NEXUS
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[Matrix accession#: M3400]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3400;
	DIMENSIONS  NTAX=6;
	TAXLABELS
		Mucor_racemosus	Mucor_hiemalis	Poitrasia_circinans	Gilbertella_persicaria	Choanephora_cucurbitarum	Blakeslea_trispora
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3400;
	DIMENSIONS NCHAR=1863;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Mucor_racemosus                CAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAATAAATTT-ATATTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATCTACGTGACATATT--CTTTACTACT--TGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACA-TGCAAAAAA-ACCCTGACTT--ACGAAAGGGTGCACTTATTAGATA---AAGCCAACGCTGGGTAA--AACCAGTTTCCCTTGGTGATTCATAATAATTTA---GCGGATCGCATGGCCTTG--TGCTAGCGA-CAGTCCACTCGATTTTCTGCCCTATCATGGTTG-AGATTGTAAGATAGAGGCTTAC-AATGCCTACAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCAGGGCCTTTAAGG-TCTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGTCCGTAGTCAAATTTTAGTCTT-TAGATGAGGTGGCCTGGTCTTCATT-GATCAAGCTCGCTTTTATCGAGACTTTTTT-TCTGGTTATGCTATGAA-TAGCTTCGGTTGTTT-ATAGTC-TCTAGCCAGATG-A--------TTACCATGAGCAAATCAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTTT-AAGCTTGAATGTGTTAGCATGGAATAATGAAATATGACTT---TAGTCCCTATTTCGTTGGTTC---AGGAACTTA--AGTAAT-GATGAATAGAAACGGTTGGGGACATTTGTATTTGGTCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTGACCGAAGACAAACTACTGCGAAAGCATTTGATCCAGGACGTTTTCATTGATCAAGGTCTAAAGTTAAGGGATCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTTA-ACCACAAACTATGCCGACTAGAGATTGGGCTTGTTTATTAT-------GACTAGCTCAGCATCTTA-GCGAAAGTAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGGACGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTAGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTATTCTGCTAAATAGGCAGGTCAACTTTTT--AGTTGAT--TAATAGA-TTT---ATCTATCTGGCTTCTTAGAGAGACTATCGGCTTCAAGCCGAAGGAAGTTTTAGG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGAAATCAGCGAGTTT---ATAA--CCTTGGCCGGAAGGTCCGGGTAAACTTTTGAAATTTCATCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTAT-AGTGAGCATATGGGATCAGTAGA-ATTAGACTGGCAACAGTCTTTCTC-TGC-AGA-GAACTATGG-CAAACTA--------------------------------------------------------
		Mucor_hiemalis                 CAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAATAAATTT-ATATTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATCTACGTGACATATT--CTTTACTACT--TGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACA-TGCAAAAAA-ACCCTGACTTC-G-GAAGGGGTGCACTTATTAGATA---AAGCCAACGCGGGGTAA--AACCTGTTTCCCTTGGTGATTCATAATAATTAA---GCGGATCGCATGGCCTTG--TGCTAGCGA-CGGTCCACTCGATTTTCTGCCCTATCATGGTTG-AGATTGTAAGATAGAGGCTTAC-AATGCCTACAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCAGGGCCTTTAAGG-TCTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGTCCGTAGTCAAATTTTAGTCTT-TAGGCGAAGTGGCCTGGTCTTCATT-GATCAAGCTCGTTTCTGCCGAGACTTTTTT-TTTGGTTATGCTATTGT-TGGCTTCGGTCGGCG-ATAGTC-TCTAGCCAAATG-A--------TTACCATGAGCAAATCAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTTC-AAGCTTGAATGTGTTAGCATGGAATAATGAAATATGACTT---TAGTCCCTATTTCGTTGGTTC---AGGAACTTA--AGTAAT-GATGAATAGAAACGGTTGGGGGCATTTGTATTTGATCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTGATCGAAGACAAACTACTGCGAAAGCATTTGACCCAGGACGTTTTCATTGATCAAGGTCTAAAGTTAAGGGATCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTTA-ACCACAAACTATGCCGACTAGCGATTGGGTCTGTTTATTAT-------GACTGACTCAGCAGCTTA-GCGAAAGTAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGGACGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTAGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTATTCTGCTAAATAGGCAGGTCAACTTTTT--AGTTGAT--TAATTTA-TTT---ATAAATCTGGCTTCTTAGAGAGACTATCGGCTTCAAGCCGAAGGAAGTTTTAGG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGAAGTCAGCGAGTTT---ATAA--CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAAACTTTTGAAACTTCATCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTAT-AGTGAGCATATGGGATCAGTAGG-ATTAAACTGGCAACAGTTTTTCCC-TGC-AGA-GAACTATGG-CAAACTAGGCTATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACA--------------------------
