#NEXUS [written Wed Feb 24 18:15:18 BRT 2016 by Mesquite version 2.75 (build 564) at SISBIOTAMAR_4/192.168.56.1] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS 'Craterolophus_convolvulus_GERMANY' 'Craterolophus_convolvulus_UK' 'Depastromorpha_africana' 'Haliclystus_antarcticus_ANT' 'Haliclystus_californiensis' 'Haliclystus_octoradiatus' 'Haliclystus_sanjuanensis' 'Haliclystus_stejnegeri' 'Haliclystus_tenuis' 'Lipkea_ruspoliana' 'Lucernaria_bathyphila_DEEPSEA' 'Lucernaria_janetae' 'Lucernaria_sainthilairei' 'Lucernariopsis_campanulata' 'Lucernariopsis_cruxmelitensis' 'Lucernariopsis_vanhoeffeni' 'Manania_gwilliami' 'Sasakiella_cruciformis' 'Stenoscyphus_inabai' 'Depastromorpha_sp_AUS' 'Kishinouyea_sp_MOOREA' 'Kishinouyea_sp_NZ' 'Kishinouyea_sp_SAF' 'Lipkea_sp_JAPAN' 'Lucernaria_sp_EPR' 'Lucernariopsis_sp_NZ' 'Stenoscyphus_sp_AUS' ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'COI_alignment_matrix_ML'; DIMENSIONS NCHAR=587; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX 'Craterolophus_convolvulus_GERMANY' GGTGCTTTTTCTGGTATGGTAGGCACAGCCTTTAGTATGTTAATCAGGTTGGAACTCTCTTCCCCTGGCTCTATGTTGGGAGACGATCAACTTTACAATGTTCTTGTTACTGCTCATGCGTTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTTATGCCAGTTATGATTGGAGGGTTCGGTAATTGGTTAGTACCTCTATATATTGGAGCTCCTGATATGGCTTTTCCTAGACTTAACAATATTAGCTTTTGATTGTTACCTCCAGCTCTAATTTTACTATTAGGTTCCTCTTTAATAGAACAAGGTGTAGGAACAGGGTGAACTGTTTATCCCCCCCTTTCTGGTATTCAAGCACATTCGGGTGGGGCTGTAGATATGGGTATTTTTAGCCTGCATTTAGCTGGTGCATCTTCTATTTTAGGGGCAATGAATTTCATAACCACTATATTTAATATGAGAGCCCCTGGCCTTAGTTGAGATAAGCTACCCCTATTTGTCTGATCTGTTTTAATAACGGCTTTTCTACTCTTATTATCTCTTCCTGTGTTAGCCGGGGCTATTACTATGTTATTGACTGACCGTAATTTTAATACCTC 'Craterolophus_convolvulus_UK' GGTGCTTTTTCTGGTATGGTAGGCACAGCCTTTAGTATGTTAATCAGGTTGGAACTCTCTTCCCCTGGCTCTATGTTGGGAGACGATCAACTTTACAATGTTCTTGTTACTGCTCATGCGTTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTTATGCCAGTTATGATTGGAGGGTTCGGTAATTGGTTAGTACCTCTATATATTGGAGCTCCTGATATGGCTTTTCCTAGACTTAACAATATTAGCTTTTGATTGTTACCTCCAGCTCTAATTTTACTATTAGGTTCCTCTTTAATAGAACAAGGTGTAGGAACAGGGTGAACTGTTTATCCCCCCCTTTCTGGTATTCAAGCACATTCAGGTGGGGCTGTAGATATGGGTATTTTTAGCCTGCATTTAGCTGGTGCATCTTCTATTTTAGGGGCAATGAATTTCATAACCACTATATTTAATATGAGAGCCCCTGGCCTTAGTTGAGATAAGCTACCCCTATTTGTCTGATCTGTTTTAATAACGGCTTTTCTACTCTTATTATCTCTTCCTGTGTTAGCCGGGGCTATTACTATGTTATTGACTGACCGTAATTTTAATACCTC 'Depastromorpha_africana' ---------------------------------AA---GTTAATCCGGTTGGAATTATCTGCCCCGGGAACCATGCTAGGAGACGACCAGTTATACAATGTACTAGTCACTGCACATGCTCTTATTATGATTTTCTTCTTAGTCATGCCTGTAATGATTGGAGGATTTGGTAATTGATTAGTTCCCCTTTATATAGGAGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGATTGAATAATATTAGTTTTTGGTTACTTCCTCCTGCCTTGATTTTACTTCTAGGGTCATCTCTAATAGAACAAGGTGTAGGAACAGGTTGAACTGTTTACCCCCCACTCTCTGGCATACAAGCCCATTCTGGAGGAGCAGTTGATATGGGTATTTTTAGTCTCCATCTTGCAGGAGCTTCCTCTATTTTAGGAGCAATGAATTTTATTACTACTATTATTAATATGAGAGCACCAGGTGTCTCATGAGATAAACTCCCTTTATTTGTATGGTCTGTGTTAATAACAGCTGTATTGCTTCTTTTATCTTTACCTGTTCTAGCCGGAGCTA------------------------------------- 