#NEXUS BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=60; TAXLABELS Chelidonium_majus Aconitum_anthora Aconitum_lycoctonum Aconitum_napellus Actaea_cordifolia Actaea_racemosa Actaea_simplex Adonis_vernalis Anemonella_thalictroides Anemone_alpina Anemone_blanda Anemone_bracteata Anemone_hepatica Anemone_montana Anemone_nemorosa Anemone_pulsatilla Aquilegia_atrata Aquilegia_chrysantha Aquilegia_ecalcarata Asteropyrum_cavaleriei Callianthemum_anemonoides Caltha_leptosepala Caltha_palustris Ceratocephala_falcata Clematis_apiifolia Clematis_terniflora Clematis_vitalba Cocculus_laurifolius Consolida_regalis Coptis_quinquefolia Coptis_trifolia Delphinium_cheilanthum Delphinium_pictum Dichocarpum_stoloniferum Eranthis_cilicica Eranthis_hyemalis Eschscholzia_californica Ficaria_verna Glaucidium_palmatum Helleborus_foetidus Helleborus_niger Hydrastis_canadensis Isopyrum_thalictroides Laccopetalum_giganteum Mahonia_japonica Menispermum_canadense Nandina_domestica Naravelia_zeylanica Nigella_damascena Nigella_sativa Paraquilegia_anemonoides 'Psychrophila novae-zelandica' Ranunculus_repens Semiaquilegia_adoxoides Thalictrum_aquilegiifolium Thalictrum_minus Trautvetteria_carolinensis Trollius_chinensis Trollius_europaeus Xanthorhiza_simplicissima ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'Ranunculaceae matK-ndhF-rbcL-trnL'; DIMENSIONS NCHAR=7015; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Chelidonium_majus 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Aconitum_napellus 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Actaea_cordifolia 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Actaea_racemosa 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Anemone_alpina 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Anemone_blanda 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Anemone_bracteata 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Anemone_hepatica 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Anemone_montana 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Anemone_nemorosa 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Anemone_pulsatilla 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Aquilegia_atrata 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Aquilegia_chrysantha 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Callianthemum_anemonoides 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Caltha_leptosepala 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Caltha_palustris 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Clematis_terniflora 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Clematis_vitalba 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Cocculus_laurifolius 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Consolida_regalis 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Coptis_quinquefolia 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Coptis_trifolia 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Delphinium_cheilanthum 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Eranthis_cilicica 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Eranthis_hyemalis 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Eschscholzia_californica 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Ficaria_verna 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Glaucidium_palmatum 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Helleborus_foetidus 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Helleborus_niger 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Hydrastis_canadensis 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Isopyrum_thalictroides 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Mahonia_japonica 