NEXUS
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[Matrix accession#: M3724]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3724;
	DIMENSIONS  NTAX=28;
	TAXLABELS
		Geomys_breviceps	Orthogeomys_heterodus	Thomomys_bottae_awahnee_a	Thomomys_bottae_awahnee_b	Thomomys_bottae_xerophilus	Thomomys_bottae_cactophilus	Thomomys_bottae_albatus	Thomomys_bottae_ruidosae	Thomomys_bottae_bottae	Thomomys_bottae_alpinus	Thomomys_bottae_riparius	Thomomys_bottae_mewa	Thomomys_bottae_saxatilis	Thomomys_bottae_laticeps	Thomomys_bulbivorus	Thomomys_talpoides_ocius	Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a	Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b	Thomomys_mazama_mazama	Thomomys_mazama_nasicus	Thomomys_monticola_a	Thomomys_monticola_b	Thomomys_talpoides_yakimensis	Thomomys_talpoides_bridgeri	Thomomys_townsendii_townsendii	Thomomys_townsendii_relictus	Thomomys_umbrinus_chihuahuae	Thomomys_umbrinus_atroavarius
	;
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3724;
	DIMENSIONS NCHAR=614;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Geomys_breviceps                     ATTCTAGGCAAAAAG-AGTAATGCTGGAGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACCGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAATGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGTCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAKTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCACCATGCACAGGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCAGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCGAAAGATTCCTGAGCAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATAGGAGAAAGACTCAATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGT-AGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAATAATATATCTGACAAATGCTTGAT--ATCCAGT-ATCTACAGGGAACTCAAGAAATTAATC
		Orthogeomys_heterodus                ATTCTAGGCAAAAAG-AGCAATGCTGGAGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACCGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAATGGAAYAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGTCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCACCATGCACAGGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCAGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGGGAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATAGGAGAAAGACTCAATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAATAATACATCTGACAAATGCTTGAT--ATCCAGT-ATCTACAGGGAACTCAAGAAATTAATC
		Thomomys_bottae_awahnee_a            ????????????????????ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACMCAGTCTATTCAATTATTGGKGCTGGCAAAACTGGGCAGCCMCATGCARAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_awahnee_b            ????????????????????ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCM-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGTT-GCAAAAGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_xerophilus           ????????????????????ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAAYTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_cactophilus          ????????????????AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAAYGTCAGACCGGAAACCGTGAAAYTGTTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_albatus              ????????????????AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGATCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGTCAACTTGTATTTGATAAAGGAGCTAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCATTTCACCATGCACAAGAATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAATGTCAGACCT-------------------------------------CATAGGCACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTATACAGGAACCCAGGGTCAACAACAGATTGGAGAGAGACTCAATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAA-GTTTCTGCAC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_ruidosae             ????????????????AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCARAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAATGTCAGACCGGAAACCGTGAAAYTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_bottae               ????????????????AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAATGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAAATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATKGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGTT-GCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_alpinus              ????????????????AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCTATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_riparius             ????????????????AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGT-TGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACA???????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_mewa                 ????????????????????ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCATTTCACCATGCACAAGAATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAATGTCAGACCGGAAACCGTGAAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_saxatilis            ????????????????????ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACARTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_laticeps             ????????????????????ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACARTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAATTGCTACATGATAAWGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCAATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGTT-GCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATAT????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bulbivorus                  ?????????????????????????????GTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGC-ATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGKGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAAWTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAAYGTCAGACCGRAAACCGTGAAAYTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTMATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_talpoides_ocius             ???CTAGGCAAAA-G-AGC-ATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATMCAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCRACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CKCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATGTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a       ????????CAAAA-G-AGCAATGCTGGTGGTATYACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATMCAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCRACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATRTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b       ????GGCGCAAAA-G-AGCAATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTRTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATMCAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATRTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGCTATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_mazama_mazama               ATTCTAGGCAAAAAGAAGCAATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTRTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAAYTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATGTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_mazama_nasicus              ATTCTAGGCAAAAAG-AGCAATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTRTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCSCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAAYTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATGTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTA-TC
		Thomomys_monticola_a                 ??????????????G-AGCAATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTRTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAATGGAACGAACACAGYCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATRTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_monticola_b                 ATTCTAGGCAAAAAG-AGCAATGCTGGTGGTATYACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAWATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAATGGAACRAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATATATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_talpoides_yakimensis        ATTCTAGGCAAAA-G-AGCAATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTKTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTRTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAAYGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAAYTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATGTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_talpoides_bridgeri          ATTCTAGGCAAAAAG-AGCAATGCTGGTGGTATCACAATACCAGACTTCAAACTTTACTATAAAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTACTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGATATAGAACCAC-ACAACTATAGGCAACTTRTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATCCAATGGAACGAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGAAAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCRACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAATGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGAAACAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGACAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGACAAAAACATAGT-CGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATGTATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGC-ATCTACAGAGAACTCAAGAAACTAATC
		Thomomys_townsendii_townsendii       ATTCTAGGCAAAAAG-AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACARTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTYGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGTCTGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCCACAATACATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGT-ATCTACAGG-AACTCAAG?????????
		Thomomys_townsendii_relictus         ??????????????G-AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTAYTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCACTATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAATGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAACGTCAGACCGGAAACCGTGAAATTGCTACATGATAAWGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAATGTTTCTGTACAGATAAAAACATAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_umbrinus_chihuahuae         ?????????????AG-AGC-ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACARTGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCTTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAATGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGT-TGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATACATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGT-ATCTACA????????????????????
		Thomomys_umbrinus_atroavarius        ATTCTAGGCAAAAAG-AGCAATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGCATTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGKCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACAGTGGAACAAACACAGYCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCCTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAAYGTCAGACCGGAAACCGTGAAATTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGT-TGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCCACAATACATCTGACAAATGCTT-ATATATCCAGT-ATCTACAGAGAACTCAAG?????????
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 614 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;