'Haliclystus_antarcticus_ANT' -------TTTCAGGAATGGTGGGTACAGCTTTTAGTATGCTTATCCGTCTTGAATTATCTGCTCCCGGCACTATGCTAGGAGACGACCAACTCTACAACGTTTTGGTCACAGCTCATGCTTTTGTTATGATTTTCTTCTTAGTCATGCCTGTTATGATTGGCGGGTTTGGAAATTGGTTGGTCCCCCTTTACATTGGTGCCCATGATATGGCTTTTCCTCGGCTTAACAATATTAGTTTTTGATTGCTACCTCCTGCCCTTATTTTATTATTGGGGTCTTCTTTAATTGAACAAGGAGTAGGAACAGGATGGACAGTTTACCCTCCCTTATCTGGAATCCAAGCCCATTCCGGTGGGGCTGTAGATATGGGAATTTTTAGCCTCCATTTAGCAGGTGCTTCTTCTATCTTAGGAGCTATGAATTTTATTACAACTATATTCAACATGCGAGCCCCTGGAGTTACTTGGGACAAACTCCCTCTTTTTGTTTGATCTGTCCTCATTACTGCTTTT-------------------------------------------------------------------------- 'Haliclystus_californiensis' GGTGCTTTTTCAGGTATGGTGGGCACTGCTTTTAGTATGCTTATCCGTCTTGAATTATCTGCCCCCGGTTCTATGCTAGGGGATGACCAACTTTACAACGTGCTGGTAACAGCCCATGCTTTTATTATGATTTTCTTTTTAGTTATGCCTGTTTTAATTGGTGGATTTGGTAATTGGTTAGTACCCCTTTATATAGGTGCTCCCGATATGGCTTTTCCTCGACTTAATAACATTAGTTTTTGGCTTTTACCTCCTGCTCTTATTTTACTATTAGGATCTTCCCTTATTGAACAAGGAGTAGGAACAGGGTGGACTGTTTACCCCCCTTTATCAGGTATTCAAGCACATTCCGGAGGAGCTGTTGATATGGGAATTTTTAGCCTCCATTTAGCTGGAGCCTCCTCTATTCTAGGAGCTATGAATTTTATTACTACTATTTTTAACATGCGAGCACCAGGAGTTACCTGGGACAAACTCCCTCTCTTTGTTTGGTCTGTCCTTATTACAGCCTTTCTTCTCCTTCTATCTCTCCCTGTATTAGCAGGTGCTATTACTATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACTTC 'Haliclystus_octoradiatus' GGTGCTTTTTCAGGAATGGTGGGTACAGCTTTTAGTATGCTTATTCGCCTTGAACTGTCTGCTCCTGGTACTATGCTAGGAGATGATCAACTTTATAATGTATTAGTTACAGCTCATGCTTTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTTATGCCTGTTATGATAGGTGGGTTTGGTAATTGATTGGTTCCCCTTTATATTGGGGCCCCTGATATGGCTTTTCCTCGACTTAATAATATTAGTTTCTGATTACTACCTCCTGCTCTTCTCTTGCTTTTAGGTTCATCCTTAATTGAACAGGGTGTCGGAACTGGGTGAACAGTCTATCCCCCGCTGTCCGGTATTCAAGCTCATTCTGGTGGAGCTGTAGACATGGGAATTTTTAGTCTTCATTTAGCAGGAGCATCATCAATTTTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACTATTTTTAACATGAGAGCCCCTGGAATGACCTGAGATAAACTCCCTCTTTTTGTCTGATCTGTTCTCATAACAGCTTTTCTTTTACTCCTTTCTTTACCTGTTTTAGCAGGAGCAATCACCATGTTATTAACAGATAGAAATTTTAACACTTC 'Haliclystus_sanjuanensis' GGTGCTTTTTCAGGAATGGTGGGTACAGCCTTTAGTATGCTTATCCGTCTTGAATTATCTGCTCCCGGCACTATGCTAGGAGACGACCAACTTTACAACGTTTTGGTCACTGCTCATGCTTTTGTTATGATTTTTTTCTTAGTAATGCCTGTTATGATTGGAGGATTTGGAAATTGACTGGTCCCTCTTTATATTGGTGCCCCTGATATGGCTTTCCCCCGTCTTAACAACATTAGTTTTTGGTTACTCCCCCCTGCCCTTATTTTACTTTTAGGGTCTTCTCTAATTGAACAAGGAGTAGGAACAGGGTGAACTGTTTACCCTCCCTTATCTGGTATTCAAGCTCATTCTGGTGGAGCTGTAGATATGGGTATTTTTAGCCTTCATTTGGCAGGAGCCTCCTCTATTCTAGGAGCTATGAACTTTATTACTACCATCTTTAACATGCGAGCCCCGGGTGTCACTTGGGACAAACTCCCTCTTTTTGTATGATCTGTTCTTATTACTGCTTTTTTATTACTTTTATCCCTCCCTGTATTAGCTGGAGCTATTACTATGCTTTTAACAGATCGAAATTTTAATACCTC 