NEXUS
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[Matrix accession#: M3947]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3947;
	DIMENSIONS  NTAX=17;
	TAXLABELS
		Brada_villosa_California	Brada_villosa_Sweden	Diplocirrus_glaucus_Sweden	Flabelliderma_ockeri	Flabelligena_sp.	Flabelligera_affinis_California	Flabelligera_affinis_Sweden	Flabelligera_infundibularis	Flota_sp._specimen_1	Flota_sp._specimen_2	Ilyphagus_octobranchus	Macrochaeta_clavicornis	Macrochaeta_sp.	Pherusa_plumosa_California	Pherusa_plumosa_Massachusetts	Poeobius_meseres	Therochaeta_collarifera
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3947;
	DIMENSIONS NCHAR=390;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Brada_villosa_California              ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Brada_villosa_Sweden                  ------------------------------------CCATATATTGGAAAAATACTAGTAGAATGGGTCTGAGGAGGGTTTGCAGTAGATAACGCAACCTTAAACCGATTTTTTGCAATTCATTTTCTTTTACCCTTTGTTCTTGCTGCATTAAGATGCCTTCATTTATTATGCCTTCATCAAACAGGATCAAATAACCCATTAGGATTAAATAGTGATACCGACAAAATCCCATTTCATTGATACTACACCTCAAAAGACGCTCTAGGGTTTATTATTATATTATTTTTATTAATAATTATTACAATATTTTACCCAAATTTATTAACAGACCCCGATAATTTTTTGCCAGCAAACCCATTAGTTACTCCTATTCACATCAAACCCGAG
		Diplocirrus_glaucus_Sweden            GGAGCAACAGTTATTACAAATCTTCTATCTGCTATCCCCTATATTGGTAAGACCTTAGTAGAATGAGTGTGAGGGGGATTCGCCATTGATAACGCTACCTTAAACCGATTTTTTGCAATCCATTTTCTTCTTCCATTTATTTTAGCAGCTATTAGCTGTCTCCATTTACTATGTTTACATCAAACAGGGTCAAATAACCCTCTAGGGTTAAACAGGGATTCAGATAAAATCCCATTTCACTGATATTATTCTATTAAAGATGTTTTAGGCTTCCTTTTAATAATAGTCCTCCTATTAATAGTAACGATATTCTTTCCAAACCTTCTCACGGACCCAGAAAACTTTTTGCCCGCTAACCCCTTAGTTACCCCCATCCACATCAAACCTGAG
		Flabelliderma_ockeri                  ---------------TACTAATCTACTCTCTGCATTCCATACATTGGAAAATCAATAGTAGAATGAGTATGGGGAGGATTTGCAGTAGATAACGCTACTCTAAATCGATTTTTTGCTCTACATTTTCTTCTTCCTTTTATTTTAGCAGCAATTGCCTGCCTTCATTTATTATGTCTCCATCAAACAGGATCTAATAACCCACTAGGAATAAAAAGAGATTCTGACAAAATTCCTTTTCACTGATATTACTCAACAAAGGATATTTTAGGATTTATTATTATAATATTTATAATAATAATGGTAATTATATTTTTCCCAAATCTTCTAACAGACCCAGAAAACTATTTACCCGCTAACCCATTAAGTACACCTATTCATATTAAACCTGAA
		Flabelligena_sp.                      ---------------------CTCCTATCCGCAATTCCTTACGTTGGTAAAGCACTAGTTGAATGAGTATGAGGAGGGTTTGCCGTAGATAATGCTACACTAAATCGATTCTTTTCATTTCATTTTCTTTTCCCCTTTCTTCTTGTTGCGATATCAATCCTCCACCTTTTATTTCTTCACCAGACAGGGTCAAATAATCCCCTCGGTCTCAATAGTGACTTAGATAAAGTCCCTTTTCATTGATATTACACTATTAAAGATAGACTTGGTTTTCTTCTTATAATAGCCCTCCTGCTTTTCCCTGTTATATTTTTCCCTGCTATTCTTGCCGAACCAGATAATTTTATTCCTGCTAATCCTCTCGTTACCCCAATTCATATTAAACC----
