#NEXUS
[written Mon Feb 01 00:46:18 JST 2016 by Mesquite  version 3.04 (build 725) at tonysharks-PC/192.168.3.2]

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BEGIN ASSUMPTIONS;
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BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 Liagora_japonica_Misaki,
[1] 		2 Calliarthron_tuberculosum_KC153978_psaB,
[2] 		3 Chondrus_crispus_HF562234_psaB,
[3] 		4 Gracilaria_salicornia_KF861575,
[4] 		5 Grateloupia_taiwanensis_KC894740_psaB,
[5] 		6 Pyropia_haitanensis_KC464603_psaB,
[6] 		7 Pyropia_yezoensis_KC517072,
[7] 		8 Porphyridium_purpureum;
	TREE Imported_tree_1 = ((6,7),(8,((5,(3,4)),(1,2))));

END;


Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1454255178489;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 23295200219372381;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 2972259229363209565;
			mqVersion 304;
			checksumv 0 3 186148161 null  getNumChars 2205 numChars 2205 getNumTaxa 8 numTaxa 8   short true   bits 15   states 15   sumSquaresStatesOnly 442482.0 sumSquares 442482.0 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 100;
			setPopoutState 300;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 700 472;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #2972259229363209565 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 600 400;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					toggleShowPaleExcluded off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;