'Haliclystus_stejnegeri' GGTGCTTTTTCAGGAATGGTGGGTACAGCTTTTAGTATGCTTATTCGTCTTGAACTGTCTGCTCCTGGTACTATGCTAGGGGACGATCAACTTTATAACGTATTAGTTACAGCTCACGCTTTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTAATGCCTGTTTTAATAGGAGGGTTTGGAAACTGACTGGTTCCCCTTTATATTGGAGCTCCCGATATGGCCTTCCCTCGACTTAATAATATTAGTTTTTGACTGCTACCTCCTGCTCTTATTTTACTTTTAGGGTCTTCCCTTATTGAACAAGGTGTGGGGACAGGTTGGACAGTTTACCCTCCCCTATCAGGAATTCAAGCCCACTCTGGAGGGGCTGTTGATATGGGTATATTTAGCCTGCATTTAGCAGGGGCTTCTTCAATTTTAGGGGCCATGAATTTTATTACTACCATATTTAATATGAGAGCTCCTGGTGTTTCTTGAGACAAACTCCCACTTTTTGTATGGTCAGTACTAATTACAGCTTTTCTACTACTTCTCTCCTTACCTGTATTAGCCGGTGCTATCACCATGCTCTTAACAGACAGGAATTTTAATACTTC 'Haliclystus_tenuis' GGTGCCTTCTCAGGAATGGTTGGTACAGCCTTTAGTATGTTAATTCGCCTTGAGCTATCAGCCCCAGGAACCATGTTGGGAGATGATCAACTCTATAACGTTTTGGTAACAGCCCATGCTTTTGTTATGATATTTTTTCTTGTAATGCCTGTTATGATTGGAGGTTTTGGGAATTGGTTAGTACCACTTTATATTGGTGCTCCTGACATGGCCTTCCCCCGGCTGAATAATATCAGCTTCTGATTATTACCCCCTGCCTTAATTTTATTATTAGGGTCCTCCCTCATCGAACAAGGGGTTGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCTCCCCTTTCTGGAATACAAGCCCATTCAGGTGGTGCCGTAGATATGGGAATTTTTAGCCTCCATTTAGCAGGTGCCTCCTCTATTTTAGGCGCTATGAATTTCATTACAACAATTTTTAATATGCGTGCCCCAGGTGTAACTTGAGACAAATTACCCTTATTTGTTTGATCCGTCTTAATTACAGCTTTCTTACTGTTATTGTCCTTACCAGTGCTAGCGGGAGCTATTACTATGCTTTTGACTGATCGTAACTTCAATACGTC 'Lipkea_ruspoliana' GGGGCTTTCGCCGGTATGGTAGGAACAGCCTTTAGTATGTTGATTCGGTTAGAGCTTTCCTCTCCCGGATCCATGTTAGGGGACGATCAACTCTATAATGTGCTGGTAACAGCCCACGCCTTAATTATGATTTTCTTTCTAGTGATGCCCGTTATGATTGGTGGGTTTGGAAATTGGCTGGTCCCCCTCTATATTGGGGCTCCTGATATGGCCTTTCCCCGCCTTAATAATATTAGTTTTTGGCTCCTTCCCCCTGCCCTTATCCTGCTAGTAGGTTCCTCTCTTATAGAACAGGGTGTAGGAACAGGTTGAACGGTATATCCCCCTTTGGCTGGTATACAGGCCCACTCGGGGGGTGCCGTTGATATGGGAATCTTTAGTCTGCATCTAGCAGGCGCTTCCTCTATTCTAGGGGCTATGAACTTTATTACCACCATCTTTAATATGCGGGCTCCTGGTGTAAGCTGGGATAAACTTCCTCTCTTTGTTTGATCTGTTTTAATTACGGCCTTCCTTCTTCTCCTTTCACTCCCGGTACTTGCTGGGGCTATTACCATGCTCCTAACGGACCGTAACTTTAATACCTC 'Lucernaria_bathyphila_DEEPSEA' ------TTTGCCGGAATGGTAGGAACCGCCTTTAGTATGCTTATCCGTTTAGAACTCTCTTGCCCAGGGTCTATGTTAGGAGACGACCAACTTTATAACGTTTTAGTAACAGCCCATGCCTTTGTTATGATCTTCTTTTTAGTTATGCCCGTCATGATTGGGGGGTTTGGTAATTGACTTGTACCCCTTTATATTGGGGCTCCTGATATGGCCTTTCCTAGATTAAATAACATTAGTTTTTGATTATTACCTCCAGCCCTTATTCTTTTATTAGGTTCTTCTTTAGTAGAACAGGGTGTAGGAACAGGCTGAACCCTCTATCCCCCCCTTTCAGGTATTCAGGCCCACTCAGGTGGAGCTGTTGATATGGGAATTTTTAGCCTTCACTTAGCTGGAGCTTCTTCTATTTTAGGGGCAATGAACTTTATTACTACTATTTTTAATATGAGGGCACCAGGACTAAGCTGGGATAAACTCCCCCTTTTTGTATGATCCGTTTTAATTACAGCCTTTCTTCTACTACTCTCTTTACCTGTTCTAGCAGGCGCCATTACTATGTTATTAACAGATCGAAACTTCAATACCTC 'Lucernaria_janetae' GGTGCCTTTGCCGGAATGGTAGGAACCGCCTTTAGTATGCTTATCCGTTTAGAACTCTCCTGTCCAGGATCTATGTTAGGAGACGACCAACTTTATAACGTTTTAGTAACAGCCCATGCCTTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTGATGCCTGTTATGATTGGAGGGTTTGGTAATTGACTTGTACCCCTTTACATTGGGGCTCCTGATATGGCCTTTCCTCGATTAAATAACGTTAGTTTTTGATTGTTACCTCCAGCCCTAATCCTTTTATTAGGCTCTTCTTTGGTAGAGCAGGGTGTAGGGACAGGTTGAACCGTCTATCCCCCCCTTTCAGGTATTCAAGCCCACTCAGGTGGGGCTGTTGACATGGGAATTTTTAGCCTTCACCTAGCTGGAGCTTCTTCTATTTTAGGGGCAATGAATTTTATTACCACTATTTTTAATATGAGGGCACCAGGACTAGGCTGGGATAAACTCCCCCTTTTTGTGTGATCCGTTTTAATTACAGCCTTCCTTCTCCTGCTCTCTTTACCTGTTTTAGCAGGTGCTATTACTATGTTATTAACAGATCGGAACTTCAATACCTC 