#NEXUS

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	Phytophthora_nicotianae_OToP7   GCAAAAAATAATAATGAATTATTTTTATTATTAAATTCACTATTTTTAATAAAAAAATAATTTATTAGCAAAAATAGCTCAATGGTAGAGTATAACCTTGCCAAGGTTAATGTTGAGGGTTCGAATCCCTTTTTTTGCTTTAATATTTATATTATAAATGGACCCAAAGGCAGTATTTGGTATTTCCATTAATATTAATAAGGGAATAATAAAAGAATTGACATTTATTTTATATTATATGTGATTATAGATTAATTGGTAAATCATTTGCCTTCCAAGCAAATATTGTGGGTTCGAGTCCCACTAATCACATTATATTTTATAAGGAGAAATGGCTGAGTGGTTAAAGGCGGCAGACTGTAAATTTGTTGAAATAATTTCTACGTAGGTTCGAATCCTGCTTTCTCCAAAAATATAATATAAAAAAAATATTTATTATATTGATTTTTTATTTAAAAATATTTGTTCTTCTTAGATTATTACATAATAAATAAATTCAAATAATTATACATTTTTGATAATTTTAAATATATAAATTTTTTTTTATTAAAAAACTCAATACAATCGATAAAATATAAACAAATTTATATTAATTATTTAAAAATAAAAATTTTCTATCCTTTAAGACAATATAAAATGAAAATTAATATAAGAATGTTATATTATTAAAATTAAAATTTTTTGTTATTTTAAAAATATATATTAAATAATTAATATAAAATTTAAATAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAATAAATGCTATCGGTATGCTAACAAGGTAGTCGTAGGGGAACCTGTGTCTGGAGAGTCTTTAAACATTCTTAAATTAATTTTCAAAATCTAAGGAAAATAGTTTAATTGGTAAAATCATAGTCTCCAAAATTATTGTTATGGGTTCAAGTCCCATTTTTCCTGTTTTTATTTAATAAAATATTATAAATCAAAAAAATTTTATAAAATCTGAAATTAATTAAATTCAAGTTATAAAAATAAAATTTTATTTAAAATACTTTTTAACAAAAGGGAATTTAAATTTAGATTTATAATATTTTATTAAATTCTATAAAAATTAAAAAAATATGATATTAAAGATAAATTTAATAATTTTATGTAAAAGTTATTAAAAAAATATTTTTTAAAAATTTTATATTATTTAAGAAAGATAAACATTTAATTATTTTTCTTAAAAAATATAAATAATATTTTTTATATTTTTTGAATTTTTATAATTCAAAAATACCTAATTTTGTATATATTAAAAAATAAA-------TTTAAACAATATTATGACAATAATAAATTATATAAATAATCAATTTACTTTTTTAGATATGGCAGAACCTTGATGGAGGGTATTATTAACTTTCATCATGATTTAATGTTTTTTTTAATTATGATTACAGTATTTGTTTGTTGGATGTTATTTAGAGTTATTACTCTTTTTGATGAAAAAAAAAATAAAATCCCATCAACTGTTGTACAGGGTGCTACTATTGAAATTATTTGGACATCTATTCCAGCTTTAATTTTATTAACAGTTGCAGTTCCATCTTTTGCATTATTATATTCAATGGATGAAGTAATTGATCCTATTATTACTTTAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGAGTTACGAATATTCAGATAATTTAGAATTTTCAGATGAACCTTTAATTTTTGATAGTTATATGGTACAAGAAGATGATTTAGCAATAGGTCAATTTAGACTTTTAGAAGTAGATAATCGTGTAGTAGTTCCAACTAATAGTCATATTAGAGTATTAATTACTGCATCAAATGTATTACATTCATGGGCTATTCCTTCATTAGGCATTAAATTAGATGCTTGTCCAGGTCGTTTAAATCAAACTTCTATGTTTATTAAAAGAGAAGGTGTTTTTTATGGACAATGTAGTGAAATTTGTGGAGTAAATCATGGATTTATGCCTATTGTAGTAGAAGCTGTATCATTAGAAGATTATTTAATTTGGTTAAAAAATAAAATTAATTTTGATTTTAATGCATAATAATTAAAAAATTTATGATATTTAAAATCATTGGTATAACTTTTTTAATATTATTATTATTTACTGATATTAAGCAAATAATTAATAAAATTAAACAATTTTTTAATAAATAAAATAAAAAAATCCAACGCTTTTTTTAATAAATATATATATCTAATTTTGCATTTAAAATAAATTAAAAAAAATATTTAAAAATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAAC
	Phytophthora_nicotianae_OToP8   GCAAAAAATAATAATGAATTATTTTTATTATTAAATTCACTATTTTTAATAAAAAAATAATTTATTAGCAAAAATAGCTCAATGGTAGAGTATAACCTTGCCAAGGTTAATGTTGAGGGTTCGAATCCCTTTTTTTGCTTTAATATTTATATTATAAATGGACCCAAAGGCAGTATTTGGTATTTCCATTAATATTAATAAGGGAATAATAAAAGAATTGACATTTATTTTATATTATATGTGATTATAGATTAATTGGTAAATCATTTGCCTTCCAAGCAAATATTGTGGGTTCGAGTCCCACTAATCACATTATATTTTATAAGGAGAAATGGCTGAGTGGTTAAAGGCGGCAGACTGTAAATTTGTTGAAATAATTTCTACGTAGGTTCGAATCCTGCTTTCTCCAAAAATATAATATAAAAAAAATATTTATTATATTGATTTTTTATTTAAAAATATTTGTTCTTCTTAGATTATTACATAATAAATAAATTCAAATAATTATACATTTTTGATAATTTTAAATATATAAATTTTTTTTTATTAAAAAACTCAATACAATCGATAAAATATAAACAAATTTATATTAATTATTTAAAAATAAAAATTTTCTATCCTTTAAGACAATATAAAATGAAAATTAATATAAGAATGTTATATTATTAAAATTAAAATTTTTTGTTATTTTAAAAATATATATTAAATAATTAATATAAAATTTAAATAGAGTTTGATGCTGGCTCAGAATAAATGCTATCGGTATGCTAACAAGGTAGTCGTAGGGGAACCTGTGTCTGGAGAGTCTTTAAACATTCTTAAATTAATTTTCAAAATCTAAGGAAAATAGTTTAATTGGTAAAATCATAGTCTCCAAAATTATTGTTATGGGTTCAAGTCCCATTTTTCCTGTTTTTATTTAATAAAATATTATAAATCAAAAAAATTTTATAAAATCTGAAATTAATTAAATTCAAGTTATAAAAATAAAATTTTATTTAAAATACTTTTTAACAAAAGGGAATTTAAATTTAGATTTATAATATTTTATTAAATTCTATAAAAATTAAAAAAATATGATATTAAAGATAAATTTAATAATTTTATGTAAAAGTTATTAAAAAAATATTTTTTAAAAATTTTATATTATTTAAGAAAGATAAACATTTAATTATTTTTCTTAAAAAATATAAATAATATTTTTTATATTTTTTGAATTTTTATAATTCAAAAATACCTAATTTTGTATATATTAAAAAATAAA-------TTTAAACAATATTATGACAATAATAAATTATATAAATAATCAATTTACTTTTTTAGATATGGCAGAACCTTGATGGAGGGTATTATTAACTTTCATCATGATTTAATGTTTTTTTTAATTATGATTACAGTATTTGTTTGTTGGATGTTATTTAGAGTTATTACTCTTTTTGATGAAAAAAAAAATAAAATCCCATCAACTGTTGTACATGGTGCTACTATTGAAATTATTTGGACATCTATTCCAGCTTTAATTTTATTAACAGTTGCAGTTCCATCTTTTGCATTATTATATTCAATGGATGAAGTAATTGATCCTATTATTACTTTAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGAGTTACGAATATTCAGATAATTTAGAATTTTCAGATGAACCTTTAATTTTTGATAGTTATATGGTACAAGAAGATGATTTAGCAATAGGTCAATTTAGACTTTTAGAAGTAGATAATCGTGTAGTAGTTCCAACTAATAGTCATATTAGAGTATTAATTACTGCATCAAATGTATTACATTCATGGGCTATTCCTTCATTAGGCATTAAATTAGATGCTTGTCCAGGTCGTTTAAATCAAACTTCTATGTTTATTAAAAGAGAAGGTGTTTTTTATGGACAATGTAGTGAAATTTGTGGAGTAAATCATGGATTTATGCCTATTGTAGTAGAAGCTGTATCATTAGAAGATTATTTAATTTGGTTAAAAAATAAAATTAATTTTGATTTTAATGCATAATAATTAAAAAATTTATGATATTTAAAATCATTGGTATAACTTTTTTAATATTATTATTATTTACTGATATTAAGCAAATAATTAATAAAATTAAACAATTTTTTAATAAATAAAATAAAAAAATCCAACGCTTTTTTTAATAAATATATATATCTAATTTTGCATTTAAAATAAATTAAAAAAAATATTTAAAAATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAAC
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;



END;

BEGIN TREES;
	Title Phytophthora_nicotianae_cms_bayes;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 Phytophthora_nicotianae_OBrP1,
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[2] 		3 Phytophthora_nicotianae_OBrP11,
[3] 		4 Phytophthora_nicotianae_OBrP13,
[4] 		5 Phytophthora_nicotianae_OBrP14,
[5] 		6 Phytophthora_nicotianae_OBrP16,
[6] 		7 Phytophthora_nicotianae_OBrP17,
[7] 		8 Phytophthora_nicotianae_OBrP18,
[8] 		9 Phytophthora_nicotianae_OBrP2,
[9] 		10 Phytophthora_nicotianae_OBrP20,
[10] 		11 Phytophthora_nicotianae_OBrP3,
[11] 		12 Phytophthora_nicotianae_OBrP4,
[12] 		13 Phytophthora_nicotianae_OBrP5,
[13] 		14 Phytophthora_nicotianae_OBrP6,
[14] 		15 Phytophthora_nicotianae_OBrP7,
[15] 		16 Phytophthora_nicotianae_OBrP8,
[16] 		17 Phytophthora_nicotianae_OBrP9,
[17] 		18 Phytophthora_nicotianae_ORgP1,
[18] 		19 Phytophthora_nicotianae_ORgP10,
[19] 		20 Phytophthora_nicotianae_ORgP11,
[20] 		21 Phytophthora_nicotianae_ORgP12,
[21] 		22 Phytophthora_nicotianae_ORgP13,
[22] 		23 Phytophthora_nicotianae_ORgP14,
[23] 		24 Phytophthora_nicotianae_ORgP15,
[24] 		25 Phytophthora_nicotianae_ORgP16,
[25] 		26 Phytophthora_nicotianae_ORgP17,
[26] 		27 Phytophthora_nicotianae_ORgP18,
[27] 		28 Phytophthora_nicotianae_ORgP19,
[28] 		29 Phytophthora_nicotianae_ORgP2,
[29] 		30 Phytophthora_nicotianae_ORgP20,
[30] 		31 Phytophthora_nicotianae_ORgP21,
[31] 		32 Phytophthora_nicotianae_ORgP22,
[32] 		33 Phytophthora_nicotianae_ORgP23,
[33] 		34 Phytophthora_nicotianae_ORgP25,
[34] 		35 Phytophthora_nicotianae_ORgP26,
[35] 		36 Phytophthora_nicotianae_ORgP27,
[36] 		37 Phytophthora_nicotianae_ORgP28,
[37] 		38 Phytophthora_nicotianae_ORgP3,
[38] 		39 Phytophthora_nicotianae_ORgP31,
[39] 		40 Phytophthora_nicotianae_ORgP33,
[40] 		41 Phytophthora_nicotianae_ORgP34,
[41] 		42 Phytophthora_nicotianae_ORgP35,
[42] 		43 Phytophthora_nicotianae_ORgP36,
[43] 		44 Phytophthora_nicotianae_ORgP37,
[44] 		45 Phytophthora_nicotianae_ORgP39,
[45] 		46 Phytophthora_nicotianae_ORgP4,