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Menispermum_canadense 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Nandina_domestica 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Naravelia_zeylanica 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Paraquilegia_anemonoides 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'Psychrophila novae-zelandica' 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Ranunculus_repens 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Semiaquilegia_adoxoides 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Thalictrum_aquilegiifolium 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Thalictrum_minus 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Trautvetteria_carolinensis 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Trollius_chinensis 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Trollius_europaeus 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Xanthorhiza_simplicissima --ATTTATAACCATC-TCGGTAT-----------TTTATAA---------CAAAAAA---ACC-ATTGGATTGG-ATGGAAAAA-CGGAGAATCC-GTTGATTAATC-ATTT----------CCAAGGTATCTAT----------CTTTTCTT-----ACT---AT-ATTATA---TATATAC--CTTGTTTTG-----ATTGTATCGTAC-TAT-GTAATGTATCATTTGATAGCCCAAGAAA-----TCCCCT-------------GCTTTGGTTCAAATGTAATTTACA--------ATGGAGGAATTACAA------AGATATTTA---AAGATAGATAGATCTCGAGAACTATACCTCCTATATCCACTTCTCTTTCAGGAATACATTTATGCACTTGCTCATGATCATGGGTTAAATAGATCTATTCCTTATGAG------CCTATGGAAAATTTAGGTTATG---------ACAATAAATATAGTTCA---------------CTAATAGTTAAACGTTTAATTGCTCGAATGTATCAACAGAAGCATTTTATTATTTTGGCTAATGATTCT------------------AATCAAAATAAATTTGTTGGGCATAAT------------AAAAATTTTTATTCTCAAATGATATCAGAGGGGTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTTTCACTTCGATTAGTACCTTTCTTAGAAGGTAAA---GAAACAGTAAAATCTATTAAT---TTACGATCAATTCATTCCATATTTAATTTTTTAGAGGATAAATTATCACATTTAAAT------CATGTATTAGATATACTAATACCCCATACTATCCATCTGGAACTATTGGTTCAAACCCTTCGCTGTTGggT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTCATATAAACCAATTATCCAATCATTTTATCAATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACGGCCAAATCCTTTAGTGGTAAGGAGCCAAATGTTAGAAAATGCTTTTTTTATAGATATTGCTATTAATAAGTTTGATACTATAGTCCCAATTATTCCAATGATTAGATCATTGGCTAAAGCAAAATTTTGTAACTTATCAGGGCAGCCTATTAGTAAGCCGACTTGGGCCGATTCATCAGATTCTGATATTATCAATAGATTTGTTCGTATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTACAGCGGATCCTCAAAAAAAAAGAGTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTAGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTGCGTTCTTTTTTGAACAGATTGGGTTCGGAATTCTTGGAAGAATTCCTTATGGAGGAAGAACAAGTGCTTTCTTTTATTCTCCCAAGAACTTGTTCTTCTTCA------CAGGGGTTATATAAAGAACGGATTTGGTATTTTGATATTATTTGTATCAATGACCTGACTAAT------CATTCATGATTGGTTATGAGACCA------------------------TGTAAA----------CGTAACTGATT-CCTAAA------------TGA-----TGAAGAAGAAA-------------------TG----TTT------------------------------------------------CAATT------CTGAAATGCCTACTC------AGTAGTGA-TTG----AATCAACTTAGTATTCAACGAAAGTTAAAGTAAAGTAACATATAGGGAA------CTTCGTTTTAGATTTATA--?????????????????????????????CTATAGCAaTAGGGGTGGGGCTTCTCTTTGTTCCGACGGCAACAAAAAATATTCGTCGCATATG?GCTTTTCCTAGCGTTTTATTACTAAGTATCGTTATTATTTTTTCATACGATCTGTCTATTCAGCAAATAAGTGGCAGTCCTATCTACCAATATGTAAGGTCTTGGACCATCAATAACGATTTTTCCTTAGATTTCGGCAACTTGATAGATCCACTTACTTCCATTATGTTAATATTAATTACAACTGTTGGAATAATGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCATGATCAAGGCTATTTGAGATTTTTTGCtTATATGAGTTTTTCTAATGCTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCAAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGAATGTGTTCGTATCTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCCTTTATAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTTTTAGGAATCTTAGGTCTTTATTGGCTAACGGGTAGTTTTGAATTTAGGGATTTGTTCGAAATAGCCAATAATTTGATTGATGATAAT------GGGGGTAACTCTTTATTTCTTACTTTGTGTGCTTCCCTATTATTTGTTGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCTGATGCCATGGAAGGTCCTACTCCTATTTCGGCTCTTATACATGCAGCTACTATGGTAGCTGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTTACAGCCATACCTTACATAATGTATATTATTTCTTTTGTAGGTATAATAACAATACTATTAGGAGCTACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAAAAGTTTAGCCTATTCTACAATGTCGCAATTAGGTTATATTATGTTAGCTTTAGGTATGGGATCTTATAGAACTGCTTTATTTCATTTGATCACTCATGCCTATTCGAAAGCATTATTATTTTTAGGATCTGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACCGTTGTTGGATATTCTCCAGATAAAAGCCAGAACATGGCTCTTATGGGCGGTTTAACAAAATATGTGCCAATTACAAAAACTTCCTTTTTATTA?GTACACTTTCTCTTTGCGGTATTCCACCTCTAGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCTATTTTCGCAATAATAGCTTGTTTCACGGCGGGGTTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACGTTAATTTTAAAAATTATAGTGGCAATAAAAATAACGCGTTCTATTCAATATCCATATGGGGTAAAAAGGGACCGAAAGCGAGAAAAAAT------AATTTTATTTTTTCAAGT---------------------------------ATAAAT------AATAAT------GAAAGGGCTTCCCTTTTTTCGAAAAAAACGTAT---------------------------AAAAAC------------CTC------ATTACTATT---------AAAAACTTTCCGAATAAA------AAAAATTCGACGTATCCTCATGAATCAGACAATACTATGTTATTCCCACTTTTTTTATTGGCTTTATTTACTTTGTTCGTTGGATCCATAGGAATT---CCTTTTGATCAAAGAAGCATA---TATTTTGATATATTATCAAAATGGTTAATTCCGTCGATAAACTTTTTACATTCAAATTCTAACAAT------TATTTTGATTGGTATGAATTTGTTAAAAATGCTATTTTTTCTGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTATAGCGTCTCTTTTATATAGTCCCGCTTATTCATATTTT------CGGAATTTTAACTTAATCAATTTTTTTGTTAAAATA------GGTCTTAGGAGAATTTTTGGGGACAAAATACTAAATGTAATATATAATTGGTCATATAATCGAGGTTACATAGACGGTTTTTATGCAAAAACCTTAACTAGGGTTATAAGAGGATTATCGGAACTAACTCATATTTTTGATAGACAAGTAATTGATGGAATTACAAATGGTATTGGTGTTACAAGTTTCTTTGTAGCAGAGATTATAAAATATGTAGGGGGGGGGCGTATTTCTTCTTATCTCTTCTTTTACTTATTTTTTTATACACCCAAAGATACTGATACCCTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCGGAAGAAGCGGGGGCTGCTGTAGCTGCCGAATCTTCTACAGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTTGTTATGTAGCCTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTTTTTGGGTTCAAAGCGCTACGCGCTCTACGTTTGGAGGATCTGCGAATTCCTGTTGCTTATGTTAAAACTTTCCAGGGCCCGCCTCATGGTATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCTAAGAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCCTATTTTGTGCTGAAGCAATTTATAAAGCACAAGCCGAAACCGGTGAAATAAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACGTGCGAAGAAATGATAAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAGTTGGGGGTGCCCATCGTAATGCATGACTACTTAACGGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGTCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATTCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCTGGGACCGTAGTAGGTAAACTAGAAGGGGAAAGAGAGATCACCCTGGGCTTTGTTGATTTACTATGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGTATTTACTTCACTCAAGATTGGGTATCTCTACCAGGTGTTCTGCCTGTTGCTTCAGGAGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCCCTAGAAGCCTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTTGCAAATGGAGCCTTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAGGTATGGAAGGAGATCAAATTCGAATTTCCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCC----TGTTTTCAGAAAACAAAA------------AGGGGTTCAGAAAGCAAAAAT------AATAAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGATGTTCTAACGAATAGAGTTGAC-----TGCATTG-----ATCGAG----GAATCCTTCTATTT--------CCATATA-----------ATA-------AAGGATGA----ACCCAT---ATAC----------GTAC-----GT-ATAC-----GCAATAAA-----ATATCAAA-GATTCATTTTTATATG-AAAAATTTATAAATTCT-----TGTGAATCGATTCCAAGTTTAAGTAAAA--ATAGAATATTCACTGATAAAA----TCTGTTATTCC------ATAGTC------TGATAGATCT----TTTAAAGAAC-------TCACTA--------------------ATTGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTATACATG------TCAATATCAATACCGACAAAAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTTTAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCC-TCTATCCC----CAAAAAA------AGTTCG----------------------------------------------------CTAGTTATGTTTATTAGTCGTTTTACTC----TTTCACAAAC-------------------------GGATCGTGGGA------GAAAGGTTTC-----TCTCTT-----ATCAC----AAGTCT--TG---TGATATATACA-----------------ATATATGTGCAAATCAACATCTATGAATATGAAAAAGGAATCCACGT-----TTGAATCATTCACAGTCAATATAATAA-----------TTAATTTTT-ATAGTTAAACTTA---ACTTACACTT----------------------------------------ACAAAGTATTCTTTTTGAAGAG----CCAAG------------------AAATTCCAAG-CTT---GGATAACACTTTG--------TAATGTTTTTTT-------TTAGTCTATTT-AATTG-ATTGACATAGACCC ; END; BEGIN SETS; CHARSET matK (CHARACTERS = 'Ranunculaceae matK-ndhF-rbcL-trnL') = 1 - 2257; CHARSET NdhF (CHARACTERS = 'Ranunculaceae matK-ndhF-rbcL-trnL') = 2258 - 4528; CHARSET rbcL (CHARACTERS = 'Ranunculaceae matK-ndhF-rbcL-trnL') = 4529 - 5851; CHARSET trnL (CHARACTERS = 'Ranunculaceae matK-ndhF-rbcL-trnL') = 5852 - 7015; END; BEGIN mrbayes; Outgroup Chelidonium_majus; CHARSET matK = 1 -2257; CHARSET NdhF = 2258 -4528; CHARSET rbcL = 4529 -5851; CHARSET trnL = 5852 -7015; partition bylocus = 4 : matK , NdhF , rbcL , trnL; set partition = bylocus; Lset applyto = ( 1 ) Nst = 2 Rates = gamma; Lset applyto = ( 2 ) Nst = 6 Rates = gamma; Lset applyto = ( 3 , 4 ) Nst = 6 Rates = invgamma; showmodel; mcmc ngen = 2000000 samplefreq = 100 printfreq = 1000; sump burnin = 5000; sumt burnin = 5000; END; BEGIN TREES; Title 'Ranunculaceae matK-ndhF-rbcL-trnL'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Chelidonium_majus, [1] 2 Aconitum_anthora, [2] 3 Aconitum_lycoctonum, [3] 4 Aconitum_napellus, [4] 5 Actaea_cordifolia, [5] 6 Actaea_racemosa, [6] 7 Actaea_simplex, [7] 8 Adonis_vernalis, [8] 9 Anemonella_thalictroides, [9] 10 Anemone_alpina, [10] 11 Anemone_blanda, [11] 12 Anemone_bracteata, [12] 13 Anemone_hepatica, [13] 14 Anemone_montana, [14] 15 Anemone_nemorosa, [15] 16 Anemone_pulsatilla, [16] 17 Aquilegia_atrata, [17] 18 Aquilegia_chrysantha, [18] 19 Aquilegia_ecalcarata, [19] 20 Asteropyrum_cavaleriei, [20] 21 Callianthemum_anemonoides, [21] 22 Caltha_leptosepala, [22] 23 Caltha_palustris, [23] 24 Ceratocephala_falcata, [24] 25 Clematis_apiifolia, [25] 26 Clematis_terniflora, [26] 27 Clematis_vitalba, [27] 28 Cocculus_laurifolius, [28] 29 Consolida_regalis, [29] 30 Coptis_quinquefolia, [30] 31 Coptis_trifolia, [31] 32 Delphinium_cheilanthum, [32] 33 Delphinium_pictum, [33] 34 Dichocarpum_stoloniferum, [34] 35 Eranthis_cilicica, [35] 36 Eranthis_hyemalis, [36] 37 Eschscholzia_californica, [37] 38 Ficaria_verna, [38] 39 Glaucidium_palmatum, [39] 40 Helleborus_foetidus, [40] 41 Helleborus_niger, [41] 42 Hydrastis_canadensis, [42] 43 Isopyrum_thalictroides, [43] 44 Laccopetalum_giganteum, [44] 45 Mahonia_japonica, [45] 46 Menispermum_canadense, [46] 47 Nandina_domestica, [47] 48 Naravelia_zeylanica, [48] 49 Nigella_damascena, [49] 50 Nigella_sativa, [50] 51 Paraquilegia_anemonoides, [51] 52 'Psychrophila novae-zelandica', [52] 53 Ranunculus_repens, [53] 54 Semiaquilegia_adoxoides, [54] 55 Thalictrum_aquilegiifolium, [55] 56 Thalictrum_minus, [56] 57 Trautvetteria_carolinensis, [57] 58 Trollius_chinensis, [58] 59 Trollius_europaeus, [59] 60 Xanthorhiza_simplicissima; TREE con_50_majrule = (1:17,(37:16,((28:1,46:1):14,((45:1,47:1):13,(39:13,(42:12,((60:2,(30:1,31:1):1):9,((8:2,(58:1,59:1):1):8,(((9:2,(55:1,56:1):1):3,(51:4,((34:1,43:1):2,(17:2,18:2,(19:1,54:1):1):1):1):1):4,(20:8,(23:2,(22:1,52:1):1):6,(33:4,((29:1,32:1):2,(4:2,(2:1,3:1):1):1):1):4,((49:1,50:1):3,((35:1,36:1):2,(5:2,(6:1,7:1):1):1):1):4,((21:2,(40:1,41:1):1):5,((57:4,(38:3,(24:2,(44:1,53:1):1):1):1):2,((13:4,(26:3,(48:2,(25:1,27:1):1):1):1):1,((11:1,15:1):3,(12:3,(10:2,(14:1,16:1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1):1); END;