'Lucernaria_sainthilairei' GGTGCCTTTGCCGGAATGGTAGGAACCGCCTTTAGTATGCTTATCCGTTTAGAACTCTCCTGCCCAGGATCTATGTTGGGGGACGACCAACTTTATAACGTTTTAGTAACAGCCCATGCCCTTGTGATGATTTTCTTCTTGGTCATGCCCGTTATGATTGGAGGATTTGGTAATTGATTAGTACCCCTTTATATTGGGGCCCCTGATATGGCCTTTCCTCGATTAAACAATATTAGTTTTTGGTTATTACCCCCAGCCCTTATCCTTTTATTGGGCTCTTCTCTGGTAGAACAGGGCGTAGGGACAGGTTGAACTATTTACCCACCCCTTTCAGGAATTCAAGCCCACTCAGGTGGGGCTGTCGATATGGGAATTTTTAGTATTCATCTAGCTGGAGCCTCTTCTATTTTAGGGGCTATGAATTTTATTACTACTATTTTTAATATGAGAGCCCCAGGATTAACCTGAGATAAGCTTCCTCTTTTTGTATGGTCTGTTTTAATTACAGCCTTTCTTCTCTTACTATCTTTACCCGTATTAGCTGGGGCTATTACTATGTTACTAACAGATCGAAACTTTAATACCTC 'Lucernariopsis_campanulata' GGGGCCTTTTCTGGTATGGTGGGAACCGCTTTTAGTATGTTAATCAGACTAGAGCTTTCTTCCCCTGGAAGTATGTTAGGTGACGACCAACTTTATAATGTATTGGTCACAGCCCATGCTTTTATTATGATATTCTTTTTAGTTATGCCTGTTATGATAGGAGGGTTTGGTAACTGACTAGTTCCCCTTTACATTGGTGCTCCAGACATGGCTTTCCCACGATTAAATAATATTAGTTTTTGGTTGCTTCCTCCAGCTTTATTACTACTCCTCGGGTCTTCTTTAATAGAACAAGGTGTTGGAACAGGGTGAACAGTTTATCCCCCTTTATCTGGTATACAAGCCCACTCTGGTGGGGCTGTTGATATGGGAATTTTCAGTTTACATTTAGCAGGAGCCTCTTCTATTTTAGGAGCAATGAATTTTATTACTACCATATTTAATATGCGTGCACCGGGTATGACATGGGATAAATTGCCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTCTTATTATTACTTTCCCTACCAGTATTAGCAGGGGCTATTACTATGTTATTAACAGATAGGAACTTTAATACATC 'Lucernariopsis_cruxmelitensis' GGGGCCTTTGCGGGAATGGTAGGTACCGCTTTTAGTATGCTTATTCGATTGGAGCTTTCATCTCCCGGCAGTATGTTAGGCGACGATCAACTCTACAATGTATTAGTGACAGCCCATGCTTTCGTTATGATTTTCTTTTTAGTAATGCCCGTCATGATTGGGGGTTTTGGTAATTGGTTGGTTCCTCTTTATATAGGAGCCCCCGATATGGCCTTCCCTCGATTGAATAATATTAGCTTTTGACTTCTACCTCCAGCCTTACTCCTACTTTTAGGGTCCTCCCTGATTGAACAGGGGGTAGGTACGGGGTGAACTGTCTATCCCCCTCTGTCAGGCATTCAAGCGCATTCGGGTGGGGCAGTAGATATGGGTATCTTTAGCTTGCATTTAGCCGGTGCTTCTTCTATTCTAGGGGCTATGAATTTTATTACCACTATTTTTAATATGAGAGCCCCTGGGCTAAGTTGGGACAAACTGCCCCTCTTTGTCTGGTCTGTTCTTATCACCGCCTTTTTACTTCTTCTCTCTTTACCCGTCTTAGCCGGAGCTATTACCATGCTTTTAACAGACCGTAATTTTAATACCTC 'Lucernariopsis_vanhoeffeni' GGTGCTTTTTCAGGTATGGTCGGAACAGCCTTTAGTATGTTAATACGTTTAGAGTTATCTTCTCCTGGTAGTATGTTAGGGGACGATCAACTTTACAATGTATTGGTTACTGCCCATGCTCTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTTATGCCTGTTATGATTGGAGGATTTGGTAATTGGTTAGTACCTCTTTATATTGGGGCACCTGATATGGCTTTCCCTCGACTTAATAATATTAGCTTTTGGTTATTACCTCCTGCTTTAATTTTACTATTGGGTTCTTCTCTTATAGAACAAGGCGTAGGTACAGGTTGAACTGTTTATCCCCCTTTATCTGGTATTCAGGCCCACTCAGGTGGGGCAGTAGATATGGGTATTTTTAGCCTACATTTAGCTGGAGCTTCTTCTATTTTAGGGGCTATGAATTTTATTACCACTATTTTTAATATGAGAGCCCCAGGCCTTGGTTGGGATAAACTCCCCCTTTTTGTTTGATCTGTATTAATTACAGCTTTTTTACTTCTTCTTTCTTTACCTGTTTTAGCTGGAGCTATTACCATGCTTTTAACTGATCGTAATTTTAATACCTC 