NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:35:11]
[Matrix accession#: M3859]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3859;
	DIMENSIONS  NTAX=80;
	TAXLABELS
		Zanthoxylum_sp	Meliaceae_sp.	Swietenia_macrophylla	Soulamea_terminalioides_Sy	Soulamea_morattii_NCal	Soulamea_amara_Tuvalu	Simarouba_versicolor_Bol	Simarouba_tulae_Puert	Simarouba_glauca_wild_Cub	Simarouba_glauca_cul_Flo	Simarouba_berteroana_Dom	Simarouba_amara_Bol	Simaba_trichilioides_Bra	Simaba_suffruticosa_Bra	Simaba_polyphylla_FrGuy	Simaba_orinocensis_Peru	Simaba_orinocensis_FrGuy	Simaba_moretti_FrGuy	Simaba_insignis_Brazil	Simaba_guianensis2_FrGuy	Simaba_guianensis_Peru	Simaba_guianensis_FrGuy	Simaba_guianensis_Ecua	Simaba_glabra_Brazil	Simaba_glabra_2_Brazil	Simaba_ferruginia_Brazil	Simaba_cuneata_Brazil	Simaba_cuneata_Barbosa	Simaba_cedron_Ven	Simaba_aff_paraensis_Bra	Samadera_spC_Aus	Samadera_spB_Aus	Samadera_indica_MadSEA	Samadera_bidwillii_Aus	Samadera_baileyana_Aus	Quassia_amara_CSAmWAfr	Quassia_africana_Gabon	Pierreodendron_africa_Zai	Picrolemma_sprucei_Peru	Picrolemma_sprucei_FrGuy	Picrasma_quassioides_Asi	Picrasma_javanica_China	Picrasma_excelsa_Dominica	Picrasma_crenata_Brazil	Picrasma_antillana_Carib	Perriera_madagascarie_Mad	Odyendea_gabonensis_Gab	Nothospondias_staudtii_Ga	Melia_azedarach	Leitneria_floridana_Flo	Holacantha_emoryi_Mex	Hannoa_undulata_Sen	Hannoa_undulata_Gha	Hannoa_spB_Tan	Hannoa_spA_Tan	Hannoa_klaineana_Gha	Hannoa_chlorantha_Zam	Gymnostemon_zaizou_CoteI	Eurycoma_longifolia_SEA	Eurycoma_apiculata_SEA	Cneorum_tricoccon	Castela_tweedii_Brazil	Castela_tortuosa_Mex	Castela_retusa_Mex	Castela_erecta_Ven	Castela_erecta_Mex	Castela_coccinea_Arg	Casimiroa_edulis	Brucea_mollis_Bhut	Brucea_javanica_SEA	Brucea_guineensis_Gabon	Brucea_ferruginia_EAfr	Brucea_antidysenteric_Tan	Amaroria_soulameoides_Fij	Ailanthus_triphysa_SEAAus	Acer_saccharum	Ailanthus_alt_var_tan_Tai	Ailanthus_altissima_Chi	Ailanthus_fordii_HK	Ailanthus_integrifolia_Au
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3859;
	DIMENSIONS NCHAR=6374;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Zanthoxylum_sp                   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		Meliaceae_sp.                    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		Swietenia_macrophylla            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		Soulamea_amara_Tuvalu            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		Simarouba_versicolor_Bol         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		Simarouba_tulae_Puert            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		Simaba_cuneata_Barbosa           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		Simaba_cedron_Ven                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		Simaba_aff_paraensis_Bra         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		Gymnostemon_zaizou_CoteI         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		Castela_tweedii_Brazil           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		Castela_tortuosa_Mex             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		Castela_retusa_Mex               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--TTTCTTAAA-------------TAATGA-------------------------ATGGATAACAAAAAAAA-------------------------TTCATTCATTTTT--------CTTAAA-------TGTTCATGCAATAATTTATTAAATGTTTAT-----------------------GCAATAATAATAATAAAA--------TAAAGGTTGATC-------AACCGAGTATTCAACTTTTTTAGCGTCTT-CTTTAGGGATTAGGG----AAGAAAG----GGAGTTTTAGATGTTATACAT-------AGGGAAAGCTGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGCTTGGGGAGGGATTTGTTTACTTATT--------AACAAGGAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 6374 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET rbcL = 1 - 1425 ; 
 CHARSET atpB = 1525 - 3018 ; 
 CHARSET matK = 3042 - 5420 ; 
 CHARSET matKexon = 3358 - 4944 ; 
 CHARSET matKtrnKpsbAintrons = 3042 - 3357 4948 - 5420 ; 
 CHARSET allintrons = 1426 - 1524 3019 - 3357 4945 - 5420 ; 
 CHARSET PhyC = 5421 - 6374 ; 
 CHARSET rbcLp1 = 1 - 1423 \ 3 ; 
 CHARSET rbcLp2 = 2 - 1424 \ 3 ; 
 CHARSET rbcLp3 = 3 - 1425 \ 3 ; 
 CHARSET atpBp1 = 1525 - 3016 \ 3 ; 
 CHARSET atpBp2 = 1526 - 3017 \ 3 ; 
 CHARSET atpBp3 = 1527 - 3018 \ 3 ; 
 CHARSET matKexonp1 = 3358 - 4942 \ 3 ; 
 CHARSET matKexonp2 = 3359 - 4943 \ 3 ; 
 CHARSET matKexonp3 = 3360 - 4944 \ 3 ; 
 CHARSET Introns = 1426 - 1524 3019 - 3357 4945 - 5420 ; 
 CHARSET PhyCp1 = 5421 - 6372 \ 3 ; 
 CHARSET PhyCp2 = 5422 - 6373 \ 3 ; 
 CHARSET PhyCp3 = 5423 - 6374 \ 3 6374 ; 
 CHARSET p1 = 1 - 1423 \ 3 1525 - 3016 \ 3 3358 - 4942 \ 3 5421 - 6372 \ 3 ; 
 CHARSET p2 = 2 - 1424 \ 3 1526 - 3017 \ 3 3359 - 4943 \ 3 5422 - 6373 \ 3 ; 
 CHARSET p3 = 3 - 1425 \ 3 1527 - 3018 \ 3 3360 - 4944 \ 3 5423 - 6374 \ 3 6374 ; 
 TAXSET rbcL = ; 
 TAXSET atpB = 12 42 51 ; 
 TAXSET matK = 7 ; 
 TAXSET PhyC = 1 4 - 5 7 20 36 56 68 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET bad_areas = 1 - 30 1425 - 1579 3018 - 3041 3075 - 3122 3135 - 3155 4976 - 5024 5031 - 5097 5111 - 5118 5380 - 5387 ; 
 EXSET bad_areas_plastidILD = 1 - 30 1495 - 1579 3018 - 3041 3075 - 3122 3135 - 3155 4976 - 5024 5031 - 5097 5380 - 5387 5421 - 6374 ; 
 EXSET better_areas = 3018 - 3041 3092 - 3122 3135 - 3155 5030 - 5057 5287 - 5293 ; 
 EXSET partitions_only = 1426 - 1524 3019 - 3351 4933 - 5327 ; 
 EXSET exons_only = 1426 - 1524 3019 - 3335 4901 - 5294 ; 
 EXSET rbcL_only = 1 - 30 1425 - 6374 ; 
 EXSET atpB_only = 1 - 1579 3018 - 6374 ; 
 EXSET matKplusintrons_only = 1 - 3041 3075 - 3122 3135 - 3155 4976 - 5024 5031 - 5097 5380 - 5387 5421 - 6374 ; 
 EXSET matK_exon = 1 - 3357 4945 - 6374 ; 
 EXSET PhyC_only = 1 - 5420 ; 
 EXSET plastid = 1 - 30 1425 - 1579 3018 - 3041 3075 - 3122 3135 - 3155 4976 - 5024 5031 - 5097 5380 - 5387 5421 - 6374 ; 
 END;