NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:31:57]
[Matrix accession#: M3544]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3544;
	DIMENSIONS  NTAX=24;
	TAXLABELS
		Menyanthes_trifoliata	'Nephrophyllidium crista-galli'	Villarsia_umbricola	Villarsia_reniformis	Villarsia_parnassifolia	Villarsia_calthifolia	Villarsia_albiflora	Villarsia_manningiana	Villarsia_capensis	Villarsia_latifolia	Villarsia_lasiosperma	Villarsia_exaltata	Villarsia_capitata	Villarsia_congestiflora	Nymphoides_exigua	Liparophyllum_gunnii	Nymphoides_peltata	Nymphoides_geminata	Nymphoides_exiliflora	Nymphoides_crenata	Nymphoides_thunbergiana	Nymphoides_indica	Nymphoides_cristata	Nymphoides_cordata
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3544;
	DIMENSIONS NCHAR=5200;
	FORMAT SYMBOLS = " A T G C 0 1 2 3 " MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Menyanthes_trifoliata                 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		'Nephrophyllidium crista-galli'       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		Villarsia_umbricola                   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		Villarsia_reniformis                  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		Villarsia_parnassifolia               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		Villarsia_congestiflora               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		Nymphoides_exigua                     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		Nymphoides_exiliflora                 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		Nymphoides_crenata                    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?TTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAATCCTTTGCTAAC--CGAAGCAGATTGACTTG-CGAACCTGTAA-CCAACCCAGC----TATAC---GAGG---CGTCA--TTAGAGGAACGGGCGTCAGCCTGTGACCGG----TGATG--------TCTCT--AATGTTGTGAATTCGGAGAAGC-GAAGATG--TTAGTTGGATA-TCCT----TGCTCCTCTGCG-TTGA--CAATAAA-ACTAAACCCCCGGCATAAGACATGCCAAGGGAAAC---AAAA-GTTAAGGAAA-CACG----TCCC-TCGCGAATCC---GCATCGTGGTATCGAC--GAGAGG-ATGA-TGCTT-CTTG----CTTACTATCAA---TGACGAA----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTTAGGCTGAGGGCACGTTTGCCTGGGCGTCGTA-TTTTGTGTTGCCCCC------AAATCCAA-----CCCTCATATGATGT------AACGTTCA---TGTGCCGTT----GGTCC---GTT-GGGGTGCAGAAATTGGTCTCCCGTA-TCGAGTTTGCGGTTGGCCC-AAATGGGTGCCACCGGCGACGGGTGCACGACAATTGGTGGTCGA-GAAGGCCTTCAA--GTATGTG-TTGTGGATGCCCTGT-------TGCC-GGGGCAGTTAC--GGCCCGCGAGC------TGTCGTCCC---ATGACG--ATGCGATGCTC----ATAGATGCCGACCCCAGGTCAGGCGGGATT???????????????????????????????????TTTGGATGAAGCGAGGGATTCGTCCATACTATCGGTAAAGTTTCGAAGACCACGACTGATCCTGAAAGGGAATGAATGGAAAAAATAGCATGTCGTATCAATTAAG---------AATTCTGAAAATTTTTTATTCCGCCTAGATTGGTATAAAATCTTGGTTAAA--------TTATTGGAAGGGAGCAAAAAGAATTCAATT-----GAAAGTTAAAGTTGGGTCAAATGAATAAATGGATAGAGCCCTGTGGCTTCAATTAATTTCATTTTTATTATATTATAGGAAAAGAAAAAGCAACGAGCTTCCATTCTTGATTTGAATGATTACCCGATCTAATTAGACGTTAAAAA-TATATTAGTGCCTGGTACGGGAAGGACTTCTCT-TATGAGTAGATTCTTGATTTTTTAATGAATCCTAAATATTCCCATTGTCCATTTC-----ATAATGGAGATGTGTGTGTATAAGAAACAGTATATTGATAAAAAAA-TTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTGAGTTGAAAAAA---TAAAGGATTTCTAACCATCTTGTTAGTCTATAA------CGAGCATAA--CCCGCTTTTGTATTTTAATGTAAAAAGAGAGGATAGAGAATCCGTTGATAAGTT---CTGGATCCGAGGTATCTATTGGT--------ATAATACCTTGTTTTGACTGTATCGCACTATGTATCATTTGATAAACTCTAAAATCCTCTACCTTT-------AGTTTAAATCGAATTTCAAATGGAGAAATTCCGAAGCTATTTAGAGCTAGATAGGTCTCAACAACAATACTTCTTATATCCGCTTATTTTTCAGGAATATATTTATGCACTTGTTCAT---------GTAAATAGATCGATTTTGTTGCAAAAT------------------------------CAAAATATAAGTTATGAGAATAAATTCAGCTTACTAGTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGGACCATTTG------ATTTTTTTTTCTAATGATTGTAAACAAAATAAAATTTTTGGACGCAACAATAATTTTTATTCTCAAGTAATGTCAGAGGGATTTTCAGTCATTATGGAAATTCCATTTTCTCGAAGATTAATATCTTCCCTA---------AAAAATAAA---GGGGTAGTTAAATCCAATAATTTCCGATCAATTCATTCAATATTTTCTTTCTTAGAAGACCAATTTTCACATTTAAATTATGTGTTAGATATACTAATACCTTACCCAGCCCATCTGGAAATATTGGTTCAAACTCTTCGCTACTTGATAGAAGATCCTTCTTCTTTGCATTTATTAAGATTCTTTCTTAACGAGTATCATAATTGGAATAGTCTTATTACTTCA------AAGAAAGCT---TTTTTAAAT------TCAAAAACAAATCAAAGACTGTTTTTTTTCCTATATAATTTTCATGTATGTGAATACGAATCCATCTTTGTCTTTCTCCGTAATCAATCTTCTTATTTACGATCAACATCTTCTGGAGCCCTTCTTGCACGAATATATTTCTATAGAAAAATAGAACATCTTGTAGAAGTTTTTCCCAGGCCTTTTCAAGTCAGTCTATGGTTATTTAAGGATCCTTTCATGCATTATGTTAGGTATCAAGGAAAATCGATTCTTGCATCAAAAGGAACGTCTCTTTTGATAACTAAATGGAAATCTTTTTTTGTAAATTTCTGTCAATGTTATTTTTACCTGTGGTCTCAACCAGGAAGGATTCATATAAACCAATTATCCAACCATTCGGTTGACTTTATGGGTTATCGTTCAGGTGTGCGGCTAAAGCCTTCAATGATACGT---------AGTCAAATGCTACAAAATTCATTTCTAATTGATAATACTATTACGAAGTTTGATATTATTGTTCCAATTATGCCAATCATTAGATCATTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTATTAGGGCATCCGATTGGTAAGGCGGTTTGGACCGATTTATCCGATTCGGATATTATTGAGCGATTTGGGCGTATATACAGAAATCTTTCTCATTATCATAGCGGATCCTCAAGAAAAAAGACTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTCGGCTTTCTTGTGCTAAAACTTTAGCTCGTAAACACAAAAGCACTGTACGTGCTTGTTTG------AAAAGGTTAGGATCAGAATTGTTGGAAGAATTCTTTACGGAGGAAGAACAAGTGCTTTCCTTGACCTTTCCAAGAGCTTCTTCTATTTCAAGGAGGTTATATAGAACGCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTATATCAATGATTTGATGAA----------TTCGTTATGAAACTGTGTAAATGGGAATTT--------GACCTATAAATACTAT------------AATAAATAAT---------GAAGAACTAACCATAACAAAT--------------ATTTCTAAACTGAAATGTTGATGTAGTATGTAGTAAGGATTAAATCAATCGATTATTCAACTTTTTCTTAT--------CTAAT-AAGGAACTGAGTTTTAAATGTATACAGAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGCTTGGGGAGGGATTTTTACTTATTTAA-----CAAGGAAA????