'Manania_gwilliami' GGTGCTTTTGCTGGTATGATAGGTACTGCTTTTAGTATGCTTATTCGTTTAGAATTATCCGCTCCTGGAAGCATGTTGGGGGACGATCAACTCTATAATGTTCTCGTCACTGCTCATGCCTTTGTTATGATTTTCTTCTTAGTTATGCCTGTCATGATAGGAGGATTTGGTAATTGGTTAGTTCCTCTCTATATAGGAGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGTTTAAATAACATTAGTTTTTGACTTCTTCCCCCAGCTCTTATTTTACTTTTAGGTTCTTCTTTAGTAGAACAAGGGGTTGGGACAGGATGAACAGTTTATCCTCCTTTATCTGGAATTCAAGCTCATTCAGGAGGAGCTGTTGATATGGGTATTTTTAGCCTTCATTTAGCGGGAGCTTCTTCTATTCTAGGGGCTATGAATTTTATCACCACAATTTTTAATATGCGGGCCCCAGGAATGACTTGGGACAAGCTCCCTCTTTTTGTTTGATCAGTTTTAATTACTGCTTTTCTTCTTCTTCTTTCTTTACCCGTTTTAGCCGGAGCTATTACTATGCTTCTAACTGATCGAAATTTTAATACTTC 'Sasakiella_cruciformis' GGTGCTTTTTCAGGCATGGTAGGTACAGCTTTTAGCATGCTGATTCGTTTAGAGTTATCTTCTCCAGGTAGTATGTTGGGAGATGACCAACTCTATAACGTCTTAGTTACCGCTCATGCCTTAATTATGATTTTCTTCTTAGTTATGCCTGTTATGATCGGGGGGTTTGGAAACTGATTAGTTCCCCTATATATCGGAGCCCCTGATATGGCTTTCCCTCGTCTTAATAATATAAGTTTTTGACTTCTTCCTCCTGCCCTTATTTTATTACTAGGTTCTTCACTGATTGAACAAGGAGTTGGTACTGGATGAACTATATATCCTCCTCTATCTGGTATTCAAGCACACTCCGGTGGAGCCGTTGATATGGGTATTTTCAGTCTTCACTTAGCTGGAGCATCCTCCATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACCATCTTTAACATGAGAGCTCCTGGTTTAAGCTGAGACAAACTACCCTTATTTGTCTGATCAGTTTTGATTACGGCCTTTTTACTCCTTCTTTCCTTACCTGTTTTAGCCGGTGCAATTACCATGCTCTTGAC--------------------- 'Stenoscyphus_inabai' GGTGCCTTCTCAGGAATGGTTGGTACAGCTTTTAGTATGTTAATACGCCTTGAATTATCTGCCCCAGGTACTATGTTAGGGGACGATCAACTTTATAATGTTCTAGTGACAGCCCATGCTTTCGTGATGATTTTCTTCCTCGTGATGCCAGTTATGATTGGTGGGTTTGGTAATTGGTTAGTTCCTCTATATATTGGGGCCCCTGATATGGCTTTCCCCCGCCTTAACAACATTAGTTTCTGACTCTTACCCCCAGCCCTTATTCTTCTCTTAGGGTCCTCCCTCATTGAACAGGGCGTTGGTACCGGGTGAACAGTTTATCCCCCTCTCTCAGGTATTCAAGCCCATTCTGGGGGTGCCGTTGATATGGGGATTTTCAGTTTGCATTTAGCTGGGGCTTCATCTATTTTAGGAGCTATGAACTTCATTACGACTATTTTTAATATGCGTGCCCCAGGGGTAACTTGGGATAAATTACCCCTATTTGTTTGGTCAGTTTTAATAACAGCTTTTTTACTTCTTCTATCCTTACCTGTATTAGCAGGGGCAATTACCATGCTTCTTACTGATAGAAATTTCAATACATC 'Depastromorpha_sp_AUS' GGGGCTTTCTCTGGTATGGTGGGTACCGCTTTTAGCATGCTAATACGGCTTGAATTATCTGCTCCTGGTACTATGTTAGGGGATGATCAATTGTACAATGTATTAGTGACTGCTCACGCTCTTATTATGATTTTCTTTCTTGTCATGCCAGTCATGATTGGGGGATTTGGAAATTGACTTGTACCTCTCTACATTGGTGCTCCCGACATGGCATTTCCTCGTTTAAACAATATCAGTTTTTGATTGTTACCTCCAGCCCTTATTTTACTCTTAGGTTCCTCTTTAATTGAACAAGGAGTGGGTACAGGATGAACTATTTATCCTCCCTTGTCTGGGATTCAAGCTCACTCGGGTGGTGCTGTTGACATGGGTATTTTTAGCCTTCATCTAGCTGGAGCTTCCTCTATTTTAGGAGCCATGAATTTTATCACTACTATTATTAACATGCGAGCTCCGGGAATCTCTTGGGATAAACTCCCTTTATTTGTATGATCTGTGCTAATTACCGCTGTTTTATTATTGCTCTCATTACCAGTATTAGCTGGTGCGATTACAATGCTTTTAACAGATCGGAATTTTAACACTTC 'Kishinouyea_sp_MOOREA' GGTGCGTTTGCGGGCATGGTGGGAACAGCTTTTAGTATGCTAATCCGCCTAGAGCTGTCTGCACCGGGTAGTATGTTAGGCGATGATCAACTTTATAACGTCCTTGTTACCGCCCATGCTTTAATTATGATCTTTTTTCTTGTGATGCCTGTGATGATTGGTGGGTTTGGCAATTGATTGGTGCCTTTATATATTGGGGCCCCGGATATGGCTTTCCCTCGCCTAAATAATATCAGTTTTTGACTTTTGCCTCCGGCTTTAATTTTACTTTTGGGTTCCTCGCTGATTGAGCAAGGCGTCGGAACAGGGTGAACCATTTACCCTCCCTTAGCGGGGATTCAGGCTCACTCTGGCGGAGCGGTCGATATGGGTATTTTTAGCCTTCATTTAGCAGGTGCTTCATCTATTTTAGGGGCGATGAATTTTATCACCACCATATGTAATATGCGTGCCCCTGGATTAAGCTGAGACAAGTTACCCCTCTTTGTTTGATCCGTGCTGATTACGGCTGTGCTTCTCCTTCTTTCCTTACCGGTTTTAGCCGGAGCGATTACCATGCTTTTAACCGATCGAAACTTTAATACGTC 