		Flabelligera_affinis_California       GGTGCCACTGTTATTACTAACTTATTATCTGCTATCCCTTATATTGGAAAAACTCTAGTAGAATGAGTTTGAGGGGGATTTGCAGTAGATAACGCTACTCTTAATCGATTTTTTGCAATTCATTTTTTATTACCCTTTATTTTAGCTGCAATTGCTTGTTTACACCTGTTATGTTTACATCAAACAGGGTCTAACAATCCTCTAGGCCTAAAAAGGGATTCTGATAAAATTCCTTTTCACTGATATTATTCTTCTAAAGATATACTGGGGATCCTTATTATAATAGCCTTATTAATAATAGTAATTATATTTTTTCCAAGCCTTCTTTCAGACCCAGAAAATTTTTTGCCTGCTAATCCCCTAGTTACTCCTAT----------------
		Flabelligera_affinis_Sweden           ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Flabelligera_infundibularis           ---------------------------------------TATATTGGAAAAACTCTAGTAGAGTGAGTAYGAGGGGGCTTTGCAGNAGATAACGCCACACTTAATCGATTTTTTGCCATTCATTTTCTTTTACCCTTTGTATTAGCAGCCGTAGCTTGTCTTCATTTATTATGTCTTCACCAAACAGGGTCAAATAACCCATTAGGCTTAAAAAGAGACTCTGACAAAATCCCATTTCATTGATACTATTCTTCTAAAGATATCTTAGGGTTTGTTGTAATAATATGTTTTCTTATAATAAYTATAATATTTTTCCCTAATTTACTAACAGACCCCGAAAATTTTTTGCCTGCAAATCCTCTAGTAACCCCCATTCATATCAAACC----
		Flota_sp._specimen_1                  ---------------------TTATTATCTGCTATTCCTTATGTCGGACCAATATTAGTAGAATGGTTATGAGGAGGGTTTGCCGTCGATAATGCCACATTAAACCGATTTTTTGCCCTACATTTTATTATACCATTTATTTTAGCAGCTTTAGCCTGTTTGCATCTTTTAGCACTTCACCAAACAGGGTCTAATAACCCATTGGGTTTACCAAGGAATAAAGACAAAATACCCTTTCATTGATTTTACTCATCTAAAGATATTCTTGGATTTTTATTTGCAGTATGGTTATTAATAATAATTTCTTTATTTTCACCTAATTTACTAGCAGACCCAGATAATTTTCTACCTGCTAACCCCCTTATAACCCCCATTCATATTAAACC----
		Flota_sp._specimen_2                  ---------------TACAATTTATTATCTGCTATTCCTTATGTCGGACCAATATTAGTAGAATGGTTATGAGGGGGGTTTGCCGTCGATAATGCCACATTAAACCGATTTTTTGCCCTACATTTTATTATACCATTTATTTTAGCAGCTTTAGCCTGTTTACATCTTTTAGCACTTCACCAAACAGGGTCTAATAACCCATTGGGTTTACCAAGGAATAAAGACAAAATACCCTTTCATTGATTTTACTCATCTAAAGATATTCTTGGATTTTTATTTGCAGTATGGTTATTAATAATAATTTCTTTATTTTCACCTAATTTACTAGCAGACCCAGATAATTTTCTACCTGCTAACCCCCTTATAACCCCCATTCATATTAAACCTGAA
		Ilyphagus_octobranchus                GGTGCTACTGTAATTACAAACCTTTTATCGGCTATTCCATATATTGGAAAAATATTAGTAGAATGAGTGTGAGGGGGGTTCGCAATTGATAACGCAACGTTAAACCGATTTTTCGCCATCCATTTTCTTCTCCCTTTTGTTTTAGCTGCAATTAGCTGTCTTCATTTATTATGCCTCCACCAAACCGGCTCAAATAATCCCCTTGGTCTCAATAGGGATACCGATAAAGTGCCATTTCATTGATACTACTCCGTAAAAGATACCCTAGGATTTCTCATTATAATAGTTCTTCTTCTTATAGTTTCAATATTTTTTCCAAATCTACTTACAGATCCAGAAAACTTTCTTCCTGCTAATCCCCTAGTAACACCAATCCATATCAAACCT---
