NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:18:44]
[Matrix accession#: M3318]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3318;
	DIMENSIONS  NTAX=23;
	TAXLABELS
		Theobroma_velutinum	Theobroma_speciosum	Theobroma_similarum	Theobroma_microcarpum_2	Theobroma_microcarpum_1	Theobroma_mammosum	Theobroma_grandiflorum	Theobroma_gileri	Theobroma_chocoense	Theobroma_cacao_3	Theobroma_cacao_2	Theobroma_cacao_1	Theobroma_bicolor	Theobroma_angustifolium_2	Theobroma_angustifolium_1	Herrania_umbraticola	Herrania_purpurea1	Herrania_nycterodendron	Herrania_nitida	Herrania_kanukuensis	Herrania_cuatrecasana	Herrania_albiflora	Guazuma_ulmifolia
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3318;
	DIMENSIONS NCHAR=2188;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Theobroma_velutinum             TCACAGAGATAATATACAAAGGCACACATGATCATCCTAAACCTCAACCTAGCCGTCGATATTCTTCTGGTAATATCATGCCTGGCCAAGAAGAAAGATCTGACAAGGTCTCATCTTTCACCAGTAGAGATGGTAAGGGAAAAACTAC-ACATTGAGTTTTCAATG--------TTGAGTGCTTTTTCACTTTTGAATTAATCTTTTCTTTTTCCCCATTTTAGACAAGTCATCCAGCATGTATGGCCAGATGGCTCATGGTATTGAGCCAAATAGTACTGCAGATCTATCTCCTGTCACAGCTAATGATGATAACATAGATGAGGTTGATGATGATGATCCATTCTCAAAGCGAAGGTATTGTTATTGTTCAATAGTGGCTTTAGTTTTTTACTCTGTTGTTTTCTCTGCTTGCTTAGTTATGCTATCAAAATATGAGCAGGAAAATGGATGGTGGGGCTGATATCACTCCTGTGGTGAAGCCAATCCGGGAGCCACGTGTTGTTGTTCAGACTCTGAGTGAGGTTGATATACTGGATGATGGGTATCGATGGCGCAAATATGGGCAAAAAGTAGTGAGAGGAAATCCTAATCCTAGGTACATATCATTAAATCAATGATGATAGAATGTCATAAAGACAAGTCCTATTTTTTAATATGCTCATCTGTTTCAACATATAGCTTCTTAAACATTGTATTGGTGGGCATAGAACTCCATTGGAAGCATGTGGACTTTTGTGCTTTGTCATAAATTAGATAGGACTGTCCTGTAAAAAAGAAAGTTGAAAGATCATTCGATGGTCAAATAGCTGAAATTGTTTACAAGGGTGAACACAACCATTCAAAGCCTCAGCCTCCCAAACGAAATCCGTCAGGGACCCAAGGGTTAGGCTTTACTTCTGATGGGACTGGTCAAGAT---ACCAACAACTCATTGTGGAGTAATAATCCTAATGAAAGGAATGAAGGTTCTGAAGGTAGAGTTGAAAATCAGAATGAAGTCGGATTGTCTGCTCCCCCATCTTACCAAGGGAA---AGCTGTGCTATCTTATGAGCATGTTACTACTGGAGCTGTTAATGCTGGTGTAACTTCAGAAAATTCCATTGGTCTTAGTGGGGAATGTGAGGAACGAAGCAAGGAGGGAGAAGATGATGAGCCTAGGAGTAAAAGAAGGTAAGAAATTGAGATGATAAGGATTTTAGGTCTTTGAAAATTTGCCACACAAAGCGGTTTGAAATCACATACAA--TTCTTTAATTGATAGCATTTAGCTAATTCAAATTGTGTTGAATTATGATCTGTTTCCTTCAGGAAAAGTGAGAATCAATCCAGTGAAGTGGGCACCTCAGGGGAAGGCATCCAGGAACCTCGTGTTGTAGTGCAAAGTTGTACAGATTCTGAGATTATGGGAGATGGCTTTCGGTGGAGAAAGTACGGGCAGAAGGTGGTGAAGGGAAATCCATATCCCAGGTTAAAATTCAACTTGTTCAGGATACACATCATAATTCATAGCTGATAGGACCTCCTTTAGGCTTAATGTGGTGCC-------------------CCTTCCTAC-TTTGAGTGATTTTGTTTTCACTCTACTGCTGGAAACATGGTATTGTTGGCTTGTGATAGCTAAACACTTTTGCAAGCAGTTCCTTCTCTAATAAAACATGCGATCACAACCTCTCCATAGTCCAAAATAGATGCAGCATCTATAATACATACATGATACACGTACTATATATGCATCATCCACCGACCATGTAGTTTCTTAGCCTTGTTTTCTTACTACTTT-TG---GTAATTTGTCTTGCAGAAGTTACTATAGATGCACGAGTCCATGGCTGCTGGTTGCCCAGTTAGAAAACAGGTACTCCAATGGTTGTTCTTCAAACTCTTCTAGGCAATTCTAGCATCACTTTCAAGATTAGCATAACAGGTATTTCACATTAGTTTCGAAACGTCAAATTCATTTGCAATG-TTTTTTCTTAAGGAGCAGGTAACCTGTGCCTTTCAAGGGGATTGCTAAAGGTTTTGCATTAAATATTAAACATGAAAAGTTTGTTGT-ACTTGTAATTTTAAATGATGCATTGAAATTCAATCAATA--------TTATAGAGACCAGTCCAGGAGGAGTTG---TATTACATTATCGGAGAAATTTGTTTGATAATCAA
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		Theobroma_gileri                TTACAGAGATAATATACAAAGGTACACATGATCATCCTAAACCTCAACCTAGCCGCCGATATTCTTCTGGTAATATCATGCCTGGCCAAGAAGAAAGATCTGACAAGGTCTCATCTTTCACCGGTAGAGATGGTAAGGGAAAAACTAC-ACATTGAGTTTTCAATG--------TTGAGTGCTTTTTCACTTTTGAATTAATCTTTTCTTTTTCCCCATTTTAGACAAGTCATCCAGCATGTATGGCCAGATGGCTCATAGTATTGAGCCGAATGGTACTGCAGATCTATCTCCTGTCACAGCTAATGATGATAACATAGATGAGGTTGATGATGATGATCCATTCTCAAAGCGAAGGTATTGTTATTGTTCAATAGTGGCTTTAGTTTTTTCCTCTGTTGTTTTCTCTGCTTGCTTAGTGATACTATCAAAATATGAGCAGGAAAATGGATGGTGGGGCTGATATCACTCCTGTGGTGAAGCCAATCCGGGAACCACGTGTTGTTGTTCAGACTCTGAGTGAGGTTGATATACTGGATGATGGGTATCGATGGCGCAAATATGGGCAAAAAGTAGTGAGAGGAAATCCTAATCCTAGGTACATATCATTAAATCAACGATGATAGAATGTCATAAAGACAAGTCCTATTTTTTAATGTGCTCATCTGTTTCAACATATAGCTTCTTAAACATTATATTGGTGGGCATAGAATTCCATTGGAAGCATGTGGACTTTTGTGCTTTGTCATAAATTAGATAGGACTGTCCTGTAAAAAAGAAAGTTGAAAGATCATTTGATGGTCAAATAGCTGAAATTGTCTACAAGGGTGAACACAACCATTCAAAGCCTCAGCCTCCCAAACGAAATTCGTTAGGGACCCAAGGGTTAGGCTTTACTTCTGATGGGACTGGTCAAGAT---ACCAACAATTCATTGTCGAGTAATAATCCTAATGAAAGGAATGAAGGTTCTGAAGGTAGAGTTGAAAATCAGAATGAAGTCGGATTGTCTGCTCCCCCATCGTATCAAGGGAA---AGCTGTGCTATCTTATGAGCATGTTTCTACTGGAGCTGTTAATGCTGGTGTAACTTCAGAAAATTCCATTGGTCTTAGTGGGGAATGTGAGGAACGAAGCAAGGAGGGAGAAGATGATGAACCTAGGAGTAAAAGAAGGTAAGAAATTGAGATGATAAGGATTTTAGGTCTTTGAAAATTTGCTACACAAAGCGGTTTGAAAACACATACAA--TTCTTTAATTGAAAGCATTTAGCTAATTCAAATTGTGTTGAATTATGATCTGTTTCCTTTAGGAAAAGTGAGAATCAATCCAGTGAAGTGGGCACCTCAGGGGAAGGCATCCAGGAACCTCGTGTTGTAGTGCAAAGTTGTACAGATTCTGAGATTATGGGAGATGGCTTTCGGTGGAGAAAGTATGGGCAGAAGGTGGTGAAGGGAAATCCATATCCCAGGTTAAAATTCAACTTGTTCAAGATACACATCATAATTCATAGCTGATAGGACCTCCTTTAGGCTTAATGTGGTCCC-------------------CCTTCCTAC-TTTGAGTGATTTTGTTTTCACTCTACTGCTTGAATCATGGTATTGTTGGTTTGTGATAGCTAAACACTTTTGCAAGCAGTTCCTTCTCTAATCAAACATGCGATCACAACCTCTCCATAGTCCAAAATAGATGCAGCATCTATAATACATACATGATACACGTAATATTTATGCATCATCCACCAACCATGTAGTTTCTTAGCCTTGTTTTCTTACTACTTT-TG---ATAATTTGTCTTGCAGGAGTTACTATAGATGCACGAGTCCATGGCTGCTGGTTGCCCAGTTAGAAAACAGGTACTCCAATGGTTGTTCTTCAAACTCTTCTAGCCAATTCTAGCATCAGTTTCAAGATTAGTAAAACAGGTATTTCACATTAATTTCGAAACGTCAAATTCATTTGCAATG-ATTTTTCTTAAGGAGCAGGTAACCTGTGCCTTTCAAGGGGATTGCTAAAGGTTTTGCATTAAATATTAAACATGAAAAGTTTGTTGT-ACTTGTAATTTTAAATGATGCATTGAAATTCAATCAATA--------TTATAGAGACCAGTCCAGGAGGAGTTG---TATTACATTATCGGAGAAATTTGTTTGATAATCAA
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		Herrania_albiflora              TTACAGAGATAATATACAAAGGTACACATGATCATCCTAAACCTCAACCTAGCCGCCGATATTCTTCTGGTAATATCATGCCTGGCCAAGAAGAAAGATCTGACAAGGTCTCATCTTTCACCGGAAGAGATGGTAAGGGAAAAACTAC-AGATTAAGTTTTCAATG--------TTGAGTGCTTTTTCACTTTTGAATTAATCTTTTTTTTTTCCCCATTTTAGACAAGTCATCCAGCATGTATGGCCAGATGGCTCATAGTATTGAGCCAAATAGTACTGCAGATCTATCTCCTGTTACAGCTAATGATGATAACATAGATGAGGTTGACGATGATGATCCATTCTCAAAGCGAAGGTATTGTTATTGTTCAATAGTGGCTTTAGTGTTTTCCTCTGTTGTTGTCTCCGCTTGCTTAGTGATACTATCAAACTATGAGCAGGAAAATGGATGGTGGGGTTGATGTCACTCCTGTGGTGAAGCCAATCCGGGAACCACGTGTTGTTGTTCAGACTCTGAGTGAGGTCGATATACTGGATGATGGGTATCGATGGCGCAAATATGGGCAAAAAGTAGTGAGAGGAAATCCTAATCCTAGGTACATATCATTAAATCAATAATTATAGAATGTCATAAAGACAAGTCATATTTTTTAATATGCTCATCTGTTTCAACATATAGCTTCTTAAACATTTTATTGGTGGGCATAGAATTCCATTGGAAGCATGTGGACTTTTGTGCTTTGTCATAAATTAGATAGGACTGTCCTGTAAAAAAGAAAGTTGAAAGATCATTTGATGGTCAAATAGCTGAAATTGTCTACAAGGGTGAACACAACCATTCAAAGCCTCAGCCTCCCAAGCGAAATTCGTCAGGGACCCAAGGTTTAGGCTCTGCTTCTGATGGGACTGGTCAAGAT---ACCAACAACTCATTGTGGAGCAATAATCCTAACGAAAGGAATGAAGGTTCTGACGGTAGAGTTGAAAATCAGAATGAAGTCGGATTGTCTGCTCCCCCATCTTATCAAGGGAA---AGCTGTGCTATCTTATGAGCATGTTTCTACTGGAGCTGTTAATGCTGGTGTAACTTCAGAGAATTCCATTGGTCTTAGTGGGGAATGTGAGGAACAAAGCAAGGAGGGAGAAGATGATGAGCCCAGGAGTAAAAGAAGGTAAGAAATTGAGATGATAAGGATTTTTGGTCTTTGAAAATTTGCCACACAAAGCAGTTTGAAATCACATACAA--TTCCTTAATCGGAAGCATTTAGCTAATTCAAATTGTGTTGAATTATGATCTGTTTTCTTCAGGAAAGGTGAGAATCAATCCAGTGAAGTGGGCACCTCAGGGGAAGGCATCCAGGAACCTCGTGTTGTAGTGCAAAGTTGTACAGATTCTGAGATTATGGGAGATGGCTTTCGGTGGAGAAAGTATGGGCAGAAGGTGGTGAAGGGAAATCCTTATCCCAGGTTAAAATTCAACTTGTTCAAGAGACACATCATAATTCATAGCTGATAGGACCTCCTTTAGGCTTAATGTGGTGCCAGTATCAAATCCCTTAGGTCCTTCCTAC-TTTGAGTGACTTTATTTTCACTCTACCGCTTGAATCATGGTATTGTTGGTTGGTGATAGCCAAACACTTTTGCAAGCAGTTCCTTCTCTTTTGGAACATGCGATCACAACCTCTTCATCGTCCAAAATAGATGCAGCCTCTATAATACTTACAAGATACACGTACTATATATGCATCATCCGCCGATCATGTAGTTTTATAGCCTTGTTTTCTTACTACTTT-TG---GTAATTTGTCTTGCAGAAGTTACTATAGATGCACGAGTCCATGGCTGCTGGTTGCCCAGTTAGAAAACAGGTACTCCAATGGTTGTTCTTCAAACTCTTCTAGCCAATTCTAGCATCACTTTCAAGATTCGTATAACCGGTATTTCACATTAG-TTCGAAACGTCAAATTCATTTGCAATG-TTTTTTCTTAAGGAGCAGGTAACCTGTGCCTTTCAAGGGGATTGCTAAAGGTTTTGCATTAAATATTAAACATGAAAAGTTTGTTGT-ACTTGTAATTTTAAATGATGCATTGAAATTCAATCAATA--------TCACAGAGACCAGTCCAGGAGGACTTG---TATTACGTTATCGGAGAAATTTGTTTGATAATCAA