'Kishinouyea_sp_NZ' ---------------ATGGTCGGAACCGCTTTTAGTATGCTGATTCGGTTAGAACTATCTTCGCCAGGTAGTATGTTAGGAGACGACCAACTTTACAATGTACTAGTAACAGCCCATGCCCTTATAATGATTTTCTTTTTAGTAATGCCTGTTATGATAGGAGGGTTTGGAAACTGATTAGTTCCTTTATATATAGGTGCCCCAGATATGGCTTTTCCTCGGCTAAACAATATAAGCTTTTGACTTCTGCCTCCTGCTTTGATACTCTTGCTAGGTTCTTCCCTTATTGAACAAGGTGTGGGGACAGGGTGAACTATTTATCCCCCTCTCTCAGGAATTCAAGCTCACTCCGGGGGTGCTGTAGATATGGGAATATTCAGTCTCCATTTAGCAGGCGCTTCTTCTATTTTAGGAGCTATGAATTTTATTACCACTATATTTAATATGCGGGCTCC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 'Kishinouyea_sp_SAF' GGTGCCTTCTCGGGGATGGTTGGTACAGCTTTTAGCATGCTAATTCGTCTTGAACTATCCGCCCCAGGTAGTATGTTAGGGGATGATCAACTCTATAATGTGTTAGTGACTGCCCACGCTTTAATTATGATTTTCTTTTTAGTGATGCCAGTCATGATTGGGGGTTTTGGTAATTGATTGATCCCCCTCTATATTGGGGCTCCTGATATGGCTTTCCCTCGTCTGAATAACATTAGCTTTTGACTTCTACCCCCTGCCCTTATTCTCTTGTTAGGTTCTTCTCTAATTGAACAAGGTGTTGGAACAGGTTGAACAGTGTACCCTCCTTTAGCAGGTATTCAAGCCCATTCAGGTGGAGCTGTTGATATGGGTATATTTAGTCTACATTTAGCTGGGGCATCTTCTATCTTAGGTGCTATGAACTTTATTACCACTATTATTAATATGCGAGCACCTGGTTTAAGTTGGGATAAATTACCCCTCTTTGTTTGGTCTGTTCTTATTACTGCTGTTCTTCTTTTACTTTCTTTACCTGTTCTAGCTGGGGCTATTACTATGTTATTAACCGATCGGAATTTTAATACTTC 'Lipkea_sp_JAPAN' GGGGCCTTTGCGGGAATGGTGGGAACCGCCTTTAGTATGTTGATTAGACTAGAGCTCTCCTCTCCAGGAACTATGCTAGGAGATGATCAACTTTACAATGTGCTGGTAACGGCACATGCCCTTATTATGATATTCTTTCTCGTTATGCCCGTTATGATCGGGGGATTTGGAAACTGGCTTGTACCCCTTTACATCGGGGCCCCAGATATGGCCTTTCCCCGACTTAATAATATTAGTTTTTGGCTTCTACCTCCAGCCCTTATTCTTCTTTTAGGTTCATCCCTAATAGAACAAGGAGTAGGAACAGGATGAACAGTCTATCCTCCCCTAGCGGGTATTCAAGCTCATTCGGGGGGAGCTGTAGATATGGGAATCTTTAGCCTACACCTGGCTGGAGCATCTTCTATATTAGGGGCTATAAACTTTATTACCACTATATTTAATATGCGGGCCCCTGGAGTAGGATGGGATAAACTCCCCCTCTTTGTGTGGTCTGTTTTAATTACAGCTTTTCTTTTACTATTATCATTGCCTGTCTTAGCTGGAGCTATTACGATGCTTCTAACGGATAGGAACTTTAATACATC 'Lucernaria_sp_EPR' GGTGCCTTTGCCGGAATGGTAGGAACCGCCTTTAGTATGCTTATCCGTTTAGAACTATCCTGTCCAGGATCTATGTTAGGAGACGACCAACTTTATAACGTTTTAGTAACAGCCCATGCCTTTGTTATGATTTTCTTTTTAGTGATGCCCGTTATGATTGGGGGGTTTGGTAATTGACTTGTACCCCTTTATATTGGGGCTCCTGATATGGCCTTTCCTCGATTAAATAACATTAGTTTTTGATTGTTACCTCCAGCCCTAATCCTTTTATTAGGCTCTTCTTTGGTAGAGCAGGGTGTAGGAACAGGTTGAACCGTCTATCCGCCCCTTTCAGGTATTCAAGCCCACTCAGGTGGAGCTGTTGACATGGGGATTTTTAGTCTTCACCTAGCTGGAGCTTCTTCTATTTTAGGGGCAATGAACTTTATTACCACTATTTTTAATATGAGGGCACCAGGACTAAGCTGGGATAAACTCCCCCTTTTTGTGTGATCCGTTTTAATTACAGCCTTCCTTCTCCTACTCTCTTTACCTGTTTTAGCAGGTGCTATTACTATGTTATTAACAGATCGGAACTTCAATACCTC 'Lucernariopsis_sp_NZ' GGGGCTTTTTCTGGAATGGTAGGTACAGCTTTTAGTATGCTTATTAGGTTAGAATTGTCTTCCCCTGGAACTATGCTAGGGGACGATCAACTTTATAATGTGTTAGTCACAGCCCATGCGTTTGTAATGATCTTTTTTTTGGTAATGCCTGTTATGATTGGAGGGTTTGGTAACTGGTTAGTACCCTTATACATTGGGGCCCCAGATATGGCCTTCCCTCGTCTTAACAATATTAGCTTTTGACTTTTACCCCCTGCTTTAATACTTTTATTAGGGTCTTCCCTTATAGAACAAGGGGTAGGAACCGGGTGAACAGTCTATCCCCCATTATCGGGAATTCAAGCTCATTCTGGGGGTGCTGTAGATATGGGGATTTTTAGCCTACATTTGGCTGGAGCTTCCTCTATTTTAGGGGCCATGAACTTTATTACTACTATTTTTAACATGA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 