#NEXUS [written Sun Oct 04 19:28:07 CDT 2015 by Mesquite version 3.01+ (build 665) at Macinto9e0ce10c.PK5001Z/192.168.0.39] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Boehmeria_nivea_GW1214 Cecropia_marginalis_2009_004 Cecropia_membranacea_2009_001 Cecropia_obtusifolia_GW1424 Cecropia_obtusifolia_GW1436 Cecropia_palmata_GW1181 Cecropia_peltata_ELT07 Cecropia_peltata_GW1435 Cecropia_putumayonis_2009_023 Cecropia_sciadophylla_MFT26 Cecropia_tacuna_B64 Cecropia_telealba_ELT23 Coussapoa_microcarpa_GW1188 Coussapoa_nymphaeifolia_GW1412 Coussapoa_villosa_GW1418 Laportea_aestuans_ALG106 Musanga_cecropioides_FC114 Musanga_cecropioides_JWAJ2138 Myrianthus_arboreus_Kami242 Myrianthus_holstii_MAM3151 Myrianthus_serratus_Birnbaum913 Myrianthus_serratus_Birnbaum917 Parietaria_debilis_ALG91 Pilea_fontana_GW1212 Poikilospermum_suaveolens_GW1201 Pourouma_guianensis_GW1512 Pourouma_myrmecophila_ALG148 Pourouma_tomentosa_apiculata_ALG139 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 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Cecropia_sciadophylla_MFT26 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Coussapoa_microcarpa_GW1188 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Musanga_cecropioides_JWAJ2138 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Myrianthus_holstii_MAM3151 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Parietaria_debilis_ALG91 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Cecropia_telealba_ELT23 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Parietaria_debilis_ALG91 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Pilea_fontana_GW1212 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Pourouma_guianensis_GW1512 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Pourouma_myrmecophila_ALG148 ---ATCGGG--CGCCGTC-GGCGCCCGAATTGTAGTCTGAAGAAGCGTCCTCAGCGGCGGACCGGGCCCAAGTCCCCTGGAAAGGGGCGCCGGAGAGGGTGAGAGCCCCGTCGTGCCCGGACCCTGTCGCACCACGAGGCGCTGTCGGCGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCCAATCGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCTAAATACTGGCGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGAAAAGAGAGTCAAAAAGTGCTTGAAATTGTCGGGAGGGAAGCGGATGGGGGCCGGCGATGCGCCTCGGTC-GGATGTGGAAC-GGCGAGAGCCGGTCCGCCGATCGACTCGGGGCGCGGACCGATGCGGA-TTGCGGCGGCGGCCCAAGCCC-GGGCTGTCGATATGCCCGTGGAGACGTCGTCGCCGCGATCGTGGCAGGCAGCGCGCGCCGTCCCGGC-GTG-CCTCGGCATCTGCGCGCTCCTGGCGTCGGCCTGCGGGCTCCCCAT-TCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTGACATGTGTGCGAGTCAACGGGCTAGCAAACCCGTAAGGCGCAAGGAAGCTGACTGGCGGGATCCCC--CAGCGGGTTGCACCGCCGACCGACCTTGATCTT-CTGAGAAGGGTTCGAGTGAGAGCATGCCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGC-GGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCGTCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCA-GGATAGCTGGAGCCCGCGGACGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAAT-GATTAGAGGCATCGGGGGCGCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAT----------------------------------CTGTGTGAGCACGCACTTGGTCGTTATTTAGATCCTTGCTTGCACGCTAAGTAATGAAAATTTCATTGAAATTGGTGAAGTGCATGAGAAGTTTGCAAGATAAAATGTTAAATTTCTTGTTTGCACCTATATATGTCGTAGCATGTCATTGAACTTTGGTAAAGTGCATCAAGTCTCAAGAGT---AACATCAACACAATTCTTCGAGAG---ACCA---------AT---------TGTGATGTTGAAACTATATAGGCAGTGGCTAA---GCTATTAATGTATGTCTTCTGGCAGCTTTGTACTATCATTGGCTGATGTCGATAGGAACCTTATGATGGAAGGTGACAGCCTTGTATGGACT------- Pourouma_tomentosa_apiculata_ALG139 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; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 3418; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 3418; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 3418; END; BEGIN TREES; Title 50%_majority_rule_Bayesian_3_loci; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Boehmeria_nivea_GW1214, [1] t2t