		Guazuma_ulmifolia               TTACAGAGATTATATACAAAGGTACACATGATCATCCTAAACCTCAACCTAGCCGCCGGTATTCTTCTGGTAATATCATGCCTGGCCAAGAGGAAAGATCTGACAAAGTCTCATCTTTCACGGGTAGAGATGGTAAGGAAAAAATTAT-GTGTTGATTTTTCAATGTTGACTTGTTGAGTGC-TTTTCACTTTTGATTTAATCCTTTTTTTTTTCCCATTTCAGACAAGTCATCTGGCATGTATGGCCAGATGGCTAATAGTATTGAGCCAAATAGCACTGCAGATCTATCTCCTGTCACAGCTAATGATGATAACATAGATGAGGTTGATGATGATGATCCATTCTCAAAGCGCAGGTATTGTTATTGTTCAATAGTGGCTTTAGTTTCTTCCTCTCTGGTTTTCTCTGTTTACTTAGTGAGACTATCAATCTATGAGCAGGAAAATGGATGGTGGGATTGATATCACTCCTGTGGTGAAGCCAATTCGCGAACCACGTGTTGTTGTTCAGACACTGAGTGAGGTTGATATACTGGATGATGGGTACAGATGGCGCAAATATGGGCAAAAGGTAGTGAGAGGAAATCCGAATCCAAGGTACG--TCCTTAAATTA-------------------AAGA-AAA-------------TAAGCTCATCTGTT---ACATATAGTTTCCTAAACATTTTGTTGGTGGGCATAGAACTCAATTGGAAGCATGTTGACTTCTGTGCTTTGTCGTAATTTAGGGAGGACTGTCCTGTAAAGAAGAAAGTTGAAAGATCATTTGATGGTCAAATAGCTGAAATTGTCTACAAGGGTGAACATAATCATTCAAAGCCTCAGCCTCCAAAACGAAATTCATCAGGGACCCAAGGGTTGGGATTTTCTTCTGATGGGACTGCTCAAGATACAACCAACAACTCATTGTGGAGTAACAATCCTAATGAAAGGAATGAAGGTTCTGAAGGTAGAGTTGAACATCAGAATGAAGTCGGATTGTCTGCTCCACCACCTTATCAAAGGAAAGCAGCTGTGCTACCTTATGAACATGTTACTACTGGAGCTGTTAATGCTGGTGTAACCCCAGAAAATTCAATTGGTATTAGTGGGGAATGCGAGGAACGAAGCAAGGAGGGAGAAGAAGATGAGCCTAGGAGTAAAAGAAGGTAAGAAATTGAGATGATATG-----------------------------------GTTTAAAATCACATACAATTTTTTTTCATCGAATGCATTTAGTTATTACAAATTGTGTTGAACTTTGATCTGTTTCCTTCAGGAAAAGTGAGAATCAATCCAGTGAAGTGGGCACCTCAGGGGAAGGTATCCAGGAACCGCGTGTTGTAGTGCAAAGTTCTACAGATTCTGAGATTATGGGAGATGGATTTCGTTGGAGAAAGTACGGGCAGAAGGTGGTGAAGGGAAATCCATACCCCAGGTTGATATTTAACTTGTTCAAGATACACATCATGA-TCATAGCTGATAGAACTTCCTTTAGGCTTAATGTAGCGCCAGTATCAAATCCTTTAGGCCCTTCCTAC-TGTAATTGATCTTCTTTTTACTC-GCTGCTTGAATCAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTAGCCTTGTTTTCTCACCATCTTTGGTAATTAATCTGTCTTGCAGAAGTTACTACAGATGCACGAGTCGATGGCTGCTGGTTGCCCAGTTAGAAAACAGGTACGGCAATGGTTTTTCTTCAAGC--TTCTAGCCTTTTCTAGCGTTACTTTCAATATTAGTATAACATGTACTTCACATT-CTTTCGAAACGTCATATTCTTTTGCCATGTTTTTTTCTTAAGGAGCAGGTAACCTGTGCCTTTCAAGTGGATTGCTAAAGGTTTTGCATTAAATATCAAACACGAAAAGTTAGTTGT-ACTTGTAATTTTAAATGATGCGTTGGAATTCAATTATTACTACCACACAATAGAAACCAGTCCTGGAGGAGTTGTAATATTACATTATTGGAGAAATTTGTTTGATAGTCAA
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BEGIN ASSUMPTIONS;
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