'Stenoscyphus_sp_AUS' GGTGCCTTTTCAGGAATGGTGGGTACAGCTTTCAGTATGCTAATCCGCCTTGAATTATCTGCCCCAGGTACTATGTTAGGGGACGATCAACTTTATAATGTTTTAGTAACAGCTCATGCTTTTGTTATGATTTTCTTCCTTGTTATGCCAGTTATGATTGGTGGGTTTGGGAATTGACTAGTTCCCCTTTACATTGGAGCCCCCGACATGGCTTTTCCCCGTTTAAACAATATTAGCTTTTGACTTTTACCCCCAGCTTTAATTCTTTTACTAGGGTCCTCTTTAGTTGAACAAGGTGTGGGTACTGGTTGAACAGTTTACCCTCCCCTTTCAGGTATCCAAGCTCATTCCGGTGGTGCTGTTGACATGGGAATTTTTAGCCTTCACTTAGCTGGTGCTTCATCTATATTAGGAGCTATGAACTTTATCACCACTATTTTTAATATGCGTGCCCCAGGAGTAACTTGGGATAAGCTTCCCTTATTTGTTTGATCAGTTCTAATCACAGCCTTTTTACTACTCCTATCTTTGCCTGTACTAGCAGGAGCAATTACTATGCTTTTAACTGATAGGAATTTTAACACATC ; END; BEGIN TREES; Title 'COI_ML_tree'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 'Craterolophus_convolvulus_GERMANY', 2 'Craterolophus_convolvulus_UK', 3 'Depastromorpha_africana', 4 'Haliclystus_antarcticus_ANT', 5 'Haliclystus_californiensis', 6 'Haliclystus_octoradiatus', 7 'Haliclystus_sanjuanensis', 8 'Haliclystus_stejnegeri', 9 'Haliclystus_tenuis', 10 'Lipkea_ruspoliana', 11 'Lucernaria_bathyphila_DEEPSEA', 12 'Lucernaria_janetae', 13 'Lucernaria_sainthilairei', 14 'Lucernariopsis_campanulata', 15 'Lucernariopsis_cruxmelitensis', 16 'Lucernariopsis_vanhoeffeni', 17 'Manania_gwilliami', 18 'Sasakiella_cruciformis', 19 'Stenoscyphus_inabai', 20 'Depastromorpha_sp_AUS', 21 'Kishinouyea_sp_MOOREA', 22 'Kishinouyea_sp_NZ', 23 'Kishinouyea_sp_SAF', 24 'Lipkea_sp_JAPAN', 25 'Lucernaria_sp_EPR', 26 'Lucernariopsis_sp_NZ', 27 'Stenoscyphus_sp_AUS'; TREE tree_1 = ((1:0.00185356,2:2.9E-7):0.163850295,(16:0.12910657,(((15:0.23974738,((13:0.12904072,(11:0.04315602,(12:0.01697521,25:0.00820422):0.01526814):0.03809531):0.17094739,(10:0.29352762,24:0.30185817):0.10632333):0.10739899):0.04104997,(26:0.27560264,(14:0.49299553,22:0.21729812):0.15851977):0.1129296):0.08030641,(18:0.42443451,((21:0.46378429,23:0.28830884):0.09852322,(17:0.32707662,((27:0.1578573,(9:0.43345292,19:0.13643097):0.09401836):0.2208443,((3:0.44706926,20:0.36490922):0.18552819,((5:0.21606238,(4:0.09138487,7:0.11210947):0.02328977):0.0645514,(6:0.24261608,8:0.17229395):0.07750602):0.02016902):0.05002258):0.08340276):0.03649543):0.04550334):0.02741828):0.05654749):0.163850295); END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 587; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 587; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 587; END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1456348518456; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 4011111251247946308; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 2206286826211207895; mqVersion 275; checksumv 0 3 2628540661 null getNumChars 587 numChars 587 getNumTaxa 27 numTaxa 27 short true bits 15 states 15 sumSquaresStatesOnly 432250.0 sumSquares 432250.0 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState false false 