATATAGCGTCTGCCCGAGCG------------TACCCA----CTCT-CAACTAGAGAGAAACAAA????????????????????????CCTAGGTATGGAAACGTACCGAGTGACAGCTCCCAGATTCAGGGGAACCTAGGATTATTTTGCGGGCAATCCTGAGCCAAATCTCATTTCATCCATCTAAATTTTAGATGACGAAGCGAGATAGGTACAGAGACTCGACGGGGGCTATTCCAACGAACAATCTATTAATTCTTATTTTT-TAAAGTAACTGACTATTTAACTGCTCCATATGGG-----------TGATCGAACGAGATGAAGTACAGGAATATGAGACGAAGAAATGAAAATATAAAAAAAAAAAAAATTAT----------------AGTTTTTCTAGTTGGATAAGGA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		Dicksonia_thyrsopteroides           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		Dicksonia_squarrosa                 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		Dicksonia_antarctica                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		Calochlaena_villosa                 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		Calochlaena_dubia                   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		Sphaeropteris_atrox                 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		Cyathea_furfuracea                  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		Cyathea_caracasana                  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		Cyathea_stipularis                  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		Cyathea_schiediana                  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		Cyathea_robertsiana                 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		Sphaeropteris_leichhardtiana        AGGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATCGATTGACCTATTACACTCCCAAGTATGAGACCAAAGACACCGATATCTTGGCAGCCTTTCGAATGACCCCGCAACCCGGAGTACCGGCTGAGGAAGCTGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCCACAGGTACATGGACCACTGTATGGACGGATGGGCTTACTAGTCTCGATCGCTACAAAGGCCGATGCTATGATATCGAACCTGTTGCTGGGGAGGATAATCAGTATATTGCATATGTAGCTTATCCCTTGGATCTATTTGAAGAAGGTTCCGTTACCAATCTGTTCACTTCCATTGTAGGTAACGTTTTTGGATTCAAGGCCTTACGCGCTCTCCGCTTAGAAGATCTTCGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCATTGGACCGCCCCATGGTATCCAGGTTGAAAGGGATAAGCTGAACAAATATGGGCGTCCCTTATTAGGATGTACAATCAAGCCAAAATTGGGCTTATCTGCTAAAAATTATGGTAGAGCCGTTTATGAATGTCTCCGTGGTGGACTTGACTTCACCAAGGATGATGAGAACGTAAATTCCCAACCATTCATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTCGTAGCAGAAGCTCTCTTCAAATCTCAGGCCGAAACAGGCGAAATTAAGGGACATTACTTAAACGCTACTGCAGGTACGTGTGAAGAAATGTTGAAAAGAGCCCGTTTTGCTAGAGAATTGGGGGCACCAATTGTAATGCATGACTATCTGACCGGAGGGTTTACCGCAAACACTAGCTTGGCCTTCTATTGTCGAGATAATGGGCTGCTTCTTCACATTCACCGTGCAATGCATGCTGTCATCGATAGACAGAAAAATCACGGTATGCATTTTCGTGTATTAGCAAAAGCATTACGTATGTCCGGTGGAGATCATATTCACGCTGGGACTGTAGTAGGCAAACTAGAAGGAGAACGAGAAGTCACTTTGGGTTTTGTCGATTTGCTTCGCGACGATTATATTGAAAAAGACCGTAGCCGCGGCATCTATTTCACCCAAGATTGGGTATCTATGCCGGGCGTATTTCCCGTAGCTTCGGGGGGTATCCATGTATGGCATATGCCTGCTCTAACCGAAATCTTCGGAGACGATTCTGTCTTACAGTTCGGCGGAGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGAAATGCGCCCGGTGCCGTAGCTAATCGAGTCGCGTTAGAGGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGCCGTGACCTTGCTCGTGAAGGTAATGAGATTATTGGGTTCCTCCCTATGACTAAATTAGTAAATCTTGCAAGGATGAGATCTGCTCGACATAGGTGGAGTATTTCGATGTGAAACGTAAAGT---GGGTTTCGGTAATTCAACCTGCGCGCGATACTTA-TACGTGTCGAAACTCCATTTCAAGCATGGAACATTACTATTTTATATTGCGTTTCATGCGGAGTGCAACTAACTACTATGGTTTCTTGCAAAAATCGCTTGATAAATAAGATTCTATCCCATCCCAATACATTGACTCAGGAATCTCTTCATGGTTAGACTGGTCGATAGAAGAAAGAAA----GGGATCGAACCGAATGTCTGGTCCGTTTTGAAAAA-----TACAAAAATTAATAATGAAGATTCAATGGATAAAACATGATGGTCGCATGTAACAGAGTGGACTTATTCA---------GATTTTATTAGTCCTTGAATCATAAAAAAAAAAAAAA----GAATTATCCTAGCTCTACGGCAACTTTTGCCCATCTCGCTGTTCCATCTATCTCTAGCTATATTTATGAGAAAAGGG--GAAAAGGAGTTTGGAACTACTGACTCTTTATTCACGATCGATCAGCGACGAAACACCAGATATTTTTATCGATTCAGTAATCAAATAAAGATAATACACCAAAATAGTTCGTGAAGCTAGTCAGTGGAGTCCTGAATTGGCTGCCGCCTGCGAGGTATGGAAAGAAATCAAATTTGAATTTGAGACAATTGATACATTGTAATTTTCCTAA-CTATTTGATACTATCAGTCCTTCCGAGGGATTCATGAAACGGATGGGGAGTATCGGG-----AGAGATCTCTTTTTTTTTTT-----------------CCCATACTCCCCATGTGTCACAGATTAGGGTTGGTTGCTCGGTGGATGAGAGCACATGGTTTCGAGCCGTGGATCCGGGGGTTCGAATCCCTACCAATTCATATTTAAGAACCACGAGATGTGGACGAGTAGTGTGAAATCGAATCAACAGTTTACTAGTAAGAGTTTTACGATGTATCGTTTTACAACA------TATT----GTTGGATAATTGATTTCAAGCTTCTAACATATGATTGATCGGATGGAGAAGTATTCAATTTCCAATTAGTTATTGGGCTACTGAACCTGGGGTCGGTCCCAAATTAGTATCTATTCCAATCAGACAATGATTTTGATGTTTCATTAGATATTTCAATATCTCTTCGCCTATTTCGCTGATGAAGTGGAATCCGAACAACTTGAACTTTTTTTTTTCTTTTTT----------CAACTCCCCGAGCTGACGGGCAAAAACAGATGAGGATATTTTTACGTCTGTAATAAATTGGTTTGAAGATAAACGCAAATTCGGTGGATTGATCGGAGCTTTCCTCGAAGAAGCTACCAAAGGCTCAATTTCAAGTGAAAGGGAGAGGGATAGACGGATAAGTATCAATACCAATAAGGGATTATGGGCTCGGTGTGATAACTGTGGGAACATGCTTCATGTGAAATTTTTGAAACAGAATAAGAGTGTTCGTGAAGAGTGCGGTTATCATCTTTCAATGAATAGTATGGAAAGGATCGAACTTCCAATTGATCGCGACACTTGGATTCCCATGGATGAAGACACGACTGCAAAAGATGTTTTAGGTTTCTCCGATGAGGATTCTTATCAGAATCGTATCACTACTTCTCAAGAAAAAACGGGTTTAACTGATGCTGTTCAAACAGGTATAGGATATCTAAATGGAAAACCTATTGCGCTTGGTGTTATGGACTTTCACTTCATGGGGGGAAGTATGGGTTCCGTAGTAGGTGAGAAGATTACCCGCTCAATTGAATATGCTACACATGAGTCTCTGCCACTAATTATAATCTGTGCTTCTGGCGGAGCACGTATGCAAGAAGGAACGTTAAGTTTAATGCAAATGGCTAAGATTTCTTCCGTTCTGCAAATCCATCAAGTTCAAAAGAGATTGCTCTATATATCGGTTCTTACTTATCCAACTACGGGTGGTGTCACTGCTAGTTCCGGTATGTCAGGGGACATAATTATTGCCGAGTCTAAAGCATATACAGCATTCGCCGGTAAAAGGGTAATTGAATAAACATCACGCCAAAAG???????????????????????????????????AAGTGCGATTCGTCTTATTTTGAGCTGACTAGTCAAGGGATCTATCAAACCGATTTTCGACTAAATCAAATTAAAAAGCTTTATTTCTATA-AAAGTACATATACTTA-TCTATAATAATTGCTGGTATGAAAAATGTAATTCTAGTTACTCCTATAC-----TTTGCAAAGCAAAGTCAAATTAATTAGTAACGAAGCAGAATTGTTTTGATATACGGGAGCCCCAAAACAATTATTTGAGAAGGATAAAGAA-----CAAAATCTATGGATAGACACCTAAAATATTTGTTTCATCGTCACTGAACCTTGGAAAATAATCCGAGATCGACAGTTCCAGAACGATTCATCTTGGTTTATCAGGATTATCAAGCATTTCCTCACTTAAGCAATTGCTTCTACGACTCGGTGAAAAATATTTTCCTAAAGATTCTTGCCAGTAGAAATAAAGAACGAAGTAACTGGAAGAAAAAAA---------AATATTTACCATGCTCTATCAATT----AATTAATTGTGAAATTGGTAAAAA-TCGTTTTCTTCTCAGCGGGATCATCTAGGAAGTATGTTCTTGTTATGCAAGATACAGACGAGACTGACATAGATGTTATGGATGCTTCTTT----------CTCGCGGTAACATTATTTCCAGAAATAAATTCTAGAAATAAATAAAAAATTAGAGAAA-A--GAGTAAGTGTGTGGGAAAGATTAAGCTTCGTAGGAAGCTTTT-GCTACCTCGTATTCCTTCTC--------GAGATA---------GAGGAGCGC----TTCTAGCTGGAAATACACATCCCTTCCAATTTTATATCCCCT-------CCCCCTCCTTCCATAAAGGAGCCGAATGAGTAGAGACTTTCACGTTCGGTTCTGAATTAGAGATGTCATAACCATCCAGTGGCATCGACTATAACCTTTAGCCTTCCAAGCTACTGATGCGGGTTCGATTCCCGCTACCCGCTAATAATA---------TTGGTCGGACCACCCCGAACCTTGT------------CTATTTAATCTATCAG----CTACATCGTGAACAAACTAAAATTATTGTTTGTTCACAATATAGCGTCTGCCCGAGCG------------TAT-------CTCT-CAACTATAGAGAAACAAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCAATCCTGAGCCAAATCTCATTTCATCTATCTAAAATTTAGATGACGAAACGAGATAGGTACAGAGACTCGACGGGGGCTATTCCAACGAACAATCTATTAATTTTTATTTC--TGAAGTAACTGAATATTTAAATCACCCATATGGG-----------TGATTGAACGGGATGAAATACAGGAATATGAGACGAAGAAATGAAAAAAAAAA-----------------------GCTTTTCTAATCTTTCTAGTTGGATAAGGA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		Sphaeropteris_albifrons             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		Sphaeropteris_excelsa               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		Alsophila_spinulosa                 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		Alsophila_tryoniana                 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		Alsophila_ferdinandii               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		Alsophila_sinuata                   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		Sphaeropteris_auriculifera          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		Sphaeropteris_novaecaledoniae       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		Cyathea_speciosa                    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		Cyathea_gibbosa                     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		Cyathea_arborea                     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		Cyathea_poeppigii                   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		Sphaeropteris_horrida               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		Alsophila_cuspidata                 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		Cyathea_multiflora                  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		Cyathea_divergens                   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		Cyathea_horrida                     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		Cyathea_parvula                     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		Alsophila_colensoi                  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		Sphaeropteris_celebica              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		Cyathea_howeana                     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		Sphaeropteris_robusta               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		Alsophila_hooglandii                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		Sphaeropteris_aeneifolia            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		Cyathea_grandifolia                 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		Sphaeropteris_brunei                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		Alsophila_salvinii                  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		Alsophila_bryophila                 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		Cyathea_alata                       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		Hymenophyllopsis_dejecta            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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 5972 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
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BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
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