NEXUS
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[Matrix accession#: M3239]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3239;
	DIMENSIONS  NTAX=5;
	TAXLABELS
		Spermophilus_xanthoprymnus_2	Spermophilus_xanthoprymnus_1	Spermophilus_taurensis	Spermophilus_citellus_2	Spermophilus_citellus_1
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3239;
	DIMENSIONS NCHAR=989;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Spermophilus_xanthoprymnus_2       GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAAGCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGACGACGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGGCTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAAAGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
		Spermophilus_xanthoprymnus_1       GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAAGCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGACGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGGCTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAAAGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
		Spermophilus_taurensis             GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCGCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAACTTTTTTTTAACCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGAGGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGATTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAATGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTTTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
		Spermophilus_citellus_2            GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAACCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGAGGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTAT-----TTTTAAGATTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAATGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
		Spermophilus_citellus_1            GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAACCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGAGGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGATTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAATGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 989 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;