		Macrochaeta_clavicornis               ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Macrochaeta_sp.                       ----------------------TCTTATCTGCTATCCCTTATATTGGTAAATCTTTAGTTGAATGAGTTTGAGGAGGANTTGCTGTAGATAATGCAACATTAAACCGATTCTTTTCAATTCATTTTCTTCTCCCTTTTTTACTTACTGCAATATCAATACTTCATTTATTATTTCTTCATCAAACTGGATCTAACAATCCATTAGGTTTAAACGGTAATGCCGATAAAGTTCCCTTTCATTGATATTATTCATCAAAAGATATTTTAGGATTTGCTATTATATTTATAATAATAATTTTTCCTATTATATATTTTCCAACTCTTCTATCTGACCCTGATAACTTTATTCCCGCAAACCCATTAGTTACCCCAATTCATATCAAACCTGAA
		Pherusa_plumosa_California            ------------------------------GCTATCCCTTATTTTGGAAAAGCTCTAGTTGAATGAGTATGAGGAGGTTTTGCAGTAGATAATGCCACATTAAACCGATTTTATGCTTTTCATTTTGTGCTACCATTTATTTTAGCTGCAGTAAGATGTCTACATATTTTATGTCTCCATCAAACAGGATCCAATAACCCACTAGGGTTAAATAGAAATACAGATAAAATTCCATTTCATTGATTTTACTCAGTAAAAGACATACTAGGATTTATAGTTATACTATTATTATTAATAATAGTAATTATATTTTTTCCATACTTATTGTCTGAACCAGATAATTTTTTACCTGCT------------------------------------
		Pherusa_plumosa_Massachusetts         GGCACAACAGTAATTACAAACCTCTTATCAGCCATTCCATATATTGGAAAAGCCTTAGTAGAATGAGTTTGAGGCGGATTTGCCGTTGATAACGCGACTCTTAATCGATTTTTTGCTTTCCATTTCATTCTGCCATTCATTTTGGCAGCTGTATCATGTCTTCATTTATTATGCCTTCATCAAACAGGGTCTAACAACCCACTCGGTTTAAATAGAGATACAGATAAAGTACCTTTTCATTGGTACTATACAGTTAAAGATGTTCTAGGATTCCTTTTAATAATATTTTTACTAATAATAGTAACAATATTTTTTCCTAATCTTCTAACAGAGCCCGATAACTTTCTTCCTGCAAATCCTCTAGTTACACCAATCCACATTAAACCT---
		Poeobius_meseres                      ------------------------------------------ATTGGAAAAGATTNAGTTGANNGACTTTGAGGGGGATTCGCTGTAGATAACGCAACACTAAATCGATTTTTTGTATTCCATTTTATTTTACCCTTTGNNNTAATAGCTATTAGAATACTTCATTTATTATCCCTCCACCAAACTGGGTCAAATAACCCCTTAGGATTAAATAGAGACACGGATAAAATTCCTTTTCACCCATATTTTACTACAAAAGATGTGTTAGGATTTTTAATTATACTATTTTTTATAACATTAGTAATTATATTCTCACCTAACCTTCTAGGAGATCCAGATAACTTTACTCCAGCTAACCCCCTTGTTACTCCTATTCACATTAAACCAGAA
		Therochaeta_collarifera               GGAGCATCTGTAATTACTAATTTACTCTCTGCAATTCCTTACATTGGTAAATACCTAGTAGAATGAGTTTGAGGGGGATTTGCAGTTGATAACGCCACTCTAAATCGATTTTTTGTCTTCCATTTCCTGCTCCCTTTTGTCCTTATTGCTTTAAGATGTTTACACCTTCTATGCCTTCATCAAACTGGGTCTAATAACCCATTAGGGTTAAATAGAGACACTGATAAAGTCCCTTTTCATCCTTATTTTTCAACCAAAGACGTTCTAGGATTTTTAGTTATACTATTTGCTATAATATTAATTGTAATATTCTTTCCAAACCTGTTGACAGACCCAGAAAACTTTATTCCTGCAAACCCACTTTTAACTCCTATTCACATCAAGCCCGAG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 390 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;