Cecropia_marginalis_2009_004, [2] t3t Cecropia_membranacea_2009_001, [3] 2 Cecropia_obtusifolia_GW1424, [4] 3 Cecropia_obtusifolia_GW1436, [5] t6t Cecropia_palmata_GW1181, [6] 4 Cecropia_peltata_ELT07, [7] 5 Cecropia_peltata_GW1435, [8] 6 Cecropia_putumayonis_2009_023, [9] 7 Cecropia_sciadophylla_MFT26, [10] 8 Cecropia_tacuna_B64, [11] 9 Cecropia_telealba_ELT23, [12] 10 Coussapoa_microcarpa_GW1188, [13] 11 Coussapoa_nymphaeifolia_GW1412, [14] 12 Coussapoa_villosa_GW1418, [15] 13 Laportea_aestuans_ALG106, [16] 14 Musanga_cecropioides_FC114, [17] 15 Musanga_cecropioides_JWAJ2138, [18] t19t Myrianthus_arboreus_Kami242, [19] 16 Myrianthus_holstii_MAM3151, [20] 17 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(1:0.01075445,19:0.003529793,(((((t2t:0.001978086,((t3t:0.0004753265,6:0.0006356843):0.0004585092,t6t:0.002030878,4:0.000514321):0.0004993407,2:0.005215568,(3:0.00451664,5:0.002835227):0.0008258723,8:0.001649862,9:0.001373177):0.0006442314,(7:0.001902644,(14:0.0008155123,15:0.0007734106):0.002085967):0.0008835447):0.00343071,(((10:0.021171819,(11:0.00663092,12:0.003574563):0.009138522):0.007373684,((21:0.0006110079,23:0.0024672):0.002424452,22:0.003102043):0.003101842):0.001298298,(t19t:0.003537404,(16:0.01061393,17:0.000532997,18:0.001002486):0.0009689718):0.004969393):0.001629869):0.009452748,(13:0.02880719,20:0.03171329):0.03127511):0.007674868,t24t:0.03547641):0.03650868); END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Cecropia_marginalis_2009_004 Cecropia_membranacea_2009_001 Cecropia_obtusifolia_GW1424 Cecropia_obtusifolia_GW1436 Cecropia_peltata_ELT07 Cecropia_putumayonis_2009_023 Cecropia_sciadophylla_MFT26 Cecropia_tacuna_B64 Cecropia_telealba_ELT23 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LINK Taxa = Taxa3; TRANSLATE [0] 1 Boehmeria_nivea_GW1214, [1] 2 Cecropia_marginalis_2009_004, [2] 3 Cecropia_membranacea_2009_001, [3] 4 Cecropia_obtusifolia_GW1424, [4] 5 Cecropia_obtusifolia_GW1436, [5] 6 Cecropia_palmata_GW1181, [6] 7 Cecropia_peltata_ELT07, [7] 8 Cecropia_peltata_GW1435, [8] 9 Cecropia_putumayonis_2009_023, [9] 10 Cecropia_sciadophylla_MFT26, [10] 11 Cecropia_tacuna_B64, [11] 12 Cecropia_telealba_ELT23, [12] 13 Coussapoa_latifolia_GW1503, [13] 14 Coussapoa_microcarpa_GW1188, [14] 15 Coussapoa_nymphaeifolia_GW1412, [15] 16 Coussapoa_villosa_GW1418, [16] 17 Laportea_aestuans_ALG106, [17] 18 Musanga_cecropioides_FC114, [18] 19 Musanga_cecropioides_JWAJ2138, [19] 20 Myrianthus_arboreus_Kami242, [20] 21 Myrianthus_holstii_MAM3151, [21] 22 Myrianthus_serratus_Birnbaum913, [22] 23 Myrianthus_serratus_Birnbaum917, [23] 24 Parietaria_debilis_ALG91, [24] 25 Pilea_fontana_GW1212, [25] 26 Poikilospermum_suaveolens_GW1201, [26] 27 Pourouma_guianensis_GW1512, [27] 28 Pourouma_myrmecophila_ALG148, [28] 29 Pourouma_tomentosa_apiculata_ALG139; TREE con_50_majrule = (1:0.003645805,24:0.009718698,(((2:0.00333709,3:0.0006776494,((4:0.002420538,12:0.0006664726):0.001464184,5:0.000614856,11:0.001534217):0.001486043,6:0.001433331,7:0.0006303691,8:0.0006154558,9:0.0006572547,10:0.0007200025,(18:0.0006562881,19:0.001597417):0.002350679):0.003051147,(((13:0.005110497,14:0.005624379):0.003182265,15:0.003553617,16:0.007021386):0.01668332,(20:0.0007173441,(21:0.0006594569,22:0.0006373339,23:0.0006265781):0.001481044):0.002391881,(27:0.0006091204,28:0.002190137,29:0.0006591878):0.0037694):0.004719834):0.01119609,((17:0.01035153,25:0.02174783):0.009410523,26:0.007418635):0.006728805):0.02783685); END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1444004887896; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 8137138556029632697; setID 1 6381588666135640115; setID 2 1709648843009246623; endTell; 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