NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:35:20]
[Matrix accession#: M3865]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3865;
	DIMENSIONS  NTAX=33;
	TAXLABELS
		Gracilaria_blodgettii_AB193458	Gracilaria_gigas_AB193460	Gracilaria_cliftonii_AY131304	Gracilaria_caudata_AY241133	Gracilariopsis_funiculus_AY241134	Gracilaria_beckeri_AY241136	Gracilariopsis_longissima_AY241139	Gracilaria_canaliculata_AY241147	Gracilaria_salicornia_AY241153	Gracilaria_millardetii_AY241156	Gracilaria_aculeata_AY241158	Gracilaria_denticulata_AY241161	Gracilaria_capensis_AY241171	Gracilaria_gracilis_AY241173	Gracilariopsis_longissima_AY241174	Gracilaria_tenuistipitata_AY673996	Gracilaria_vermiculophylla_AY725169	Gracilaria_gracilis_AY725171	Gracilaria_dura_MGR177a_DQ984677	'Gracilaria bursa-pastoris TUN1 DQ984678'	Gracilaria_dura_MGR177b_DQ984679	Gracilaria_gracilis_MGR3_DQ984680	Gracilaria_conferta_MGR6_DQ984682	Gracilaria_multipartita_MGR1_DQ984683	Gracilaria_multipartita_MT135_DQ984684	Gracilaria_vermiculophylla_MGR8_DQ984685	Gracilaria_vermiculophylla_MGR12_DQ984686	Gracilariopsis_longissima_MGR10_DQ984687	'Gracilaria bursa-pastoris TUN1 GBP131V DQ984688'	Gracilaria_pacifica_GPU21353	Gracilaria_robusta_GRU21355	Gracilaria_tenuistipitata_GTU21348	Gracilaria_tikvahiae_GTU21357
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3865;
	DIMENSIONS NCHAR=271;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Gracilaria_blodgettii_AB193458                          ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CGGATTTATTTTCATAATATTTCAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAATAGATACAAAAATATTATAAGGAGTATTTTA-TAGTGAGATTGACACAAGGAACTTTTTCTTTCATTCCAGACTTGACAGATGATCAAATTGCGAAACAAATTGAATATGCCATTTTGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATACACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_gigas_AB193460                               ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTACATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTGCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAGCAGATTGAATATGCTATGAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_cliftonii_AY131304                           ACAGCTAATGTATAA-TATATAACCTATTCTTTATCTTGTGAT-CATATTTATTTTCATCATATCT-------AATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGATACAAAAATATTATAAGGAGTAATTTAATAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTCTCTTTCCTTCCAGACTTGACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTGAATATGCTATTTCACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACACACAGAAGATCCGCATCCGCGCAAT
		Gracilaria_caudata_AY241133                             ACAGCTAATGTATAA-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CATATTTATTTTCATTAGATAT-------AATGAAAATAAAATGTTAATTATTTTTAACAGATATAAAAATATTATAAGGAGTATTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTCTCTTTCATTCCAGACCTTACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTCAATATGCTATTGCACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAATATACAGAGGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilariopsis_funiculus_AY241134                       ACAGCGAATGTATAG--ATCTTTT-CATCTTAATTCTTATATTTCATAGTGGTATTTA----TTTTTAT-TAT--TCATGATAAAAATATAA--TTCCTTAACAAATACAGCAATATCATAAGGAGTAATTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCCTTTTTGCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAGCAGATTGAATATGCAATTTCACAAAACTGGTCAATAAATATTGAATACACAGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_beckeri_AY241136                             ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTAAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGGTTGAATATGCTATGAAACAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATATACTGAAGATCCGCATCCACGTAAT
