NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:31:07]
[Matrix accession#: M3493]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3493;
	DIMENSIONS  NTAX=28;
	TAXLABELS
		Vitis	Trochodendron	Tetracarpaea	Sedum	Saxifraga	Micranthes	Ribes	Rhodoleia	Pterostemon	Platanus	Peridiscus	Penthorum	Paeonia	Myriophyllum	Liquidambar	Kalanchoe	Itea	Heuchera	Hamamelis	Haloragis	Exbucklandia	Daphniphyllum	Crassula	Corylopsis	Choristylis	Cercidiphyllum	Aphanopetalum	Altingia
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3493;
	DIMENSIONS NCHAR=12266;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Vitis                ????????????????????TT?TGGTCCTGGGGTTTCCACGCTTGARAAAAAAAACCTGGGGCGTATCGCTCAAATCATTGGTCCGGTCCTGGATGTAGCTTTTCCCCCGGGCAAGATGCCTAATATTTACAATGCGCTGGTAGTTAAGGGTCGAGATACTGTCGGTCAACAAATTAATGTGACTTGTGAGGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTGGCTATGAGTGCTACAGATGGTCTAACGAGAGGAATGGAAGTGATTGACACGGGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGTGGAGCGACTCTCGGACGAATTTTCAACGTGCTTGGAGAGCCTGTTGATAATTTAGGTCCTGTAGATACTCGCACAACATCTCCTATTCATAGATCTGCGCCCGCCTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCCATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTGGATCTTTTAGCTCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATTGGACTATTCGGGGGAGCTGGAGTGGGTAAAACAGTACTCATTATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGGGGTGTATCTGTATTTGGCGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCTGGAGTGATTAATGAAAAAAATATTTCAGAATCAAAAGTGGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCTCGTATGAGAGTTGGTTTGACTGCCCTAACTATGGCGGAATATTTCCGAGATGTTAATGAACAAGACGTACTTCTATTTATCGACAATATCTTCCGTTTCGTCCAAGCAGGATCCGAAGTATCTGCCTTATTGGGCAGAATGCCTTCCGCTGTGGGTTATCAACCTACCCTTAGTACCGAAATGGGTTCTTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAAGAGGGGTCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCGGACGATTTGACCGACCCTGCCCCTGCCACAACATTTGCACATTTAGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTCCAACCTCGTATCGTTGGTGAGGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAGCAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTTCAAGACATTATAGCTATCCTTGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGTTTAACCGTAGCAAGAGCACGAAAAATTGAGCGTTTCTTATCACAACCCTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACCGGTTCTCCAGGGAAATATGTTGGTCTAGCAGAAACAATTAGAGGGTTTCAATTGATCCTTTCCGGAGAATTAGATGGTCTTCCCGAACAGGCCTTTTATTTGGTAGGTAACATCGATGAAGCTACCGCGAAGGCTATGAACTTA??????????????????????????????????????????????????TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATCTGCTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTTTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCATCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACTATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGTCGACCGGTCCGCCTCGCGGTGTGCACCTGTCGCCTCGTCCCTTCTACCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGGTCCTATTCTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTATGT-GAAGG-TGAGCCTCCGCAGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTA-GGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTCTATAGCCTTGGCCGACAGGCCCGGGTAATCTTTGAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGCGGTCCGCCGCCCGCGACGTCGCGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGTGTTGGATTCAAAGCCGGTGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAGACCAAACCTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCCGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGCTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTGTTTGGGTTCAAAGCTCTGCGCGCTCTACGTCTAGAGGATCTGCGAATCCCCCCTGCTTATACTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCTAAGAACTATGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACTAAAGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCCATTTTTAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCTATATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCAGTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCATCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCCTTACGTATGTCTGGAGGAGATCATATTCACGCCGGTACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAAAGAGAGATCACTTTGGGCTTTGTTGATTTATTACGTGATGATTTTGTTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTCCTGCCAGTGGCTTCTGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTTTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAATGAAATTATCCGTGCAGCTAGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAAATCAAATTTGAATTCCCAGCAATGGATACTTTGTAAATGGAAGGAGTTCAAAGATATTTTAAACTAGATAGGTCTCGTCAAGATGACTTCCTATATCCACTTATCTTTCAGGAGTATATTTATGCACTTTCTTATGATCATGGTTTAAACAGATCTATTTTG---------TTGGAAAATGTGGGT------TATGACAATAAATCCAGTTTACTAATTGTGAAACGTTTAATTACGCGAATGTATCAACAGAATCATTTGATTTTTTCT------GATTCTAATCAAAATCCATTTT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		Trochodendron        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		Platanus             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		Daphniphyllum        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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1498 - 3310 5840 - 9219 11988 - 12266 , 
 1: 1 - 1495 \ 3 3311 - 5837 \ 3 9221 - 11393 \ 3 11397 - 11985 \ 3 , 
 2: 2 - 1496 \ 3 3312 - 5838 \ 3 9222 - 11394 \ 3 11395 - 11986 \ 3 , 
 3: 3 - 1497 \ 3 3313 - 5839 \ 3 9220 - 11392 \ 3 11396 - 11987 \ 3 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET atpB = 1 - 1497 ; 
 CHARSET 18S = 1498 - 3310 ; 
 CHARSET rbcL = 3311 - 4738 ; 
 CHARSET matK = 4739 - 5839 ; 
 CHARSET 26S = 5840 - 9219 ; 
 CHARSET ndhF = 9220 - 11394 ; 
 CHARSET rps4 = 11395 - 11987 ; 
 CHARSET rps4_trnS_spacer = 11988 - 12266 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET * excluded = 1 - 24 1471 - 1524 3255 - 3325 5108 - 5122 5840 - 5845 6307 - 6309 6381 - 6385 6437 - 6439 6451 6452 8432 - 8435 9054 - 9057 9111 - 9113 10820 - 10831 11351 - 11432 11988 - 12266 ; 
 END;