NEXUS
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[Matrix accession#: M3396]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3396;
	DIMENSIONS  NTAX=6;
	TAXLABELS
		Mucor_racemosus	Mucor_hiemalis	Poitrasia_circinans	Blakeslea_trispora	Gilbertella_persicaria	Choanephora_infundibulifera
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3396;
	DIMENSIONS NCHAR=1161;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Mucor_racemosus                   ATTGGTCAAAAATTTTGGGAAACAATCTCTCAAGAGCATGGTATTGATACCAATGGTAACTACTGTGGAGATAATGATCTTCAATTAGAACGTATCAATGTATTCTATAACGAAGGTTCAGAAGGAAAATACGTCCCAAGAGCTGTATTAGTTGACCTTGAACCTGCTACCATGGACAGCATTCGTGCTAGTCCTTATGGTAAAATCTACAGACCTGACAATTTTGTAAACGCTCAATCAGGTGCTGGTAACTCTTGGGCCAAGGGTTATTACACTGAGGGTGCTGAATTAGTTGAGACTATTATGGATGTTGTTCGTAAAGAAGCTGAAAACACTGATTGTTTACAAGGTTTCCAATTAGCCCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTTCTGGTCTCGGTTCTCTTTTGCTTTCAAAGATTCGCGAAGAATATCCTGATCGTATTTTGAGTACCTATTCTGTTTTGCCTTCTCCCAAGGTTTCAGATACTGTTGTTGAGCCTTATAATGCTGTTTTATCTGTTCATCAACTTGTTGAAAACTGTGATGCTACTTTCTGTATTGATAATGAAGCTCTTTACGATATTTGCTTTAGAACTCTTAAATTGACTAACCCTGCTTATGGTGATTTGAACCAACTTGTTTCTGCTGTCATGTCTGGTGTTTCTACTAGTTTACGTTTCCCTGGTCAATTGAACAGTGATTTGCGTAAGCTTTGCGTCAACATGGTTCCTTTCCCTCGTCTTCATTTCTTTATGGTCGGTATCGCTCCTTTAACCGCTTTTGGCTCTCAACAATATCGTAACTTGAGTGTTCCTGAATCAACTACTCAAATGTTTGATGCCCGTAACATGATGGCTGCCTCTGATCCTCGTCATGGTCGTTACTTGACTGCTGCTACCATCTTCCGTGGTCGTTTATCTACCAAAGAAGTTGAAAACCAAATGTTGGCTGTTCAACAAAAGAACTCTTCATACTTTGTTGAATGGATCCCTAATAGTGTCAAGACATCTCTTTGTGATATTCCTCCTGTTGGTCTTAAAATGTCAGGTACCTTTATTGGTAACAGCACTGCTATTCAAGATTTGTTCAAGCGTGTCAACGAACAATTTACTGTCATGTTTAGAAGAAAGGCTTTCTTGCATTGGTATACTGGAGAAGGT
		Mucor_hiemalis                    