#NEXUS BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=57; TAXLABELS Chelidonium_majus Aconitum_anthora Aconitum_lycoctonum Aconitum_napellus Actaea_cordifolia Actaea_racemosa Actaea_simplex Adonis_vernalis Anemonella_thalictroides Anemone_alpina Anemone_blanda Anemone_bracteata Anemone_hepatica Anemone_montana Anemone_nemorosa Anemone_pulsatilla Aquilegia_atrata Aquilegia_chrysantha Aquilegia_ecalcarata Asteropyrum_cavaleriei Callianthemum_anemonoides Caltha_leptosepala Caltha_palustris Ceratocephala_falcata Clematis_apiifolia Clematis_terniflora Clematis_vitalba Cocculus_laurifolius Consolida_regalis Coptis_quinquefolia Coptis_trifolia Delphinium_cheilanthum Delphinium_pictum Dichocarpum_stoloniferum Eranthis_cilicica Eranthis_hyemalis Eschscholzia_californica Ficaria_verna Glaucidium_palmatum Helleborus_foetidus Helleborus_niger Hydrastis_canadensis Isopyrum_thalictroides Menispermum_canadense Nandina_domestica Nigella_damascena Nigella_sativa Paraquilegia_anemonoides 'Psychrophila novae-zelandica' Ranunculus_repens Semiaquilegia_adoxoides Thalictrum_aquilegiifolium Thalictrum_minus Trautvetteria_carolinensis Trollius_chinensis Trollius_europaeus Xanthorhiza_simplicissima ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Ranunculaceae_ndhF; DIMENSIONS NCHAR=2271; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = ?; MATRIX Chelidonium_majus 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Anemone_alpina 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Anemone_blanda 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Anemone_bracteata 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Anemone_hepatica 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Anemone_montana 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Helleborus_foetidus 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Hydrastis_canadensis 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Isopyrum_thalictroides 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Nandina_domestica 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Nigella_damascena 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Nigella_sativa 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Paraquilegia_anemonoides 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'Psychrophila novae-zelandica' 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Ranunculus_repens 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Semiaquilegia_adoxoides 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Thalictrum_aquilegiifolium 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Trautvetteria_carolinensis 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Trollius_chinensis 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Trollius_europaeus --???????????????????CTTCCAGTTCCTATAGTAATAGGGTTGGGCCTTCTCCTTGTTCCGGCGGCAACAAAAAGTATTAGGCGCATATGGGCTTTTCCTAGTGTTTTATTACTAAGTATCGTTATGCTTTTTTCAGCCGATCTGTCTATTCAGCAAATAAACGGCAGTCCCATCTACCAATATGTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGATTTCGGACACTTTATAGATCCGCTTACTTCTATTATGTTAATATTAATTACTACTGTTGGAATAATGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCATGATCAAGGCTATTTGAGATTTTTTTCTTATATGAGTTTTTCTAATGCTTCCATGCTGGGATTAGTTACTAGTTCAAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAATTGGTTGGAATGTGTTCATATCTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGCCCCCTTGCGGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCCTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTTTTAGGAATCTTAGGTCTTTATTGGATAACGGGGAGTTTTGAATTTCGGGATTTGTTCGAAATAGCCAAAAATTTGATTGAAAATAAT------GGGGCCAATTCCTTATTTCTAACTTTGTGTGCTTCCCTATTATTTGTTGGTGCGGTTGCTAAATCTGCGCAATTCCCCCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAGGGTCCTACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCTGCTACAATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTATAGCTCGCCTTCTTCCTCTTTTTACAGTCATACCTTACATAATGTATATAATTTCTTTGGTAGGTATAATAACAATACTATTAGGAGCTACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGATATTAAAAGAAGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTTTAGGCATGGGATCTTATCGGGCTGCTTTATTTCATTTGATCACTCATGCCTATTCGAAAGCATTATTATTTTTAGGATCTGGATCCATTATTCATTCTATGGAAACCATTGTTGGATATTCTCCGGATAAAAGCCAGAACATGGCTCTTATGGGCGGTTTAACAAAATATGTGCCAATTACAAAAACTTCATTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTTTTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAG?CGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCTATTTTTGCAATAATAGCTTGTTTCACAGCAGGGTTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGAAGGGCATTTAAATTTTAATTTTAAAAATTACAGCGGAAAAAAAAATAATGCGTTCTATTCAATATCCATATGGGGAAAAAAAGGACAAAAAGCGATAAAAAAA------AAAACATTTTTATCAACA---------------------------------ATGAAT------AATAAT------CAGAGGGGTTCCCTTTTTTCAAAAAAAACATATCCAATTGATGGT------AAT---GTAAGAAATATGATACAACCCCTT------ATTACTATT---------AATAATTTTCCCAATAAA------AAAACTTCCACGTATCCTTATGAATCGGACAATACAATGTTATTGCCACTTTTTGTATTGGTCTTATTTACTTTATTTGTTGGATCCATAGGAATT---CCTTTTGGTCAAGGAAGAATA---TATTTGGACATATTATCAAAATGGTTAACTCCGTCGATAAACTTGCTACATTCAAATTCTAACAAT------TTTTTTGATTGGTATGAATTTGTGATAAATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTATAGCGTCTCTTTTATATGGGCCCGCTTATTCATATTTT------CAGAATTTGAACTTAATCAATTTTTTTGTTAAAACG------GGTCCTAGAAGACTTGTCTGGGACAAAATAATAAATGTAATATATAATTGGTCATATAATCGCGGTTACATAGACATTTTTTATGAAAAAACTTTCACTAGGTGTATAAGAGGATTAGCCGAACTAACTCAATTTTTTGATAGACAAGTAATTGATGGAATTACGAATGGTATTGGTGTTACAAGTTTCTTTGTAGCAGAAATTATTAAATATCTAGGTGGGGGGCGTATCTCCTCTTATCTCTTCTTTTTTTTAGTTTAT Xanthorhiza_simplicissima --?????????????????????????????CTATAGCAaTAGGGGTGGGGCTTCTCTTTGTTCCGACGGCAACAAAAAATATTCGTCGCATATG?GCTTTTCCTAGCGTTTTATTACTAAGTATCGTTATTATTTTTTCATACGATCTGTCTATTCAGCAAATAAGTGGCAGTCCTATCTACCAATATGTAAGGTCTTGGACCATCAATAACGATTTTTCCTTAGATTTCGGCAACTTGATAGATCCACTTACTTCCATTATGTTAATATTAATTACAACTGTTGGAATAATGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCATGATCAAGGCTATTTGAGATTTTTTGCtTATATGAGTTTTTCTAATGCTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCAAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGAATGTGTTCGTATCTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCCTTTATAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTTTTAGGAATCTTAGGTCTTTATTGGCTAACGGGTAGTTTTGAATTTAGGGATTTGTTCGAAATAGCCAATAATTTGATTGATGATAAT------GGGGGTAACTCTTTATTTCTTACTTTGTGTGCTTCCCTATTATTTGTTGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCTGATGCCATGGAAGGTCCTACTCCTATTTCGGCTCTTATACATGCAGCTACTATGGTAGCTGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTTACAGCCATACCTTACATAATGTATATTATTTCTTTTGTAGGTATAATAACAATACTATTAGGAGCTACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAAAAGTTTAGCCTATTCTACAATGTCGCAATTAGGTTATATTATGTTAGCTTTAGGTATGGGATCTTATAGAACTGCTTTATTTCATTTGATCACTCATGCCTATTCGAAAGCATTATTATTTTTAGGATCTGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACCGTTGTTGGATATTCTCCAGATAAAAGCCAGAACATGGCTCTTATGGGCGGTTTAACAAAATATGTGCCAATTACAAAAACTTCCTTTTTATTA?GTACACTTTCTCTTTGCGGTATTCCACCTCTAGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCTATTTTCGCAATAATAGCTTGTTTCACGGCGGGGTTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACGTTAATTTTAAAAATTATAGTGGCAATAAAAATAACGCGTTCTATTCAATATCCATATGGGGTAAAAAGGGACCGAAAGCGAGAAAAAAT------AATTTTATTTTTTCAAGT---------------------------------ATAAAT------AATAAT------GAAAGGGCTTCCCTTTTTTCGAAAAAAACGTAT---------------------------AAAAAC------------CTC------ATTACTATT---------AAAAACTTTCCGAATAAA------AAAAATTCGACGTATCCTCATGAATCAGACAATACTATGTTATTCCCACTTTTTTTATTGGCTTTATTTACTTTGTTCGTTGGATCCATAGGAATT---CCTTTTGATCAAAGAAGCATA---TATTTTGATATATTATCAAAATGGTTAATTCCGTCGATAAACTTTTTACATTCAAATTCTAACAAT------TATTTTGATTGGTATGAATTTGTTAAAAATGCTATTTTTTCTGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTATAGCGTCTCTTTTATATAGTCCCGCTTATTCATATTTT------CGGAATTTTAACTTAATCAATTTTTTTGTTAAAATA------GGTCTTAGGAGAATTTTTGGGGACAAAATACTAAATGTAATATATAATTGGTCATATAATCGAGGTTACATAGACGGTTTTTATGCAAAAACCTTAACTAGGGTTATAAGAGGATTATCGGAACTAACTCATATTTTTGATAGACAAGTAATTGATGGAATTACAAATGGTATTGGTGTTACAAGTTTCTTTGTAGCAGAGATTATAAAATATGTAGGGGGGGGGCGTATTTCTTCTTATCTCTTCTTTTACTTATTTTTT ; END; BEGIN mrbayes; Outgroup Chelidonium_majus; unlink shape = ( all ) pinvar = ( all ) statefreq = ( all ) revmat = ( all ); Lset Nst = 6 Rates = gamma; showmodel; mcmc ngen = 2000000 samplefreq = 100 printfreq = 1000; sump burnin = 5000; sumt burnin = 5000; END; BEGIN TREES; Title Ranunculaceae_ndhF; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Chelidonium_majus, [1] 2 Aconitum_anthora, [2] 3 Aconitum_lycoctonum, [3] 4 Aconitum_napellus, [4] 5 Actaea_cordifolia, [5] 6 Actaea_racemosa, [6] 7 Actaea_simplex, [7] 8 Adonis_vernalis, [8] 9 Anemonella_thalictroides, [9] 10 Anemone_alpina, [10] 11 Anemone_blanda, [11] 12 Anemone_bracteata, [12] 13 Anemone_hepatica, [13] 14 Anemone_montana, [14] 15 Anemone_nemorosa, [15] 16 Anemone_pulsatilla, [16] 17 Aquilegia_atrata, [17] 18 Aquilegia_chrysantha, [18] 19 Aquilegia_ecalcarata, [19] 20 Asteropyrum_cavaleriei, [20] 21 Callianthemum_anemonoides, [21] 22 Caltha_leptosepala, [22] 23 Caltha_palustris, [23] 24 Ceratocephala_falcata, [24] 25 Clematis_apiifolia, [25] 26 Clematis_terniflora, [26] 27 Clematis_vitalba, [27] 28 Cocculus_laurifolius, [28] 29 Consolida_regalis, [29] 30 Coptis_quinquefolia, [30] 31 Coptis_trifolia, [31] 32 Delphinium_cheilanthum, [32] 33 Delphinium_pictum, [33] 34 Dichocarpum_stoloniferum, [34] 35 Eranthis_cilicica, [35] 36 Eranthis_hyemalis, [36] 37 Eschscholzia_californica, [37] 38 Ficaria_verna, [38] 39 Glaucidium_palmatum, [39] 40 Helleborus_foetidus, [40] 41 Helleborus_niger, [41] 42 Hydrastis_canadensis, [42] 43 Isopyrum_thalictroides, [43] 44 Menispermum_canadense, [44] 45 Nandina_domestica, [45] 46 Nigella_damascena, [46] 47 Nigella_sativa, [47] 48 Paraquilegia_anemonoides, [48] 49 'Psychrophila novae-zelandica', [49] 50 Ranunculus_repens, [50] 51 Semiaquilegia_adoxoides, [51] 52 Thalictrum_aquilegiifolium, [52] 53 Thalictrum_minus, [53] 54 Trautvetteria_carolinensis, [54] 55 Trollius_chinensis, [55] 56 Trollius_europaeus, [56] 57 Xanthorhiza_simplicissima; TREE con_50_majrule = ((1:0.034806,37:0.043601):0.030045,((28:0.033126,44:0.028679):0.040357,(45:0.066547,(39:0.069478,(42:0.040166,((57:0.01907,(30:0.002057,31:0.002107):0.018005):0.041524,((8:0.027248,(55:0.001049,56:0.002299):0.0212):0.030768,(20:0.063511,(23:0.006317,(22:0.002696,49:0.002242):0.002759):0.054995,((29:0.024345,32:0.017425):0.01143,(33:0.015965,(4:0.003973,(2:0.000374,3:0.000375):0.01005):0.01115):0.001723):0.03322,(21:0.050764,(40:0.011751,41:0.001125):0.065664,((35:0.001149,36:0.000489):0.030436,(5:0.009766,(6:0.006376,7:0.010832):0.002082):0.004104):0.018942,((46:0.000434,47:0.000438):0.092919,(34:0.015886,((9:0.01261,(52:0.008837,53:0.001785):0.004858):0.005382,(48:0.015868,(43:0.031234,((17:0.001142,18:0.004836):0.001779,(19:0.002398,51:0.000375):0.001506):0.028405):0.002445):0.012783):0.003513):0.036728):0.005611,(((24:0.082141,50:0.059724):0.030054,(38:0.038404,54:0.030056):0.005156):0.045391,(13:0.025272,(26:0.00249,(25:0.001917,27:0.001424):0.004737):0.023858,((11:0.009148,15:0.003799):0.00662,(12:0.016819,(10:0.001892,(14:0.000466,16:0.001023):0.004225):0.005475):0.002173):0.013552):0.062343):0.006425):0.003409):0.005041):0.009369):0.016373):0.005779):0.027962):0.008754):0.030045); END;