--------101?1000110101011100011110?101110111001111?1?1?????1?1101-------------------------------------------?????????ATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGAGACTGATATCTTAGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCAGCCGAATCTTCTACCGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACAAGCCTTGATCGTTACAAAGGGCGATGCTATTTCATCGAGCCCGTTCCTGGAGAAGACAATCAATATATATGTTATGTAGCTTACCCATTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGTGCTCTACGTTTGGAAGATTTGCGAATTCCGATTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCACGGTATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCGCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTACGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGCCTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTTTAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCTATATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCATAATGCACGACTACCTAACGGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGGACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAAAGAGACATCACCTTGGGCTTTGTTGATTTACTGCGTGATGATTATATCGAAAAAGATCGAAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCTGGTGTTTTGCCCGTGGCTTCTGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGCGATGATTCTGTACTACAGTTCGGCGGTGGAACTTTAGGGCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAAT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		Nymphoides_cordata                    TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAATCCTGTGCTAAC--CGAAGCAGATTGACTTG-TGAACCTGTAAACCAA-CGAAC----TATAC---GAGG---CGTCA-TTAAGAGGAACGGGCGTCAGCCTGTGACCGG----TGATG--------TCTCT--AATGTTGTGAATTCGGAGAAGC-GAAGATG--TTAGTTGGATA-TCCT----TGCTCCTCTGCG-TTGA--CAATAAA-ACTAAACCCCCGGCATAAGACATGCCAAGGGAAAC---AAAA-GTTAAGGAAA-CACG----TCCC-TCGCGAATCC---GCATCGTGGTATTGGC--GAGAGG-ATGG-TGCTT-CCTG----CTTACTATCAA---TGACGAA----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTTAGGCTGAGGGCACGTTTGCCTGGGCGTCGTA-TTTTGTGTTGCCCCC------ACATCCAA-----CCCTCATATGATGT-----AAACATTCA---TGTGCCGTT----GGTCC---GTT-GGGGTGCAGAAATTGGTCTCCCGTG-TCGAGTTTGCGGTTGGCCC-AAATGGGTGCCACCGGCGACGGGTGCACGACAATTGGTGGTCGA-GAAGGCCTTCAA--GTATGTG-TCGTGGATGCTCTGT-------TGCC-GGGGCAGAAAC--GGCCCGCGAGC------TGTCGTCCC---ACGACG--ATGCGATGCTC----ATAGATGCCGACCCCAGGTCAGGCGGGA??????????????????????????TTTTTTACACATTTGGATGAAGCGAGGGATTCGTCCATACTATCGGTAAAGTTTCGAAGACCACGACTGATCCTGAAAGGGAATGAATGGAAAAAATAGCATGTCGTATCAATTAAG---------AATTCTGAAAATTTTTTATTCCGCCTAGATTGGTATAAAATCTTGGTTAAA--------TTATTGGAAGGGAGCAAAAAGAATTCAATT-----GAAAGTTAAAGTTGGGTCAAATGAATAAATGGATAGAGCCCTATGGCTTCAATTAATTTCATTTTTATTATATTATAGGAAAAGAAAAAGCAACGAGCTTCCATTCTTGATTTGAATGATTACCCGATCTAATTAGACGTTAAAAA-TATATTAGTGCCTGGTACGGGAAGGGCTTCTCTATATGAGTAGATTCTTGATTTTTTAATGAATCCTAAATATTCCCATTGTCCATTCC-----ATAATGGAGATGTGTGTGTATAAGAAACAGTATATTGATAAAAAAA-TTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTGAGTTGAAAAAA---TAAAGGATTTCTAACCATCTTGTTAGTCTATAA------CGAGCATAA--CCCGCTTTTGTATTTTAATGTAAAAAGAGAGGATAGAGAATCCGTTGATAAGTT---CTGGATCCGAGGTATCTATTGGT--------ATAATACCTTGTTTTGACTGTATCGCACTATGTATCATTTGATAAACTCTAAAATCCTCTACCTTT-------AGTTTAAATCGAATTTCAAATGGAGAAATTCCGAAGCTATTTAGAGCTAGATAGGTCTCAACAACAATACTTCTTATATCCGCTTATTTTTCAGGAATATATTTATGCACTTGTTCAT---------GTAAATAGATCGATTTTGTTGCAAAAT------------------------------CAAAATATAAGTTATGAGAATAAATTCAGCTTACTAGTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGGACCATTTG------ATTTTTTTTTCTAATGATTGTAAACAAAATAAAATTTTTGGACGCAACAATAATTTTTATTCTCAAGTAATGTCAGAGGGATTTTCAGTCATTATGGAAATTCCATTTTCTCGAAGATTAATATCTTCCCTA---------AAAAATAAA---GGGGTAGTTAAATCCAATAATTTCCGATCAATTCATTCAATATTTTCTTTCTTAGAAGACCAATTTTCACATTTAAATTATGTGTTAGATATACTAATCCCTTACCCAGCCCATCTGGAAATATTGGTTCAAACTCTTCGCTACTTGATAGAAGATCCTTCTTCTTTGCATTTATTAAGATTCTTTCTTAACGAGTATCATAATTGGAATAGTCTTATTACTTCA------AAGAAAGCT---TTTTTAAAT------TCAAAAACAAATCAAAGACTGTTTTTTTTCCTATATAATTTTCATGTATGTGAATACGAATCCATCTTTGTCTTTCTCCGTAATCAATCTTCTTATTTACGATCAACATCTTCTGGAGCCCTTCTTGCACGAATATATTTCTATAGAAAAATAGAACATCTTGTAGAAGTTTTTCCCAGGCCTTTTCAAGTCAGTCTATGGTTATTTAAGGATCCTTTCATGCATTATGTTAGGTATCAAGGAAAATCGATTCTTGCATCAAAAGGAACGTCTCTTTTGATAACTAAATGGAAATCTTTTTTTGTAAATTTCTGTCAATGTTATTTTTACCTGTGGTCTCAACCAGGAAGGATTCATATAAACCAATTATCCAACCATTCGGTTGACTTTATGGGTTATCGTTCAGGTGTGCGGCTAAAGCCTTCAATGATACGT---------AGTCAAATGCTACAAAATTCATTTCTAATTGATAATACTATTACGAAGTTTGATATTATTGTTCCAATTATGCCAATCATTAGATCATTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTATTAGGGCATCCGATTGGTAAGTCGGTTTGGACCGATTTATCCGATTCGGATATTATTGAGCGATTTGGGCGTATATACAGAAATCTTTCTCATTATCATAGCGGATCCTCAAGAAAAAAGACTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTCGGCTTTCTTGTGCTAAAACTTTAGCTCGTAAACACAAAAGCACTGTACGTGC{ATGC}{ATGC}{ATGC}TTTG------AAAAGGTTAGGATCAGAATTGTTGGAAGAATTCTTTACGGAGGAAGAACAAGTGCTTTCCTTGACCTTTCCAAGAGCTTCTTCTATTTCAAGGAGGTTATATAGAACGCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTATATCAATGATTTGATGAA----------TTCGTTATGAAACTGTGTAAATGGGAATTT--------GACCTATAAATACTAT------------AATAAATAAT---------GAAGAACTAACCATAACAAAT--------------ATTTCTAAACTGAAATGTTGATGTAGTATGTAGTAAGGATTAAATCAATCGATTATTCAACTTTTTCTTAT--------CTAAT-AAGGAACTGAGTTTTAAATGTATACAGAGGGAAA????????????????????????????????????????????????????????-----????????????--------101?1000100101011100011110?101110111001111?1?1?????1?110?-------------------------------------------????????????????????????????????????????????????????CCTGAATATGAAACCAAGGAGACTGATATCTTAGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCAGCCGAATCTTCTACCGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACAAGCCTTGATCGTTACAAAGGGCGATGCTATTTCATCGAGCCCGTTCCTGGAGAAGACAATCAATATATATGTTATGTAGCTTACCCATTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGTGCTCTACGTTTGGAAGATTTGCGAATTCCGATTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCACGGTATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCGCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTACGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGCCTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTTTAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCTATATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCATAATGCACGACTACCTAACGGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGGACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAAAGAGACATCACCTTGGGCTTTGTTGATTTACTGCGTGATGATTATATCGAAAAAGATCGAAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCTGGTGTTTTGCCCGTGGCTTCTGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATTTTTGGGGATGATTCTGTACTACAGTTCGGCGGTGGAACTTTAGGGCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTTTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAATGAAATTATTCGCGAGGCTAGCAAATGGAGTCCTGAG????????????----------------------------------------------------0111101101010100110-2001011-11101-------------------------------------------------------------------
	;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET ITS_DNA = 1 - 900 ; 
 CHARSET matK_DNA = 901 - 3592 ; 
 CHARSET matK_indel = 3601 - 3652 ; 
 CHARSET rbcL_DNA = 3701 - 5048 ; 
 CHARSET morphology = 5101 - 5134 ; 
 CHARSET 18S = 1 - 37 ; 
 CHARSET ITS1 = 38 - 399 ; 
 CHARSET 5.8S = 400 - 554 ; 
 CHARSET ITS2 = 555 - 861 ; 
 CHARSET 26S = 862 - 900 ; 
 CHARSET 5trnK = 901 - 1684 ; 
 CHARSET matK_gene = 1685 - 3280 ; 
 CHARSET 3trnK = 3281 - 3592 ; 
 CHARSET matK_indel = 3601 - 3657 ; 
 CHARSET _fillergaps = 3593 - 3600 3658 - 3700 5049 - 5100 5135 - 5200 ; 
 CHARPARTITION within_ITS = Default: 1 - 37 862 - 5200 , gene2: 38 - 399 , gene3: 400 - 554 , gene4: 555 - 861 ; 
 CHARPARTITION within_matK = Default: 1 - 900 3593 - 5200 , gene1: 901 - 1684 , gene2: 1685 - 3280 , gene3: 3281 - 3592 ; 
 CHARPARTITION matK_DNA_indel = Default: 1 - 900 3593 - 3600 3653 - 5200 , gene1: 901 - 3592 , gene2: 3601 - 3652 ; 
 CHARPARTITION cp_data = Default: 1 - 900 3593 - 3600 3653 - 3700 5049 - 5200 , gene1: 901 - 3592 3601 - 3652 , gene2: 3701 - 5048 ; 
 CHARPARTITION cp_nr = gene2: 1 - 900 , gene1: 901 - 3592 3601 - 3652 3701 - 5048 , Default: 3593 - 3600 3653 - 3700 5049 - 5200 ; 
 CHARPARTITION DNA_morph = gene1: 1 - 3592 3601 - 3652 3701 - 5048 , Default: 3593 - 3600 3653 - 3700 5049 - 5100 5135 - 5200 , gene2: 5101 - 5134 ; 
 CHARPARTITION cp_morph = Default: 1 - 900 3593 - 3600 3653 - 3700 5049 - 5100 5135 - 5200 , gene1: 901 - 3592 3601 - 3652 3701 - 5048 , gene2: 5101 - 5134 ; 
 CHARPARTITION nr_morph = gene1: 1 - 900 , Default: 901 - 5100 5135 - 5200 , gene2: 5101 - 5134 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;