		Poitrasia_circinans            CAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAATAAATTT-ATATGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATCTACGTGACACACT--CTTTACTACT--TGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACA-TGCAAAAAA-GCCCTGACTC--ACGAAGGGGTGCACTTATTAGATA---AAGCCAACACTGGGTAA--AACCAGTTCTC-TTGGTGACTCATAATAATTAA---GCTGATCGCATGGCCTTG--TGCCGGCGA-CGGTCTACTCGATTTTCTGCCCTATCATGGTTG-AGATTGTAAGGTAGTGGCTTAC-AATGCCTACAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCAGGGCCTTTAAGG-TCTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAA-TCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGTCCGTAGTCAAATTTTAGTCTT-TAGACTGGGTGTCCTGGCCTTCATT-GGTCAAGATCGCTTTAGTCGAGACTTTTTT-TTTGGTTATGCTATGCG-TGGCTTCGGTTGCGT-ATAGTC-TCTAGCCAAATG----------TTACCATGAGCAAATCAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTTT-AAGCTTGAATGTGTTAGCATGGAATAATGAAATATGACTT---TTGTTC-TATTTCGTTGGTTC---AGGAACTTA--AGTAAT-GATGAATAGAAACGGTTGGGGGCATTTGTATTTGGTCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTGACCGAAGACAAACTACTGCGAAAGCATTTGACCCAGGACGTTTTCATTGATCAAGGTCTAAAGTTAAGGGATCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTTA-ACCACAAACTATGCCGACTAGAGATTGGGCTTGTTTATTAT-------GACTAGCTCAGCATCTTA-GCGAAAGTAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGGACGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTAGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTATTCTGCTAAATAGACAGGTCAACTTTTT--AGTTGAT--TAATAGA-TTT---ATCTATCTGGCTTCTTAGAGAGACTATCAGCTTCAAGCTGAAGGAAGTTTTAGG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGCAGTCAGCGAGTTT---ATAA--CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAAACTTTTGAAACTGTTTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTAT-AGTGAGCATATGGGATCAGTGGA-ATCGAGCTGGCAACAGCTCTTTTC-TGC-AGA-GAACTATGG-CAAACTA--------------------------------------------------------
		Gilbertella_persicaria         CAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAATAAATTT-ATATGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATCTACGTGACACACT--CTTTACTACT--TGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACA-TGCAAAAAA-GCCCTGACTC--ACGAAGGGGTGCACTTATTAGATA---AAGCCAACACTGGGTAA--AACCAGTTTCT-TGG-TGACTCATAATAATTAA---GCTGATCG-ATGGCCTTG--TGCTGGCGA-CGGTCTACTCGATTTTCTGCCCTATCATGGTTG-AGATTGTAAGGTAGTGGCTTAC-AATGCCTACAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCAGGGCCTTTACGG-TCTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAA-TCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGTCCGTAGTCAAATTTTAGTCTT-TAGACAGGGCGTCCTGGTCTTCATT-GATCAAGATCGTTTTTGTCGGGACTTTTTT-TTTGGTTATGCTATGTC-AGGCTTCGGTTTGGT-ATAGTC-TCTAGCCAAATG-A--------TTACCATGAGCAAATCAGAGTGTTTAAAG-AGGCTTTT-AAGCTTGAATGTGTTAGCATGGAATAATGAAATATGACTT---TTGTCC-TATTTCGTTGGTTT---ATGAACTTA--AGTAAT-GATGAATAGAACCGGTTGGGGGCATTTGTATTTGGTCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTGACCGAAGACAAACTACTGCGAAAGCATTTGACCCAGGACGTTTTCATTGATCAAGGTCTAAAGTTAAGGGATCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTTA-ACCACAAACTATGCCGACTAGAGATTGGGCTTGTTTATTAT-------GACTAGCTCAGCATCTTA-GCGAAAGTAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGGACGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTAGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTT-GTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTATTCTGCTAAATAGGCAGGTCAACTTTTT--AGTTGAT--TAATAGA-TTT---ATCTATCTGGCTTCTTAGAGAGACTATCAGCTTCAAGCTGAAGGAAGTTTTAGG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGCAGTCAGCGAGTT----ATAA--CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAAACTTTTGAA-CTGTTTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTGTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTAT-AGTGAGCATATGGGATCAGTGGA-ATTAAGCTGGCAACAGCTTTTTTC-TGC-AGA-GAACTATGG-CAAACTAGGCTATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACA--------------------------