[46] 		47 Phytophthora_nicotianae_ORgP41,
[47] 		48 Phytophthora_nicotianae_ORgP42,
[48] 		49 Phytophthora_nicotianae_ORgP44,
[49] 		50 Phytophthora_nicotianae_ORgP46,
[50] 		51 Phytophthora_nicotianae_ORgP47,
[51] 		52 Phytophthora_nicotianae_ORgP49,
[52] 		53 Phytophthora_nicotianae_ORgP5,
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[55] 		56 Phytophthora_nicotianae_ORgP8,
[56] 		57 Phytophthora_nicotianae_ORgP9,
[57] 		58 Phytophthora_nicotianae_OToP1,
[58] 		59 Phytophthora_nicotianae_OToP10,
[59] 		60 Phytophthora_nicotianae_OToP11,
[60] 		61 Phytophthora_nicotianae_OToP12,
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[65] 		66 Phytophthora_nicotianae_OToP2,
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[69] 		70 Phytophthora_nicotianae_OToP26,
[70] 		71 Phytophthora_nicotianae_OToP27,
[71] 		72 Phytophthora_nicotianae_OToP3,
[72] 		73 Phytophthora_nicotianae_OToP5,
[73] 		74 Phytophthora_nicotianae_OToP7,
[74] 		75 Phytophthora_nicotianae_OToP8,
[75] 		76 Phytophthora_nicotianae_OToP9;
	TREE CMS_tree_1 = (18:0.060448,29:0.058997,38:0.059467,46:0.05622,55:0.226076,56:0.057772,57:0.058896,19:0.062182,20:0.055679,21:0.05888,22:0.060243,23:0.275695,24:0.061254,25:0.071358,26:0.05874,27:0.058119,28:0.060039,30:0.062425,31:0.060179,32:0.06076,34:0.05883,35:0.060138,37:0.057419,39:0.060596,47:0.061709,48:0.056502,51:0.056799,52:0.059051,54:0.05983,58:0.055784,73:0.063078,75:0.091233,76:0.06649,60:0.062827,63:0.117043,65:0.058771,68:0.059173,69:0.062371,71:0.062898,(1:0.057214,(9:0.075644,12:0.130059):0.115231,11:0.111237,13:0.057386,14:0.057082,15:0.055739,16:0.057381,17:0.061341,(2:0.068712,6:0.234685):0.111332,(3:0.552364,4:0.128407):2.167961,5:0.176719,7:0.056266,8:0.058605,10:0.261937):0.235966,(33:0.052601,36:0.054152):0.116784,((((59:0.066992,61:0.123674):0.133478,70:0.072617):0.330586,67:0.070688):0.184356,62:0.06167):0.182457,((53:0.21321,40:0.08273):0.290315,41:0.059347,42:0.056063,43:0.115708,44:0.055061,45:0.059771,49:0.055317,50:0.056996):0.235114,((66:0.059355,72:0.055139):0.118441,(74:0.057876,64:0.058623):0.109518):0.128974);
END;

BEGIN SETS;
	TAXSET ridge_gourd ( TAXA = Taxa2 ) =  18 -  57;
	TAXSET brinjal ( TAXA = Taxa2 ) =  1 -  17;
	TAXSET tomato ( TAXA = Taxa2 ) =  58 -  70 72 -  76;
	TAXSET castor ( TAXA = Taxa2 ) =  71;
END;