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Dicamptodon_copei_Young_4 CCCATAATTAAAATTGTAAATAATTCATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGTTTATCATATTGATGAAACTTTGGCTCACTACTTGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACAGCTGATACTGTGTCAGCATTCTCATCAGTCGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTATTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTAGTGATAGCAACCGCTTTCGTTGGTTATGTACTACCTTGAGGTCAAATATCCTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTGTCCCATATATAGGAGACATACTTGTACAATGAATCTGGGGCGGGTTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTCCCATTTTTAATTATTGCTCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACGGGATCTAATAATCCTACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATGCCGTTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGCTTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAACTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCTCCCCATATTCAACCAGAGTGGTACTTTCTTTTTGCATACGCTATCCTTCGATCAATTCCAAATAAATTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGTATAATATTTCGTCCTATAACTCAACTTATATTTTGATCTTTAGTAGCTAACACTTTAATATTAACTTGAATTGGTGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGCCAATTTGCCTCAATTATTTACTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTTCCCCTTTGCAGCCACTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATACCTTAATAGTTTAATAAAACATCA-TTTTCAGTGCCGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATTGCCGATGTCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTCGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTAATGGGGGTAGGGGGGTTTACCAAAAGGATGAAAAAATTAAATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACTAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGCATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATCTGAACGCGATGTTCAGCTTTATATCGAGTTGTACCAGTCATA-TCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-AAAGAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGTAAGTCAGGTTGAAAGTATGTCAGTTTACCAGAAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTCGATGAAGGAGTATCACTCTTCTAGGAGAGTCCGCAGATCTGGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACACAGCAAAATTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATTCATATGGCAGATATAAGAATGTACTATATACATAGTATG------------------------------ Dicamptodon_aterrimus CCTATAATTAAAATTGTGAATAATTCATTTATTGACCTTCCAACACCTTCAAGCTTATCATACTGATGGAACTTCGGCTCATTACTTGGAATTTGTCTTATTGTACAAGTTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACTGCTGATACAATATCAGCATTTTCATCAGTAGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAGTATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGCGGTATCTATTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGAGTGATCTTATTACTATTCATGATAGCCACCGCTTTCGTTGGTTACGTACTACCTTGAGGTCAAATATCCTTTTGAGGTGCAACAGTTATCACAAATTTATTATCAGCTGTTCCATATATAGGAGATATACTTGTGCAATGAATCTGAGGCGGGTTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTTCCATTTTTAATTATTGCTCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAACAACCCCACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATACCATTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATGTTTTAGGTTTTATATTAATATTATTAATACTTATAATATTATCACTTTTAAATCCAAACTTATTAGGAGACCCAGAAAACTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCCCCACATATTCAACCAGAGTGATACTTTCTTTTTGCATACGCTATTCTCCGATCAATCCCAAATAAATTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGTCTAATATTTCGTCCTATAACTCAACTCATATTTTGATCTTTAGTAACTAACACTTTAATTTTAACTTGAATTGGAGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGCCAATTTGCCTCAATCATTTACTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTCCCACTCTGTAGTCATTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATGCC-TAATAGTTATCTATCTAGGCA-TTTTCAGTGCCGCGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATTGCCGATATCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTGGCCTAGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATCAGAAATTATGGGGGTTAGGGGGGTTTACCAAAAGGATGAAAAAATTAGATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACCAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTCCGGCAGACATTTGAACGCGATGTTCAGCTTTAGATCGAGTTGTACCAGTCATATTCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTCAGAA-AAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATTGGATGTAAGTCAGGTTGAAAGAATGCCAGTCTGCCATCGGTGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTTGATGAATGAGTTTCACTCTTCTAGGAGTGTCCGCAGATCTGGCCTATTCGTCGTAGAGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACACCGCAAAATTATTAAGAAAAGGGTTTAGAGATCAAATTCATATGGAAAATATAAGAATGTACGATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCCGACTTTGGCAAAGT Dicamptodon_ensatus CCTATAATTAAAATTGTAAATAATTCATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGCTTATCATATTGATGAAACTTCGGCTCACTACTCGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACAGCTGACACAATATCAGCATTCTCATCAGTCGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTACTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTTATGATAGCAACCGCTTTCGTAGGTTATGTACTACCTTGGGGTCAAATATCTTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTATCCCATATATAGGAGATATACTTGTACAATGAATCTGAGGCGGGTTCTCAGTAGATAAGGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTTCCATTTTTAATTATTGCCCTCAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAATAATCCAACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATACCATTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGTTTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAATTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCCCCTCATATTCAACCAGAGTGATACTTTCTTTTTGCATATGCTATTCTTCGATCTATTCCAAATAAACTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGCCTAATATTTCGTCCTATAACTCAACTCATATTTTGATCTTTAGTAGCTAACACCTTAATTTTAACTTGAATTGGCGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGACAATTTGCCTCAATCATTTATTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTTCCTATCTGTAGTCATTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATGCC-TAATAGTTATCTATCTAGGCA-TTTTCAGTGCCGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATAGCCAATATCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTTGGGGGTTGACTAAATATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTATGGGGGTTAGGGGGGTTTACCTAAAGGATGAAAAAATTAGATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACCAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATCTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATTTGAACGCGATGTTCAGCTTTAGATCGAGTTGTACCAGTCATATTCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-GAAAAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGTAAGTCAGGTTGAAAGAATGTCAGTTTGCCGTCAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTCGATGAAAGAGTGTCACTCTTCTAGGAGAGTCCTCAAATCTGGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACATAGCGAAGTTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATCCGTATGGCAGATATAAGAATGTCCGATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCCGACTTTGGCAAAAT Dicamptodon_tenebrosus -------------------------CATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGCTTATCATATTGATGAAATTTCGGCTCACTCCTCGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACTGCTGATACTATATCAGCATTCTCATCAGTTGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTACTATGGGTCATATCTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTAATGATAGCAACCGCTTTCGTTGGTTATGTACTACCTTGGGGTCAAATATCCTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTACTCCATATATAGGAGACATACTTGTACAATGAATCTGAGGCGGATTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTTCCATTTTTAATTATTGCCCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAATAACCCAACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATACCATTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGATTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAATTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCACTAATTACACCCCCCCATATTCAACCAGAATGATACTTTCTTTTTGCATATGCTATTCTTCGATCTATTCCAAATAAACTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATCCCAATACTTCATAAAGCAAAGCAACGGAGTCTAATATTTCGTCCTATAACTCAACTTATATTTTGATCTTTAGTAGTTAACACCTTAATTTTAACTTGAATTGGCGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGACAATTTGCCTCAATTATTTATTTCTCTATATTTATTTTTATTTTCCCTATCTGTAGTCACTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATGCC-T---------------------TTTTCAGTGCCGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATACATTCTTAAATTTTATTGCCGATGTCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTTGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTATGGGGGTTAGGGGGGTTTACCTAAAGGATGAAAAAATTAGATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACCAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATTTGAGCGCGATGTTCAGCTTTAGATCGAATTGTACCAGTCATATTCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-AAAGAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGCAAGTCAGGTTGAAAGAATGTCAGTTTACCGTCAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTTGATGAAAGAGTATCACTCTTCCAGGAGAGTCCGTAGATTTTGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACATAGCTAAGTTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATTCATATGGCAGATATAAGAATGTACGATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCCGAC----------- ; END; BEGIN TREES; Title Dicamptodon_copei_cytb_b_and_control_region; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Dicamptodon_copei_Boulder_1, [1] 2 Dicamptodon_copei_Bridal_Veil_1, [2] 3 Dicamptodon_copei_East_1, [3] 4 Dicamptodon_copei_Elk_2, [4] 5 Dicamptodon_copei_Elk_3, [5] 6 Dicamptodon_copei_Elochoman_1, [6] 7 Dicamptodon_copei_Fox_1, [7] 8 Dicamptodon_copei_Fox_2, [8] 9 Dicamptodon_copei_Little_4, [9] 10 Dicamptodon_copei_Little_7, [10] 11 Dicamptodon_copei_Mabee_1, [11] 12 Dicamptodon_copei_McClowsky_1, [12] 13 Dicamptodon_copei_McClowsky_3, [13] 14 Dicamptodon_copei_Mona_4, [14] 15 Dicamptodon_copei_Sol_Duc_1, [15] 16 Dicamptodon_copei_Still_1, [16] 17 Dicamptodon_copei_Still_4, [17] 18 Dicamptodon_copei_Stillman_10, [18] 19 Dicamptodon_copei_Trib_Young_1, [19] 20 Dicamptodon_copei_Trib_Young_2, [20] 21 Dicamptodon_copei_Trib_Young_4, [21] 22 Dicamptodon_copei_Trout_1, [22] 23 Dicamptodon_copei_Trout_2, [23] 24 Dicamptodon_copei_Trout_4, [24] 25 Dicamptodon_copei_White_Salmon_1, [25] 26 Dicamptodon_copei_Young_2, [26] 27 Dicamptodon_copei_Young_3, [27] 28 Dicamptodon_copei_Young_4, [28] 29 Dicamptodon_aterrimus, [29] 30 Dicamptodon_ensatus, [30] 31 Dicamptodon_tenebrosus; TREE Fig._3 = (29:0.022345,((30:0.016875,31:0.019176):0.009126,((27:0.001156,(28:0.000524,(26:0.00000001,(2:0.000545,19:0.000541):0.000542,(20:0.00000001,21:0.00054):0.000537):0.001093):0.003336):0.005879,((1:0.002161,(16:0.00000001,17:0.00000001):0.000519):0.001491,(((7:0.000534,8:0.00000001):0.00648,(6:0.001445,18:0.000739,(4:0.000534,5:0.00000001,15:0.000717):0.000541):0.00194):0.003052,(25:0.002146,(23:0.001087,(3:0.001633,(9:0.00000001,10:0.000537,14:0.000537):0.001076):0.001091):0.001075,(22:0.000528,24:0.00056,(12:0.00000001,(11:0.00000001,13:0.000544):0.000535):0.00108):0.00108):0.001602):0.002823):0.002018):0.027088):0.022345); END;