		Choanephora_cucurbitarum       CAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAATAAATTT-ATATGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATCTACGTGACACACT--CTTTACTACT--TGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACA-TGCAAAAAA-GCCCCGACTC--ACGAAGGGGTGCACTTATTAGATA---AAGCCAACACTGGGTAA--AACCAGTTCTT-TGGGTGACTCATAATAATTAA---GCTGATCC-ATGGCCTTG--TGCTGGCGA-CGGTCTACTCGATTTTCTGCCCTATCATGGTTG-AGATTGTAAGGTAGTGGCTTAC-AATGCCTACAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCAGGGCCTTTAAGG-TCTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAA-TCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGTCCGTAGTCAAATTTTAGTCTT-TAGACTGGGTGTCCTGGCCTTCATT-GGTCAAGATCGCTTTAGTCGAGACTTTTTT-TTTGGTTATGCTATGCG-TGGCTTCGGTTGCGT-ATAGTC-TCTAGCCAAATG-A--------TTACCATGAGCAAATCAGAGTGTTTAAAC-AGGCTTTT-AAGCTTGAATGTGTTAGCATGGAATAATGAAATATGACTT---TTGTTC-TATTTCGTTGGTTC---AGGAACTTA--AGTAAT-GATGAATAGAAACGGTTGGGGGCATTTGTATTTGGTCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTGACCGAAGACAAACTACTGCGAAAGCATTTGACCCAGGACGTTTTCATTGATCAAGGTCTAAAGTTAAGGGATCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTTA-ACCACAAACTATGCCGACTAGAGATTGGGCTTGTTTATTAT-------GACTAGCTCAGCATCTTA-GCGAAAGTAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGGACGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTAGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTA-GTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTATTCTGCTAAATAGACAGGTCAACTTTTT--AGTTGAT--TAATAGA-TTT---ATCTATCTGGCTTCTTAGAGAGACTATCAGCTTCAAGCTGAAGGAAGTTTTAGG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGCAGTCAGCGAGTT----ATAA--CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAAACTTTTGAA-CTGTTTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTAT-AGTGAGCATATGGGATCAGTGGA-ATCGAGCTGGCAACAGCTCTTTTC-TGC-AGA-GAACTATGG-CAAACTA--------------------------------------------------------
		Blakeslea_trispora             CAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAATAAATTT-ATATGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGATCTACGTGACACACT--CTTTACTACT--TGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACA-TGCAAAAAA-GCCCTGACTC--ACGAAGGGGTGCACTTATTAGATA---AAGCCAACACTGGGTAA--AACCAGTTCTT-TTGGTGACTCATAATAATTAA---GCTGATCGCATGGCCTTG--TGCTGGCGA-CGGTCTACTCGATTTTCTGCCCTATCATGGTTG-AGATTGTAAGGTAGTGGCTTAC-AATGCCTACAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCAGGGCCTTTAAGG-TCTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGTCCGTAGTCAAATTTTAGTCTT-TAGACTGGGTGTCCTGGCCTTCATT-GGTCAAGATCGCTTTAGTCGAGACTTTTTT-TTTGGTTATGCTATGTG-TGGCTTCGGTTGCAT-ATAGTC-TCTAGCCAAATG-A--------TTACCATGAGCAAATCAGAGTGTTTAAAGCAGGCTTTT-AAGCTTGAATGTGTTAGCATGGAATAATGAAATATGACTT---TTGTTC-TATTTCGTTGGTTC---AGGAACTTA--AGTAAT-GATGAATAGAAACGGTTGGGGGCATTTGTATTTGGTCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTGACCGAAGACAAACTACTGCGAAAGCATTTGACCCAGGACGTTTTCATTGATCAAGGTCTAAAGTTAAGGGATCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTTA-ACCACAAACTATGCCGACTAGAGATTGGGCTTGTTTATTAT-------GACTAGCTCAGCATCTTA-GCGAAAGTAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGGACGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTAGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTATTCTGCTAAATAGACAGGTCAACTTTTT--AGTTGAT--TAATAGA-TTT---ATCTATCTGGCTTCTTAGAGAGACTATCAGCTTCAAGCTGAAGGAAGTTTTAGG-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGCAGTCAGCGAGTTT---ATAA--CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAAACTTTTGAAACTGTTTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTAT-AGTGAGCATATGGGATCAGTGGA-ATCGAGCTGGCAACAGCTCTTTTC-TGC-AGA-GAACTATGG-CAAACTA--------------------------------------------------------
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 1863 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET * TOEXCLUDE = 1 - 4 34 - 42 91 - 109 146 - 166 189 - 221 238 - 276 309 - 311 333 484 - 489 518 637 - 758 796 - 799 838 - 882 1046 1076 - 1094 1395 - 1431 1476 1508 1549 - 1558 1755 - 1863 ; 
 END;