184; setPopoutState 400; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1366 650; setLocation -8 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; desuppress; endTell; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; showTaxa #4011111251247946308 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList; tell It; setTaxa #4011111251247946308; getWindow; tell It; newAssistant #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder; newAssistant #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1182 583; setLocation -8 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam; endTell; endTell; showWindow; getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; endTell; endTell; getEmployee #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord; tell It; makeTreeWindow #4011111251247946308 #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker; tell It; suppressEPCResponse; setTreeSource #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees; tell It; setTreeBlock 1; toggleUseWeights off; endTell; setAssignedID 897.1456330668949.2045691679496142588; getTreeWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1182 583; setLocation -8 0; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setActive; getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator; tell It; suppress; setTreeDrawer #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree; tell It; setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard; tell It; branchLengthsToggle off; toggleScale on; toggleBroadScale off; toggleCenter on; toggleEven on; endTell; setEdgeWidth 6; orientUp; setCornerMode Right_Angle 50; endTell; setBackground White; setBranchColor Black; showNodeNumbers off; showBranchColors on; labelBranchLengths off; centerBrLenLabels on; showBrLensUnspecified on; showBrLenLabelsOnTerminals on; setBrLenLabelColor 0 0 255; setNumBrLenDecimals 6; desuppress; getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames; tell It; setColor Black; toggleColorPartition on; toggleShadePartition off; toggleShowFootnotes on; toggleNodeLabels on; toggleCenterNodeNames off; toggleShowNames on; namesAngle ?; endTell; endTell; setTreeNumber 1; setDrawingSizeMode 0; toggleLegendFloat on; scale 0; toggleTextOnTree off; showWindow; endTell; desuppressEPCResponse; getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes; tell It; setAlwaysOn off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition; tell It; colorByPartition off; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles; tell It; setOn on; setDigits 4; writeAsPercentage off; toggleCentred on; toggleHorizontal on; toggleWhiteEdges on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings; tell It; setOn on; toggleCentred on; toggleHorizontal on; setFontSize 10; setOffset 0 0; endTell; getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; endTell; end;