		Gracilariopsis_longissima_AY241139                      ACAGCGAATGTATAG--ATCTTTT-CATCGTAATTCTTATATTTCATAGTGGTATTTA----TTTTTAT-TGT--TCATGATAAAAATATAA--TTCCTTAACAAATAAAGCAATATCATAAGGAGTAATTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCCTTTTTGCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAGCAAATTGAATATGCAATTTCACAAAAATGGTCAATAAATATTGAACATACAGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_canaliculata_AY241147                        ACAGCTAATGTGTAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CATATTTATTTTCACAATATTTAAT-TGTAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGATATAAAAATATTATAAGGAGTGTTTAA-CAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACTTAACGGATGATCAAATTACAAAACAGGTTGATTATGCCATTTCGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATACACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_salicornia_AY241153                          ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CGGATTTATTTTCATAATATTTCAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGATACAAAAATATTATAAGGAGTATTTAA-TAGTGAGATTGACACAAGGAACTTTTTCTTTTATTCCAGACTTGACAGATGATCAAATTACGAAACAAATTGAATATGTAATTTCGCAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAATACACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_millardetii_AY241156                         ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAAATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCCTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGGTTCAATATGCTATGAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATACACTGAGGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_aculeata_AY241158                            ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CGGATTTATTTTCATAATATTTTAT-TTTAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGATACAAAAATATTATAAGGAGTATTTAA-TAGTGAGATTGACACAAGGAACTTTTTCTTTTATTCCAGACTTGACAGATGATCAAATTACGAAACAAATTGAATATGCAATTTTGCAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAATATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_denticulata_AY241161                         ACAGCTAATGTATAG-TATATATT-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGGTTGAATATGCTATGAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATACACTGAAGATCCACATCCGCGTAAT
		Gracilaria_capensis_AY241171                            ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTTTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGGTTGAATATGCTATGAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATACACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_gracilis_AY241173                            ACAGCTAATGTATAG-TGTATATC-TATTATTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGACACAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTCTCTTTCCTTCCAGACTTAACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTGAATATGCAATTAAACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilariopsis_longissima_AY241174                      ACAGCGAATGTATAG--ATCTTTT-CATCGTAATTCTTATATTTCATAGTGGTATTTA----TTTTTAT-TGT--TCATGATAAAAATATAA--TTCCTTAACAAATAAAGCAATATCATAAGGAGTAATTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCCTTTTTGCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAGCAAATTGAATATGCAATTTCACAAAAATGGTCAATAAATATTGAACATACAGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_tenuistipitata_AY673996                      ACAGCGAATGTATAA-TATCTATC-TATTCTTGATCTTGTGAT-CAAATTTATTTT-CATAAAT----------GTGAAAATAAAATATTAA-TGTTCTTAAGAGATACAAAAAGATTATAAGGAGTACTCAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGATTTAACAGATGATCAAATTAATAAACAGATCGAATATGCAATTTCGCAAAAATGGTCTGTTAGTATTGAATATACTGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_vermiculophylla_AY725169                     ACAGCAAATGTATAA-TACATATC-TATTCTTTATCTTATGAT-CAAATTTATTTTTATATTG-----------ATGAAAATAAAATATTAATAATTTTTAACAGATACAAAAATACCATAAGGAGTGCTTAA-CAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACTTAACAGATGACCAAATTAGTAAGCAAATTGAATATGCAATTTCTCAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCACATCCTCGTAAC
		Gracilaria_gracilis_AY725171                            ACAGCTAATGTATAG-TGTATATC-TATTATTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGACACAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTCTCTTTCCTTCCAGACTTAACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTGAATATGCAATTAAACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_dura_MGR177a_DQ984677                        ACAGCTAATGTATAG-TTTATATC-TATTCTTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-ATTTTTTAACAGACACAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTGAATATGCAATTAAACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		'Gracilaria bursa-pastoris TUN1 DQ984678'               ACAGCTAACGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAG-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGATTGAATATGCTATTAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCACGTAAT
		Gracilaria_dura_MGR177b_DQ984679                        ACAGCTAATGTATAG-TTTATATC-TATTCTTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-ATTTTTTAACAGACACAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTGAATATGCAATTAAACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_gracilis_MGR3_DQ984680                       ACAGCTAATGTATAG-TGTATATC-TATTATTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTGAATGAAAATAAAATGTTAA-TTTTTTTAACAGACACAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTCTCTTTCCTTCCAGACTTAACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTGAATATGCAATTAAACAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_conferta_MGR6_DQ984682                       ACAGCTAATGTATAG-TGTATATC-TATTCTTTATCTTTTAAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAATATTGAATGAAAATAAAATGTTAA-ATTTTTTAACAGACACAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACCAAACAGACTGAATATGCAATTAAACAAAATTGGTCTGTGAGTATTGAGTATACTGAAGATCCGCATCCGCGTAAT
		Gracilaria_multipartita_MGR1_DQ984683                   ACAACTAGTGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGATTGAATATGCTATAAAACAAAATTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_multipartita_MT135_DQ984684                  ACAACTAGTGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGATTGAATATGCTATAAAACAAAATTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_vermiculophylla_MGR8_DQ984685                ACAGCAAATGTATAA-TACATATC-TATTCTTTATCTTATGAT-CAAATTTATTTTTATATTG-----------ATGAAAATAAAATATTAATAATTTTTAACAGATACAAAAATACCATAAGGAGTGCTTAA-CAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACTTAACAGATGACCAAATTAGTAAGCAAATTGAATATGCAATTTCTCAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCACATCCTCGTAAC
		Gracilaria_vermiculophylla_MGR12_DQ984686               ACAGCAAATGTATAA-TACATATC-TATTCTTTATCTTATGAT-CAAATTTATTTTTATATTG-----------ATGAAAATAAAATATTAATAATTTTTAACAGATACAAAAATACCATAAGGAGTGCTTAA-CAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACTTAACAGATGACCAAATTAGTAAGCAAATTGAATATGCAATTTCTCAAAATTGGTCTGTTAGTATTGAACATACTGAAGATCCACATCCTCGTAAC
		Gracilariopsis_longissima_MGR10_DQ984687                ACAGCGAATGTATAG--ATCTTTT-CATCGTAATTCTTATATTTCATAGTGGTATTTA----TTTTTAT-TGT--TCATGATAAAAATATAA--TTCCTTAACAAATAAAGCAATATCATAAGGAGTAATTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCCTTTTTGCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAGCAAATTGAATATGCAATTTCACAAAAATGGTCAATAAATATTGAACATACAGAAGATCCACATCCACGTAAT
		'Gracilaria bursa-pastoris TUN1 GBP131V DQ984688'       ACAGCTAACGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTTCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAG-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTAACAGATGATCAAATCACTAAACAGATTGAATATGCTATTAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCACGTAAT
		Gracilaria_pacifica_GPU21353                            ACAGCTAATGTATAG-TGTGTATC-TATTCTTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTAAATGAAAATAAAATATTAA-ATTTTTTAACAGATATAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCATTCCGGACCTAACAGATGATCAAATGACTAAACAGATTCAATATGCAATTGAGAACAGTTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCACCCGCGTAAT
		Gracilaria_robusta_GRU21355                             ACAGCTAATGTATAG-TGTATATC-TATTCTTTATCTTTTGAT-TAGCTTTATTTTCATAATATTTAAT-TTGAATGAAAATAAAATATTAA-ATTTTT-AACAGATATAAAAATATTATAAGGAGTTTTTAA-TAATGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCATTCCAGACCTAACAGATGATCAAATTACTAAACAGATTCAATATGCAATTAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAACATACTGAAGATCCGCATCCACGTAAT
		Gracilaria_tenuistipitata_GTU21348                      ACAGCGAATGTATAAATATCTATC-TATTCTTGATCTTCTGAT-CAAATTTATTTTTCATAAAT----------GTGAAAATAAAATATTAA-TGTTCTTAAGAGATACAAAAAGATTATAAGGAGTACTCAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGATTTAACAGATGATCAAATTAATAAACAGATCGAATATGCAATTTCGCAAAAATGGTCTGTTAGTATTGAATATACTGAAGATCCACATCCACGTAAT
		Gracilaria_tikvahiae_GTU21357                           ACAGCTAATGTATAG-TATATATC-TATTCTTTATCTTGTGAT-CAGATTTATTTGCATAATAT----------------------------------------------------TATTAAGGAGTTTTTAA-TAGTGAGATTAACACAAGGAACTTTTTCTTTCCTTCCAGACCTGACAGATGATCAAATTACTAAACAGGTTCAATATGCTATGAAGCAAAATTGGTCTATTAGTATTGAATATACTGAAGATCCACATCCACGTAAT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 271 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;