ATTGGTCAAAAATTTTGGGAAACAATCTCTCAAGAGCATGGTATTGATACCAATGGTAACTACTGTGGAGACAATGATCTTCAATTAGAACGTATCAATGTATTCTATAACGAAGGTTCAGAAGGAAAATACGTCCCAAGAGCTGTATTAGTTGATCTTGAACCTGCTACCATGGACAGCATTCGTGCTAGTCCTTATGGTAAAATCTATAGACCTGACAATTTTGTAAATGCTCAATCAGGTGCTGGTAACTCTTGGGCCAAGGGTTATTACACTGAGGGTGCTGAATTAGTTGAGACTATTATGGACGTTGTTCGTAAAGAAGCTGAAAACACTGATTGTTTACAAGGTTTCCAATTAGCCCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTTCTGGTCTCGGTTCTCTTTTGCTTTCAAAGATTCGCGAAGAATATCCTGATCGTATTTTGAGTACCTATTCTGTTTTGCCTTCTCCCAAGGTTTCAGATACTGTTGTTGAACCTTATAATGCTGTTTTATCTGTTCATCAACTTGTTGAAAACTGTGATGCTACTTTCTGTATTGATAATGAAGCTCTTTACGATATTTGCTTTAGAACTCTTAAATTGACCAATCCTGCTTATGGTGATTTGAACCAACTTGTTTCTGCTGTCATGTCTGGTGTTTCTACTAGTTTACGTTTCCCTGGTCAATTGAACAGTGATTTGCGTAAGCTTTGCGTCAACATGGTTCCTTTCCCTCGTCTTCATTTCTTCATGGTCGGTATCGCCCCTTTGACCGCTTTTGGCTCTCAACAATATCGTAACTTGAGTGTTCCTGAATTAACTACTCAAATGTTTGATGCCCGTAACATGATGGCTGCCTCTGATCCTCGTCATGGTCGTTACTTGACTGTTGCTACCATCTTCCGTGGTCGTTTATCTACCAAGGAAGTTGAAAACCAAATGTTGGCTGTTCAACAAAAGAACTCTTCATACTTTGTTGAATGGATTCCTAATAGTGTCAAGACATCTCTTTGTGATATTCCTCCTGTTGGTCTTAAAATGTCAGGTACCTTTATTGGTAACAGCACTGCTATCCAGGATTTGTTCAAGCGTGTCAACGAACAATTTACTGTCATGTTTAGAAGAAAGGCTTTCTTGCATTGGTATACTGGAGAGGGT
		Poitrasia_circinans               ATCGGTCAAAAGTTCTGGGAAACTATTTCCAAAGAACACGGTCTCGACGCTAATGGTACCTACGCTGGCGATAACGATCTTCAACTCGAACGTATCAATGTCTTCTACAACGAAGGTTCTCAAGGCCAATACGTTCCTCGTTCCGTCTTGGTCGATTTGGAACCTGGTACCATGGACGTTGTTCGTTCCAGCTCTTATGGTAAACTTTTCCGTCTCGACAACTTCATCTTTGGCCAATCTGGTGCTGGTAACTCTTGGGCCAGAGGTTACTATACTGAAGGTGCTGAATTAGTTGAACAAGTCTTGGATGTTGTTCGTAAGGAAGCTGAACACACTGACTGTCTCCAAGGTTTCCAACTCTGTCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTTCTGGTCTTGGTTCTCTTTTGCTCTCCAAGATTCGTGAAGAATACCCCGATCGTATGTTGTGTACTTACTCTGTTGTACCTTCTCCCAAGGTCTCTGATACCGTTGTCGAACCTTACAACGCTGTCTTGTCTGTTCATCAATTGGTTGAAAACTGTGACCCTTCTTTCTGTATTGATAACGAAGCTCTTTACGACATCTGCTTCCGTACTCTCAAGTTGAACAACCCCGATTACGGTCAATTGAACGAACTTGTCTCCACTGTTATGTCTGGTGTCTCTACCAGTTTGCGTTTCCCTGGTCAACTCAACTCCGATTTGCGTAAGTTGTTTGTTAACATGGTTCCTTTCCCTCGTCTTCACTTCTTCATGGTTGGTTTTGCTCCTTTGACTGCTTTCAGCTCTCAACAATACCGCAACTTGAGTGTACCTGAATTGACTGCTCAAATGTTTGATGCTCGTAACATGATGGCCGCCTCTGATCCTCGTCACGGTCGTTACTTGACTGTAGCCACTATCTTCCGTGGTCGCTTGTCTACAAAGGAAGTTGAAAACCAAATGTTGGCTGTTCAACAAAAGAACTCTTCTTACTTTGTTGAATGGATTCCTAACGGTGTCAAGACCTCTCTCTGTGATATTCCTCCTGTTGGTCTCAAGATGTCTGGTACCTTCATTGGTAACTCAACCGCCATCCAAGAATTGTTCAAGCGTGTCAACGATCAATTCACAGCCATGTTCAGAAGAAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACTGGTGAAGGT
		Blakeslea_trispora                ATCGGTCAAAAGTTCTGGGAAACTATCTCTCAAGAACATGGTCTTGATGCCAATGGTACTTATGCCGGTGACAACGACCTTCAACTTGAACGTATCAACGTCTTCTACAACGAAGGTTCCCAAGGTCAATATGTTCCCCGTTCCGTCTTGGTCGATTTGGAACCTGGTACCATGGTCGTCGTCCGTTCCAGCTCTTACGGTAAGCTTTTCCGTCCCGACAACTTCATCTTTGGCCAATCTGGTGCTGGTAACTCTTGGGCCAGAGGTTACTATACCGAAGGTGCCGAGTTGGTCGAACAAGTCTTGGATGTCGTTCGTAAGGAAGCTGAACACACTGACTGTCTGCAAGGTTTCCAGTTGTGTCACTCTCTCGGTGGTGGTACTGGTTCTGGTCTCGGTTCTCTCTTGCTCTCCAAGATTCGTGAAGAATACCCTGATCGTATGTTGTGTACTTACTCTGTCGTGCCTTCTCCCAAGGTCTCTGACACTGTGGTTGAACCCTATAACGCCGTCCTCTCCGTTCACCAGTTGGTCGAAAACTGTGATGCTACCTTCTGTATCGATAACGAAGCTCTTTACGATATCTGTTTCCGTACCTTGAAGTTGAACAACCCTGGTTACGGTCAGTTGAACGAACTTGTCTCTACTGTCATGTCTGGTGTCTCTACCAGTTTGCGTTTCCCTGGTCAATTGAACTCTGATTTGCGTAAATTGTTTGTCAACATGGTTCCCTTCCCTCGTCTTCATTTCTTCATGGTTGGTTTTGCTCCCTTGACTGCCTTCAGTTCTCAACAATACCGTAACTTGAGTGTACCTGAATTGACTGCTCAAATGTTCGATGCTCGTAACATGATGGCTGCCTCTGATCCTCGTCACGGTCGTTACTTGACTGTCGCTACCATCTTCCGTGGTCGTTTGTCTACCAAGGAAGTCGAGAACCAAATGTTGGCTGTTCAACAAAAGAACTCTTCTTACTTTGTTGAATGGATTCCTAATGGTGTCAAGACTTCTCTCTGTGATATTCCTCCTGTTGGTCTCAGGATGTCTGGTACCTTCATTGGTAACTCTACTGCCATCCAAGAATTGTTCAAGCGTGTCAACGATCAATTCACAGCCATGTTCAGAAGAAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACTGGTGAAGGT
		Gilbertella_persicaria            ATTGGTCAAAAATTCTGGGAAACCATTTCACAAGAACACGGTATTGATGAGAATGGTAACTACAGGGGCGACAACGACCTCCAATTAGAACGCATCAACGTCTTTTATAATGAAGGCTCCAAAGATAAATATGTGCCAAGAGCTGTCTTGGTCGATCTTGAACCTGCCACAATGGATGCCATCCGCAGTAGCCAATATGGCAAGATTTTCCGTCCTGATAACTTTGTCAATGCTCAATCTGGTGCTGGTAACTCTTGGGCCAAGGGTTATTACACTGAAGGTGCTGAATTAGTCGAAACTATCATGGATGTGGTTCGTAAGGAAGCTGAAAACACAGACTGTCTTCAAGGTTTCCAACTCTGTCACTCTCTTGGTGGTGGTACTGGTTCTGGTCTTGGTTCTCTCTTGCTCTCCAAGATTCGTGAAGAATACCCTGACCGTATCTTGAGTACTTACTCTGTTGTGCCTTCTCCCAAGGTCTCTGATACTGTGGTTGAACCCTACAATGCCGTCTTGTCTGTTCACCAATTGGTTGAAAACTGTGATGCTACTTTCTGTATCGATAACGAAGCCCTTTACGATATCTGTTTCCGTACCCTCAAGTTAACAAACCCTGGTTATGGCGATTTGAACCAATTGGTCTCTGGCGTCATGTCTGGTGTCTCTACCAGTTTGCGTTTCCCTGGTCAACTCAACAGTGATTTGCGTAAGCTTTGTGTCAACATGGTTCCCTTCCCTCGTCTTCACTTCTTCATGGTTGGTATTGCTCCCTTGACTGCTTCCAACTCTCAACAATACCGCAACTTGAGTGTGCCTGAATTGACTGCTCAAATGTTTGATGCTCGTAACATGATGGCTGCTTCTGATCCTCGTCACGGTCGTTACTTGACTGCTGCCACTATCTTCCGTGGTCGCTTGTCTACCAAAGAAGTCGAGAACCAAATGTTGGCTGTTCAACAAAAGAACTCTTCCTACTTTGTTGAATGGATCCCCAACAGTGTCAAGACTTCTCTCTGTGACATTCCCCCTGTGGGTCTCAAGATGTCTGGTACCTTTATCGGTAACTCTACTGCCATTCAAGACTTGTTCAAGCGTGTCAATGAACAGTTCACTGCCATGTTTAGAAGAAAGGCTTTCTTGCATTGGTACGCTGGTGAAGGT
		Choanephora_infundibulifera       ATTGGTCAAAAATTCTGGGAAACCATCTCTCAAGAGCACGGTATCGATACTAATGGCAACTACGGTGGAGATAATGATCTTCAATTAGAACGGATCAATGTATTCTATAATGAGGGCTCTGAAGGAAAATATGTTCCAAGAGCTGTACTAGTTGATCTCGAACCTGCTACTATGGACAGTATTCGTGCTAGTCCCTACGGTAAAATTTACAGACCTGATAACTTTGTGAATGCTCAATCAGGCGCTGGTAACTCTTGGGCCAAGGGTTATTATACTGAGGGTGCGGAATTAGTCGAAACTATCATGGATGTTGTCCGTAAAGAAGCTGAAAACACTGATTGTTTGCAAGGTTTCCAATTAGCTCACTCTCTTGGTGGTGGTACTGGTTCTGGTCTTGGTTCTCTCTTGCTCTCCAAGATTCGCGAAGAATACCCAGATCGTATTCTGAGTACTTACTCTGTTTTACCTTCCCCCAAGGTTTCTGATACCGTCGTTGAACCTTATAATGCTGTGTTATCTGTTCATCAACTTGTTGAGAACTGTGATGCCACTTTCTGTATTGATAACGAAGCGCTTTATGATATCTGCTTTAGAACCCTCAAGTTAACTGACCCTGGCTATGGTGATTTGAATCAACTTGTTTCTGCTGTCATGTCAGGTGTGTCTACTAGTTTACGTTTCCCTGGACAATTGAACAGTGATTTGCGTAAGCTTTGTGTCAACATGGTTCCTTTTCCTCGTCTTCATTTCTTTATGGTTGGTATTGCTCCCTTGACCGCTTTTGGTTCTCAACAATATCGCAACTTGAGTGTTCCTGAACTCACTGCTCAAATGTTCGATGCTCGTAATATGATGGCCGCCTCTGATCCTCGTCATGGTCGTTACTTGACTGCCGCTACCATCTTCCGTGGTCGTTTGTCCACCAAAGAAGTCGAAAACCAAATGTTGGCTGTGCAACAAAAGAATTCTAGCTACTTTGTTGAATGGATCCCTAACAGTGTCAAGACATCCCTCTGTGATATTCCTCCTGTTGGTCTCAAAATGTCTGGTACCTTTATTGGTAACAGTACAGCTATTCAAGATTTGTTTAAACGTATCAATGAACAATTTACTGTCATGTTTAGAAGAAAAGCTTTCTTGCATTGGTATACTGGAGAGGGT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 1161 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;